제주시의 기부 승인금액을 시가로 보아 과세한 당초 처분의 당부(취소)

[주 문] 제주세무서장이 90.1.5 청구법인에게 결정고지한 87년 제2 기분 부가가치세 100,093,970원과 88.1.1-88.12.31 사업년도분 법인세 260,838,430원 및 동방위세 52,360,890원의 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 제주시 OOO동 OOOO상가 관리사무소에 본점을 두고 OO개발(주)라는 상호로 부동산 임대업을 영위하는 법인으로서 청구법인은 81.11.15 제주시장과 ‘OO로타리 지하 광장 및 제1·2호 지하도 시설공사’에 관한 협약을 체결하고 1차 건설분 공사규모 3,815평방미터는 건설 원가가 2,786,839,290원이 소요되었으며(83.11.30 준공하여 83.12.26 제주시에 기부체납하고, 사용기간은 83.12.1～2001.11.30), 2차 건설분 공사규모 2,873.5평방미터는 건설원가가 2,756,890,360원이 소요되어(87.11.14 준공으로 88.11.14 기부체납하고, 사용기간은 87.10.21～2007.10.20) 공사원가 합계는 5,543,729,650원임에도 처분청에서는 청구법인이 당초 지하도 건설계획시 추정했던 공사비를 공사원가로 하여 정산서를 작성하고 동 정산서를 제주시장에게 제출하고, 제주시장은 그대로 승인한 금액인 7,127,437,598원(1차 공사분 3,531,800,000원, 2차 공사분 3,595,637,598원)과의 차액에 대해, 이 건 처분을 하자, 청구법인은 이에 불복하여 심사청구를 거쳐 90.6.22 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 처분청은 기부체납자산의 부가가치세 과세표준산정시 청구법인이 제주시에 제출한 기부서의 금액을 기준으로 과세하였으나 이는 공사의 추정비용이지 실제공사원가가 아니며 더욱이 동 가액은 감정기관의 평가에 의한 감정가액이 아니므로 시가가 될 수 없는 것이며, 청구법인이 실제 투입한 공사비를 계상한 장부가액을 시가로 보아 이를 부가가치세 과세표준으로 하여야 하며, 청구법인의 기부체납행위는 지방자치단체에 기부한 경우이므로 그 기부자산가액은 장부가액 즉 건설공사 원가로 보아야 함에도 제주시의 기부서 금액에 의거한 가액을 기부자산 가액으로 본 것은 부당하고, 청구법인은 지하도를 건설하여 기부하는 반대급부로 그 기부자산의 사용수익권을 얻은 것이므로 자산누락으로 볼 수 없음에도 자산누락으로 본 것은 부당하고 설사 자산누락이라도 그 가액은 장부가액을 기준으로 하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이 건 청구법인이 제주시에 제출한 기부서의 금액으로 제주시에서는 기부체납자산으로 귀속시켰으며, 또 동 금액으로 무상사용허가기간 산정기준이 되었으며, 공사원가는 어디까지나 원가이지 시가로 볼 수 없는 것이고, 제주시에 무상으로 기부체납 자산을 기부한 것이 아니므로 당초 처분청이 제주시의 승인금액을 시가로 보아 이 건 처분을 하였음은 정당하다고 판단되며, 다음으로 기부체납일이 83.12.24, 88.10.6이니 이 건 법인세는 83년, 88년도로 하여 결정하여야 한다는 주장에 대하여는 이 건 부산지방국세청의 감사지적서에서 제주시 회신이(제주시 회계 22631-5270, 88.5.19) 88년에 있은 것임을 알 수 있으므로 당해 년도인 88사업년도에 자산누락으로 익금 산입하고 기부자산 상각을 하였음은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 제주시의 기부 승인금액을 시가로 보아 과세한 당초 처분의 당부에 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 이 건 처분경위를 보면 청구법인은 제주시장과의 ‘OO로타리 지하광장 및 제1·2호 지하도 상가 겸용 시설공사’에 관한 협약을 체결하고 원가절감을 하여 1차 건설분(83.12.26 제주시에 기부체납, 