청구인이 10년간 거주하던 주택을 잔금청산일전에 멸실한 경우 1세대 1주택의 양도로 보아 비과세할 수 있는지의 여부(취소)

[주 문] 동작 세무서장이 89.1.19자 청구인에게 결정고지한 ’89수시분 양도소득세 1,142,490원, 동방위세 114,240원의 과세처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울 영등포구 OO동 OOOOOOO에 주소를 두고 있는 사람으로, 청구인이 77.10.21 취득하여 88.1.21 양도한 서울 영등포구 OO동 OOOOOO 소재 대지 41평방미터 및 동소 OOOOOOOOO 대지 28평방미터 계 69평방미터와 위 지상건물(단독주택) 37.45평방미터(이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 양도한데 대하여, 처분청은 89.1.21 잔금청산일전인 88.1.8 전시 건물은 멸실된 것이므로 나대지의 양도로 보아 89.1.19 청구인에게 ’89수시분 양도소득세 1,142,490원 동방위세 114,240원을 부과결정하자, 청구인은 이에 불복하여 89.3.28 심사청구를 거쳐 89.7.11 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구주장 처분청은 청구인이 10년이상 거주한 1세대 1주택을 잔금청산일전 멸실되었다고 하여 1세대 1주택의 양도로 보지 아니하고 이 건 양도소득세를 과세하였으나 중도금을 수령한 상태에서 양수인의 요청으로 부득이 주택건물을 멸실하였다 하더라도 실질과세원칙에 따라 1세대 1주택의 양도로 보아 비과세되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구인은 쟁점 부동산을 대지와 주택을 실질적으로 양도한 것이므로 1세대 1주택의 양도로 보아 양도소득세를 비과세하여야 한다는 주장이나, 88.1.25 소유권 등기이전일(잔금청산일과 동일)전인 88.1.8 이 건 주택은 멸실되었음이 건축물 관리대장에서 확인되고 있으므로 처분청이 쟁점 부동산을 대지와 건물이 동시 양도된 1세대 1주택으로 보지 아니하고 나대지의 양도로 보아 과세한 당초 처분은 잘못이 있어 보이지 아니한다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 청구인이 10년간 거주하던 주택을 잔금청산일전에 멸실한 경우 1세대 1주택의 양도로 보아 비과세할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다고 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 처분청의 과세경위 및 청구주장을 살펴보면, 청구인이 77.10.21부터 취득하여 거주하던 쟁점 주택을 88.12.10 청구외 OOO에게 양도하기로 계약하고 88.1.5 중도금 15,000,000원을 수령한후 88.1.8 영등포구청에 이 건 주택 멸실신고를 하고 주택이 멸실된 상태에서 88.1.21 소유권 이전등기된 사실에 대하여 처분청은 나대지의 양도로 보아 89.1.19 이 건 양도소득세를 부과 결정하였으며, 청구인은 이에 대하여 잔금청산일전 주택이 멸실되었다 하더라도 중도금을 치룬상태에서 매수인의 요구에 따라 주택을 멸실하였지만 1세대 1주택에 해당되는 이 건 부동산을 양도한 것이므로 실질과세원칙에 의거 1세대 1주택으로 보아 비과세하여야 한다는 주장이다. 살펴보건대, 관련 규정인 소득세법 제5조 제6호 (자)에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 10배를 넘지 아니하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득”은 양도소득세를 비과세하도록 규정하고 같은법시행령 제15조 제1항에서 “법 제5조 제6호 (자)에서 1세대 1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 1년이상 거주하는 것으로 한다”고 규정하고 있다. 쟁점 부동산은 청구인이 77.10.21부터 88.12.10까지 10년이상을 소유하였음과 청구인의 1세대가 계속 거주하였음이 등기부등본, 주민등록초본에 의하여 확인되고 있고, 이에 대하여 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 청구인이 1세대 1주택에 해당하는 부동산을 매도하기로 약정하고 계약금 및 중도금을 수령한후 잔금청산일전에 양수인의 요청에 의거 이 건 쟁점주택을 멸실하였다 할지라도 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 규정의 취지에 비추어 이는 1세대 1주택에 부수되는 토지의 양도로 봄이 합목적적이라고 할 것이고 따라서 잔금청산일 현재 주택이 없는 상태라는 이유만으로 통상의 나대지의 양도와 동일하게 본 당초 처분은 법리를 오해한 잘못이 있다 하겠다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.