토지의 취득시기가 74.12.31 이전임을 이유로 양도가액 및 취득가액 쌍방을 기준시가로 산정하여야 한다는 청구주장과 건물기증가액 000원을 양도가액에서 제외하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 있는지 여부(취소)

[참조결정] 국심1988서1427 / 국심1988전1653 / 국심1988서1302

[주 문] 소공세무서장이 89.8.17자로 청구법인에게 84.1.1-84.12.31 사 업년도 법인세(특별부가세) 62,870,490원 및 동방위세 17,890,230원을 부과한 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울특별시 종로구 OOOO가 OOOO에 본점을 두고 있는 비영리공익법인으로서 72.7.27 서울특별시로부터 교환취득한 서울특별시 영등포구 OOO동 OOOO 대지 1,143평(이하 “쟁점토지”라 한다)을 84.3.31 OO개발주식회사에 양도하는등 부동산을 양도한 후 84사업년도분 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점토지의 양도가액을 실지거래가액 3,430,000,000원 계약서상의 쟁점토지양도금액으로 하고 취득가액은 실지 양도가액을 기준으로 환산한 가액 288,795,567원으로 하여 특별부가세 361,247,206원 및 동방위세 207,442,108원을 자진신고납부하였으나, 처분청은 쟁점토지의 실지양도가액을 3,860,000,000원(계약서상의 쟁점토지양도금액 3,430,000,000원과 쟁점토지상의 신축건물중 기증분 430,000,000원의 합계금액)으로 보아 쟁점토지의 양도가액은 전시 실지거래가액 3,860,000,000원으로 하고 취득가액은 이와같은 실지양도가액을 기준으로 환산한 가액 385,999,999원으로 하여 89.8.17자로 특별부가세 62,870,490원 및 동방위세 17,890,233원을 추가고지하였던 바, 청구법인은 이에 불복하여 89.10.18 심사청구를 거쳐 90.1.15 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 처분청은 쟁점토지 매매계약서 제6조에 건물준공시 지상최상 1개층 560평중 280평은 청구법인에게 430,000,000원으로 분양하고 나머지 280평은 청구법인에게 기증한다고 약정되어 있음을 이유로 기증건물상당가액 430,000,000원을 약정된 거래가액 3,430,000,000원에 가산하여 쟁점토지양도가액을 3,860,000,000원으로 결정하고, 쟁점토지 취득가액은 쟁점토지의 실지양도가액 3,860,000,000원을 기준으로 환산한 가액 385,999,999원으로 결정하여 청구법인에게 특별부가세를 과세하였으나,

• 가. 쟁점토지의 취득시기는 74.12.31 이전으로서 75.1.1 현재의 쟁점토지시가나 실지거래가액이 밝혀지지 아니하므로 결국 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가에 의하여 결정하여야 할 것이고 이는 법인세법 제59조의2 제3항 단서의 [양도가액과 취득가액이 불분명한 경우]에 해당하므로 양도가액 역시 기준시가에 의한 가액으로 하여야 하고,
• 나. 쟁점토지매매계약서 제6조에 약정한 430,000,000원 상당의 건물기증 문제는 쟁점토지대금의 성질이 아니고 다른 이해관계에 의한 것이므로 이와같은 증여상당액 430,000,000원을 쟁점토지 양도가액에 가산한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

• 가. 법인세법 제59조의2 제3항에서 [양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다.

1. 취득가액

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

3. 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액]라고 규정하고 있고, 동법 시행령 제124조의2 제6항에는 [법 제59조의2 제3항에 규정하는 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다]라고 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목에는 [법 제60조에 규정하는 기준시가의 결정은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지·건물 (다) 제170조 제1항 단서의 경우에는 양도 또는 취득당시의 실지거래가액에 인근지역의 지가상승율을 감안하여 재무부령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액]이라고 규정하고 있고, 동법 시행규칙 제56조의5 제5항 제1호에는 [영 제115조 제1항 제1호 (다)목의 규정에 의한 가액은 다음 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다.

