처분청이 양도소득금액을 계산함에 있어서 쟁점토지의 보유기간을 2년 미만으로 보고 양도소득특별공제 및 양도소득공제를 배제한 처분이 정당한지의 여부(취소)

[주 문] OO세무서장이 89.3.16자로 청구인에게 결정고지(89.3.31자로 일부 경정)한 84년 귀속 양도소득세 9,748,160원과 동 방위세 1,967,500원의 부과 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOOO OOOOOO OO OOOO에 주소를 둔 사람으로서 서울특별시 강남구 OO동 O OOOOO O대지 1,004평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOOO개발공사로부터 청구외 OOO와 공동으로(공유지분 각 2분의 1) 취득하여 [81.3.24자로 매매계약을 체결하고 취득가액 총 139,000,000원(청구인 지분 69,500,000원)을 7회로 분할지급하였으며 계약금 이외의 대가의 일부를 최초로 지급한 날은 81.6.23이고 잔금청산일은 82.12.31이며 소유권은 83.2.10자로 청구인에게 이전등기 되었음] 84.12.29자로 청구외 OOO에게 212,800,000원(청구인 지분 106,400,000원)에 양도하고 양도 및 취득가액을 실지거래가액으로 계산하여 85.5.31. 소득세 확정신고납부(양도소득세 3,573,580원 및 동 방위세 714,710원)를 필하였는 바, 처분청은 쟁점토지의 보유기간이 2년미만(잔금청산일 82.12.31부터 84.12.29까지의 기간)이라는 이유로 양도소득특별공제(12,226,040원) 및 양도소득공제(1,500,000원)를 배제하고, 89.3.16자(89.3.31자로 일부 감액 경정)로 양도소득세 9,748,160원 및 동 방위세 1,967,500원을 결정고지하였으며 청구인은 이에 불복 89.5.13 심사청구를 거쳐 89.8.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 OOOO개발공사와 체결한 이 건 토지매매계약은 일반적인 부동산 거래형태와는 달리 계약과 동시에 매수자에게 권리의무가 실질적으로 이전되고 그 대금도 7회에 분할 지급하였을 뿐만 아니라 청구인이 쟁점토지를 취득한 당시의 소득세법(78.12.5 법률 제3098호로 개정된 법률) 제27조에서 자산의 양도 및 취득시기를 “당해 계약을 체결하고 그 계약금 이외의 대가의 일부를 영수한 날 또는 영수할 날”로 규정하고 있었으므로 쟁점토지의 취득일을 1차 중도금 지급일인 81.6.23로 보는 것이 타당함에도 처분청이 잔금청산일(82.12.31)로 보고 그 보유기간이 2년미만이라 하여 양도소득특별공제 및 양도소득공제를 배제한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 쟁점토지의 최초부불금 지급일이 81.6.23이고 최종부불금지급일(약정일)은 82.9.23로서 그 기간이 2년미만이므로 연불조건매매에 해당되지 아니하고 잔금지급일(82.12.31)로부터 양도일(84.12.29)까지의 기간이 2년에 미달되므로 처분청이 양도소득특별공제 및 양도소득공제를 배제한 것은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 처분청이 양도소득금액을 계산함에 있어서 쟁점토지의 보유기간을 2년 미만으로 보고 양도소득특별공제 및 양도소득공제를 배제한 처분이 정당한지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 이 건 과세경위를 보면, 청구인은 81.3.24 매매대금 총 139,000,000원(청구인 지분 69,500,000원)을 7회에 분할지급(이자율: 연 20%)하는 조건으로 OOOOOO공사로부터 이 건 토지를 취득한 후 약 3년6개월간(청구인이 주장하는 보유기간) 보유하다가 84.12.29자로 청구외 OOO에게 212,800,000원(청구인 지분 106,400,000원)에 양도하고, 85.5.31 양도 및 취득가액을 실지거래가액으로 계산하여 소득세 확정신고납부(양도소득세 3,573,580원, 방위세 714,710원)를 필하였는 바, 처분청은 쟁점토지의 보유기간이 2년미만(잔금청산일을 기준으로 82.12.31부터 84.12.29까지의 기간)이라 하여 청구인의 확정신고사항중 양도소득특별공제 및 양도소득공제의 적용을 배제하고 이 건 양도소득세를 결정고지한 사실이 쟁점토지매매계약서, 소득세확정신고서, 결정결의서 등에 의하여 확인되고 있으며 청구인은 쟁점토지의 사실상 보유기간이 2년 이상이라는 이유 등을 들면서 처분청의 과세에 불복하고 있다. 