청구법인의 비조합원의 10,000,000원 이하 예탁금의 이자에 대하여 과세한 처분의 당부(경정)

[주 문] 태백세무서장이 88.10.19 자로 청구법인에게 원천징수를 불이행하였다 하여 과세한

1. 이자소득세 16,832,260원 및 동 교육세 8,416,130원은 청구 여 비과세하여 동 세액을 경정하고,

2. 갑종근로소득세 5,604,540원 및 동방위세 239,420원은, 청구 법인의 86, 87사업년도 연말정산에 있어서 그 산출세액에서 근로소득세액 공제하여 동세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 강원도 태백시 OOO동 OOOOO OOO에 주소를 두고 금융업을 영위하는 법인으로서, 처분청은 청구법인이 원천징수 불이행한 87.1.1-88.9.30 간 예탁금 이자에 대하여 이자소득세 16,832,260원 및 동 교육세 8,416,130원을 과세하고, 청구법인이 종업원의 87.12-88.7 간 근로소득무신고·무납부, 86, 87사업년도 연말정산불이행 및 86, 87사업년도 소득자료를 미제출하였으므로 이에 대한 갑종근로소득세 5,604,540원 및 동방위세 239,420원을 과세하였는 바, 청구법인은 이에 불복하여 88.12.19 심사청구를 거쳐 89.2.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 원천징수 불이행한 비조합원에 대한 10,000,000원 이하의 예탁금이자에 대하여 이자소득세 감면대상이 아니라 하여 이 건 이자소득세등을 결정고지하였으나 조세감면규제법 제4조 제2호에 조합원·비조합원 구별없이 농·어민 또는 상호 유대를 가진자를 조합원으로 하는 조합에 대한 10,000,000원 이하의 예탁금에 대한 이자는 이자소득세를 비과세하도록 규정하고 있으며, 위 법 제정 취지 및 89년도 동 시행령 제2조 제2항 제1호 개정에 의하여 조합원의 10,000,000원 이하 예탁금의 이자에 대해서만 비과세하도록 개정한 사실로 보아 동시행령 개정전까지의 비조합원에 대한 10,000,000원 이하의 예탁금이자는 비과세함이 정당하며,

(2) 처분청은 청구법인이 종업원에 대한 연말정산을 하지 않았다 하여 근로소득세액 공제를 배제하였으나 소득세법 제78조의 4 규정에 따라 월정급여 30만원 이하인 자는 산출세액의 30%, 월정급여 30만원 초과 40만원이하인 자는 산출세액의 20%, 월정급여가 40만원 초과 50만원이하인 자는 산출세액의 10%에 해당하는 세액을 근로소득산출세액에서 공제하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

(1) 조세감면규제법 제4조 제2호에 농·어민 또는 상호유대를 가진자를 조합원으로 하는 조합에 대한 10,000,000원 이하의 예탁금 또는 5,000,000원 이하의 출자금에 대한 이자 또는 배당금 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 동시행령 제2조 제2항 제1호에 청구법인과 같은 OO에 대하여도 위 조항을 적용토록 규정하고 있으며, 재무부 소득 22601-536(87.7.2)을 보면, “조세감면규제법 제4조 제2호의 규정을 적용함에 있어서 OOOOO조합등의 조합원이 동조합에 10,000,000원을 초과하여 예탁하였을 경우에는 동 예탁금중 10,000,000원에 대한 이자는 비과세하고 그 초과금액에 대한 이자는 과세하는 것이며...”라고 규정하고 있는 점이나 조합원이나 비조합원의 구별이 없이 이자소득세를 비과세하는 경우에 타 금융기관과의 형평의 원칙으로 볼 때에 처분청이 비조합원의 10,000,000원 이하의 예탁금 이자에 대하여 이자소득세를 과세한 당초처분은 잘못이 없으며,

(2) 청구법인은 비록 연말정산이나 월별간이세액표에 의한 갑근세 신고는 하지 아니하였다 하더라도 근로소득세액공제를 배제한 당초처분은 부당하다고 주장하나, 소득세법 시행령 제130조의 2 규정에 의하면 근로소득세액공제액은 매월별로 간이세액표에 의한 세액을 기준으로 계산하여 연말정산을 하는 경우에는 각 월분의 합계액을 공제액으로 한다고 규정하고 있으므로 각월별 간이세액표에 의한 갑근세 신고를 하지 아니한 이 건 경우에 근로소득세액공제를 배제한 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은

(1) 청구법인의 비조합원의 10,000,000원 이하 예탁금의 이자에 대하여 과세한 처분의 당부 및

(2) 청구법인이 년말정산 및 매월간이세액표에 의한 세액계산신고를 이행하지 아니하였다고 하여 근로소득세액 공제배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다고 할 것이다.

