당해양도자산의 보유기간이 상이한 경우 소득세법 제70조 제8항 규정의 적용상 종합소득세율에 의한 세액의 계산을 어떻게 하는 것이 적법한 것인지 여부(경정)

[참조결정] 국심1987서1851

[주 문]

1. 강동세무서장이 89.1.16 청구인에게 한 88년도 귀속분 양도소득세 365,513,890원 및 OO위세 71,302,770원의 부과처분은양도자산의 보유연수별로 각기 계산한 종합소득세율에 의한 세액을 소득세법 제70조 제8항의 “종합소득세율에 의한 세액”으로 하여 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울시 강동구 OO동 OOO에 거주하는 사람으로서 같은시 같은구 OO동 OOOO, OOOO 소재 지상4층 지하1층의 상가 건물1동(대지 1,395평방미터, 건물 3,452.59평방미터)중 청구인이 80.12.13부터 87.6.27까지 수회에 걸쳐 개인으로부터 취득하여 소유하던 24개점포(대지 1,241.8평방미터, 건물 3,009.3평방미터)를 88.2.15 청구외 OO생명보험주식회사에 4,377,000,000원으로 양도하면서 보유기간 2년 이상분과 2년미만분으로 나누어 보유기간 2년 이상분(대지 1,064.5평방미터, 건물 2,517평방미터)은 35억원에, 보유기간 2년 미만분(대지 177.3평방미터, 건물 492.3평방미터)은 877,000,000원에 각각 매매계약체결하여 양도한 후 자산양도차익예정신고를 함에 있어 점포별 양도가액은 소득세법 시행령 제170조 제2항의 규정에 의하여 기준시가로 안분한 실지거래가액으로 하였고, 취득가액은 점포 101, 102, 103, 104, 111, 107, 105 및 106호의 경우 실지거래가액으로, 기타 점포는 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호(다)목의 규정에 의거 환산한 기준시가로 하여 자산양도차익예정신고를 하고 양도소득세 280,924,270원 및 OO위세 56,184,850원을 자진납부하였는 데 처분청이 이에 대하여 각 점포별로 양도가액은 청구인이 신고한 내용대로 하였으나 취득가액에 있어서는 청구인의 신고내용을 대부분 부인함으로써, 실지거래가액으로 신고한 것을 환산한 기준시가로 하였거나, 환산한 기준시가를 실지거래가액으로 하였고 또 실지거래가액을 청구인이 신고한 것과는 다르게 확인한 가액으로 하여 양도차익을 계산하는 한편, 소득세법 제70조 제8항에 의하여 종합소득세율에 의한 세액을 양도소득산출세액으로 함에 있어서는 종합소득세율에 의한 세액을 양도자산의 보유연수별로 각기 일일이 계산하지 아니하고, 각 보유연수의 양도차익에 각 보유연수를 곱하여 합산한 양도차익적수의 총합계액을, 각 보유연수별 양도차익을 합산한 양도차익총합계액으로 나누어 구한 평균보유연수에 의하여 일괄계산함으로써 89.1.16 청구인에게 88년도 귀속분 양도소득세 365,513,890원 및 OO위세 71,302,770원을 추가로 부과처분하자 청구인이 이에 불복하여 89.3.10 심사청구를 거쳐 89.6.16 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구주장

• 가. 처분청이 결정한 취득가액에는 실지거래가액이 확인됨에도 확인되지 아니한다는 이유를 들어 환산한 기준시가로 한 것이 있는가하면, 잘못 조사된 실지거래가액으로 한 경우도 있고 또 점포의 층별 위치 등을 고려하지 아니한 채 환산한 잘못이 있는 바, 취득가액을

(1) 80.2.13에 취득한 점포 101, 102, 103, 104, 111호의 경우 환산한 기준시가 136,512,117원으로 하였으나 매도자의 확인서에 의한 실지거래가액 236,600,000원으로 하여야 하고,

(2) 82.11.15에 취득한 108호와 84.4.11에 취득한 106호 및 87.2.11에 취득한 206호의 경우 매도자의 확인서에 의한 가액을 실지거래가액인 것으로 인정하여 각각 13,500,000원, 54,900,000원, 100,000,000원으로 하였으나 이는 실지거래가액이 아니므로, 각각 부동산 매매계약서에 의한 실지거래가액 52,421,500원, 101,000,000원, 118,370,000원으로 하여야 하고,

