합병 전에 취득한 피합병법인의 주식취득가액과 청구법인이 납부할 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 등이 합병교부금으로 청산소득금액에 포함되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 85.3.4자로 청구외 (주)OOOO으로부터 (주)OO의 주식을 취득한 후에 88.1.1자로 (주)OO를 흡수합병하였는바, 처분청은 피합병법인인 (주)OO의 청산 소득 금액을 계산함에 있어서 청구법인의 피합병법인 주식 취득가액을 합병교부금으로 하고 위 청산 소득에 대한 법인세, 방위세, 주민세등도 합병 교부금으로 하여 산출한 청산 소득금액 2,082,023,175원에 대한 법인세 867,449,730원 동방위세 185,882,080원을 88.12.7 합병 법인인 청구법인에게 고지하자, 이에 불복 전심절차를 거쳐 89.6.1자로 이 건 심판청구를 제기하기에 이르렀다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 법정 관리 기업인 (주)OOOO으로부터 (주)OO의 주식을 취득한 후인 88.4.4 산업정책 심의회에서 산업합리화 대상 기업으로 지정되었고, 동 산업정책 심의회의 합리화 기준에 따라 88.1.1자로 (주)OO를 흡수 합병하였는 바, 법인세법 제43조 제7항이 청산 소득금액을 계산함에 있어서는 부당행위 계산 부인에 관한 법인세법 제20조의 규정을 준용하므로 합병법인이 합병전에 피합병 법인의 주식을 취득한 것이 청산 소득을 부당히 감소시켰느냐의 여부는 합병당사자간에 조세 부담을 회피할 목적으로 합병을 예상하여 합병전에 피합병 법인의 주식을 고가로 매입하고 그후 합병한 경우에 적용되는 것으로서, 청구법인의 경우와 같이 정부의 의결에 의하여 합병하는 경우에까지 청산 소득을 부당히 감소시키기 위하여 청구법인이 합병전에 피합병 법인의 주식을 취득하였다고 본 것은 잘못이므로 합병전의 주식 취득가액을 합병 교부금으로 보았음은 잘못이다. 또한 조세 감면 규제법 제48조에 의하면 주무부장관이 재무부장과 합의하여 인정하는 합병의 경우에는 청산 소득에 대한 법인세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있으므로 조세감면 규제법에 의한 산업정책 심의회에서 청구법인이 (주)OO를 합병하도록 의결한 바 있으므로 위 규정에 따라 피합병 법인의 청산 소득에 대한 법인세는 부과되지 아니한다 하겠다. 그리고 합병법인인 청구법인이 납부할 피합병 법인의 청산소득에 대한 법인세등을 합병 교부금으로 보도록 한 법인세법 시행령 제117조의 3의 규정이 88.12.31 신설되어 89.1.1 부터 시행되었으므로 88.1.1 합병한 청구법인의 경우에는 동 규정이 적용되지 아니하므로 청구법인이 납부할 피합병 법인의 청산 소득에 대한 법인세등은 합병 교부금으로서의 청산 소득이 될 수 없다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이에 대하여 국세청장은, 법인세법 제43조 제3항에서 “내국 법인이 합병한 경우에 그 청산 소득 금액은 합병으로 인하여 소멸된 법인의 주주, 사원 또는 출자자가 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인으로부터 받는 그 합병법인의 주식, 출자의 가액 또는 금전 기타자산의 가액의 총합계액에서 피합병 법인의 합병일 현재의 자기 자본의 총액을 공제한 금액으로 한다”라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제117조의 2 제1항에서는 “내국법인의 합병에 있어서 합병 법인이 합병전에 취득한 피합병 법인의 주식 또는 출자(이하 “포함주식”이라 한다)가 있는 경우에 그 취득으로 인하여 피합병 법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때에는 포합주식 취득가액은 합병 교부금으로 보고 청산 소득을 계산한다”라고 규정하고 있어 처분청이 위 법조에 의거 합병전에 취득한 피합병 법인의 주식 대금을 포합 주식에 대한 합병 교부금으로 보아 합병시 교부한 주식 대금 30억원에다 포합주식 취득가액 2,661,972,000원을 가산한 총액에서 피합병 법인의 자기 자본 총액 3,608,928,036원과 포합주식 액면가액 792,000,000원을 차감하고, 합병법인이 납부하는 피합병 법인의 청산소득에 대한 법인세등 820,979,211원을 가산하여 산출한 청산소득 2,082,023,157원에 대하여 과세한 처분은 아무런 잘못이 없다고 판단된다. 반면에 청구법인의 주장과 같이 청산 소득금액의 계산은 특수관계자간의 비정상적인 거래에 의하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에만 한한다는 주장은 법규정을 잘못 이해한 것으로 받아들일수 없다는 의견이다.

