1세대가 2개의 주택을 보유하다가 양도한 경우 나중에 양도한 주택에 대하여 1세대1주택의 보유기간 계산을 당해주택의 취득일로부터 기산하는 것인지 또는 당해 세대가 1주택을 보유하게된 때로부터 기산하는 것인지 여부(취소)

[참조결정] 국심1989서0273

[주 문] 강남세무서장이 89.10.16 자 청구인에게 결정고지한 89년 수시분 양도소득세 6,450,060원 및 동 방위세 1,290,010원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울시 강남구 OO동 OOOOO에 거주하는 사람으로서 서울시 OO구 OO동 OOOOOO OOOOO OO OOOO(47평형, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 83.4.25 취득하여 88.3.4 양도한데 대하여 처분청은 청구인이 쟁점아파트를 무주택인 상태에서 3년이상 보유하지 아니하였다 하여 소득세법 시행령 제15조 제1항 제2호 및 동법시행규칙 제6조 제3항의 규정에 의한 1세대1주택의 범위에 해당하지 아니하는 것으로 하여 89.10.16 양도소득세 6,450,060원 및 동 방위세 1,290,010원을 결정고지하자 청구인은 이에 불복하여 89.11.11 심사청구를 거쳐 90.2.2 심판청구에 이른 것이다.

2. 청구인 주장 처분청은 청구인이 쟁점아파트를 83.4.25 취득하여 88.3.4 양도한데 대하여 취득가액은 실지거래가액으로, 양도가액은 환산가액으로 하여 계산한 양도차익에 의해 전시 세액을 고지하였으나 청구인이 82.2.12 취득하여 87.3.26 양도한 서울시 강동구 OO동 OOOOO OOOOO OOO OOOO(이하 “쟁점이외아파트”라 한다)의 양도에 대하여 처분청이 결정고지한 양도소득세를 납부하였을뿐만 아니라 쟁점아파트는 청구인이 취득하여 3년이상 보유하다 양도한 1세대1주택의 양도로서 소득세법 제5조 제6호(자) 및 동법 시행령 제15조 제1항 제2호 규정에 따라 양도소득세를 비과세하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구인이 쟁점아파트를 83.4.25 취득한 이후 88.3.4 양도시까지 기간에 쟁점아파트 이외 아파트를 82.2.12 취득하여 소유한 사실(87.3.26 양도할 때까지 소유)이 등기부등본에 의해 확인되므로 소득세법 제5조 제6호 및 동법 시행령 제15조와 동법시행규칙 제6조 제3항의 규정에 비추어 볼 때 1세대1주택의 양도로 인정할 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 1세대가 2개의 주택을 보유하다가 양도한 경우 나중에 양도한 주택에 대하여 소득세법 시행령 제15조 제1항 제2호에 의한 1세대1주택의 보유기간 계산을 당해주택의 취득일로부터 기산하는 것인지 또는 당해 세대가 1주택을 보유하게된 때로부터 기산하는 것인지를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 이 건 관계법령을 보면, 소득세법 제5조 제6호(자)목에서 “대통령령이 정하는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 10배를 넘지 아니하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있고, 같은법 시행령 제15조 제1항에서 법 제5조 제6호(자)에서 “1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 1년이상 거주하는 것으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 아니한다”라 하였고, 동항 제2호에서 “당해주택의 보유기간이 3년이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바에 의하여 1세대1주택임을 입증하는 경우”라고 규정하고 있는 바, 위 법령상의 규정만 놓고 볼때는 2주택을 보유한 1세대가 1주택을 양도한 후 나머지 1주택을 마저 양도한 경우 나중에 양도한 주택에 대한 1세대1주택 보유기간을 당해주택의 취득일로부터 기산할 것인지 또는 당해세대가 1주택을 보유하게된 때로부터 기산할 것인지에 대하여 논란의 소지가 있다 하겠으나 그동안 국세청의 예규 및 소득세법 기본통칙을 보면, 국세청 재산 01254-280호(86.1.29)의 에규에서 “1년이상 거주한 주택과 인접되어 있는 지역에 다른주택을 함께 소유하고 있는 1세대2주택을 가진 거주자가 동일인에게 동시에 2주택을 전부 양도한 때에는 1년이상 거주한 주택은 1세대1주택으로 양도소득세가 비과세되는 것”이라고 해석한 이외에도 88.2.1 소득세법 기본통칙을 개정하여 비과세요건을 갖춘 2이상의 주택을 동시에 양도시 1세대1주택 판정방법까지 명확히 신설하였는 바, 동 통칙 1-2-50...(5)에 의하면, “양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 요건을 갖춘 2개이상의 주택을 동시에 양도할 경우 1세대1주택으로 비과세되는 주택은 다음 각호의 순서에 의한다. 1. 양도한 주택중에서 거주기간이 가장 오래된 주택 2. 거주기간이 동일한 2주택이 2이상일 경우에는 보유기간이 가장 오래된 주택 3. 거주기간 및 보유기간이 동일한 주택이 2이상일 경우에는 양도당시 거주한 주택”이라고 규정하고 있음을 알 수 있다. 국세청의 이러한 예규, 통첩의 태도는 소위 1세대1주택의 양도소득세 비과세요건의 다툼에 있어서 양도당시 1세대1주택이기만 하면 당해 양도주택에서 1년이상 거주하거나 3년이상 보유한 사실로써 족하고 더 나아가 양도당시 1세대 다주택이라 하더라도 동시 양도시에는 적어도 국세청의 기본통칙이 정한 순서에 의거 순서가 빠른 1주택만큼은 1세대1주택으로 비과세처분할 것임을 스스로 선언한 것이라 할 것이어서 양도당시 1세대1주택이기만 하면 나중에 양도하는 주택의 보유기간 계산은 당해주택의 취득일로부터 기산하는 것이라고 이해되고 이러한 국세청의 태도는 납세자에게 널리 받아들여져 국세행정의 관행이 되었다고 보는 것이 무리없다 하겠다(국심 89서273 89.6.22 합동회의 동지). 그렇다면, 국세기본법 제18조 제3항에서 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있음을 감안해 볼 때 이 건의 경우, 청구인이 쟁점아파트를 83.4.25 취득하여 88.3.4 양도함으로써 3년이상 보유한 사실과 쟁점아파트 양도당시 청구인의 세대가 국내에 다른주택을 소유한 사실이 없는데 대하여 청구인과 처분청간에 다툼이 없으므로 쟁점아파트 양도에 대하여는 이를 1세대1주택으로 보아 당해 양도소득세를 비과세함이 타당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.