(3) 85.5.28에 취득한 201, 202, 203호의 경우에는 매도자의 확인서에 의한 가액을 실지거래가액인 것으로 보아 84,330,000원으로 하였으나 동 확인서에 의한 가액은 실지거래가액이 아니고 따라서 취득가액이 불분명한 경우이므로 환산한 기준시가인 327,443,884원으로 하여야 한다는 것이 주된 주장이며, 가사 위 (1) (2) (3)의 주장이 받아들여지지 아니하는 경우에는 이 건 양도자산은 일동의 상가건물중 여러개의 점포로서 그 위치와 층별에 따라 거래가액이 상이한 것이 사실이나 법인과의 양도거래이고, 양도가액이 일괄로 표시되어 구분되어 있지 아니하므로 양도가액은 부득이 소득세법 시행령 제170조 제2항의 규정에 의거 건물·토지별 및 점포별 기준시가비율로 전체 양도가액을 안분하여 각 양도가액으로 할 수 밖에 없다 하더라도 처분청이 각 점포별 취득가액 산정에 있어 일부점포에 대해서는 실지거래가액(청구인과 다툼이 있는 가액도 있음)으로 하고 또 일부 점포에 대하여는 환산가액으로 함으로써 취득가액이 양도가액 보다 훨씬 높고(105호, 109호, 110호의 경우) 같은 층에서도 점포별 평방미터당 단가의 형평성이 전혀 없고 또 1층 점포의 평방미터당 단가보다도 지하실이나 4층의 단가가 훨씬 높은 불합리성이 있어 양도가액에 대응되는 취득가액이라고 보기 어려운 점이 있으며, 또한 처분청이 조사한 실지취득가액이라는 것도 청구인과 다툼이 있는 것이 많고 명백한 것이 아니므로 양도점포 24개 전부의 취득가액을 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목의 규정에 의하여 환산한 기준시가로 해달라는 것이 예비적 주장이고,

• 나. 양도소득세율과 종합소득세율에 의한 비교과세에 있어서는 거래단위별 보유연수별로 구분하여 비교과세하여야 하는 것임에도(국심87서1851, 88.2.23) 보유연수가 상이한 이 건의 경우 처분청이 평균 보유연수를 구하여 종합소득세율에 의한 세액을 일괄계산하였음은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

• 가. 취득가액 부분에 대하여

(1) 80.2.13 취득한 점포 101, 102, 103, 104, 111호의 경우 청구인이 제시하는 실지거래가액 236,600,000원은 매도인인 청구외 OOO이 88.3월 작성한 부동산 거래사실확인서상의 금액이나, 동 OOO은 그후 처분청 조사시 88.11.30 작성한 확인서에서 위 당초 확인했던 가액은 추정가액이었다고 확인하고 있는 바 실지거래가액이 불분명한 경우이므로 환산한 기준시가를 취득가액으로 하였고,

(2) 82.11.15 취득한 108호의 경우 매도자 OOO의 88.11.23자 확인서에 의하여 취득시의 실지거래가액이 52,421,500원으로 확인되고, 84.4.11 양도한 106호의 경우에는 매도자의 양도소득세 신고시 제출된 매매계약서로서 청구인의 인감증명이 첨부되고 인감이 날인된 매매계약서에 의하여 실지거래가액이 54,900,000원으로 확인되며, 87.2.11 양도한 206호의 경우 매도인 OOO의 88.11.17자 확인서에 의하여 실지거래가액이 100,000,000원으로 확인되므로 위 각 확인되는 실지거래가액을 취득가액으로 한 것이며,

(3) 85.5.28 양도한 201, 202, 203호의 경우에는 청구인의 인감이 날인된 86.4.24자 부동산 매매계약서에 의하여 실지거래가액 84,330,000원이 확인되어, 동 확인되는 실지거래가액을 취득가액으로 한 것으로서 이상 처분청 결정의 취득가액은 정당하다는 의견이고,

• 나. 종합소득세세율에 의한 세액계산에 대하여, 소득세법 제23조 제1항 및 동법 제70조 제3항의 규정에 의거 양도소득산출세액은 당해년도에 발생한 양도소득합계액에 의하여야 하며 동법 제70조 제8항의 규정은 종합소득세율의 누진성을 반영하는 데 그 취지가 있다고 보여지기 때문에 각 자산의 양도차익은 합산하고 보유기간은 양도차익비율에 따른 평균치에 의하여 계산함이 상당할 것이므로 처분청이 이와 같은 견해에서 보유기간을 평균치에 의하여 계산한 후 소득세법 시행령 제121조의 4 제1항의 소정산식을 적용하였음은 달리 잘못이 있어 보이지 아니한다(재무부 조법 1264-560, 84.5.26 동지)는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은

(1) 처분청이 산정한 취득가액의 당부와

(2) 당해양도자산의 보유기간이 상이한 경우 소득세법 제70조 제8항 규정의 적용상 종합소득세율에 의한 세액의 계산을 어떻게 하는 것이 적법한 것인지를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

