[주 문] OO세무서장이 90.1.3 청구법인에게 고지한 87년 제2기분 부 가가치세 82,327,440원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 경북 OO시 OO동 OOOOO에서 87.11.20부터 군용낙하산을 제조하던 방위산업체인 청구외 법인 OOOOOO주식회사의 OO공장을 인수하여 현재까지 운영하는 법인으로서 위 OO공장을 인수할 당시 동 공장의 기계장치, 재공품, 원재료등의 잔여동산(이하 “잔여동산”이라 한다)을 인수받고 87.11.20자 위 청구외 법인 OO공장이 청구법인에게 교부하는 세금계산서(공급가액 748,431,359원, 세액 74,843,135원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 받아서 88.1.25 청구법인의 87년 제2기분 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서를 처분청에 제출하고 해당매입세액을 88.4.2 환급받은 바 있으나 처분청은 89.1.3 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 해당매입세액은 불공제대상이라고 인정하여 87년 제2기분 부가가치세 경정결의에 따라 이 건 부가가치세 82,327,440원을 고지하였고 청구법인은 위 처분에 대하여 쟁점세금계산서는 위 청구외 법인 OO공장으로부터 잔여동산을 정히 공급받고 정당하게 교부받은 세금계산서이므로 해당 매입세액은 마땅히 공제되어야 한다고 주장하면서 90.2.15 심사청구를 거쳐 90.4.25 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 청구법인의 OO공장의 잔여동산을 인수하게 된 경위를 보면, 청구외 법인 OOOOOO주식회사가 87년 10월경에 부도로 인하여 사업을 지속할 수 없게 되어 동 법인이 OO공장의 전 자산을 청구법인의 대표이사인 OOO(개인)이 인수하기로 합의한 후 동 OO공장의 토지·건물은 위 OOO 개인 명의로 소유권이전등기를 하고, 잔여동산은 청구법인(대표이사 OOO)이 인수하게 된 것이며, 청구법인이 위 잔여동산을 인수한 것은 상호 합의에 의한 거래로서 거래상 하자가 없으며, 청구법인은 87.11.20 잔여동산을 인수할 당시 처분청인 OO세무서에 가서 OOOOOO주식회사 OO공장의 폐업사실 여부 및 동 사업자등록상의 하자 여부를 조회하여 아무 이상이 없음을 확인하였고 동 OO공장의 그 당시 근로자대표인 청구외 OOO의 동의를 구하여 인수하였으며 청구법인의 87년 제2기분 부가가치세 확정신고에 대하여 처분청에서는 88.4.2 실지조사에 의하여 쟁점세금계산서를 정당한 세금계산서로 보고 기히 해당 매입세액을 환급결정한 바 있으므로 쟁점세금계산서는 어느모로보나 정당하게 교부받은 세금계산서임에도 처분청이 쟁점세금계산서의 거래당시로부터 2년이 지난뒤에 이를 사실과 다르게 발행된 세금계산서로 인정하여 해당 매입세액을 불공제한 당초처분은 위법부당하다는 주장이다.
3. 국세청장 의견 쟁점세금계산서의 거래경위를 보면, 부도법인인 청구외 법인 OOOOOO주식회사 대표이사 OOO과 청구외 OOOO공업사 OOO간에 위 청구외 법인 OO공장의 전 자산 및 미지급급료등을 인계·인수하기로 하는 합의서를 87.11.10 작성한 후 87.11.12 위 OO공장의 토지 및 공장건물은 위 OOO 개인명의로 소유권이전등기를 하고 위 청구외 법인의 본점사업장을 관할하는 청구외 개포세무서장이 87.10.23 동 법인의 본점사업자등록증을 회수하고 그 사업자등록번호를 직권말소한 후 위 개포세무서장이 OO공장 관할세무서인 처분청에 동 법인의 부도발생사실을 통보한 점등으로 미루어 보아 87.10.20자의 쟁점세금계산서는 그 거래내용이 실지는 위 OOO 개인명의로 이루어진 것인데 나중에 청구법인 명의로 교부받은 것으로 보이며 쟁점세금계산서를 발행한 청구외 법인의 본점이 직권폐업된 이후에 발행된 것이므로 사실과 다른 세금계산서로 인정되어 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분청의 당초처분에 달리 잘못이 없다는 의견이다.
4. 쟁점 청구법인이 부도난 법인의 자산을 인수하고 그 공장명의로 발행된 쟁점세금계산서를 교부받은 경우 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부를 가리는데 이 건의 쟁점이 있다.
