특별부가세를 면세하지 않고 이 건 법인세를 부과 결정한 당초 처분의 타당성 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 경기도 양주군 남면 OO리 OOOOO에 소재한 학교법인으로서 동 법인의 기본 재산중 경기도 양주군 남면 OO리 OOOOOOO, 동 OOOOOOO, 동 OOOOOOO, 동 OOOOO소재 토지 계 497.8평방미터를 84.4.19-84.8.1간 양도하고 또한 동소 OOOOO소재 토지 3,551평방미터를 87.12.17 양도한 후 처분청에 각 사업년도 법인세(특별부가세)과세표준 및 세액 신고를 하지 않았으며 특별부가세 면제 신청서도 제출하지 아니하므로 처분청은 89.3.20자 청구법인에게 ’89수시분 법인세(특별부가세) [84사업년도 귀속분 법인세 6,845,490원, 동방위세 814,130원, 87사업년도 귀속분 법인세 8,769,890, 동방위세 1,486,420원]을 각각 부과 결정하자, 청구법인은 이에 불복하여 89.5.15 심사청구를 거쳐 89.8.16 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구주장 청구법인은 84년 4월부터 87년 11월 사이에 동 법인의 기본재산중 경기도 양주군 남면 OO리 OOOO OOO외 5필지 토지(약 2,580평)를 매각하여 같은면 같은리 OOOO O외 지상에 3층 교사건물(연건평 3,137평방미터)을 건축(85.4.25 건축허가)하였는데 청구법인과 같이 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로서 발생하는 소득에 대하여는 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호 및 같은법 시행령 제124조의 8 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제하여야 함에도 처분청이 청구법인의 위 토지 양도에 따른 특별부가세를 과세함은 부당하니 전시 법인세(특별부가세)를 취소하라는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이 건과 관련되는 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호를 보면 “사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본 재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로서 발생하는 소득”에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다라고 규정하고 같은조 제3항에서 “제2항의 규정은 대통령령이 정하는바에 의하여 산정하는 경우에 한하여 이를 적용한다”라고 규정하고 있는바, 청구법인의 경우, 동 법인 소유의 이건 토지를 교육사업에 사용할 목적으로 양도하였다고 하더라도 이건 토지의 양도와 관련하여 특별부가세 면제신청을 하지 아니한 이상 해당 특별부가세를 면제할 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 청구법인이 학교법인의 기본재산인 쟁점 토지를 양도하고 처분청에 특별부가세 면제 신청을 법 소정 기한내에 제출하지 않았다 하여 특별부가세를 면세하지 않고 이건 법인세를 부과 결정한 당초 처분의 타당성 여부를 가리는데 있다고 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 과세 경위 및 청구주장을 보면, 청구법인이 학교법인의 기본재산인 쟁점 토지를 84.4.19-87.12.17 양도하고 난후 법인세법 제59조의3 제2항 제3호 및 동법 시행령 제124조의 8 제4항에 의한 특별부가세 면제 신청서를 법 소정의 기한내에 처분청에 제출하지 아니한데 대하여 처분청은 89.3.20자 이 건 법인세(특별부가세)를 부과 결정하였고, 청구법인은 이에 대하여, 쟁점 토지를 양도한 후 동 양도대금으로 동 법인의 3층 교사 건물(연 건평 3,137평방미터)을 건축하였으므로 청구법인과 같이 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로서 발생하는 소득은 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호 및 같은법 시행령 제124조의 8 제4항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제하는 것이 타당하다는 주장이다. 다음 이 건 관련되는 법 규정을 보면, 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호에서 “사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로서 발생하는 소득”에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제하도록 규정하고, 동조 제3항에서 “제2항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 산정하는 경우에 한하여 이를 적용한다”라고 규정하고 있고, 동법 시행령 제124조의 8 제4항은 “법 제59조의 3, 제2항 제3호의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준 신고서와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세 면제 신청서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다. 따라서 사립학교법인의 기본재산인 쟁점 토지를 교육사업에 사용할 목적으로 양도한 이 건의 경우, 특별부가세를 면제받기 위해서는 청구법인이 쟁점 토지의 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준 신고서와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세 면제 신청서를 반드시 처분청에 제출하여야 하고, 위 기간내에 면제신청을 하지 아니한 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다고 해석된다 할 것이다. (국심 86서 2205, 87.2.23, 89관 1317, 89.10.4, 대법원 88누 1462, 88.5.24도 같은 취지로 해석됨) 그러므로 이 건의 경우, 청구법인이 전시 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호 및 동조 제3항과 동법 시행령 제124조의 8 제4항의 규정에 따르는 면제 신청을 한 바 없으므로 쟁점 토지의 양도에 따른 특별부가세를 면세하지 아니하고 부과한 당초 처분은 잘못이 있다고 보여지지 아니한다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.