[요지] 수입누락금액에 해당하는 당해공사는 청구법인의 대표자가 법인명의를 빌어 공사를 한 것으로 보이는 바, 그 공사원가는 대표자개인이 부담한 것으로 보는 것이 무리없는 판단이라 할 것이다.그렇다면 이건 청구법인의 대표자에게 귀속된 금액은 공사수입누락금액78,346,365원에서 공사원가 73,645,500원을 공제한 4,700,865원이라 할 것이므로 처분청이 공사수입누락금액 78,346,365원 전액을 대표자 인정상여소득으로 하여 청구법인에게 원천징수분 갑종근로소득세를 과세한 처분은 부당함
[주 문] 경주세무서장이 90.2.23 청구법인에게 원천징수분 갑종근로소득세 30,775,190원 및 동방위세 6,166,040원을 부과한 처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 경정조사결과 청구법인이 87.4.1-88.3.31사업년도에 공사수입 78,346,365원을 신고누락한 사실이 발견되자 수정신고기한을 경과한 89.1.17자로 수입누락금액 78,346,365원을 익금산입하고, 공사원가 73,645,500원을 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 수정신고한데 대하여, 처분청은 공사수입누락액에 대응하는 부외원가가 있었다고 인정할 근거가 없고, 설사 부외원가가 있었다 하더라도 대법원판결 취지로 볼 때 익금에 산입한 공사수입누락금액 78,346,365원 전액을 대표자 상여로 처분하여야 한다는 이유로 공사수입누락금액 78,346,365원 전액을 대표자상여로 처분하여 90.2.23 청구법인에게 원천징수분 갑종근로소득세 30,775,190원 및 동방위세 6,166,040원을 부과한 바, 청구법인은 이에 불복하여 90.3.20 이의신청과 90.6.15 심사청구를 거쳐 90.9.21 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 청구법인은 건설업을 영위하는 영세법인으로 87.4.1-88.3.31 사업년도에 공사수입누락금액 78,346,365원이 발견되어 동 공사수입누락금액에서 그 대응원가 73,645,500원을 차감한 소득금액 4,700,865원을 대표자에게 상여처분하여 갑종근로소득세를 납부하였는데도 처분청은 동 사업년도의 공사수입누락금액 78,346,365원 전부를 대표자에게 상여처분하여 갑종근로소득세를 과세하였는 바, 법인세 기본통칙 4-4-15....(32)에 의하면 『법인세 과세표준을 수정신고하는 경우 익금에 산입한 금액은 그 실질내용에 따라 영 제94조의2의 규정에 의하여 처분한다』고 규정되어 있을 뿐 아니라 공사이익(공사수입-공사원가)만을 상여처분하는 것이 실질과세원칙의 법리상 타당하다 할 것이므로 처분청이 공사수입누락금액에서 공사원가를 차감한 4,700,865원을 대표자에게 상여처분하지 아니하고 공사수입누락금액 78,346,365원 전액을 대표자에게 상여처분하여 청구법인에게 원천징수분 갑종근로소득세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이다.
