1983사업년도법인세분 방위세를 1989.4.12 자로 추가고지한 이 건 처분이 소멸시효가 완성된 후에 이루어진 것으로서 무효인지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOO에 영업소를 두고 OOOOOOO업(매표대리)을 영위하는 법인으로, 같은동 OOOO소재 대지 89,073.5평방미터(26,944.7평)에 지하 1층, 지상10층의 OOOOOOO 및 부속상가 건물 86,006.38평방미터(26,016.9평)을 건설하기 위해 1979.8.16 서울특별시로 부터 건축허가(1981.10.15 가사용승인)를 받고 건축공사비에 충당하기 위해 6·7·8층 의류상가(점포수 1,674개)에 대해서는 1980년 8월 부터, 2·4층 원단상가(점포수 318개)에 대해서는 1983년 2월 부터 전세계약(전세기간 5년 종료후 분양우선권 부여조건)을 체결하였는 바, 처분청에서 6·7·8층 의류상가에 대해 가사용승인일인 1981.10.15 에 사실상 양도(분양)한 것으로 보아 1983.6.14 전세보증금을 양도가액으로 하여 법인제세를 부과(청구법인은 1983.6.14자 동 처분에 불복, 1983.8.12 감사원에 심사청구를 제기하여 1983.10.19 전액 취소결정을 받은 바 있음)한 후, 2·4층 원단상가에 대해서도 1989.3.28 자로 1983사업년도(1983.1.1-1983.12.31) 법인제세를 경정부과함에 있어서, 특별부가세는 법인세법 제59조의2 제4항 및 소득세법 시행령 제53조(양도 또는 취득의시기)제1항의 규정에 의해 1983년중에 전세보증금이 완납된 123개 점포를 과세대상으로 하여 927,658,360원을, 법인세는 법인세법 제17조 및 국세청 예규(법인 1264.21-2320, 1984.7.12)에 의해 1983년중에 입주된 것으로 본 318개 점포전부를 과세대상으로 하여 1,993,495,320원 및 동방위세 270,365,550원을 부과하고, 1989.4.12 자로 위 특별부가세분 방위세 125,812,610원을 추가고지함에 따라 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 1989.8.1 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 첫째, 처분청에서 6·7·8층 의류상가 임대를 상가 매매로 보아 법인제세를 부과한 1983.6.14 처분에 대해 감사원으로 부터 이를 상가매매로 볼 수 없다는 이유로 전액 취소결정을 받았는 바, 동일한 사안인 2·4층 원단상가 임대를 상가매매로 보아 법인제세를 부과한 이 건 처분은 위 감사원 심사결정에 반하는 것으로서 무효이고(이하 “청구1”이라 한다), 둘째, 청구“1”에서 이 건 처분이 무효가 아닌 것으로 본다 하더라도 2·4층 원단상가에 대한 전세계약은 6·7·8층 의류상가와 마찬가지로 형식적으로나 실질적으로 전세계약인 바, 이를 사실상의 양도계약으로 보아 법인제세를 부과한 이 건 처분은 취소되어야 하고(이하 “청구2”라 한다), 셋째, 설사 2·4층 원단상가임대가 양도조건부 임대로서 사실상의 양도에 해당하여 법인세를 과세한다 하더라도 구 법인세법 제17조 제3항의 규정(82.12.21 개정하여 85.12.23 개정시까지 적용)에 의하면 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속시기는 그 대금을 청산한 날 또는 소유권이전등기를 한 날이 속하는 사업년도가 되는 것이므로, 청구법인의 1983 사업년도 법인세를 과세함에 있어서는 청구법인이 1983년중에 전세보증금을 완납받은 123개점포의 전세보증금 2,371,600,000원에 대해서만 과세해야 할 것임에도 총318개점포 전체의 전세보증금 5,656,710,000원에 대하여 과세한 이 건 처분은 손익의 귀속시기를 오해한 위법한 처분이며(이하 “청구3”이라 한다), 넷째, 이 건 법인세, 특별부가세 계산시 3·5층 정차장 및 아스팔트 공사비(1,263,995,484원)중 2·4층 안분계산분(91,077,529원)과 2·4층 원단상가 직접투자비(칸막이·전기시설 등 285,906,692원)가 취득원가에 불산입되었는 바, 위 금액은 2·4층 원단상가에 대한 자본적 지출로서 취득가액에 산입되어야 하고(이하 “청구4”라 한다), 다섯째, 1989.4.18 자 추가고지된 1983사업년도 방위세의 경우 신고납부기한인 1984.3.30 로 부터 기산하여 1989.3.30 에 시효가 완성되었으므로 시효가 완성된 후의 이 건 처분은 무효라는 주장(이하 “청구5”라 한다)이다.

