공통매입세액 안분계산 방법(경정)

[주 문] 용산세무서장이 1989.1.25 청구법인의 1988년 2기 부가가치세 예정신고분 환급세액 91,373,709원중 46,708,119원에 대해 환 급하지 아니한 처분은

1. 서울특별시 영등포구 OO동 OOOO OO 소재 건물 의 총면적을 3,561.4평방미터로 하고,

2. 위 건물의 1층중 방송실·주차장·현관·복도등과 5층 사 무실전체, 6층중 협의회의실·자료실·복도등과 7층사무실 전 체 및 옥탑을 과세사업과 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업에 공통으로 사용하는 것으로 하여 위 건물매입세액 (118,000,000원)중 과세사업에 관련된 매입세액을 과세사업사 용면적과 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업의 사용면적 과의 비율에 의해 안분계산한 후 해당환급세액을 경정하여 이를 환급한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 전기기기 및 동 부품제조공업부문의 중소기업자들을 조합원으로 하여 조합간의 상호부조정신에 의거한 협동사업을 행함으로써 조합원의 자주적인 경제활동을 조장하여 전기공업의 건전한 발전과 그 경제적 지위의 향상을 도모함을 목적으로 1962.8.2 중소기업협동조합법에 의해 설립되었으며, 그 사무소를 서울특별시 영등포구 OO동 OOOO OO에 두고 있는 비영리조합으로, 1988.7.13 위 지번소재 대지 1,310평방미터와 건물 3,561.4평방미터를 임대사업을 영위하던 전 소유자 청구외 OOO으로부터 토지 450,000,000원, 건물 및 부대시설(이하 “쟁점 건물”이라 한다) 1,180,000,000원, 합계 1,630,000,000원에 취득(원인 1988.7.6 매매)하면서 쟁점 건물에 대한 부가가치세 118,000,000원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 거래징수당하고, 1988년 2기 부가가치세 예정신고시 쟁점매입세액을 매출세액에 공제하여 91,373,709원의 환급세액이 발생된 것으로 신고하였는 바, 이에 대해 처분청에서 청구법인이 과세사업과 면세사업을 겸영하고 있는 것으로 보고 1989.1.25 쟁점 건물의 과세사업용면적과 면세사업용면적의 비율에 의해 쟁점 매입세액을 안분하여 면제사업과 관련된 매입세액을 42,461,928원으로 결정하고 가산세 4,246,191원을 부과하여 합계 46,708,119원을 환급하지 아니함에 따라 이에 불복하여 심사청구를 거쳐 1989.6.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은, 처분청에서는 청구법인이 과세사업과 면세사업을 겸영하는 것으로 보고 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여 이를 공제하지 아니하였으나, 청구법인이 부가가치세법상 면세사업을 영위하고 있지 않고 오직 과세사업만을 영위하고 있는 바, 쟁점 매입세액을 전액 매출세액에서 공제되어야 하고(이하 “청구1”이라 한다), 설사 청구법인이 과세·면세사업을 겸영하는 것으로 보아 과세사업사용면적과 면세사업사용면적의 비율에 의해 쟁점 매입세액을 안분계산하는 것이 타당하다 하더라도 처분청이 인정한 과세사업사용면적과 면세사업사용면적의 구분은 합리적으로 재조정되어야 한다(이하 “청구2”라 한다)는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이에 대하여 국세청장은, 과세사업자가 사업과 관련하여 거래징수 당한 매입세액이 부가가치세 납부세액계산시 매출세액에서 공제되는 것이고, 청구법인의 경우, 수익사업뿐만 아니라 고유목적사업도 영위하고 있는 바, 처분청에서 과세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어서 공동구매, 공동판매사업과 임대사업을 과세사업으로 보고 쟁점 매입세액을 과세사업사용면적과 면세사업사용면적의 비율에 따라 안분하여 쟁점 건물 총면적중 면세사업사용면적의 비율에 상응하는 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 이 건 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은 청구 “1”의 경우, 청구법인이 과세사업만을 영위하고 있는 것으로 볼 수 있는지의 여부 및 청구 “2”의 경우, 처분청에서 행한 과세사업사용면적과 면세사업사용면적의 구분이 타당한지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