장부가액 2,786,839,290원)과 2차 건설분(88.10.3 제주시에 기부체납, 장부가액 2,756,890,360원)의 공사원가가 5,543,729,650원이 소요된 것으로 기장·신고 납부하였으나 처분청은 88.5.12 제주시장에게 기부체납된 자산에 대한 자료를 협조 의뢰하는 공문(법인 22631-1286, 88.5.12)을 발송하여 이에 대한 제주시장의 회신 공문(회계 22631-5276, 88.5.19)에 기재된 기부자산가액(83.12.26 기부된 재산가액: 3,531,800,000원, 87.11.14 기부된 재산가액: 3,595,637,598원)을 확인한 후 동 제주시장의 회신가액과 청구법인이 주장하는 공사원가 즉 기장된 장부가액에 차이가 있자 동 차액 1,583,707,948원(83: 744,960,710원, 87: 7,127,437,598원)에 대 한 부가가치세를 결정 고지(83년분은 시효 소멸로 미고지)함과 동시에 자산(시설물 무상 사용수익권)누락이라는 사유로 이 건 법인세 및 방위세를 결정고지 하였음을 알 수 있고 이에 대하여 청구법인은 제주시에서 처분청에 회신된 기부자산가액은 장부를 마감치 않은 상태에서 제주시에 제시한 공사비 추정금액으로서 공사원가가 아니므로 청구법인이 기장하여 신고한 장부가액을 시가로 보아야 한다는 주장이므로 우선 부가가치세 부과 처분의 당부를 살펴본다. 부가가치세법 제6조 제1항의 규정에 의하면 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것”이라고 규정하고 있고, 또한 사업자가 신축한 건물을 국가등에 무상으로 사용할 것을 조건으로 기부체납하는 것은 동 건물의 인도대가로서 일정기간 동 건물을 사용할 수 있는 권리를 취득한 것으로 보아 부가가치세가 과세되는 것(재무부 소비 22601-403, 87.5.18 동지임)이므로 이 건 쟁점 시설물을 제주시에 기부 체납한 것은 부가가치세 과세대상임을 알 수 있으며(이에 대하여 다툼이 없음) 다만 이때의 부가가치세 과세표준이 무엇인가에 대하여 보면 예규(국세청 부가 22601-1797, 87.8.31)에 “기부체납자산의 과세표준 계산은 기부체납하는 목적물을 실질적으로 인도하거나 사용가능할 때의 시가를 과세표준금액으로 하는 것”이라고 되어 있으며, 선결정례(88전 471, 88.6.30)에서는 기부체납자산의 과세표준은 신축에 소요된 비용으로 함이 타당하다고 되어 있어 시가 즉 신축에 소요된 비용을 과세표준으로 하여야 하므로 이 건의 경우 제주시에서 처분청에 회신한 기부자산가액과 청구법인이 공사원가를 기장한 장부가액중 어느 것이 시가 즉 신축소요비용인지를 본다. 제주시에서 처분청에 회신한 기부자산가액(7,127,437,598원)은 83.12.26 청구법인이 제주시장에게 82.11.28 착공하여 83.11.30 준공한 OO로타리 지하도 광장을 기부체납하고 그 반대급부로 무상사용허가신청시 제출한 정산내역서에 기재된 금액(3,531,800,000원)과 87.11.3 청구법인이 제주시장에게 OO로 제2호 지하도 (상가 겸용)조성사업이 완료됨에 따라 준공검사요구시 제출한 정산서에 기재된 금액(3,595,637,598원)의 합계액으로서 이는 장부가 마감(83사업년도분 마감일: 84.1.31경, 87사업년도분: 88.1.31경)되지 않은 상태에서 당초의 쟁점 기부체납자산에 대한 설계도면에 의거 공사비를 추정, 산출한 금액이라고 주장하고 있어 이를 확인한 바 위 정산내역서 제출시기로 보아도 동 시설물 준공후 또는 준공요구시인 83.12.26과 87.11.3 기부와 동시에 무상사용허가신청에 필요하여 제출한 것으로서 이때는 청구법인이 공사원가에 대한 장부를 마감하지 않은 시기이며 정산서상 83년도 건설 공사내역서를 보면 토목공사비 1,909,663,000원, 건축공사비 746,900,000원, 전기공사비 234,000,000원, 소화위생 설비 241,200,000원 전기사용료 9,232,000원, 수도사용료 1,705,000원, 부가가치세 314,300,000원, 설계 및 