3. 국세청장 의견 이에 대하여 국세청장은, 청구“1”의 경우, 1983.10.19 자 감사원 심사결정의 효력은 6·7·8층 의류상가의 임대분양에 관한 당초과세처분 및 이와 병존할 수 없는 처분에 한하여 효력을 미치는 것이고, 처분청이 동일한 유형의 다른 사안에 대하여 감사원이 심사결정에서 채택한 법률적 판단과 다른 판단을 하였다고 하여 그 처분을 무효화시키는 효력을 가지는 것은 아니라 할 것이므로 이 건 처분에 대하여 감사원의 심사결정의 효력이 미침을 전제로 하는 청구법인의 주장은 이유 없고, 청구“2”의 경우, 이 건 전세계약이 전세기간종료후에 분양한다는 특약조건으로 체결되었고, 이러한 조건에 따라 현실적으로 분양이 진행되고 있었고 이 건 점포를 취득한 당사자들이 당초부터 분양으로 알고 매수하였으며, 이들이 제3자에게 공공연히 전매한 사실이 있는 점등으로 미루어 볼 때, 청구법인은2·4층 318개 점포에 대해 준공지연으로 인해 소유권이전등기가 불가능해지는 등 특수한 여건으로 인하여 부득이 전세계약의 형식을 빌었을뿐 사실상 이를 양도한 것으로 인정되는 바, 일부 해약된 사례와 관리비의 면제사례등의 이유를 들어 단순한 전세계약에 불과했던 것일뿐 사실상의 양도가 아니다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단되고, 청구“3”의 경우, 청구법인의 이 건 점포임대계약이 사실상의 양도에 해당되고 2·4층 원단상가가 1983.4.12 개장되었으며 복덕방유리창에 OOO상가 완전분양이라는 광고가 나붙은 사실이 처분청의 조사결과 밝혀지고 있는 바, 계약체결 후에 양측 합의에 의하여 해약된 부분에 대한 손익을 발생년도에 귀속시켜야 할 것인지 여부에 대한 것은 별론으로 하고 2·4층 전세점포의 총전세보증금에 대하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다고 판단되며, 청구“4”의 경우, 3·5층 정차장 및 아스팔트공사비와 2·4층 상가 투자비가 이 건 2·4층 전세점포와 직접관련된 것으로 볼 수 없거나 불분명하므로 그중 일정부분을 필요경비 또는 손금에 합산할 수는 없는 것이고, 청구“5”의 경우, 처분청에서 1983 사업년도분 법인세 및 방위세를 소멸시효가 완성되기전인 1989.3.28 자로 이미 고지처분한 바 있고, 위 사업년도분 법인세 및 방위세에 대한 징수권의 소멸시효는 동고지처분에 의해 중단되는 것이므로 당초고지처분중 방위세에 대한 계산착오를 발견하여 즉시 추가고지한 이 건 처분은 적법한 것으로 판단된다는 의견이다.

4. 쟁점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은

• 가. 청구“1”의 경우, 이 건 처분이 1983.10.19 자 감사원의 심사결정과 병존할 수 없는 것으로서 무효인지의 여부를,
• 나. 청구“2”의 경우, 2·4층 원단상가에 대한 전세계약을 사실상의 양도계약으로 볼 수 있는지의 여부를,
• 다. 청구“3”의 경우, 쟁점 “나”에서 이 건 전세계약을 사실상의 양도계약으로 본다하더라도 손익의 귀속년도를 점포입주일이 속하는 사업년도로 하고 2·4층 318개 전세점포가 1983년중에 모두 입주된 것으로 보아 318개 점포의 총전세보증금에 대해 1983 사업년도 법인세를 부과한 이 건 처분이 타당한 것인지의 여부를,
• 라. 청구“4”의 경우, 3·5층 정차장 및 아스팔트공사비중 2·4층 전세점포해당부분과 2·4층 상가투자비를 필요경비 또는 손금에 산입할 수 있는지의 여부를,
• 마. 청구“5”의 경우, 1983사업년도법인세분 방위세를 1989.4.12 자로 추가고지한 이 건 처분이 소멸시효가 완성된 후에 이루어진 것으로서 무효인지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

• 가. 청구“1”에 대하여 위 쟁점“가”에 대해 살피건대, 1983.10.19 자 감사원의 심사결정의 효력은 이 건 건물 6·7·8층 상가의 임대분양에 관한 당초의 과세처분 및 이와 병존할 수 없는 처분에 한하여 효력을 미치는 것일 뿐이고, 처분청이 동일한 유형의 다른 사안에 대하여 감사원이 심사결정에서 채택한 법률적 판단과 다른 처분을 하였다고 하여 그 처분을 무효화시키는 효력을 가지는 것은 아니라고 함이 상당하다 할 것이므로, 위 건물 2·4층에 관한 처분청의 1989.3.28 및 같은해 4.12 자 이 건 과세처분에 대하여 감사원의 심사결정의 효력이 미침을 전제로 하는 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단된다.