• 가. 쟁점(1)에 대하여 본다. 먼저 소득세법 제23조 제4항 단서와 제45조 제1항 제1호 단서 및 동법시행령 제170조 제4항 제1호에 의하면 법인과의 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 양도 또는 취득가액을 실지거래가액으로 하게 되어 있고 동법시행령 제170조 제1항에서는 “양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 어느 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다. 다만, 제4항 제1호 및 제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 제115조 제1항 제1호 (다)목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다”고 규정하고 있다. 살피건대, 이 건 부동산 거래는 개인으로부터 취득하여 법인(OO생명보험주식회사)에게 양도한 거래로서 양도가액을 실지거래가액으로 하였음에는 다툼이 없고 취득가액부분에 다툼이 있는 것으로서

(1) 80.2.13 취득한 점포 101, 102, 103, 104, 111호의 경우 청구인은 실지취득가액이 236,600,000원임을 주장하면서 매도인인 청구외 OOO이 88.3월 작성한 것으로 되어 있는 거래사실확인서를 제시하고 있으나 동 OOO은 그후 처분청이 이 건 조사시 88.11.30 작성한 확인서에서 위 당초 확인했던 236,600,000원은 청구인의 부탁에 의하여 기재해준 추정가액이었다고 확인하고 있어, 실지취득가액이라 할 수 없고 그외 달리 실지취득가액이 확인되지 아니하므로 처분청이 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목의 규정에 의하여 환산한 기준시가 136,512,117원을 취득가액으로 하였음은 정당하고,

(2) 82.11.15 취득한 108호의 경우 청구인은 실지취득가액을 52,421,500원이라고 주장하면서 부동산 매매계약서를 제시하고 있으나 당초 예정신고시 실지취득가액이 불분명하다는 이유로 환산한 기준시가로 신고된 점을 볼 때, 동 매매계약서는 진실된 것으로 인정되지 아니하는 반면, 매도자인 청구외 OOO의 88.11.23자 확인서에 의하면 실지거래가액이 13,500,000원으로 되어 있어 이 건 108호의 실지취득가액은 13,500,000원으로 확인된다 하겠고, 84.4.11 양도한 106호의 경우 청구인은 실지취득가액을 101,000,000원으로 주장하나, 매도자인 청구외 OOO의 양도소득세 신고시 정부에 제출된 매매계약서로서 청구인의 인감증명이 첨부되고 인감이 날인된 매매계약서에 의하면 실지거래가액이 54,900,000원으로 되어 있어 이 건 106호의 실지취득가액은 54,900,000원으로 확인된다 하겠으며, 87.2.11 양도한 206호의 경우 청구인은 실지취득가액을 118,370,000원으로 주장하면서 부동산매매계약서를 제시하고 있으나 당초 자산양도차익예정신고시 이 건 실지취득가액을 불분명한 것으로 하여 환산한 기준시가 170,287,078원을 취득가액으로 신고했던 점등을 볼 때, 위 청구인 주장가액은 신빙성이 없어 보이는 반면, 매도인인 청구외 OOO의 88.11.27자 확인서에 의하면 실지거래가액이 100,000,000원으로 되어 있어 이 건 206호의 실지취득가액은 100,000,000원으로 확인된다 하겠는 바, 위 108, 106, 206호에 대하여 처분청이 그 취득가액을 위와 같이 확인되는 실지거래가액에 의하여 각각 13,500,000원, 54,900,000원, 100,000,000원으로 하였음은 정당하며,

(3) 85.5.28 양도한 201, 202, 203호의 경우 청구인은 취득가액이 불분명하다는 이유를 들어, 환산한 기준시가 327,433,884원을 취득가액으로 할 것을 주장하나 그 매도인인 청구외 OOO의 양도소득세 신고시 정부에 제출된 것으로서 청구인의 인감이 날인된 부동산매매계약서에 의하면 실지거래가액이 84,330,000원으로 되어 있음을 볼 때 이 건의 실지취득가액은 84,330,000원으로 확인된다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득가액을 실지거래가액에 의하여 84,330,000원으로 하였음은 정당한 것으로 인정된다. 또한 앞서본 바와 같이 소득세법 제23조 제4항 단서와 제45조 제1항 제1호 단서 및 동법시행령 제170조 제1항과 제4항 제1호에 의하면, 법인과의 거래인 경우에는 양도 또는 취득가액을 실지거래가액으로 하게 되어 있고 또 양도차익을 결정함에 있어서 양도 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하는 것이 원칙이되 다만, 실지거래가액을 확인할 수 없는 쪽은 소득세법 제1항 제1호 (다)목의 규정에 의하여 환산한 기준시가로 하게 되어 있는 바, 양도가 법인과의 거래인 이 건의 경우 위에서 본바와 같이 양도가액을 실지거래가액으로 하고, 취득가액은 실지거래가액이 확인되는가의 여부에 따라 실지거래가액 또는 환산한 기준시가로 한 처분은 적법한 것인 반면, 실지취득가액이 확인되는지의 여부에 관계없이 양도한 24개 점포의 모든 취득가액을 환산한 기준시가로 해달라는 청구주장은 관련 규정에 위배되는 것으로서 이유 없는 것으로 판단된다.

