토지를 양도받은 산업기지 개발사업시행자가 특별부가세 면제신청을 하지 아니한 경우에도 법인세 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부와 예비적 청구로서 양도자산의 취득가액을 교환계약에 의하여 새로 취득하는 자산의 가액으로 할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 자기소유 부동산인 울산시 중구 OO동 OOOOO, OOOOO, OOOOO 등 3필지 토지(田) 합계 2,849평방미터를 89.4.30 당해 지역의 산업기지개발사업 시행자인 청구외 주식회사 OOOO산업 소유의 같은동 OOOOO, OOO 등 2필지 토지(田) 합계 2,976평방미터와 교환한 사실이 있는 바, 처분청은 청구법인의 이 건 토지의 양도에 대하여 양도가액은 당해 토지의 감정가액으로 하고, 취득가액은 실지거래가액인 법원 경락가액으로 하여 90.7.2 청구법인의 88.7-89.6 사업년도분 법인세 90,020,280원 및 동방위세 15,024,240원을 과세하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 토지를 산업기지개발사업 시행자에게 양도한 것이므로 조세감면규제법 제57조 제1항 제5호 규정의 특별부가세 면제대상이며, 설사 과세하더라도 이 건 토지의 양도 및 취득가액은 법인세법 기본통칙 7-2-6...59의 2에 따라 경정하여야 함으로 양도토지의 취득가액은 교환으로 인하여 자기가 취득하는 토지등의 교환당시의 정상가액으로 결정하여야 한다고 주장한다.

3. 국세청장 의견 조세감면규제법 제57조 제1항 제5호 및 동법 동조 제3항과 동법시행령 제47조 제1항은 산업기지개발촉진법에 의한 기지개발구역내의 토지를 당해 기지개발구역사업시행자에게 양도하는 경우는 당해사업시행자가 세액면제신청서를 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출한 경우에 한하여 양도자의 특별부가세를 면제하도록 규정되어 있고, 법인세법 기본통칙 7-2-6...59의2는 “토지등을 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 토지등의 취득가액은 다음과 같이 계산한다.” “제1호, 양도가액은 교환으로 인하여 자기가 양도하는 토지등의 교환당시의 정상가액 제2호, 취득가액은 교환으로 인하여 자기가 취득하는 토지등의 교환당시의 정상가액”으로 규정되어 있는 바, 이 건의 경우 경남 울산시 중구 OO동 OOO 일원에 유통업무시설부지조성 사업시행자로 지정된 청구외 주식회사 OOOO산업이 89.4.30 청구법인으로부터 이 건 토지를 취득하고도 조세감면규제법 제57조 제3항에 의해 특별부가세액 면제신청서를 제출하지 아니한 사실에는 다툼이 없으므로 전시 규정에 따라 특별부가세를 과세한 처분은 잘못이 없으며, 전시한 법인세법 기본통칙 7-2-6...59의2에 따라 토지의 양도에 따른 특별부가세 과세표준계산시 양도가액의 결정은 양도하는 토지의 교환당시 정상가액으로서 한국감정원의 감정가액인 182,336,000원으로 하고 취득가액은 법원으로부터 경락받은 가액으로서 실지거래가액인 25,994,560원으로 결정한 처분은 잘못이 없다는 의견이다.(청구법인은 법인세법 기본통칙 7-2-6...59의2의 규정을 이 건 토지와 교환받아 새로이 취득한 울산시 중구 OO동 OOOOO 전 1,637평방미터 및 같은동 OOO 소재 전 1,339평방미터의 취득가액인 한국감정원 감정가액 175,882,000원을 양도한 토지의 취득가액으로 한다는 것으로 오해하여 이 건 청구한 것으로 보여진다)

4. 쟁점 이 건 토지를 양도받은 산업기지 개발사업시행자가 특별부가세 면제신청을 하지 아니한 경우에도 법인세 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부와 예비적 청구로서 이 건 양도자산의 취득가액을 교환계약에 의하여 새로 취득하는 자산의 가액으로 할 수 있는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단 먼저, 법인세 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부에 대하여 본다. 조세감면규제법 제57조(공공 사업용 토지등에 대한 양도소득세등 면제) 제1항 제5호, 제3항 및 동법 시행령 제47조 제1항 제3호의 규정을 보면, 산업기지 개발촉진법에 의한 기지개발구역내의 토지등을 당해 기지개발구역 사업시행자에게 양도하고 그 사업시행자가 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 사업년도의 과세표준 신고기한까지 세액면제를 신청하는 경우에 한하여 당해 기지개발구역내의 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 법인세특별부가세를 면제하는 것임을 알 수 있는 바, 이 건의 경우, 청구법인이 산업기지개발 사업시행자인 청구외 주식회사 OOOO산업에게 당해 기지개발구역내의 이 건 토지를 양도한 사실, 당해 사업시행자인 위 법인이 법인세 특별부가세 면제신청을 하지 아니한 사실을 인정할 수 있고 이에 대하여는 다툼이 없다. 사실이 이러하다면, 산업기지 개발사업시행자인 위 법인이 이 건 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 위 법령의 규정에 의하여 법인세·특별부가세 면제신청을 한 사실이 없으므로 법인세 특별부가세를 과세한 처분은 적법하다 할 것이다. 다음, 이 건 토지의 취득가액을 교환에 의하여 새로 취득하는 토지의 취득가액으로 할 수 있는지 여부에 대하여 본다. 청구법인이 산업기지 개발사업시행자인 위 법인과 89.4.20 교환계약을 체결하고 이 건 토지를 양도하고 새로운 토지를 취득함에 있어서 한국감정원 울산지점이 같은해 3.31을 가격시점으로 이 건 토지와 교환에 의하여 청구법인이 새로 취득할 전시 토지에 대하여 182,336,000원과 175,882,000원으로 각각 감정하였던 바, 청구인이 양도하는 이 건 토지의 감정가액이 약간 높긴 하지만 면적에 있어서는 오히려 새로 취득하는 토지가 약간 큰 사실을 알 수 있다. 그렇다면 청구법인이 이 건 토지를 교환함에 있어서 청구법인이 이 건 토지를 한국감정원 감정가액에 의하여 소유권을 이전할 것을 당해 사업시행자인 위 법인과 합의함으로써 교환된 것으로 인정되며, 따라서 당해 감정가액 182,336,000원을 실지거래가액으로 인정할 수 있다(국심 83광 1143, 83.8.4, 법인세법 기본통칙 7-2-6...59의2, 국세청 예규 재산 01254-1423, 86.5.1 동지)할 것이다. 한편, 청구법인은 교환에 의하여 새로 취득한 토지의 가액 175,882,000원이 이 건 양도한 토지의 취득가액이라고 주장하나, 이는 새로 취득한 토지의 취득가액일 뿐 이 건 양도한 토지의 취득가액이라 할 수 없으며, 반면에 이 건 토지의 취득가액은 실지거래가액인 법원경락 가액 25,994,560원이 밝혀지고 있으므로 이를 취득가액으로 하여야 할 것이다. 따라서 처분청이 법인세법 제59조의2(과세표준) 제3항의 규정에 의하여 양도 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 과세한 이 건 처분은 아무런 잘못이 없다 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.