공장건물의 신축공사비중 자가공사비를 취득가액과 필요경비에서 제외한 당초처분의 당부(취소)

[주 문] 동대문세무서장이 89.5.19 자로 청구인에게 결정고지한 89년 수시분 양도소득세분 방위세 13,496,590원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울시 동대문구 OO동 OOOOOOO에 주소를 두고 있는 사람으로서 82.12.6 토지개발공사로부터 경기도 안성군 대덕면 OO리 OOOO 공장용지 14,987.8평방미터를 매입하고 동지상에 85년에 공장건물 1동, 단층사무실 및 경비실 합계건평 2,578.92평방미터, 86년과 87년에 걸쳐 공장건평 2,872.2평방미터 및 미등기건물인 화장실 46.8평방미터를 각 신축하여 “OOOOO”라는 상호로 보일러제조업을 경영하다가 88.1.1 현물출자방법에 의하여 법인으로 전환하기로 하여 주식회사 OO을 설립하고 그 소유의 보일러제조공장 자산을 현물출자한뒤 그 현물출자자산에 대하여 조세감면규제법 제45조 규정에 의한 양도소득세 면제신청서를 제출하고 자산양도차익예정 및 확정신고를 하면서 방위세 8,618,406원을 자진납부한 데 대하여, 처분청이 청구인의 현물출자 양도자산의 양도가액과 취득가액을 각 실지거래가액으로 하여 과세표준 및 산출세액을 산출한 뒤 조세감면규제법에 의거 양도소득세는 면제하고 양도소득세분 방위세에서 기납부세액을 공제하여 89.5.17 89년도 수시분 양도소득세분 방위세 13,496,590원을 결정고지하자 청구인은 이에 불복하여 89.7.18 심사청구를 거쳐 89.11.10이 건 심판청구를 OO하였다.

2. 청구인의 주장 처분청은 청구인의 주식회사 OO에 대한 현물출자 자산인 토지 및 건물등의 양도차익을 결정함에 있어 양도가액은 청구인이 신고한 금액으로 하였으나 취득가액과 필요경비는 청구인이 신고한 금액을 그대로 인정하지 아니하고 그 신고가액중 공장용지의 실지취득가액과 그 등록세, 취득세, 인지대 및 등기수수료, 건물신축비중 자가공사비를 제외한 외주공사비와 신축공장건물의 등록세 및 취득세만을 취득가액과 필요경비로 인정하였는바, 공장용지의 등록세분 방위세 1,718,240원 및 건물의 신축공사비중 자가공사비 102,935,074원을 취득가액과 필요경비로 인정하여 공제하지 아니하고 양도소득세분 방위세의 과세표준과 세액을 결정한 처분청의 당초 처분은 부당하다는 의견이다.