• 나. 쟁점(2)에 대하여 본다. 먼저 본건 과세기록에 의하면 처분청은 소득세법 제70조 제8항의 규정에 의하여, 양도소득세율을 적용한 양도소득산출세액이 종합소득세율에 의한 세액보다 적다는 이유로 종합소득세율에 의한 세액을 양도소득산출세액으로 하여 과세함에 있어, 위 종합소득세율에 의한 세액의 계산을 재무부예규(조법 1264-560, 84.5.26)에 근거하여, 각 보유연수별 양도차익에 각 보유연수를 곱하여 합산한 양도차익적수의 총합계액을, 각 보유연수별 양도차익을 합산한 양도차익총합계액으로 나누어 구한 평균보유연수를 적용하여 일괄계산하였음이 확인된다. 다음 관련 규정을 보면, 소득세법 제70조 제3항 본문에서 “거주자의 양도소득에 대한 소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다”고 규정하면서, 동조 동항 제1호 내지 제3호에서 자산의 종류·등기여부·보유기간 등에 따라 양도소득세율을 각각 “양도소득과세표준의 100분의 40” “양도소득과세표준의 100분의 50” “양도소득과세표준의 100분의 75”등으로 규정하고 있고, 동조 제8항에서 제3항의 양도소득과세표준을 보유연수로 나눈 금액에 종합소득세율을 적용하여 계산한 금액에 대하여 보유연수를 곱한 금액보다 적은 경우에는 종합소득세율에 의한 세액을 양도소득산출세액으로 한다”고 규정하고 있으며, 종합소득세율에 의한 세액의 계산에 대하여 대통령령으로 정하도록 위임한 동조 제10항을 근거로 하여 동법시행령 제121조의 4 제1항에서 종합소득세율에 의한 세액은 다음 산식에 의하여 계산한다고 규정하였고 동조 제2항에서 “제1항의 보유연수는 당해 자산의 취득일로부터 양도일까지의 기간을 연단위로 계산하되 1년미만의 기간은 1년으로 본다”고 규정하고 있다. 살피건대, 위 관련규정에서 본바와 같이 양도소득에 대하여 종합소득세율에 의한 세액을 계산함에 있어 양도자산의 보유연수가 상이한 경우, 그 계산을 어떻게 할 것인지에 관하여 별도의 명문화된 규정은 없으나 소득세법 시행령 제121조의 4 제1항에서 종합소득세율에 의한 세액은 보유연수를 감안하여 계산하도록 그 산식을 규정하고 있고 동조 제2항에서 “제1항의 보유연수는 당해 자산의 취득일로부터 양도일까지의 기간을 연 단위로 계산하되 1년 미만의 기간은 1년으로 본다”고 규정하고 있음을 볼 때 양도자산의 보유연수가 상이한 경우 종합소득세율에 의한 세액의 계산은 양도자산의 각 보유연수별로 각기 계산해야 하는 것으로 해석되는 반면, 재무부예규(조법 1264-560, 84.5.26)와 같이 평균 보유연수를 구하여 일괄계산하는 것으로 해석되지 아니하고 또 그 근거규정도 찾아 볼 수 없는 바, 당해 양도자산의 보유기간이 상이한 경우 소득세법 제70조 제8항 규정의 적용상 종합소득세율에 의한 세액의 계산은 양도자산의 보유연수별로 각기 동법시행령 제121조의 4 제1항의 산식을 일일이 적용하여 계산하는 것이라 하겠다(국심 87서 1851, 88.2.24 동지). 따라서 이 건의 경우는 80.12.13부터 87.6.27까지 13회에 걸쳐 취득하여 소유하던 24개 점포를 88.2.15 양도한 것으로서 양도자산의 보유연수가 상이한 바, 소득세법 제70조 제8항의 “종합소득세율에 의한 세액”의 계산은 양도자산의 보유연수별로 각기 계산하는 것이 정당한 것으로 인정되는 반면, 평균보유연수를 적용하여 계산한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있고 나머지는 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.