3. 국세청장 의견 법인세법시행령 제94조의2 제1항에 의하면 『법인세의 과세표준을 신고하거나 법 제32조 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 다음 각호의 규정에 의한다. 제1호·익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다』고 규정하고 있고, 법인세법 기본통칙 4-4-12....32(매출누락액등의 상여처분)에서 『각사업년도의 소득금액 계산상 익금에 산입하는 매출누락액등의 익금은 다음 각호에 게기하는 경우를 제외하고는 그 총액을 대표자에 대한 상여로 처분한다. 1호. 법 제17조 제2항 단서의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액 2호. 외상매출금 계상누락 3호. 전 각호에 준하는 금액으로서 사실상 유출되지 아니하였음이 입증되는 금액』이라고 규정하고 있다. 따라서 이 건 사실관계를 살펴보면, 처분청은 청구법인이 87.4.1-88.3.31사업년도 귀속분 매출누락 78,346,365원이 발견되자 부가가치세를 경정결정하였고, 또 청구법인이 88.11.28 동 매출누락금액에 대한 경주세무서장의 법인세 서면분석검토결과에 대한 안내공문을 받고서 법정기한인 88.12.14을 경과한 89.1.17자로 법인세 과세표준 및 세액 수정신고를 하였고 그 수정신고 내용중에 익금가산한 매출누락 78,346,365원에서 매출원가 73,645,500원을 차감한 4,700,865원을 대표자 상여처분하고 동 갑종근로세를 원천징수 납부하자 매출누락금액 78,346,365원 전액에 대하여 익금가산 대표자 상여처분하고 동 상여처분금액에 대하여 원천징수 납부할 갑종근로소득세를 결정고지하였음을 관계기록에 의해 알 수 있다. 따라서 이 건 매출누락에 대응하는 부외원가가 있었음을 입증하는 구체적인 증빙없이 단순히 세무조정 계산서상에만 대응원가 73,645,500원이 있다고 기재한 명세서만으로는 청구주장을 받아들일 수가 없다 하겠으며 처분청이 전시 규정에 따라 매출누락 78,346,365원 전액에 대하여 익금가산하고 대표자 상여처분하여 동 상여금액에 대하여 원천징수 납부할 갑종근로소득세를 과세한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.
4. 쟁점 공사수입누락금액 78,346,365원 전액을 대표자에 대한 상여로 처분하여 청구법인에게 원천징수분 갑종근로소득세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다 하겠다.
5. 심리 및 판단 이 건 처분내용과 청구주장을 보면, 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 경정조사결과 청구법인이 87.4.1-88.3.31 사업년도에 주식회사 OOO산업 OOO동사옥 더파기공사 수입 11,500,000원, 주식회사 OOO엔지니어링 OOO제지 폐수처리장 토목공사수입 6,000,000원, 경보폐수처리장 토목공사수입 5,700,000원, OOO환경주식회사 OOO능산 폐수처리장 토목공사수입 12,000,000원, OOO주식회사 OOO지사 지사분실 이중문 설치공사수입 8,818,182원, 부산지방철도청 부산기관차사무소 보수공사수입 13,181,819원, 부산지방철도청 OOO터미널 감시초소 신축공사수입 7,420,909원, 부산지방 철도청 OOO종사원 숙소보수공사수입 13,725,455원, 합계 78,346,365원의 공사수입금액을 청구법인이 비치기장하고 있는 장부에 기장하지 아니한 사실이 발견되자 청구법인은 공사수입누락금액 78,346,365원을 익금가산하고 이에 대응하는 공사원가 73,645,500원을 손금가산하여 법인세 과세표준을 수정신고하는 한편 공사수입누락금액 78,346,365원에서 공사원가 73,645,500원을 공제한 4,700,865원을 대표자에 대한 상여로 처분하여 원천징수분 갑종근로소득세를 납부하였는데 처분청은 공사수입누락금액에 대응하는 부외원가가 있었다고 인정할 근거가 없을 뿐 아니라 부외원가가 있다 하더라도 대법원판례에 비추어 볼 때 공사수입누락금액 78,346,365원 전액을 대표자에 대한 상여로 처분하여야 한다는 이유로 공사수입누락금액 78,346,365원 전액을 대표자에 대한 상여로 처분하여 청구법인에게 대표자상여금액에 대한 원천징수분 갑종근로소득세를 부과처분하였음을 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 법인세기본통칙 4-4-15...