5. 심리 및 판단 먼저 관계법령을 살펴보면, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 발행하는 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 정부에 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 규정하고 같은법 시행령 제60조 제2항에서는 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 법 제17조 제2항 제1호에 규정하는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은법 제5조 제4항 및 제5항에서 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 지체없이 정부에 신고하여야 하며 정부는 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다고 규정하고 같은법 시행규칙 제6조 제1항에서는 “법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다”고 규정하고 제2항에서는 “폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조 제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 폐업일로 본다”고 규정하고 있다. 다음으로 처분청의 조사관계서류등에 의하여 이 건 사실관계를 살펴보면, 87.10.21 청구외 법인 OOOOOO주식회사(이하 “부도법인”이라 한다)가 부도를 내자 87.10.23 청구외 개포세무서장은 위 부도법인의 본점 사업자등록번호증을 회수하여 등록말소하고 동 부도법인의 OO공장을 관할하는 처분청에게 부도사실을 통보하였으며, 87.10.31 처분청은 위 부도사실 통보를 받고 동 부도법인의 OO공장의 자산현황을 조사하였으나 동 공장소유자산중 부동산은 83년 이전에 이미 OO은행등에 그 평가액을 초과하는 채권담보로 근저당설정되었고, 잔여동산은 모두 근로자들의 임금 및 퇴직금지급을 위한 대물변제조로 근로자 대표인 청구외 OOO에게 양도하기로 하는 약정서를 87.10.20에 이미 공증한 사실이 있으므로 국세우선권 있는 잔여재산이 없다고 인정하였으며, 87.11.10 동 부도법인(대표이사 OOO)과 청구외 OOOO공업사 OOO은 동 부도법인 OO공장의 잔여자산과 종업원 및 미지급급료등을 그대로 인계·인수하기로 약정하는 합의서를 작성하여 위 양인이 공동서명하였으며, 87.11.12 동 부도법인의 잔여자산중 토지·건물은 위 OOO(개인) 명의로 소유권이전등기를 하였으나 87.11.18 동 부도법인 OO공장의 사업을 법인명의로 인수받기 위하여 청구법인(본점 부산시 사하구 OO동 OOOOO 소재, 대표이사 OOO)은 상호를 OOOO공업주식회사에서 OOOOOO공업주식회사로 변경하고 청구법인의 OO공장 설치등기를 하여 처분청에 동 공장사업장의 사업자등록신청을 하였으며, 87.11.20 청구법인은 처분청으로부터 동 공장의 사업자등록번호증을 신규로 교부받아 위 부도법인 OO공장의 잔여동산의 인수분에 대한 쟁점세금계산서를 교부받고 88.1.25 청구법인의 87년 제2기분 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서를 처분청에 제출하였으며, 88.4.1 처분청에서는 위 부도법인 OO공장에게는 폐업에 따르는 수시부과에 의거 쟁점세금계산서의 해당매출세액등 부가가치세 114,525,040원을 결정고지하고 88.4.2 청구법인에게는 쟁점세금계산서의 해당 매입세액등 부가가치세 81,510,150원을 신고한 대로 환급결의하였다가 90.1.3 부가가치세경정결정시 처분청은 쟁점세금계산서의 해당매입세액을 다시 불공제하여 이 건 부가가치세 82,327,440원을 청구법인에게 부과한 것임을 알 수 있다. 살피건대, 청구법인은 87.11.10자 작성된 인수·인계 합의서와는 별도로 87.11.15에 청구외 법인 OOOOOO주식회사 OO공장의 잔여동산을 청구법인이 매수한다는 내용의 매매계약을 체결하고 동 공장의 각 부서별로 산재해 있는 재공품, 원재료, 저장품, 전화가입권, 기계장치, 차량운반구, 공구기구 및 비품의 실지 재고를 일일이 인계자산명세서상의 품목, 규격, 수량과 대조하는 검수작업을 거쳐 인수하고 87.11.20 그 대금 총액 823,274,493원(부가가세 포함)을 청산하여 쟁점세금계산서를 교부받아 그 날로부터 모든 생산 및 영업(군납 및 수출)활동을 청구법인 명의로 계속한 것이 청구법인의 제장부 및 증빙에 의하여 확인되고 있고, 또한 앞에서 살펴 본 바와 같이 청구외 법인 OOOOOO주식회사의 본점사업장은 87.10.23에 직권폐업 및 사업자등록말소 조치되었으나 동 법인의 OO공장사업장은 쟁점세금계산서의 발행일인 87.11.20 현재 직권폐업 되거나 사업자등록 말소된 바 없고 그 공장의 87년 11월의 작업일지, 근태상황기록부등의 증빙에 의하면 그 당시 공장조업을 중지하지 아니하고 계속 가동한 사실이 확인되고 있어 쟁점세금계산서를 사실과 다르게 발행된 세금계산서로 보아 해당매입세액을 불공제한 처분청의 당초처분은 전시한 관계법령 규정에 의하여 부당하다고 판단된다.
6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.