5. 심리 및 판단

(1) 청구법인의 87.1.1-88.9.30 간 비조합원의 10,000,000원 이하 예탁금의 이자에 대하여 과세한 처분이 타당한지에 대하여 보면, 조세감면규제법 제4조(비과세 이자소득) 제2호에서 농·어민 또는 상호유대를 가진자를 조합원으로 하는 조합에 대한 10,000,000원이하 예탁금의 이자소득에 대하여는 비과세한다라고 규정하고 있으며, 이 건 과세당시의 동 시행령 제2조(비과세되는 이자 및 배당의 범위) 제2항 제1호는 “법 제4조 제2호의 규정에 의한 예탁금이자는 단위농업협동조합, 특수농업협동조합, OOOOO조합, 수산업협동조합(어촌계를 포함한다), 신용협동조합 및 새마을금고에 대한 예탁금의 이자를 말한다”라고 규정하고 있으나, 88.12.31 위 시행령은 “단위농업협동조합, 특수농업협동조합, OOOOO조합, 수산업협동조합, 신용협동조합 및 새마을금고에 대한 당해 조합원(조합원에 준하는 자로서 재무부령이 정하는 자를 포함한다)의 예탁금이자를 말한다”라고 개정되었고, 부칙 제3조에서 위 시행령 개정(88.12.31) 규정은 시행후 최초로 예탁하는 분부터 적용한다라고 규정하고 있음을 알 수 있다. 위 관련법 규정을 모두어 살펴볼 때, 조세감면규제법 시행령 제2조 제2항 제1호가 개정(88.12.31)됨에 따라 OOOOO조합등의 비조합원의 10,000,000원 이하 예탁금의 이자에 대하여 비로소 과세토록 조치한 것이 분명하다고 할 것이므로 위시행령 개정이전인 이 건 비조합원의 10,000,000원 이하 예탁금의 이자에 대하여는 비과세하여야 한다고 판단된다.

(2) 청구법인에 대한 86, 87사업년도 근로소득세액 공제를 배제하고 갑종근로소득세를 추징한 처분이 타당한지를 살펴보면, 소득세법 제78조의4(근로소득세액 공제) 제1항에서 근로소득이 있는 거주자에 대하여 원천징수를 하는 경우에 월정액급여가 300,000원이하인 자 또는 일용근로자에 있어서는 당해 근로소득에 대한 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액을, 그 월정액급여가 300,000원을 초과 400,000원 이하인 자에 있어서는 당해 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을, 그 월정액급여가 400,000원을 초과 500,000원 이하인 자에 있어서는 당해 산출세액에 100분의 10에 상당하는 금액을 그 산출세액에서 각각 공제한다라고 규정하고 있고, 동 시행령 제130조의 2에서 위 법에 규정하는 근로소득세액 공제액은 매월별로 간이세액표에 의한 세액을 기준으로 계산하며, 년말정산을 하는 경우에는 각 월분의 합계액을 공제액으로 한다라고 규정하고 있음을 알 수 있다. 처분청은 청구법인이 연말정산을 하지 않고 매월간이세액표에 의한 세액계산내역을 제출하지 아니하였다고 하여 근로소득세액공제를 배제하였으나, 위 시행령 제130조의 2 규정은 근로소득세액공제를 간편하게 하고 년중에 근로자월정액 급여가 인상된 경우등에 있어서 근로자에게 유리한 세액공제를 하기 위한 규정이라 할 것이며, 또 근로소득세액공제는 신고나 증빙서류의 제출이 필요한 다른 세액공제나 소득공제와는 달리 위 소득세법 제78조의 4의 규정에 따라 해당근로자는 당연히 근로소득세액공제를 받게 된다고 할 것이다. 다시 말해서 근로소득세액공제는 처분청이나 원천징수의무자에게 달리 공제신고 또는 신청이 필요없는 것으로서 소득공제중 기초공제와 마찬가지로 원천징수의무자에게 당해 세목을 원천세로서 추징하는 경우이든, 납세의무자에게 당해 세목을 직접 추징을 하는 경우이든 간에 그에 해당하는 공제혜택이 주어져야한다고 볼 것이며, 매월 원천징수시 간이세액표에 의한 세액공제 또는 연말정산과정에서 법령이 정한 소정의 세액공제가 이루어지지 못한 경우에는 근로자별로 월정액급여 총액의 년 평균액을 기준으로 하여 세액공제율을 적용하더라도 이 건 근로소득세액공제를 허용한 법 소정의 취지를 벗어나지 않는다고 할 것이다. 따라서 이러한 방법에 의한 근로소득세액공제를 주장하는 청구법인의 주장은 타당하다고 보이며 처분청은 법리를 오해하여 이 건 처분을 한 것으로 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.