예정신고기한 경과후 납부된 세액을 그후 다른 자산의 예정신고납부세액으로 보아 예정신고납부세액공제를 할 수 있는지 여부(취소)

[참조결정] 국심1987서1851 / 국심1989서1641 / 국심1989서1588 / 국심1988서1302 / 국심1988서0946 / 국심1989서0664

[주 문] 마포세무서장이 89.6.7. 청구인에게 과세한 89년 수시분(88년 귀속분) 양도소득세 94,321,640원 및 동 방위세 20,435,040원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울시 강남구 OO동 OOOOO 134.8평방미터를 82.12.23. 취득하여 88.8.17. 489,200,000원에, 같은곳 OOOOOO 대지 318.85평방미터를 76.12.23. 취득하여 88.8.17. 1,157,400,000원에, 같은곳 OOOOOO 대지 165.55평방미터를 76.12.23. 취득하여 88.9.3. 575,575,000원에 각각 청구외 OO개발주식회사에 2회에 걸쳐 양도한 후 이 건 토지의 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액으로 산정하여 88.9.30.과 88.10.31.에 각각 예정신고하면서 그 납부세액은 분할하여 납부하였는 바, 처분청은 이 건 토지의 양도차익을 모두 합산하고 평균보유년수 (11.356년)를 적용하여 양도소득세를 산출한 후 소정기한내 납부된 세액의 100분의 10에 대해서만 예정신고 납부세액공제를 하여 89.6.7. 청구인에게 89년 수시분(88년 귀속분) 양도소득세 94,321,640원 및 동 방위세 20,435,040원을 과세하였다.

2. 청구인 주장 청구주장 1: 양도소득에 대한 종합소득세율을 적용함에 있어서 양도자산은 그 취득시기가 각각이고 보유기간이 상이한데도 처분청은 양도자산의 양도차익 합계액을 평균보유년도(11.356년)로 나눈 금액을 기준으로 종합소득세율을 적용하였음은 부당하므로, 거래단위별·보유년수별로 구분하여 보유년수가 동일한 각 자산의 양도소득금액의 합계액을 보유년수로 나눈 금액에 해당되는 종합소득세율을 적용하여 종합소득세율에 의한 세액을 계산하여야 한다고 주장하고, 청구주장 2: 예정신고 납부세액공제에 있어서 88.8.17. 양도분은 예정신고 납부하여야 할 세액 468,936,180원중(88.9.30. 자산양도차익 예정신고) 235,000,000원만을 88.9.30. 납부하고, 나머지 233,936,180원은 88.10.31. 납부하였으며 88.9.3. 양도분은 예정신고 납부하여야 할 세액 259,172,520원중(88.10.31. 예정신고) 130,000,000원만을 88.10.31. 납부하고 나머지 129,172,520원은 88.11.30. 납부하였는 바, 이 건 88.9.30. 예정신고분의 납부세액 235,000,000원에 상당하는 산출세액 261,111,111원과 88.10.31. 예정신고분의 납부세액 363,936,180원이 산출세액 191,648,356원보다 많으므로 산출세액에 상당하는 금액인 191,648,356원의 합계액 452,759,467원의 100분의 10에 대한 금액인 45,275,946원을 자산양도차익 예정신고납부세액공제로 하여야 함에도 36,500,000원만을 공제함은 부당하다고 주장한다.

3. 국세청장 의견 청구주장 1에 대하여 본다. 이 건의 관련규정인 소득세법 제70조 제3항 본문에는 “거주자의 양도소득에 대한 소득세는 당해년도의 양도소득 과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

1. 제23조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 2년이상인 것과 기타자산, 양도소득 과세표준의 100분의 40

2. 제23조 제1항 제1호 및 제2항에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 2년미만인 것, 양도소득과세표준의 100분의50