먼저, 관계법령규정을 보면, 소득세법 제23조 제2항 본문에서 “양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액에서 다시 양도소득특별공제액과 양도소득공제액을 순차로 공제한 금액으로 한다”고 규정하면서 그 단서에서 보유기간이 2년미만인 것과 미등기양도자산에 대하여는 위 두가지 금액을 공제하지 아니한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제46조 제2항에서 “양도자산의 보유기간은 취득일로부터 양도일까지의 기간을 연으로 계산하되 연 미만은 월수에 따라 계산하고 월 미만의 일수는 1월로 한다”고 규정하고 있으며, 또한, 구 소득세법 제27조(양도 또는 취득의 시기) 제1항에서 “양도차익을 계산함에 있어서 자산의 양도 또는 취득시기는 당해 계약을 체결하고 그 계약금 이외의 대가의 일부를 영수한 날 또는 영수할 날로 한다”고 규정하고 있다. 다음으로, 쟁점토지를 사실상 보유한 기간이 2년 이상인데도 처분청이 이 건 양도소득금액을 계산함에 있어 양도소득특별공제 및 양도소득공제를 배제한 것은 부당하다는 청구인 주장의 당부에 대하여 살펴본다. 첫째, 쟁점토지의 취득경위를 보면, 81.3.24자로 OOOO개발공사와 동 공사법 제51조(토지의 매각) 제2호(주택건설용지) 및 제16조(토지매각의 방법) 제2항(분할상환)과 동법 시행령 제32조(토지매각대금의 분할상환) 규정에 의하여 “우선매각분할회수” 조건으로 매매계약을 체결(총 매매대금 139,000,000원중 계약금 20,000,000원 지급)하고 81.6.23 1차 중도금 20,000,000원, 81.9.23 2 차중도금 20,000,000원, 82.3.6 3차 중도금 20,000,000원, 82.4.30 4차 중도금 20,000,000원, 82.6.29 5차 중도금 20,000,000원과 82.12.31에는 잔금 19,000,000원을 지급한 후 83.2.10자로 소유권 이전등기(등기원인일: 81.3.24)가 청구인 앞으로 경료된 사실이 자산양도차익예정신고서류, 등기부등본 등에 의하여 확인되고 있어 청구인이 쟁점토지를 7회 분할지급조건으로 취득하였음을 알 수 있다. 둘째, 쟁점토지매매계약서를 살펴보면, 계약체결과 동시에 쟁점토지의 실질적인 사용권과 관리, 보존책임 및 각종의무부담이 OOOO개발공사로부터 매수자인 청구인에게 이전되었다는 사실 예컨대, 무허가건물의 철거책임이 매수자에게 있다는 점(계약서 제14조 제3항), 계약체결일 이후에 발생하는 천재지변, 수용, 도로편입, 건축제한 등 공법상의 부담 또는 행정명령에 대한 책임도 매수자 부담이 된다는 점(계약서 제15조), 또한 계약체결일 이후에 부과되는 조세공과금을 매수자가 부담하도록 되어 있다는 사실(계약서 제19조)등이 나타나고 있으며, 실제로 청구인이 쟁점토지상에 건축된 3동의 무허가건물에 대하여 보상금을 지급하고 철거하였고, 계약체결일 이후 과세기간에 대한 재산세를 잔금청산 또는 소유권이전등기와 관계없이 계약체결일 이후부터 납부하여 왔음이 재산세 납부영수증 등에 의하여 입증되고 있는 바, 쟁점토지는 통상적인 부동산 거래와는 달리 소유권이전등기 또는 대금을 청산하기 이전 즉, 계약체결당시에 그 권리의무가 OOOO개발공사로부터 청구인에게 사실상 이전되었음이 확인되고 있다. 셋째, 소득세법 제23조 제2항에서 거주자의 양도소득금액은 양도차익에서 양도소득특별공제액(취득가액 × 양도소득특별공제율 × 취득일로부터 양도일까지의 기간)과 양도소득공제액(150만원)을 차감하여 계산한다고 규정하고 있으며, 연불조건등 특수거래방법에 의하여 토지 건물을 취득한 경우의 보유 기간은 그 취득일로 보는 시점 즉, 첫회 부불금지급일로부터 계산하게 되고, 82.12.31 이전에 할부조건으로 취득하여 83년 이후에 양도한 자산에 대한 양도소득특별공제액을 계산함에 있어 그 취득일은 당해 계약을 체결하고 계약금 이외의 대가의 일부를 지급한 날이 된다 할 것이며, 취득가액은 각각의 분할지급액이 아니라 지급총액이 된다는 것이 그 동안의 예규 등에 의하여 과세기준의 하나로 정립되었다 할 수 있다[소득 1264-3207(83.9.7) 예규 동지]. 그렇다면, 쟁점토지 취득과 관련한 특수한 사실관계 즉, 계약체결과 함께 쟁점토지의 관리보존책임이 OOOO개발공사로부터 청구인에게 이전되어 취득세 및 재산세등 조세공과금을 청구인이 부담하여 왔다는 점, 대금을 7회에 분할지급하는 할부조건으로 취득하였다는 사실등과 실질적으로 단기간동안 보유하다가 양도한 자산에 대하여 각종 공제를 배제하려는 관계법령의 취지와 관련 예규 등을 모아 볼 때, 이 건 양도소득특별공제액을 계산함에 있어서 그 보유기간은 청구인이 쟁점토지를 실질적으로 취득한 날인 계약금 이외의 대가의 일부를 최초로 지급한 날(81.6.23)로부터 양도일(84.12.29)까지로 계산하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 보유기간을 2년미만으로 보고 양도소득특별공제 및 양도소득공제를 배제한 것은 부당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.