(32) 및 실질과세근거규정을 들어 대표자인정상여소득은 공사수입 누락금액 78,346,365원에서 공사원가 73,645,500원을 공제한 차액 4,700,865원으로 하여 그에 대한 원천징수분 갑종근로소득세를 부과처분하여야 한다고 주장하고 있음을 알 수 있다. 살피건대, 법인세법 제32조 제5항에서 『법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제94조의2 제1항 제1호에서는 『익금에 산입한 금액이 사외유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여, 배당, 기타소득, 기타사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다』고 규정하고 있으며, 대법원은 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기장하지 아니한 경우에는 다른 특별한 사정이 없는한 원가상당액(대응경비)까지 포함된 매출누락금 전액을 대표자에 대한 상여로 처분하여야 한다고 판시하고 있는 바, 법인에게 매출누락금액이 있을 경우에는 원칙적으로 그 금액전액이 대표자에게 귀속되었다고 보아 대표자에 대한 상여로 처분함이 타당하다 할 것이나, 다만 법인의 대표자가 대표자 개인자금으로 법인명의로 상품을 매입하여 판매함으로서 매출이익이 있는 경우에는 법인의 손익계산상 익금에 가산할 금액은 매출액에서 매출원가를 공제한 차액인 소득이며 이를 장부에 계상하지 아니하여 사실상 대표자에게 귀속되었다 하더라도 매출액에서 매출원가를 공제한 차액만이 대표자에게 귀속되었다 할 것이므로 대표자 인정상여소득은 동차액소득만이라 할 것이다. 이 건의 경우 청구법인이 87.4.1-88.3.31사업년도 장부에 기장한 공사수입은 154,692,982원이고 공사원가는 146,446,643원으로서 공사수입누락금액 78,346,365원에 대한 청구주장 부외원가 73,645,500원을 인정하지 아니할 경우 청구법인의 87.4.1-88.3.31 사업년도 총공사수입금액은 233,039,347원이 되고 총 공사원가는 146,446,643원이 되어 청구법인의 공사수입금액에 대한 원가비율이 62.8%에 불과하여 청구법인과 동일업종의 전국평균 원가비율 88.3%와 현격한 차이가 있음을 볼 때 이 건 공사수입누락금액 78,346,365원에 대응하는 부외원가의존재사실이 인정되고 이 부외원가의 구체적내용은 노무비, 복리후생비, 소모품비로서 총 73,645,500원임이 일용노무비 지급대장, 간이세금계산서, 영수증등에 의해 확인되며, 또한 청구법인은 87.4.1-88.3.31 사업년도 총공사수입이 신고누락수입금액을 합하여 233,039,347원에 불과하고 86사업년도에는 공사수입 141,606,493원·당기순이익 3,257,087원, 85사업년도에는 공사수입 71,707,680원·당기순이익 12,543,197원, 84사업년도에는 공사수입 62,676,364원·당기순이익 △946,368원, 83사업년도에는 공사수입 20,160,827원·당기순이익 △15,776,355원에 불과한 영세건설업체인 점, 2차의 부도발생 및 국세(법인세, 부가가치세)의 체납사실등에 미루어 청구법인에게 부외자산이 있었던 것으로 믿어지지 아니하는 점, 청구법인의 상시근로인원은 대표자외에 토목기사1인뿐(공사를 수주한 경우 일용근로자를 모집하여 시공)인 점, 청구법인의 제장부(자산부채원장, 원가경비장, 금전출납부)를 살펴보아도 청구법인이 공사수입누락금액에 대한 공사원가 73,645,500원을 부담한 것으로 인정할만한 근거가 발견되지 아니하는 점등으로 비추어 볼 때 이 건 수입누락금액에 해당하는 당해공사는 청구법인의 대표자가 법인명의를 빌어 공사를 한 것으로 보이는 바, 그 공사원가는 대표자개인이 부담한 것으로 보는 것이 무리없는 판단이라 할 것이다. 그렇다면 이건 청구법인의 대표자에게 귀속된 금액은 공사수입누락금액78,346,365원에서 공사원가 73,645,500원을 공제한 4,700,865원이라 할 것이므로 처분청이 공사수입누락금액 78,346,365원 전액을 대표자 인정상여소득으로 하여 청구법인에게 원천징수분 갑종근로소득세를 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.
6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.