청구법인이 공제 신청한 의제 매입세액을 공제하지 아니한 당초 처분의 당부(취소)

[주 문] 88.12.26 수원 세무서장이 청구법인의 88년 제1기분 부가가치 세 수정신고에 따른 환급신청을 거부한 처분은 이를 취소한

[이 유]

1. 청구법인 주장 청구법인은 경기도 화성군 정남면 OO리 OOOOO에서 빵 제조업을 영위하는 업체로서, 처분청이 88.12.26 청구법인의 88년 제1기 부가가치세 확정신고 해당분 수정신고 환급신청세액 44,689,010원을 환급거부한데 대하여, 부가가치세 의제 매입세액 공제에 있어서 부가가치세법 제17조 제3항 및 같은 법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 그 계산방법만을 재무부령에 위임하고 있음에도 같은 법 시행 규칙 제19조 제1항 단서에서 모법의 위임한계를 벗어나 의제 매입세액 공제 대상을 제한한 것은 무효인 규정이므로 이를 근거로한 처분은 부당하다는 주장이다.

2. 국세청장 의견 부가가치세법 제17조 제3항은 의제 매입세액 공제범위를 대통령령에 위임하고 있고, 같은법 시행령 제62조 제1항의 규정은 매입세액으로 공제할 수 있는 금액 즉 업종별 종류별, 공제대상과 공제율을 재무부령에 위임한다고 보는 것이 합목적 적인 해석이고 같은법 시행규칙 제19조 제1항에서 공제율 및 업종별 종류별 공제대상을 규정한 것이라 하겠으므로, 처분청이 이 건 의제 매입세액을 공제배제한 당초 처분은 적법한 것이라는 의견이다.

3. 쟁점 청구법인이 공제 신청한 의제 매입세액을 공제하지 아니한 당초 처분의 당부에 있다하겠다.

4. 심리 및 판단 청구법인은 빵제조업을 영위하는 법인으로서 88년도 제1기 부가가치세 수정신고시 빵제조에 필요한 원재료중 부가가치세가 면세되는 우유, 사과, 배추등의 매입세액 938,469,094원에 대한 의제매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 환급신청하였으나, 처분청은 위 원재료가 의제매입 공제대상이 아니라하여 이를 부인, 환급하지 아니한 처분임을 알수 있고, 이에 대하여 청구법인은 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정은 모법인 동 법 제17조 제3항에 위반되는 무효의 규정임에도 이를 근거로 처분한 것은 부당하다는 주장이므로 우선 이 건 과세당시의 관련규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제할 수 있다”라고 소위 의제 매입세액 공제를 규정하였고, 이 제3항의 규정에 따라 동 법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인 동 법 시행규칙 제19조 제1항에서는 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율을 105분의 5로 한다”고 한 다음 단서에서 “다만, 별표 3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 살피건대, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 문언으로 볼 때, 그 단서의 취지는 별표 3에 계기된 제조업에 대하여는 같은 항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바, 이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다. 그러나 위 단서 규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고, 나아가 의제매입세액공제 자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니할 수 없다. 왜냐하면 부가가치세법 제17조 제3항이 [....대통령령이 정하는바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다]고 하고, 동 시행령 제62조 제1항이 [...매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은...농산물...의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다]고 하고 있는 바, 부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액 계산방법만을 시행령에 위임하였고, 동 시행령 제62조 제1항도 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것인데도 불구하고 동 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은 항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고 나아가 의제매입세액 공제를 할 수 없도록 하였으니, 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 것이라 아니할 수 없기 때문이다. 따라서 처분청이 이 건 의제 매입세액을 공제부인함으로서 동액을 환급하지 아니한 처분은 위법 부당한 것으로 판단된다.

5. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.