매입세액을 불공제하고 공급가액을 손금부인하여 과세한 당초처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 전라남도 여수시 OO동 OOOOO에서 산업용기계 및 특수합금인 카로라이드를 제조하는 법인사업자인 바, 청구법인이 교부받아 85년 제2기 부가가치세 신고시 제출한 청구외 OO금속(대표자 OOO)발행의 85.12.3자 세금계산서 1매(공급가액 4,553,140원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)에 대하여 처분청이 당초 조사관서인 구로세무서로부터 세금계산서의 발행자인 OO금속이 자료상으로 확인되고 그가 발행한 세금계산서는 위장가공자료로 판명된다는 요지의 위장가공확정자료통보를 받아 이에 의거하여 쟁점세금계산서는 자료상인 OO금속이 발행한 허위 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서라고 보아 그 관련 매입세액을 불공제하고 동 세금계산서의 공급가액을 가공매입원가로 보아 손금부인하여 85년 제2기분 부가가치세와 85사업년도분 법인세 및 동방위세의 과세표준과 세액을 경정한 뒤 89.12.31 부가가치세 500,840원, 법인세 1,293,540원 및 동방위세 218,550원을 경정고지하자 이에 불복하여 90.2.23 심사청구를 거쳐 90.6.7 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 청구법인은 85년12월 OOOO주식회사로부터 기계제작을 주문받아 그에 필요한 기계부품을 OOO으로부터 납품받고 그 대금을 지불한 뒤 OO금속명의의 쟁점세금계산서를 교부받은 것이 사실인 바 그렇다면 쟁점세금계산서의 발행자인 OO금속과 실제 납품자인 OOO이 서로 다르다 하더라도 청구법인이 세금계산서상 기재물품을 실제로 구입하고 그 대금을 지불한 것만은 틀림없으므로 실질과세의 원칙상 관련 매입세액은 공제되어야 하고 그 세금계산서상 매입가액은 매입원가로서 손금이 인정되어야 할 것인데도 불구하고 처분청이 쟁점 세금계산서를 허위 세금계산서라 하여 그 매입세액을 불공제하고 그 매입원가에 대한 손금을 부인하여 과세한 당초처분은 부당하다고 주장한다.

3. 국세청장 의견 먼저 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행교부한 OO금속 대표 OOO이 정상적으로 사업을 영위한 사업자에 해당하는지 여부를 살펴보면 OOO은 사업자등록증상 명의뿐이고 실질적으로는 청구외 OOO, OOO, OOO 3인이 OOO의 주민등록등본을 발급받아 OOO의 명의로 사업자등록을 한 후 85년 제1기부터 86년 제1기까지 실물거래없이 가공매입세금계산서 32매 합계금액 377,437,365원과 가공매출세금계산서 169매 합계금액 979,251,451원을 수취 및 교부한 사실이 관할세무서인 구로세무서의 OO금속에 대한 조사복명서에 의하여 확인되고 있어 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 정당하게 이루어진 거래에 의하여 거래상대방으로부터 수취한 것이라고 볼 수 없으며 또한 청구법인은 쟁점세금계산서에 기재된 기계부품을 청구외 OOO으로부터 구입하였다고 주장하면서 OOO의 거래확인서를 제출하고 있으나 OOO은 그 거래확인서에서 쟁점세금계산서에 기재된 기계부품을 막연하게 청계천 및 영등포등지의 철재상에서 구입하였다고 확인할 뿐 구체적인 매입처 및 매입증빙을 밝히지 못하고 있을 뿐만 아니라 청구법인은 실제 물품을 구입하였다는 사실을 확인할 수 있는 구체적인 거증인 금융자료등을 제시하지 아니하고 있어 청구주장을 신빙성 있는 것으로 받아들이기는 어렵다고 판단되므로 처분청이 자료상인 OO금속으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의거 사실과 다른 세금계산서로 매입세액 불공제하고 손금부인하여 법인세를 과세한 당초처분에 잘못을 발견할 수 없는 반면 청구주장 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 OO금속으로부터 교부받은 쟁점세금계산서가 허위세금계산서라 하여 그 매입세액을 불공제하고 공급가액을 손금부인하여 과세한 당초처분의 당부에 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 이 건 과세처분의 처분경위를 보면, 처분청은 청구법인이 OO금속으로부터 교부받은 쟁점세금계산서에 의하여 그 매입세액을 공제하고 공급가액을 판매한 제품에 대한 원료매입가액이라 하여 손금처리한 후 85년도 제2기 부가기치세 및 85사업년도 법인세 신고를 한데 대하여 구로세무서장으로부터 OO금속이 자료상으로서 그가 발행한 세금계산서를 허위세금계산서라는 내용의 자료통보를 받아 이에 의거하여 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 공급가액 상당매입가액에 대하여 손금부인하고 85년도 제2기분 부가가치세 및 85사업년도 법인세와 동방위세를 경정고지하였음이 기록에 의하여 확인되는 바, 이에 대하여 청구법인은 청구외 OOOO주식회사로부터 제작주문받은 기계를 제작하기 위하여 OOO으로부터 기계제작에 필요한 기계부품을 실제로 매입하고 세금계산서만 OO금속명의로 교부받았던 것으로서 비록 실지납품자와 세금계산서 발행자가 다르다 하더라도 실지과세의 원칙상 매입세액은 공제되고 부품매입가액은 손금인정되어야 함에도 불구하고 처분청이 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고 매입가액을 손금부인하여 과세한 당초처분은 부당하다고 주장한다. 먼저 관련법령인 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제60조 제2항과 법인세법 제9조 제3항 및 동법시행령 제12조 제2항에 의하면 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항이 착오로 기재된 경우에 있어 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우를 제외하고는 세금계산서 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하며 내국법인의 각사업년도 소득계산에 있어서 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용은 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비로 보아 익금에서 공제하는 손금으로 규정하고 있어, 청구법인이 OO금속으로부터 쟁점세금계산서상 기계부품을 그 기재와 같이 실지로 매입하였거나, 세금계산서 기재와는 달리 타인으로부터 매입하였더라도 선의의 거래자로서 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 확인되는 경우에는 그 매입세액을 공제하여야 할 것이며 또한 청구법인이 쟁점세금계산서상 기계부품을 실지로 매입하여 기계제작을 한 뒤 이를 판매하였다면 그 매입가액은 손금인정되어야 할 것이나, 청구인은 그 주장사실을 입증하는 자료로서 OOO이 85.12.3 SUS 304 파이프 4,553,140원 상당을 서울시 중구 OO동 OOO 소재 OO상사등 수개점포에서 세금계산서 없이 소량씩 구입하여 청구법인에 납품한 뒤 OO금속으로부터 세금계산서만 발급받아 청구법인에 교부하고 대금을 수령하였다는 내용의 OOO확인서만 제출하고 있을 뿐 당심에서의 청구법인에 대하여 제시요구한 기계부품의 실지구입여부 및 선의거래자여부를 확인할 수 있는 자료인 물품매입관련 장부와 대금지급관련 금융자료 및 OO금속의 사업자등록증등의 입증자료도 전혀 제시하지 아니하고 있어 청구법인이 선의거래자로서 쟁점세금계산서상의 기계부품을 실지로 구입하였다는 주장은 신빙성이 없는 것으로 보이는 반면 처분청이 쟁점계산서를 허위세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 그 매입가액을 손금부인하여 과세한 당초처분은 아무런 잘못이 있어 보이지 아니한다.

6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.