4. 쟁점 본 건 심판청구는 청구법인이 합병전에 취득한 피합병법인의 주식취득가액과 청구법인이 납부할 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세등이 합병 교부금으로 청산 소득금액에 포함되는지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

• 가. 먼저 청구법인이 합병전에 취득한 주식 취득가액이 합병교부금으로서 청산 소득금액이 되는지에 대하여 본다. 법인세법 제43조 제3항은 “내국법인이 합병한 경우에 그 청산소득의 금액은 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주 사원 또는 출자자가 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인으로부터 받은 그 합병법인의 주식, 출자의 가액 또는 금전 기타자산의 가액의 총합계액에서 피합병법인의 합병일 현재의 자기 자본의 총액을 공제한 가액으로 하도록” 규정하면서 동법 제44조에서는 내국법인의 청산소득 금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 위와 같은 법인세법의 위임에 따라 법인세법 시행령 제117조의 2에서는 합병 법인의 합병전에 취득한 피합병법인의 주식 또는 출자인 포합 주식이 있는 경우에 그 취득으로 인하여 피합병 법인의 청산 소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때에는 포합주식 취득가액을 합병 교부금으로 보고 청산 소득을 계산하도록 규정하고 있다. 그런데 위 시행령에서의 합병법인이 합병전에 포합주식의 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때란 반드시 주관적 요소로서 청산 소득을 부당히 감소시킬 목적이나 의사가 인정되어야 한다는 것은 아니고 합병법인의 주식 취득으로부터 합병에 이르기까지의 일련의 거래와 과정을 종합하여 판단되어질 것이라고 할 것인바, 만일 청구법인이 피합병 법인인 (주)OO의 주식을 취득한 후에 합병하는 방식을 취하지 아니하고 그 주식을 취득할때에 합병하고 그 대가로 2,661,972,000원을 지급하였다면 피합병 법인의 청산소득은 그 주식의 취득가액에서 당해 포합주식에 대한 합병법인의 교부 주식액면 가액 792,000,000원을 공제한 1,869,972,000원이 합병교부금으로서의 청산소득이 되었을 터인데도, 청구법인이 합병전에 피합병법인의 주식을 취득한 후에 합병함으로서 청산 소득이 발생하지 아니하게 되므로(청구법인이 피합병 법인의 주주에게 교부한 주식의 가액은 30억원인데 합병일 현재의 자기자본 총액은 3,608,928,036원으로 부(負)의 청산 소득이 발생함) 청구법인의 합병전 피합병 법인의 주식 취득으로 피합병 법인의 청산소득이 부당히 감소된 것으로 인정된다. 따라서 처분청이 전시 법인세법 시행령 제117조의 2의 규정에 의하여 청구법인의 합병전의 피합병 법인의 주식 취득가액을 합병 교부금으로 보아 청산소득을 계산한 처분에는 잘못이 없다 하겠다.
• 나. 청구법인이 (주)OO를 합병한 것이 조세감면 규제법 제48조 제2항 및 동법 시행령 제41조에 해당되어 청산소득이 비과세 되는지에 대하여 본다. 조세 감면 규제법 제48조 제2항 및 동법 시행령 제41조는 산업합리화 기준에 해당하는 기업간의 합병중 주무부장관이 재무부장관과 합의하여 인정하는 합병에 대하여는 법인세법 제42조의 규정에 의한 청산소득에 대한 법인세를 부과하지 아니하도록 하고 있다. 그런데 합병에 따른 피합병 법인의 청산소득에 대한 법인세가 비과세 되기 위하여는 전시 조세감면 규제법 시행령 제41조에서 밝히고 있는바와 같이 기업합리화 기준에 해당하는 기업간의 합병중 주무부장관이 재무부장관과 합의하여 인정하는 합병이어야 하는데, 청구법인이 (주)OO를 흡수합병함에 따른 피합병 법인의 청산소득에 대한 법인세를 면제한다는 내용의 합의가 주무부장관과 재무부장관간에 있었다고 볼 아무런 거증이 없으므로 청구법인의 (주)OO 흡수 합병에 따른 청산소득에 대한 법인세는 면제되지 아니한다 하겠다.
• 다. 합병법인인 청구법인이 납부하여야 할 피합병 법인의 청산소득에 대한 법인세등이 합병교부금으로 청산소득에 포함되어야 하는지를 본다. 회사가 합병하는 경우 청산소득에 대한 법인세등은 원래는 소멸하는 피합병법인의 청산소득에서 납부하여야 할 성질의 것인데, 법인세법 시행령 제120조의 규정에 의하여 합병법인이 이를 승계하여 납부하는 것이므로 이 금액을 합병 교부금으로 보아 법인세등의 과세대상으로서의 청산소득 금액에 포함시키는 것이 청산소득의 본질에도 합치되는 것이며 이와 같이 의제된 합병교부금이 청산 소득금액에 포함하게 되면 그에 따라서 법인세등이 증가하게 되고 법인세등이 증가하면 다시 합병교부금으로 의제되는 금액도 증가하는 이치인 것이므로 이와 같은 순환관계에 있는 의제 합병 교부금은 청산 소득금액×세율÷(1-세율)의 산식에 따라 계산하여야 할 것이다. 이와같이 청산소득에 대한 법인세등이 합병교부금으로 의제되는 것은 청산소득의 본질에 의한 것이므로 이와같은 이치를 규정한 법인세법 시행령 제117조의 3이 88.12.31 신설되었다 할지라도 위 시행령의 신설에 의하여 청산소득에 대한 법인세등이 합병교부금으로 의제되는 점이 달라질 이유가 없다 하겠다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.