3. 미등기 양도자산 양도소득 과세표준의 100분의 75”라고 규정하고 있고, 동법 동조 제8항 본문에는 “제3항의 양도소득 산출세액이 양도소득 과세표준(다만, 양도소득 특별공제액을 공제하지 아니한 금액으로 한다)을 보유년수로 나눈 금액에 제1항의 세율을 적용하여 계산한 금액에 대하여 보유년수를 곱한 금액(이하 “종소세율에 의한 세액”이라 한다)보다 적은 경우에는 종합소득세율에 의한 세액을 양도소득산출세액으로 한다”라고 규정하고 있고, 동법 시행령 제121조의 4(종소세율에 의한 세액의 계산) 제1항에는 “법 제70조 제8항의 종합소득세율에 의한 세액은 다음 산식에 의하여 계산한다. × 법제70조 제1항의 세율 × 보유년수”라고 규정하고 있고, 국세청 예규(재산 01254-861, 88.3.24.)에는 “종합소득세 세율에 의한 양도소득세 계산시 적용하는 보유기간의 계산은 소득세법 시행령 제121조의 4 제2항의 규정에 의거 취득일로부터 양도일까지의 기간을 년 단위를 만으로 계산하되 1년미만의 기간은 1년으로 보는 것이며, 또한 당해년도의 양도차익 예정신고를 2회이상 하는 경우에는 같은법 제97조 제2항의 규정에 따라 제2회 이후 신고하는 양도차익과의 합계액에 의하여 계산하는 것임”이라고 규정하고 있고 재무부 예규(조법 1264-560, 84.5.26)에서도 같은 내용을 규정하고 있는 바, 재무부장관도 “거래단위별로 비교, 과세하기 위하여 종합소득세율에 의한 세액은 예정신고하는 당해양도차익별로 구분하여 계산하도록 하였다”고 그 입법취지를 제시하고 있으며(간추린 개정세법 82년 재무부 발간), 동법 제101조 제1항 제7의 2호에서 “양도소득만이 있는 거주자로서 자산양도차익예정신고를 한 자”는 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 된다고 규정하고 있는 바, 첫째, 양도소득세율이 자산의 종류, 등기여부, 보유기간등에 따라 다르기 때문에 기본적으로 양도소득과세표준 및 세액은 각 자산별로 계산된다는 점, 둘째, 소득세법 제70조 제3항 본문의 “당해년도의 양도소득과세표준”의 개념도 연간 양도소득금액의 합계액을 의미하는 것이 아니라 당해년도에 양도한 각 자산별로 각각의 양도소득금액을 의미하는 것으로 볼 수 있다는 점, 셋째, 양도소득세율에 의한 세액과 종합소득세율에 의한 세액과의 비교과세에 있어서 그 근거규정인 소득세법 제70조 제8항에서 종합소득세율에 의한 세액을 자산의 보유년수를 감안하여 계산하도록 규정하고 있을 뿐 양도소득금액을 합산하여 이를 기준으로 계산한다거나 자산별로 계산한다고 규정하고 있지 않기 때문에 원칙적으로는 양도소득과세의 기본구조에 따라 각 자산별로 보유년수를 감안하여 계산할 수 밖에 없다는 점, 넷째, 양도소득세를 예정결정함에 있어서 당해년도중 자산양도차익예정신고를 2회이상 하는 경우에 종합소득세율에 의한 세액은 각 예정신고시 신고하는 양도차익별로 구분하여 계산하도록 규정되어 있고, 이는 거래단위별로 비교, 과세하기 위한 것이므로 결국 거래단위별로 비교, 과세하기 위해서는 종합소득세율에 의한 세액은 거래단위별로 구분하여 계산함이 타당하다는 점, 이 건의 경우 각 자산의 양도차익은 합산하고 보유기간은 양도차익 비율에 따른 평균치에 의하여 처분청이 계산하였음은 전시한 법조문에 비추어 볼 때 정당하다. 다음, 청구주장 2에 대하여 본다. 청구인은 강남구 OO동 OOO 소재 토지와 동소 OOOOOO 소재 토지는 양도일이 88.8.17.로서 자산양도차익 예정신고시 납부할 세액 468,936,180원중 235,000,000원은 자산양도차익 예정신고납부기한인 88.9.30. 납부하고 기한경과후인 88.10.31. 233,936,180원을 납부하였으며 동소 OOOOOO 소재 토지는 88.9.3. 양도하여 259,172,520원중 자산양도차익 예정신고납부기한인 88.10.31.에는 130,000,000원을 납부하고 기한경과후인 88.11.30.에는 129,172,520원을 납부하였는 바, 청구인은 88.10.31. 납부한 233,936,180원은 강남구 OO동 OOOOOO 소재 토지의 88.10.31. 납부할 세액에도 해당되니 이 부분에 대하여 자산양도차익 예정신고납부세액공제를 하여야 한다고 주장하나 관련규정인 소득세법 제98조(자산양도차익 예정신고 납부세액공제) 제1항에 규정한 “자산양도차익 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 그 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다”라는 규정에 반하는 것으로 청구주장은 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점 쟁점1) 1과세기간내에 2회이상 자산을 양도한 경우의 양도소득세 계산방법과 쟁점2) 예정신고기한 경과후 납부된 세액을 그후 다른 자산의 예정신고납부세액으로 보아 예정신고납부세액공제를 할 수 있는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단 쟁점1)에 