1. 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액 양도당시의 실지거래가액× 이라고 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 부칙 제7조(대통령령 제7464호, 74.12.31 개정)에는 [74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다]라고 규정하고 있고, 국세청 예규(법인 1264. 21-2750, 84.8.27)에는 [75.1.1 이전에 취득한 토지등을 양도하는 경우에 동자산의 취득가액 결정은 법인세법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조에 의하는 것이며 토지등의 거래로서 취득가액 또는 양도가액중 그 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목을 준용하여 기준시가를 결정하는 것이고 양도가액과 취득가액이 모두 확인되는 경우에는 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목을 준용할 수 없는 것이니 그리 아시기 바랍니다]라고 하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인은 취득시 실지거래가액을 알 수 없으니 기준시가에 의해 양도차익을 결정하여야 한다고 주장하였으나, 청구법인이 이 건 심사청구시 제출한 72.7.26 서울시와의 토지교환계약서에는 교환 전 토지(중구 OOO O가 OOOOO 대지 121.6평)는 76,720,000원으로 하고 쟁점토지는 55,932,000원으로 정하여 교환차액은 현금으로 정산한다라고 명시되어 있어 전시한 법인세법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조에 의한 때 쟁점토지의 75.1.1 현재의 기준시가는 80,010,000원이고 74.12.31까지의 물가상승감안액은 94,365,600원(76,720,000원 123% = 94,365,600원)으로 쟁점토지의 취득가액은 그 중 큰 금액인 94,365,600원으로 하여야 할 것이나 이 경우는 처분청이 당초 환산가액으로 결정한 385,999,999원으로 하여 양도차익을 산정하는 경우보다 청구법인에게 불이익하게 되므로 위 청구주장은 받아들일 수 없고,