• 나. 청구“2”에 대하여 위 쟁점 “나”에 대해 살피건대, 먼저 법인세법 제3조 제2항을 보면 “법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 그 명칭여하에 불구하고 거래의 실질내용에 따라 이를 적용한다”고 규정되어 있고, 동법 제59조의2 제2항에 의하면 “양도라 함은 토지등에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다”고 규정되어 있다. 다음으로 이 건 전세계약서 제22조(특약)제1항을 보면 “본 계약서 제3조(전세기간)의 종료후는 점포를 을(전세권자)에게 우선하여 분양한다”고 약정되어 있고, 동조 제2항을 보면 “그 시(時)분양가는 을이 납부한 전세보증금액이외에 갑(청구법인)이 전세기간중 불입한 보험료, 재산세 및 시설보수에 지출 소요된 금액(투자비)을 합산한 금액으로 한다”고 약정되어 있어 전세기간종료후 분양시 전세권자가 전세보증금이외에 분양가로 추가부담하는 금액은 전세기간중 점포의 실질소유자가 부담하여야 할 성질의 것인 보험료, 재산세 및 투자비에 국한되는 것임을 알 수 있고, 결국 이 건 전세계약서상의 전세보증금은 전세계약체결당시의 분양가에 해당하는 것임을 알 수 있는 바, 이 건 전세계약은 형식상으로는 그렇게 되어 있으나 실질적으로는 유상양도계약에 해당된다고 판단된다. 그러하다면 이 건 2·4층 전세점포의 양도시기 또는 손익의 귀속년도는 별론으로 하고 처분청에서 이 건 전세계약을 양도계약으로 보아 이에 대해 법인제세를 부과한 이 건 처분은 정당하다 할 것이고, 계약의 형식과 관리비면제사례 및 일부해약사례등을 들어 이 건 전세계약은 형식적으로나 실질적으로 전세계약에 해당한다는 청구법인의 주장은 이유 없다 할 것이다.
• 다. 청구“3”에 대하여 위 쟁점“다”에 대해 살피건대, 먼저 법인세법 제17조 제2항을 보면 “내국법인이 각 사업년도에 있어서 상품·제품 또는 기타의 생산품을 판매함으로써 생긴 판매손익의 귀속년도는 그 상품·제품 또는 생산품을 인도한 날이 속하는 사업년도로 한다. 다만, 인도하지 아니하였거나 인도할 수 있는 상태에 있는 경우에는 인도할 수 있는 상태에 있는 날이 속하는 사업년도로 한다”고 규정되어 있는 바, 부동산매매업에 있어서 대금청산일 또는 소유권이전등기일 이전에 입주 또는 사용하는 경우의 손익귀속시기는 입주일 또는 사용일을 인도일로 보아 입주일 또는 사용일이 속하는 사업년도로 하는 것임을 알 수 있다. 다음으로 이 건 2·4층 전세점포의 입주시기에 대해 살펴보면, 청구법인은 1983년중에 전세보증금이 완납된 점포가 123개라는 점과 계약상 전세권자는 보증금 완불과 동시에 점포사용권을 향유하는 것으로 되어 있다는 점을 들어 1983사업년도 법인세는 123개 점포에 대해서만 부과하여야 한다고 주장하고 있을 뿐 1983년중에 실제입주된 점포의 수가 몇개인지에 대해서는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 반면에 처분청에서 조사한 바에 의하면 2·4층 원단상가가 1983.4.12 개장되고 인근복덕방 유리창에 OOO상가 완전분양이라는 광고가 게시되었던 것으로 나타나고 있는 바, 2·4층 전세점포(318개)전체가 1983년중에 입주된 것으로 보고 그 총전세보증금의 손익의 귀속시기를 1983사업년도로 하여 법인세를 부과한 이 건 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.
• 라. 청구“4”에 대하여 위 쟁점“라”에 대해 살피건대, 3·5층 정차장 및 아스팔트공사비의 경우는 위치상 및 공사비의 성격으로 볼 때 이 건 2·4층 전세점포와는 직접적으로 관계가 없는 것으로 인정되고, 2·4층 상가 투자비의 경우는 계약상 입주자들로 부터 회수하는 것으로 되어 있는 바, 특별부가세 또는 법인세계산시 이를 필요경비 또는 손금에 산입하지 아니한 이 건 처분 역시 정당하다고 판단된다.
• 마. 청구“5”에 대하여 위 쟁점“마”에 대해 살피건대, 국세기본법 제26조의2(국세부과의 제척기간)와 동법부칙(1984.8.7 법률 제3746호) 제4조(국세부과의 제척간에 관한 적용례), 동법 제27조(국세징수권의 소멸시효) 및 제28조(시효의 중단과 정지)의 규정에 비추어 보면 1983사업년도 법인세 및 동방위세를 소멸시효완성전인 1989.3.28 경정고지하였다가 동 사업년도 법인세(특별부가세)분 방위세를 1989.4.18 추가고지한 이 건의 경우에 청구법인의 1983사업년도 법인세분 방위세에 관한 징수권의 소멸시효는 위 1989.3.28 자 고지처분으로 인하여 중단되는 것임을 알 수 있다. 따라서 1983사업년도 법인세분 방위세를 1989.4.18 추가고지한 처분은 소멸시효완성후의 처분으로서 무효이다라는 청구법인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.