양곡도정공장의 부수창고에 해당되는지를 가리는 데 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 OOO시 OOO동 OOOO에 주소를 둔 사람으로 인천직할시 북구 OO동 OOOOO외 8필지 소재 OO정미소(양곡도정공장) 및 OO창고(양곡보관창고)를 같은시 서구 OO동 OOOOOOO로 이전하기 위하여 85.3.5 대지 10,828.1평방미터와 건물 5,975.5평방미터를 청구외 OOOO주식회사에 총 1,130,800,000원에 양도하고 같은해 5.2 처분청에 소득세법 제6조 제2항 제2호의 규정에 의한 2년이상 가동한 공장을 이전할 목적으로 양도한 것으로 양도소득세 518,505,679원 및 동 방위세 103,701,123원, 계 622,206,802원을 감면신청한데 대하여, 처분청은 85.8.30 위 양도소득세등을 감면하였다가 감사원의 감사결과에 따른 시정지시 내용에 따라 위 부동산 감면세액중 양곡도정공장에 공한 토지 5,480.59평방미터와 건물 3,024.46평방미터(이하 “갑부동산”이라 한다)에 대한 감면세액은 신공장으로 이전 완료하지 아니하여 감면요건에 충족되지 아니함을 이유로, 양곡보관창고에 공한 토지 5,347.57평방미터와 건물 2,951.04평방미터(이하 “을부동산”이라 한다)에 대한 감면세액은 “2년이상 가동한 공장”이 아니어서 감면대상이 아니다 하여 88.10.16 자로 청구인에게 ‘갑’부동산분 양도소득세 327,514,920원 및 동 방위세 65,502,980원과 ‘을’부동산분 양도소득세 219,831,140원 및 동 방위세 43,966,220원을 각 결정고지하였다.

2. 청구인 주장 청구인은 양도일까지 2년이상 가동한 공장이전을 위하여 구공장에 해당되는 인천 북구 OO동 OOOO O 소재 OO정미소와 OO창고로 사용한 건물 5,975.5평방미터와 그 부수토지 10,828.1평방미터를 85.3.5 청구외 OOOO주식회사에 양도하고 87.1.16 같은시 OO동 OOOOOOO에 공장신설허가를 받고 같은해 7.6 정미소 건물을 준공하고, 도정기계류는 구공장의 기계를 그대로 설치하고 87.10.15부터 도정업을 개시하였다가 도정업의 부진으로 88.2.4 신공장마저 타인에게 양도하게 되었는 바, 처분청은 청구인의 85.3.5자 감면신청내용대로 이 건 부동산의 양도소득세를 감면하였다가 감사원으로부터 위 부동산중 양곡보관창고는 공장이 아니고 양곡도정공장은 신공장으로 이전환료된 바 없어 감면요건을 충족하지 아니하였다 하여 위 부동산의 양도소득세를 감면함은 부당하다는 요지의 지적을 받고 처분청이 이 건 처분을 하였으나, 소득세법 기본통칙 1-2-55...6의 해석상 양곡보관창고는 양곡도정공장의 범위에 속하고, 청구인이 양곡도정공장을 신공장으로 이전완료하여 도정업을 개시하였음을 아는 증인이 있으므로 이 건 처분은 처분청의 사실조사의 소홀에 기인한 것이어서 부당하다고 주장한다.