• 가. 청구 “1”에 대하여 처분청에서 청구법인이 과세사업과 면제사업을 겸영하는 것으로 보고 과세사업사용면적과 면세사업사용면적의 비율에 의해 쟁점 매입세액을 안분계산하여 면세사업 관련 매입세액을 불공제한데 대하여 국세청장은 잘못이 없다는 의견이고, 청구법인은 과세사업만을 영위하고 있으므로 쟁점매입세액 전액이 공제되어야 한다고 주장하고 있다. 먼저 관련 법규에 대해 살피건대, 부가가치세법 제17조 제1항에 납부세액(또는 환급세액)은 매출세액에서 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액과 재화의 수입에 대한 세액을 공제한 금액으로한다고 되어 있고, 동조 제2항에서는 면세사업에 관련된 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니한다고 되어 있고, 동법시행령 제61조 제1항에서는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 공통매입세액은 면세공급가액과 총공급가액의 비율에 의하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하다고 되어 있고, 부가가치세 기본통칙(5-3-12…17)을 보면, “부가가치세가 과세되는 사업과 면제되는 사업을 겸영하는 사업자가 건물을 신축 또는 취득하여 그중 일부를 부가가치세가 과세되는 사업에 공하거나 공할 예정인 경우, 공제되는 매입세액의 계산은 과세사업에 공하거나 공할 면적등에 의하여 실지귀속이 분명한 때에는 그 실지귀속에 따라 계산한다. 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 령 제61조 제1항 또는 제4항의 규정에 의거 안분계산한다”고 되어 있는 바, 부가가치세법상 매출세액에서 공제되는 매입세액은 과세사업에 관련된 매입세액에 한하고, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 건물을 취득하여 그중 일부를 과세사업에 사용하는 경우 과세사업사용면적과 면세사업사용면적의 구분이 가능한 때에는 매입세액의 실지귀속이 분명한 것으로 보아 그 면적비율에 의해 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하는 것임을 알 수 있다. 그러하다면 과세사업과 면세사업을 포함하여 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업(이하 “비과세사업”이라 한다)을 겸영하는 사업자가 건물을 취득하여 그중 일부를 과세사업에 사용하는 경우로서 과세사업사용면적과 비과세사업사용면적의 구분이 가능한 때에도 매입세액의 실지귀속이 분명한 것으로 보아 그 면적비율에 의해 과세사업에 관련된 매입세액을 계산함이 타당하다 할 것이다. 다음으로 관련 사실에 대해 살피건대, 청구법인의 정관 제16조(업무)를 보면, 청구법인은 조합원의 생산·가공·수주·판매·구매·보관·운송·기타 서비스등의 공동사업과 조합원에 대한 사업자금의 대부 알선, 조합원이 생산하는 제품의 수출과 조합원의 생산에 필요한 원자재의 수입 및 회관임대사업등 부가가치세 과세사업을 영위하고 있을 뿐만 아니라, 조합원 생산품의 규격통일과 공동검사 및 시험연구에 관한 사업, 조합원의 사업에 관한 경영·기술 및 품질관리의 지도·조사·연구·교육 및 정보의 제공 등 비영리조합으로서의 고유목적사업을 영위하고 있는 것으로 되어 있고, 1988년도 손익계산서를 보면 청구법인의 수입금액도 공동판매·공동구매사업수수료와 광고료수입·수입추천수수료 등 과세사업에 관련된 수입금액과 회비·가입비등 고유목적사업에 관련된 수입금액으로 구성되어 있어 청구법인은 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있는 것으로 판단되는 바, 청구법인은 과세사업만 영위하고 있으므로 쟁점매입세액전액이 공제되어야 한다는 청구주장은 이유 없고, 처분청에서 청구법인이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 보고 과세사업사용면적과 비과세사업사용면적의 비율에 의해 쟁점매입세액을 안분계산하여 과세사업 관련 매입세액만 공제하고 비과세사업관련 매입세액은 공제하지 아니한 처분에 있어서 매입세액계산방법 자체는 위 법규에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다.
