의제매입세액공제를 배제한 처분의 당부(경정)

[주 문] 이천세무서장은 청구법인의 부가가치세 26,144,952원(88년 제1기분 24,644,950원 및 88년 제2기 예정분 1,500,000원)을 의제매입세액으로 공제하여 환급한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 경기도 광주군 오모면 OO리 OOOOO에서 부가가치세가 면제되는 탈지분유등을 원료로 하여 유산균음료를 제조판매하는 사업자로서 88년 제1기 및 88년 제2기예정분 과세기간해당 음료제조원료로 사용한 탈지분유 등 매입금액 549,044,000원에 대한 의제매입세액 26,144,950원을 국세기본법 제45조의 규정에 의거 88.11.28. 수정신고하면서 동 의제매입세액을 환급신청한 바, 처분청은 부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 단서 별표3에 의거 특별소비세가 과세되는 발효유등은 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화로 규정되어 있다는 이유로 동 의제매입세액 26,144,950원의 공제를 배제하고 환급신청을 거부하는 통지를 88.12.5. 청구법인에게 하자 청구법인은 이에 불복하여 88.12.26. 심사청구를 거쳐 89.2.2 심판청구에 이른 것이다.

2. 청구 주장 청구법인은 음료 제조·판매업을 영위하는 업체로서 88년 1기 및 88년 2기예정분 과세기간에 부가가치세 과세재화인 유산균음료의 원료로 사용하는 부가가치세 면제재화인 탈지분유등을 매입한 금액 549,044,000원의 105분의 5에 상당하는 26,144,952원을 의제매입세액으로 계산하여 88.11.28. 수정신고하면서 동 매입세액 26,144,952원을 환급신청한 바, 처분청은 음료제조에 사용한 탈지분유등이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정에 의거 의제매입세액공제대상이 아니라고 하여 청구법인이 신청한 환급세액의 환급을 배제하였는 바, 이는 모법인 부가가치세법 제17조 제3항 및 동법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 있고, 그 계산할 수 있는 방법만을 재무부령에 위임하고 있음에도 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서에서 모법의 위임한계를 벗어난 의제매입세액공제대상을 제한한 것은 무효의 규정이므로 이 규정을 근거로 하여 의제매입세액공제를 배제한 처분은 잘못이라는 국세심판소 및 대법원판례에 따라 청구법인의 88.11.28. 자 수정신고한 의제매입세액 26,144,952원을 공제하여 이를 환급하여 달라는 주장이다.

3. 국세청장 의견 부가가치세법 제17조 제3항에 의한 의제매입세액공제규정은 대통령령이 정하는 바에 의하도록 되어 있고, 위 법조의 위임을 받은 동법 시행령 제62조 제1항의 규정이 “매입세액으로서 공제할 수 있는 금액”의 계산방법을 다시 재무부령에 위임하고 있는 관계에 있으므로 이에 근거한 부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 규정 본문에서는 의제매입세액공제율을 5%로서 일반적인 경우를 규정하고 동 단서에서 특별한 경우에는 0% 즉 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화를 규정한 것은 위임범위를 벗어났다든가 상위법과 상반된 규정이라 할 수 없고, 결과적으로 동 시행규칙을 적용한 당초처분은 적법하다고 판단된다. 따라서 쟁점원재료에 대한 의제매입세액공제를 배제하고 환급을 거부한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구는 제조업을 영위하는 청구법인이 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 탈지분유등을 원재료로 하여 부가가치세가 과세되는 음료를 제조하고 동 탈지분유등 매입가액에 대한 의제매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고한데 대하여 처분청이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정을 이유로 동 의제매입세액공제를 배제한 처분의 당부를 가리는 데 그 쟁점이 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저, 이 건 과세당시의 관련규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제할 수 있다”라고 소위 의제매입세액공제를 규정하였고 이 제3항의 규정에 따라 동법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인 동법시행규칙 제19조 제1항에서는 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율을 105분의 5로 한다”고 한 다음 단서에서 “다만, 별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 살피건대, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 문언으로 볼 때 그 단서의 취지는 별표3에 게기된 제조업에 대하여는 같은항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바, 이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다. 그러나 위 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과, 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고, 나아가 의제매입세액 공제 자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니 할 수 없다. 왜냐하면 부가가치세법 제17조 제3항이 (...대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다)고 하고, 동 시행령 제62조 제1항이 (...매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은...농산물...의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다)하고 있는 바, 부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액계산방법만을 시행령에 위임하였고, 동 시행령 제62조 제1항도 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재부부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것인데도 불구하고, 동 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 것이라 아니할 수 없기 때문이다(대법원 전원합의부 판결 86누734, 87.12.22. 외 다수 대법원판례동지). 따라서 처분청이 이 건 의제매입세액 26,144,952원을 공제부인함으로써 동 금액을 환급하지 아니한 처분은 위법부당한 것으로 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.