대하여: 소득세법 제70조 제3항 본문에서 “거주자의 양도소득에 대한 소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다”고 규정하면서 동조 동항 제1호 내지 제3호에서 자산의 종류, 등기여부, 보유기간 등에 따라 양도소득세율을 각각 규정하고 있고, 동조 제8항에서 “제3항의 양도소득 산출세액이 양도소득 과세표준을 보유년수로 나눈 금액에 종합소득세율을 적용하여 계산한 금액에 대하여 보유년수를 곱한 금액보다 적은 경우에는 종합소득세율에 의한 세액을 양도소득산출세액으로 한다”고 규정하고 있으며, 종합소득세율에 의한 세액의 계산에 대하여 대통령령으로 정하도록 위임한 동조 제10항을 근거로 하여 동법 시행령 제121조의 4 제1항에서 종합소득세율에 의한 세액은 다음 산식에 의하여 계산한다고 하여 × 종합소득세율 × 보유년수로 규정하면서 동조 제4항에서 “당해년도중 자산양도차익 예정신고를 2회 이상하는 경우 종합소득세율에 의한 세액은 각 예정신고시 신고하는 양도차익별로 구분하여 계산한다”고 규정하고 있고, 다섯째, 그리고 양도소득만이 있는 거주자로서 자산양도차익예정신고를 한자는 과세표준 확정신고의무가 없다는 점등을 종합하여 보면, 양도소득세를 확정결정함에 있어서도 거래단위별로 비교, 과세하기 위해서는 종합소득세율에 의한 세액을 거래단위별로 구분하여 계산하는 것이 정당하다 할 것이므로 양도시점이 상이하거나 양도시점이 동일하지만 그 보유년수가 다른 이 건의 경우는 자산별로 구분하여 하나의 거래단위로 계산함이 보다 합리적이라고 판단된다(당 심판결정 87서1851, 88.2.23: 89서1641, 89.11.20: 89서1588, 89.11.18: 88서946, 88.10.10. 동지). 쟁점2)에 대하여: 청구인이 88.8.17. 양도분에 대하여 88.9.28. 예정신고하고 납부할 양도소득세액 468,936,180원중 235,000,000원은 88.9.30. 납부하고, 그 나머지 233,936,180원은 88.10.31. 납부한 사실, 88.9.3. 양도분에 대하여는 88.10.23. 예정신고하고 납부할 양도소득세액 259,172,520원중 130,000,000원은 88.10.31. 납부하고, 그 나머지 129,172,520원은 88.11.30. 납부한 사실과 처분청이 이 건 예정신고납부세액을 계산하면서 법소정기한내에 적법하게 자진납부한 세액 235,000,000원과 130,000,000원의 합계액 365,000,000원에 대하여 100분의 10에 상당하는 36,500,000원을 예정신고납부세액으로 산출세액에서 공제하여 이 건 과세처분을 한 사실을 인정할 수 있다. 청구인은 88.8.17. 양도분에 대하여 신고기한 경과후 분납한 세액 233,936,180원을 88.9.3. 양도분에 대한 예정신고기한내의 자진납부세액으로 인정하여 예정신고납부세액공제를 하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제98조 제1항에서 자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 그 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다고 규정하고, 동법 시행령 제145조 제1항 및 동법 시행규칙 제72조에서 양도차익예정신고자진납부를 법 소정기한내에 하지 아니한 경우에는 자산양도차익 예정신고납부세액공제를 하지 아니하는 것으로 규정하고 있어, 청구인이 적법한 기한내 예정신고납부하지 아니한 세액 233,936,180원에 대하여 까지도 세액공제를 하여야 한다는 청구인의 주장은 법리를 오해한 것으로서 이유없다 하겠다. 그러나, 처분청의 처분에 있어서도 위 법조의 규정에 의하여 “산출세액”의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제하여야 함에도 “납부세액”의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제하였는 바, 이러한 처분 역시 위법하다 하겠다. 따라서, 법 소정기한내 자진납부한 세액 합계액 36,500,000원을 예정신고납부세액 공제전의 산출세액 상당액으로 환산(법 소정기한내의 자진납부세액을 100분의 90으로 나눔)하여 당해 산출세액의 100분의 10을 예정신고납부세액으로 하여 산출세액에서 공제함이 적법하다 하겠다. 끝으로, 위 쟁점1)과 쟁점2)에서 살펴본 대로 이 건 양도차익을 산정하고 세액을 계산하는 경우, 이 건 심판청구의 대상이 된 고지세액을 초과하는 청구법인이 자진납부한 세액까지를 환급하게 되는 바, 자진신고 납부한 세액이 착오 등으로 과다납부 되었다는 이유로 하는 환급청구는 행정심판 또는 행정소송의 대상이 될 수 없으므로(대법원 전원합의부 판결 88누6436, 89.6.15: 당심판결정 88서1302, 89.3.2. 89서664, 89.8.1. 동지) 이 건의 경우 경정처분에 의한 고지세액만을 취소하는 것이 적법하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.