3. 국세청장 의견 먼저, 이 건 처분의 근거가 된 감사원의 북인천세무서장에 대한 감사지적사항을 보면, 경기도 OOO시 OOO동 OOOO 거주 OOO이 인 천직할시 북구 OO동 OOOOO소재 OO정미소(정부관리 양곡도정공장)를 OO동 OOOOOOO호 이전하기 위하여 85.3.5 위 공장(대지 10,828.1평방미터, 건물 5,975.5평방미터)을 OOOO주식회사에 양도(양도가액 1,130,800,000원)한데 대하여 소득세법 제6조 제2항 제2호의 규정에 따라 양도소득세 518,585,679원 및 동 방위세 103,701,123원을 면제하였다는 자료를 85.8.31 OOO세무서로부터 통보받은 후 신공장의 시공 및 준공여부를 사후관리하면서 87.7.21 납세의무자 OOO이 제출한 공장이전완료보고서를 받아 이를 처리함에 있어 위 OOO은 양곡관리법 제16조 제3항의 규정에 따라 85.3.20 인천직할시에 공장이전을 사유로 휴업신고를 하고 87.9.29에는 자금부족으로 도정시설의 설치가 지연되고 있다는 사유로 휴업기간을 연장(87.10.1-88.3.31)하였다가 88.3.31에는 양곡가공업 폐지신고를 하여 허가가 폐지되었고, 허가가 폐지될 때까지 동법 시행규칙 제7조의 규정에 의한 신공장의 시설공사완료신고나 허가등을 갱신 교부받은 사실도 없었을 뿐만 아니라 신공장에 기계설치 및 가동을 위한 기자재등을 매입하거나 전력시설도 갖추지 않고 있다가 88.2.24 신공장의 대지 및 건물일체를 OOOO주식회사에 양도하였으므로 양도소득세의 면제조건인 2년이상 가동공장을 이전완료한 것으로 볼 수 없음에도 87.7.22 기계장치를 완비하여 준공된 것으로 사후관리를 종결처리하고 다음날인 7.23 OOO세무서에 이전완료한 것으로 통보하였기 때문에 위 양도소득세 및 방위세 면제세액 622,206,802원을 추징하지 못하게 된 사실이 있음을 지적하고 있고, 한편 감사원의 처분청에 대한 감사 지적사항을 보면, “경기도 OOO시 OOO동 OOOO 거주 OOO이 인천직할시 북구 OO동 OOOOOOO 소재 OO창고(정부관리 양곡보관업)를 같은시 서구 OO동 OOOOOOOOO로 이전하기 위하여 85.3.5 대지 10,828.1평방미터와 건물 8개동 5,975.8평방미터를 양도하고 같은해 5.2 소득세법 제6조 제2항 제2호의 규정에 따라 2년이상 가동한 공장을 이전할 목적으로 양도한 것으로서 양도소득세 518,505,679원, 방위세 103,701,123원을 감면신청한 것을 접수처리하면서 위 OOO은 73.9.27 농림수산부장관으로부터 양곡가공업허가를 받았고 같은해 12.3 에는 경기도지사로부터 창고업허가(81.7.1갱신)를 받아 정부관리양곡가공업과 보관업을 함께 운영하고 있었으므로 위 양도자산중 2년이상 가동공장에 해당되지 않는 창고용 건물 2,591.04평방미터와 이에 부수된 토지 5,347.51평방미터에 대하여는 양도소득세 및 방위세를 감면할 수 없는 것임에도 도정공장 및 정부관리양곡보관창고에 대한 토지와 건물전부를 감면대상으로하여 양도소득세 219,831,144원 및 방위세 36,638,524원이 과다감면사실이 있음”을 지적하였으므로 청구인의 주소지 관할세무서장인 처분청이 위 감사원 지적에 대한 시정을 위하여 이 건 처분을 한 것임을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 양도자산중 창고는 정미소의 구내에 있고, 도정하기전의 조곡과 도정한 후의 정곡을 적치하는 장소로 사용된 것이므로 공장범위에 속한다 주장하나 감사원이 지적한 바와 같이 위 창고는 양곡보관업의 창고라 보여지므로 이부분 청구주장은 이유없다고 판단되고, 또 청구인은 양도소득세 면제요건에 관한 전시 법조 규정과 같이 구공장을 양도하고 소정기한내 신공장을 준공하여 도정업을 개시하였다고 주장하나, 청구인이 위 사실의 거증으로 막연히 도정기계류의 운반 또는 실제도정을 한 사람이 있다는 요지의 주장만 할 뿐 그 증인을 특정하지도 아니하고 감사원 지적내용에 대한 별다른 반증자료도 제시하지 못하고 있다(청구인이 제출한 거증은 건물준공에 관한 것이어서 그 기계장치의 설치 및 실제사업개시에 관한 입증으로는 부족하다 보여진다) 따라서 청구주장은 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 쟁점은 청구인이 양곡도정공장을 양도하고 법소정의 감면요건인 신공장을 준공하여 사업을 개시하였는지 여부를 가리고 양곡보관창고가 위 양곡도정공장의 부수창고에 해당되는지를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단 처분청이 전시 1항과 같은 이유로서 이 건 부동산의 양도소득세를 모두 추징하여 과세한데 대하여, 청구인은 양곡도정공장(OO정미소)에 공한 ‘갑’부동산의 경우 당해공장의 기계설비등을 그대로 신공장으로 이전 설치하여 신공장을 가동한 사실이 있으므로 법소정의 감면요건을 충족하였다는 주장이고, 양곡보관창고(OO창고)에 공한 ‘을’부동산의 경우 위 양곡도정공장의 창고로 공한 것이므로 당연히 감면대상임을 주장한다. 