3. 국세청장 의견 청구인과 처분청간에 다툼이 있는 취득가액 및 필요경비에 관하여 처분청에서 결정한 내용을 검토하건대, 토지의 경우는 한국토지개발공사로부터 매입한 가액에 취득세, 등록세등 자본적 지출을 가산한 금액으로 결정하였고, 건물 및 구축물의 경우는 신축시 소요된 외주공사비등 지출증빙에 의한 금액에 취득세. 등록세등 자본지출을 가산함과 동시에 당해 양도자산의 보유기간중 사업소득계산에 있어서 필요경비로 계상된 감가상각충당금을 제외하여 동 취득가액 및 필요경비를 계산하였음을 알 수 있는 반면, 청구인이 제시한 장부기록만 가지고는 건설가계정, 건축구축물등 각 계정과목 상호간 대체내용이 명확히 구분되지 아니하고 또한 처분청의 당초조사시 취득가액 및 필요경비로 인정된 금액을 제외한 구분이 쟁점건물등의 신축에 직접 소요되었는지의 여부가 불분명하다 할 것인 바, 이 건 처분청이 쟁점토지 및 건물등의 양도가액을 1,238,268,200원, 취득가액과 필요경비를 1,065,915,071원으로 계산하여 해당 방위세를 결정한 당초처분에는 달리 잘못이 있어 보이지 아니한다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 공장용지의 등록세분 방위세와 공장건물의 신축공사비중 자가공사비를 취득가액과 필요경비에서 제외한 당초처분의 당부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 처분청의 이 건 과세처분의 경우를 보면, 청구인이 토지개발공사로 부터 매입한 공장용지 14,987.8평방미터 지상에 85년도 1차 공장, 사무실 및 경비실, 86년과 87년에 2차 공장 건평 합계 5,497.92평방미터를 각 신축하여 OOOOO(업종: 보일러제조)를 경영하다가 88.1.1 주식회사 OO로 전환하여 동법인에 위 공장용지 및 건물을 현물출자하고 그에 따른 양도차익예정신고 및 확정신고를 함에 있어 양도가액은 현물출자시 감정한 감정가격으로, 취득가액은 공장용지의 실제취득가액에 그 취득세, 등록세, 등기수수료 및 등록세분 방위세를 더하고, 건물신축시 실제소요된 외주공사비와 자가공사비를 합한 총공사비에 등록세 및 취득세를 더하여 산출한 가액으로 하였는 바, 처분청은 양도가액은 신고된 실지거래가액으로 하였으나 취득가액은 신고가액중 공장용지의 등록세분 방위세 1,718,240원과, 건물신축공사비중 자가공사비102,935,074원을 제외한 나머지 금액인 외주공사비만을 그 취득가액 및 필요경비로 인정하여 그 과세표준과 세액을 산출한뒤 조세감면규제법에 의거 양도소득세를 면제하고 방위세는 기 납부세액 8,618,406원을 차감하여 89.5.17 13,496,590원을 과세하였음이 기록에 의하여 확인된다. 청구인은 이 건 과세시 필요경비계산에서 제외된 공장용지의 취득시 소요된 등록세분 방위세 1,718,240원 및 공장건물 신축시 소요된 자가공사비 102,935,074원을 취득시 필요경비로 인정하여 양도가액에서 공제하여야 한다고 주장하고 국세청장은 당초처분시 제외된 위 금액이 실제로 직접 소요되었는지 여부가 분명하지 아니하여 이를 취득가액과 필요경비로 인정할 수 없다고 다툰다. 먼저 양도소득의 필요경비계산 관련 규정인 소득세법 제45조 및 동시행령 제94조 및 제86조에 의하면 대통령령이 정하는 경우에 적용되는 필요경비는 매입한 고정자산인 경우 등록세, 취득세, 기타 부대비용을 포함한 매입당시의 가액으로 하고, 자기가 건설.제작등에 의하여 취득한 고정자산은 원재료비, 노무비, 운임, 하역비, 보험료, 수수료, 설치비, 등록세, 취득세 기타 부대비용의 합계액으로 하도록 규정하고 있어 청구인주장의 등록세분 방위세 및 공장 자가신축공사비의 실제 지출사실이 확인되면 이를 필요경비로 공제하여야 할 것이데, 청구인주장중 공장용지의 등록세분 방위세 관련주장에 관하여 보면, 청구인이 제시한 등록세영수증에 의한면 청구인은 84.6.19 위 공장용지에 대한 취득등기시 등록세분 방위세 1,718,240원을 포함한 등록세등 10,309,450원을 납부하였음이 확인되어 이는 취득필요경비로서 인정공제되어야 할 것으로 판단되며, 공장신축공사비중 자가공사비와 관련하여 보면, 청구인이 제시한 안성공장 신축관련 회계장부와 관계증빙을 당심이 조사한 바에 의하면 청구인은 경기도 안성지구 대덕공단내 보일러공장을 신축함에 있어 외주공사와 청구인 자가공사를 병행하고 관련장부를 건설가계정과 구축물계정으로 구분하여 각 그 계정에 외주공사 및 자가공사비의 지출사실을 기장하고 그 공사준공후 건설가계정상의 금액을 건물계정에 이체하였으며 85년도 외주공사비 483,740,508원, 자가공사비 39,692,610원, 86년도 외주공사비 284,912,000원, 자가공사비 53,066,175원, 87년도 외주공사비 13,936,000원, 자가공사비 10,176,289원이 각 지출되었음이 확인되고 있어, 청구인이 지출한 공장신축 총공사비중 자가공사비는 85년에 39,692,074원, 86년 및 87년도에 63,242,464원이라 할 것인바 이는 공장건물의 신축시 실제소요된 비용으로서 공장건물의 취득가액에 포함되어야 할 것으로 판단된다. 따라서 청구인이 양도차익신고시 신고한 취득가액 및 필요경비에서 위 공장용지의 등록세분 방위세 1,718,240원과 공장건물의 자가공사비 102,935,074원을 제외하고 양도차익을 산출하여 방위세의 과세표준과 세액을 결정한 처분청의 당초처분은 잘못이 있으므로 이의 잘못을 주장한 청구인의 이 건 심판청구는 이유 있다 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.