• 나. 청구법인은 쟁점토지상의 건물 280평(가액 430,000,000원)을 기증받은 것은 쟁점토지 대금의 성질이 아니라 기타 이해관계에 의한 이유등으로 기증받은 것이므로 기증건물가액을 쟁점토지 양도가액에 가산한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 법인세법 제59조의2 제1항에서 [특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물과 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다]고 규정하고 있고, 제2항에서 [‘양도’라 함은 토지등에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 다만 법인의 합병 또는 조직변경으로 인하여 소유권이 이전되는 경우 및 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 아니한다]라고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인이 쟁점토지상에 건축허가를 받아 건축설계비등 150,000,000원을 지출한 상태에서 쟁점토지와 함께 양도한 매매계약서를 보면 쟁점토지와 동 건축허가권을 3,430,000,000원으로 약정하여 청구외 OO개발주식회사에 양도한다고 되어 있고 동계약서 제6조에 OO개발주식회사는 신축건물을 84.12월말까지 완공하기로 하며 완공과 동시에 지상1개층 560평중 280평은 일금 430,000,000원으로 청구법인에게 분양하며 나머지 280평은 청구법인에게 기증한다. OO개발주식회사는 이를 보증하기 위하여 을회사의 이사회록을 첨부한다]라고 약정되어 있어 청구법인이 기증받은 건물 280평은 그 대가관계로 보여져 전시한 법조문의 ‘부동산에 관한 권리의 양도’에 해당된다 할 것이므로 처분청이 건물기증가액 430,000,000원을 쟁점토지 양도가액에 가산한 것은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 쟁점토지의 취득시기가 74.12.31 이전임을 이유로 양도가액 및 취득가액 쌍방을 기준시가로 산정하여야 한다는 청구주장과 건물기증가액 430,000,000원을 양도가액에서 제외하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 있는지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 이 건 특별부가세 과세표준금액을 계산함에 있어 쟁점토지의 양도가액과 취득가액의 산정이 적법한지의 여부에 대하여 살펴본다. 관계법령규정을 보면 법인세법 제59조의2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서 동법 시행령 제124조의2 제6항에서는 “법 제59조의2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의2에 규정하는 토지등으로서 74.12.31 이전에 취득한 것은 75.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며 동법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가. 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정하고 있어 74.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있고, 이 건 사실관계를 보면 청구법인이 쟁점토지를 72.7.27 서울특별시로부터 교환 취득하여 84.3.31 OO개발주식회사에 양도하고 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점토지의 양도가액을 실지거래가액(3,430,000,000원)으로 하고 취득가액을 의제취득일인 75.1.1 현재의 기준시가(288,795,567원)로 하여 특별부가세 과세표준금액을 계산한 데 대해 처분청은 89.8.17자 경정처분시 쟁점토지의 실지양도가액을 3,860,000,000원(계약서상의 쟁점토지양도금액 3,430,000,000원과 쟁점토지상의 신축건물중 기증분 430,000,000원의 합계금액)으로 보아 쟁점토지의 양도가액은 실지거래가액(3,860,000,000원)으로 하고 취득가액은 실지양도가액을 기준으로 환산한 가액(385,999,999원)으로 결정하여 특별부가세 62,870,490원 및 동방위세 17,870,230원을 추가고지 하였음이 등기부등본, 법인세신고서류 및 경정결의서등에 의하여 확인되고 있다. 살피건대, 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액을 적법하게 산정하였는지에 대하여 보면 취득시기가 74.12.31 이전인 쟁점토지의 취득가액은 전시한 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조 및 동법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조의 규정에 의하여 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가하여야 하나 그 시가를 알 수 없는 때에 해당되므로 75.1.1 현재의 기준시가로 산정하여야 할 것이며(74.12.31 이전의 장부가액에 그 취득일로부터 74.12.31까지의 도매물가상승부분을 합산한 가액이 큰 경우에는 그 가액이 되나 쟁점토지의 경우 취득일로부터 74.12.31까지의 물가상승감안가액은 68,796,360원(55,932,000원×123%)으로서 75.1.1 현재의 기준시가 80,010,000원 보다 적으므로 결국 75.1.1 현재의 기준시가가 취득가액이 되는 것으로 보아야 함), 법인세법 제59조의2 제3항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하면서 동법 시행령 제124조의2 제6항에서 위의 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정된 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을 뿐 법인세법과 동법 시행령 어디에도 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1, 2호(국가·지방자치단체와의 거래, 부동산투기거래)의 거래에 대한 양도차익계산방법을 규정한 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서와 같은 조항(환산가액)이나 소득세법 시행령을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준계산방법을 규정한 위 법인세법 및 동법 시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래유형이 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1, 2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 동법 시행령 동조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다.[동지대법원판결: 88누6269(88.12.13)] 또한 대법원판례와 최근의 심판결정례에서도 법인세법 제59조의2 제3항에서 “양도가액과 취득가액이 불분명하여 기준시가에 의하는 경우”라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견지하여 왔음을 알 수 있는 바, 결국74.12.31 이전에 취득한 자산의 경우 74.1.1 현재의 시가를 알 수 있다면 그 시가가 실지취득가액이 되므로 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나 그 시가를 알 수 없다면 75.1.1 현재의 기준시가(또는 물가상승감안가액이 기준시가보다 큰 경우에는 물가상승감안가액)에 의하여 취득가액을 경정하여야 할 것이며 양도가액 역시 기준시가에 의하여야 한다고 해석하는 것이 위 관계법령, 부칙규정 및 판례의 취지등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다.[동지 대법원판례 86누935(86.10.28), 86누671(87.10.26), 심판결정 88서1427(89.2.5), 88전1653(89.3.22)] 그렇다면 74.12.31 이전에 취득하고 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 쟁점토지의 경우에는 취득가액을 75.1.1 현재의 기준시가로 하고 양도가액 역시 양도당시의 기준시가로 하여 양도차익을 산정하는 것이 적법타당하다 할 것이다. 그러나 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가로 하여 양도차익을 산정하는 경우에는 이 건 심판청구의 대상이 된 고지세액을 초과하여 청구법인이 자진납부한 세액까지를 취소(환급)하게 되는 바, 자진신고납부한 세액이 착오등으로 과다납부되었다는 이유로 한 환급청구는 행정심판 또는 행정소송의 대상이 될 수 없으므로[대법원의 전원합의부판결 88누6436(89.6.15)과 당심판결정(88서1302, 89.3.2)] 이 건의 경우 경정처분에 의한 고지세액만을 취소하는 것이 적법하다고 판단된다. 한편 청구법인은 건물기증가액 430,000,000원을 쟁점토지 양도가액에서 제외하여야 한다고 주장하고 있으나 이 부분 청구주장은 결과적으로 심리의 실익이 없으므로 심리하지 아니한다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.