매입세액을 매출세액에서 공제배제한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구조합은 서울특별시 동작구 OO동 제1구역 제1지구 주택개량재개발사업을 시행하는 사업자로서, 89.1.25. 88년도 제2과세기간분의 부가가치세 확정신고를 하고 89.5.27. 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 환급받을 세액 96,093,097원이 발생하는 것으로 하여 과세표준수정신고를 하였으나, 처분청이 환급거부등 아무런 행정처분을 하지 아니한 바, 청구인은 89.9.9. 심판청구를 거쳐 89.11.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구조합 주장 청구조합은 86.9.16. 서울특별시 동작구 OO동 제1구역 제1지구 주택개량재개발사업을 시행할 목적으로 설립되어 부가가치세법 제5조의 규정에 의하여 87.2.5. 사업자등록을 이행한 조합이다. 따라서 청구조합이 납부하여야 할 세액은 부가가치세법 제17조의 규정에 의하여 매출세액에서 매입세액을 공제하여 계산하여야 할 것인데도 불구하고, 처분청은 “재개발사업시행자가 종전토지·건물등을 출자한 조합원에게 분양하는 신축건물과 조합원이 아닌 일반인에게 분양하는 신축건물의 면적을 기준으로 안분계산하여 조합원분양분에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”는 국세청장 훈령 “도시재개발에 따른 종전건물인도 및 신축건물분양의 부가가치세 과세요령(85.12.31)”을 근거로 하여 청구조합이 조합원분양분에 해당하는 매입세액도 매출세액에서 공제한 내용으로 수정신고한 것을 받아들이지 아니하고 있으나, 위 국세청장훈령은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액에 관하여 규정하는 부가가치세법 제17조 제2항의 어느호에도 근거를 두고 있지 아니하는 무효의 훈령이므로 처분청은 청구조합이 수정신고한 환급받을 세액 96,093,097원을 환급하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 도시재개발법에 의한 재개발사업시행자가 종전의 토지·건물등의 소유자에게 신축건물을 분양하는 경우에는 부가가치세를 면세하는 것이므로(국세청부가 22601-85.12.31) 이 건 분양한 건물에 관련된 매입세액은 면세관련 매입세액에 해당하여서 부가가치세 납부세액 계산시에 매출세액에 공제되지 아니한다 할 것이다. 그러므로 청구조합이 분양에 관련된 매입세액을 부가가치세 납부세액 계산시 공제될 매입세액으로 계산하여서 환급을 구하는 수정신고를 한데 대하여 처분청이 응하지 않는 것은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 도시재개발사업을 시행할 목적으로 설립된 조합의 부가가치세 납부세액을 계산함에 있어, 종전의 토지와 건물을 소유한 조합원에게 분양되는 신축건물과 조합원이 아닌 일반인에게 분양하는 신축건물의 면적을 기준으로 안분 계산하여, 조합원분양분에 해당하는 매입세액은 이를 매출세액에서 공제배제한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단 우선 청구조합은 부가가치세법 제5조의 규정에 의하여 처분청에 사업자등록을 하였으므로 사업자라고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. 청구조합이 아파트등을 신축하여 조합원이 아닌 불특정다수인을 대상으로 분양하는 것은 사업자임에는 틀림이 없다 하겠다. 그러나 조합원이 종전의 토지·건물등을 청구조합에게 양도하고 청구조합이 신축한 아파트등을 조합원에게 분양하는 것은 도시재개발과 주택개량재개발에 관하여 규정하고 있는 도시재개발법 제65조에서 “환지”로 본다고 규정하고 있으므로 토지·건물등의 교환거래라고는 볼 수 없고, 조합원이 종전의 토지·건물등을 되돌려 받는 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 도시재개발법에 의한 주택개량재개발사업을 시행하기 위하여 토지·건물등의 소유자가 조합을 설립하고, 그 조합이 아파트등을 신축한 후 조합원에게 아파트등을 분양하는 경우, 그 조합을 부가가치세법상 사업자라고는 볼 수 없다 하겠다. 다음으로, 청구조합은 이 건 관련매입세액은 “매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액에 관하여 규정하고 있는 부가가치세법 제17조 제2항”의 어느호에도 해당하지 아니하므로 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. 청구조합이 조합원에게 아파트등을 신축하여 분양한 경우에도 부가가치세법상 사업자의 지위에 있다면, 청구조합은 조합원으로부터 부가가치세를 징수(조세감면규제법 제74조 제1항 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 국민주택은 별론으로 함)하여야 할 것이나, 청구조합이 조합원에게 아파트등을 분양하는 것은 부가가치세법 제6조에 규정한 재화의 공급으로 보지 아니하기 때문에 부가가치세를 징수하지 아니하는 것이다(재무부 예규 소비 22601-1216, 85.12.5. 같은취지이고 이 건의 경우 청구조합도 조합원으로부터 부가가치세를 징수한 바 없음). 따라서 청구조합이 사업자가 재화를 공급하는 경우 납부세액계산방법을 규정하는 부가가치세법 제17조의 규정을 거론하여 “부가가치세법 제17조 제2항에 이 건과 같은 사례의 경우 매입세액을 공제하지 아니한다는 명문의 규정이 없음에도 불구하고 처분청이 전시한 국세청훈령을 근거로 이 건 관련 매입세액을 공제하지 아니한 것은 부당하다”고 주장하는 것은 관련법률과 국세청장훈령을 잘못 이해한 것으로 보인다. 그리고 설령 청구조합의 주장대로 이 건 관련매입세액을 매출세액에서 공제한다면 일반국민이 자가건물(예:주택)을 신축하는 경우 건축자재등을 구입할 때 징수당한 부가가치세를 환급해주지 아니하고 있는 것과도 형평을 일실하게 되고, 부가가치세법상 영세율을 적용하게 되는 결과가 되는 바, 부가가치세법에서 영세율적용은 수출등에 한하는 부가가치세법의 일반적인 체계에도 반하는 것이라고 보여지므로 청구주장은 이유없고 처분청의 당초처분은 정당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.