• 나. 청구 “2”에 대하여 청구법인은 과세사업에 관련된 매입세액의 계산에 있어서, 과세사업사용면적과 비과세사업사용면적의 비율에 의해 쟁점 매입세액을 안분계산한 처분청의 계산방법 자체는 인정한다 하더라도 처분청이 행한 과세사업사용면적과 면세사업사용면적의 구분은 불합리한 점이 있으므로 합리적으로 재조정되어야 한다는 주장이다. 살피건대, 쟁점건물 1층에 있어서, 제1·2전시장(공동판매품전시장)은 처분청 및 청구법인 모두 과세사업에 사용하는 것으로 보아 다툼이 없고, 방송실·주차장·현관·복도등은 처분청에서는 과세사업에 사용하는 것으로 보았으나 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용하는 것으로 본 청구법인의 주장이 타당한 것으로 보여지고, 2층부터 4층까지의 임대용 사무실에 있어서는 처분청 및 청구법인이 모두 과세사업에 사용하는 것으로 보아 다툼이 없으며, 5층의 이사장실·전무실 및 비서실·관리부장실·총무과·관리과·기획과·경리과·고문실·전산실·복도 등 전체에 대해서는 처분청은 모두 비과세 사업에, 청구법인은 총무과만 비과세사업에, 나머지는 모두 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용하는 것이라고 주장하고 있는데, 청구법인의 부서별 업무분장내역을 보면 이사장 및 전무는 조합업무를 총괄하고 있고, 총무과는 조합원총회·이사회관리업무와 문서·인장·통신관리업무, 인사·급여·근무관리업부 등을 맡고 있고, 관리과의 경우 회관의 운영·임대·영선·경비업무와 전시장운영 관리업무를 맡고 있으며, 기획과의 경우 예산편성·통제·심사분석업무와 전산화업무, 공동구매품의 검수 및 재물조사업무 및 사규의 제정·개폐업무등을 맡고 있는 것으로 되어 있고, 경리과의 경우 결산 및 세무, 자금의 조달·차입·상환업무·공동구매·공동판매사업자금알선 및 대부업무등을 맡고 있는 것으로 되어 있으며, 고문실의 경우 법률·회계고문의 집무실인 바, 5층 사무실 전체는 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되고 있는 것으로 보여지고, 6층에 있어서, 기술부장실과 진흥과, 조사과에 대해서는 처분청 및 청구법인이 모두 비과세사업에 사용하는 것으로 보고 있어 다툼이 없고, 사업부장실과 공동구매과, 공판1과, 공판2과에 대해서도 처분청 및 청구법인이 모두 과세사업에 사용하는 것으로 보고 있어 다툼이 없으며, 협의회실과 자료실, 복도등에 대해서는 처분청은 모두 비과세사업에, 청구법인은 협의회실은 과세사업에, 자료실과 복도등은 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용하는 것으로 주장하고 있으나, 협의회실과 자료실·복도등은 모두 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용하는 것으로 봄이 타당하다 하겠고, 7층의 회의실·귀빈실·탈의실·복도등 전체에 대해서는 처분청은 모두 비과세사업에, 청구법인은 모두 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용하는 것으로 주장하고 있으나, 청구법인 업무자체가 과세사업과 비과세사업으로 구성되어 있으므로 7층 회의실, 귀빈실등은 모두 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용하는 것으로 봄이 타당하다 하겠으며, 옥탑(물탱크)의 경우도 처분청은 당초 조사면적에서 누락되어 있으나 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용하는 것으로 봄이 타당할 것이고, 지하주차장의 경우에는 처분청 및 청구법인 모두 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용하는 것으로 보고 있어 다툼이 없다. 한편, 처분청에서는 쟁점 건물의 총면적을 3,473.75평방미터로 보았으나, 쟁점 건물의 등기부등본을 보면 쟁점 건물의 총면적(옥탑·지하실 포함)은 3,561.4평방미터로 되어 있는 바, 등기부상의 총면적을 기준으로 쟁점 건물을 위에서 본바와같이 과세사업사용면적과 비과세사업사용면적 및 공통사용면적으로 구분하고 공통사용면적을 위 과세사업사용면적과 비과세사업사용면적의 비율에 의해 안분함으로써 쟁점 건물 총면적을 과세사업사용면적과 비과세사업사용면적으로 구분하고 전시 법규에 의거 쟁점매입세액의 실지귀속이 분명한 것으로 보아 쟁점 매입세액중 과세사업에 관련된 매입세액을 과세사업사용면적과 비과세사업사용면적의 비율에 의해 계산하여 이를 매출세액에서 공제함이 타당하다 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.