먼저, 이 건 관련법 규정을 보면, 소득세법 제6조 제2항에서 “양도소득금액에 다음 각호의 소득이 있는 때에는 제1항의 규정을 준용하여 계산한 소득세를 면제한다”고 규정하고 그 제2호에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 2년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위안의 토지와 건물을 양도함으로 인하여 발생하는 소득”으로 규정하고 있으며, 동법시행령 제18조 제1항에서 “법 제6조 제2항 제2호의 규정은 당해 공장용에 직접 이용되는 토지와 건물에 대하여 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 적용한다”고 규정하고 그 제1호에서 “양도한 토지가액이상의 공장용지를 확보하고 이전전의 당해공장에 직접사용되던 기계장치등의 시설에 상당하는 가액의 공장을 양도전에 시공하거나 양도일로부터 1년내에 시공하는 경우, 다만, 양도전에 공장을 시공한 경우에는 그 시공일로부터 2년내에 그 시설을 준공하고 준공일로부터 2년내에 이전전의 공장용 용지 및 공장건물(공장건물에 부수된 시설물과 구축물을 포함한다. 이하 같다)을 양도한때에 한한다”고 규정하면서, 제3항에서 법 제6조 제2항 제2호의 규정에 의하여 양도소득에 대한 소득세의 면제를 받은 자가 정당한 사유없이 1년내에 시공하지 아니하거나 그 시공일로부터 2년내에 그 시설을 준공하지 아니한때에는 그 면제받은 소득세를 즉시 추징한다“고 규정하고 있는 바, 위 시행령 각 항에 규정하는 “준공”이라 함은 공장건물과 기계장치를 완비하여 사실상 사업의 목적에 공할 수 있는 상태에 있음을 뜻하는 것으로 풀이된다(소득세법 기본통칙 1-2-62...(6)동지) 다음으로 청구인이 갑부동상 소재 양곡도정공장을 인천직할시 서구 OO동 OOOOOOO 소재 신공장으로 이전완료하여 가동한 사실이 있는지를 살펴보면, 청구인은 신공장을 가동하였음을 주장하면서도 공장가동에 따른 동력사용실적등 객관적인 증빙제시 없이 막연히 구공장의 도정시설을 신공장으로 운반한 증인과 신공장에서 도정을 해간 증인들이 있다고만 할 뿐, 그 증인들이 누구인지조차 밝히지 못하고 있는 한편, 청구인이 73.9.27 농수산부장관으로부터 양곡가공업(양곡가공공장규모 구분:대규모)의 허가를 득하여 84.3.2 인천직할시장과 정부양곡가공도급계약(계약금액: 672,356,000원)을 체결하는 등 정부관리양곡가공업을 영위한 사실, 85.3.20 인천직할시장에게 양곡관리법 제16조 제3항에 의거 공장이전을 사유로 휴업신고한 사실, 87.9.29 자금부족으로 도정시설 설치가 지연됨을 사유로 휴업기간을 87.10.1부터 88.3.31까지 연장한 사실이 각 확인되고 있고, 청구인이 위 휴업기간중 신공장건물을 87.2.21 착공하여 같은해 7.6 준공하여 그 부수토지와 함께 88.2.24 청구외 OOOO주식회사에 양도한 사실이 건물준공검사보고서 및 부동산등기부등본에 의거 확인되는 바, 위 설시한 내용을 종합하여 보면, 청구인은 신공장에 양곡가공설비를 설치완료하여 공장을 가동함이 없이 단순히 공장건물만을 신축하여 양도한 것으로 보여진다. 그렇다면, 처분청이 전시 법조에 의거 갑부동산의 양도소득세를 감면 배제하고 추징한 이 건 처분은 적법타당하다 할 것이어서 이를 다투는 청구인의 주장은 이유없다 하겠고, 한편, 양곡보관창고가 양곡도정공장의 부수창고라는 청구인 주장의 당부는 앞서 본 바와 같이 양곡도정공장이 감면요건을 충족하지 못한 이상 양곡보관창고로 공한 을부동산의 양도소득에 대한 세액은 감면할 수 없는 관계로 그 심리의 실익이 없다 하겠으므로 이 부분 심리는 생략한다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.