감리비 61,600,000원, 은행지불보증료 13,200,000원, 합계 3,531,800,000원으로 되어 있으나 청구법인이 공사원가를 기장한 장부가액은 도급공사비 2,300,000,000원, 보수공사비 28,484,755원, 부대시설비 69,999,998원, 간판대 9,454,545원, 감가상각비 12,116,454원, 기타 공사관리비 169,787,045원, 설계감리비 62,028,431원, 지급보증료 13,749,901원, 기부금 48,282,727원, 임직원 급여 63,241,000원, 지급이자 9,694,434원, 합계 2,786,839,290원으로 되어 있으며 87년도 건설공사내역서도 이와 유사한 내용이어서 이를 비교하여 보면 공사항목상으로도 청구법인의 장부와는 상이하며 공사정산서에는 일단 부가가치세도 계상하여 보았고 더욱이 이 건 주요공사는 OO건설(주)에 2,300,000,000원에 도급을 주어 공사한 것이 도급계약서 및 장부에 의거 확인되고 있으며 금액도 전부 상이한 점등으로 보아 제주시에서 기부자산가액으로 본 것은 청구법인이 설계 도면에 의거 공사비를 추정, 산출한 금액으로 이는 정산내역서상의 공사금액에 불과한 것으로 보아진다. 다음으로 청구법인이 주장하는 장부가액 즉 기장된 공사원가 5,543,729,650원(83: 2,786,839,290원, 84: 2,756,890,360원)에 대하여 보면 83년도에 건설한 기부자산의 공사원가는 건설가계정에 기입하였다가 동 공사원가 2,786,839,290원을 83.12.30 기부자산으로 자산계정에 대체하였으며 이를 대차대조표상에 기타 자산항목중 기부자산으로 2,786,839,290원을 계상하였다가 상각하였고, 87년도에 건설한 기부자산의 공사원가는 건설가계정에 기입하였던 2,756,890,360원을 직접 손익계산서 기부자산 상각계정으로 대체 결산하였음이 청구법인 제시 장부 및 결산서에 의거 확인되고 있으며 청구법인은 83～88사업년도에 비치·기장된 장부에 의거 법인세 과세표준 및 세액신고납부를 하였고 이에 대하여 처분청에서 동 공사원가를 가공원가로 보아 경정한 바도 없음이 법인세 과세표준 및 세액 결정결의서에 의거 확인되고 있으며 일반적으로 공사원가는 손금계상대상금액으로서 이를 과소 계상할 하등의 이유가 없는 점등으로 미루어 보아 이 건 기부자산의 실지 신축소요비용은 청구법인이 비치·기장한 공사원가 즉 장부가액 5,543,729,650원(83: 2,786,839,290원, 87: 2,756,890,360원)이라고 보여진다. 위의 내용들을 종합하여 볼 때 제주시에서 처분청에 회신된 기부자산가액은 장부를 마감치 않은 상태에서 설계도면에 의거 공사비를 추정, 산출하여 제주시에 제시한 금액에 불과하며 청구법인이 쟁점 기부자산을 신축하는데 실지 소요된 비용 즉 실지공사원가는 청구법인이 비치·기장한 장부가액이 시가이므로 이를 부가가치세 과세표준으로 과세하여야 할 것이다. 따라서 청구법인이 비치·기장한 장부가액(공사원가)에 대하여는 기 부가가치세를 추징하였음에도 불구하고 이 건 처분에서 제주시에서 회신한 기부자산가액과 청구법인의 장부가액(공사원가)에 차이가 난다는 이유로 동 차액에 대한 부가가치세를 추징한 당초 처분은 부당한 반면 청구주장은 이유있다고 판단된다. 다음으로 법인세 및 동방위세 부과 처분에 대하여 살펴보면, 처분청은 제주시에서 회신한 기부자산가액과 청구법인이 법인세 과세표준 및 세액신고시 신고한 금액 즉 장부가액에 차액이 발생한다 하여 동 차액을 자산누락으로 인정, 익금가산 과세하였으나, 위에서 심리한 바와 같이 청구법인이 비치·기장한 장부가액이 실지공사원가임에도 제주시에서 처분청에 회신한 기부자산가액과 청구법인의 장부가액과의 차액을 자산누락으로 인정, 동 금액을 익금 산입, 과세한 당초 처분은 부당한 반면 청구주장은 이유있다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국OO본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.