소득세 대한 양도소득세가 면제되는지 여부(경정)

[참조결정] 국심1988서0876

[주 문] OO세무서장이 89.1.17 자로 청구인에게 결정 고지한 89년 수시분 양도소득세 50,771,390원 및 동방위세 10,154,270원의 부과처분은 조세감면규제법 제45조 제1항의 규정에 의하여 감면하는 것으로 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 경기도 OO시 OO동 OOOOO에서 OO화학이라는 상호로 도료 및 접착제 제조업을 영위하던 개인사업자로서 현물출자에 의한 법인전환을 위하여 청구인이 발기인 대표로 된 주식회사 OO화학과 86.6.20 사업의 포괄적인 현물출자 계약을 하고 개인사업에 공하던 OO시 OO동 OOOOO 소재 토지 3,986.5평방미터와 동지상 건물 1,550.74평방미터(이하 쟁점 부동산이라 한다)를 86.8.18 현물출자를 원인으로 하여 86.9.11 주식회사 OO화학 명의로 소유권이전등기를 경료하고, 동자산의 소유권이 전에 따른 조세감면규제법 제45조 규정에 의한 양도소득세 면제신청을 동법 제45조 제3항 및 동법시행령 제39조 제3항의 규정에 의한 당해 과세표준 신고기한내에 제출하지 아니하였는바, 처분청은 동자산의 양도가액은 법인에의 현물출자감정가액으로, 취득가액은 86.6.30 현재 장부가액에서 감가상각비를 차감한 금액으로 하여 89년 수시분 양도소득세 50,771,390원 및 동방위세 10,154,270원을 89.1.17 결정고지 하자, 청구인은 이에 불복하여 89.2.21 심사청구를 거쳐 89.4.11 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 청구인은 경기도 OO시 OO동 OOOOO에서 OO화학이라는 상호로 도료 및 접착제 제조업을 영위하던 개인사업자로 현물출자에 의한 법인 전환을 위하여 위 개인사업에 공하던 쟁점 부동산을 포함한 위 OO화학의 모든 사업용 자산을 현물출자하고 주식을 인수하는 방법에 의해 주식회사 OO화학을 설립하여 86.8.18 현물출자를 원인으로 하는 쟁점 부동산에 대한 소유권이전등기를 86.9.11 위 주식회사 OO화학 명의로 경료하고 87.12.31 쟁점부동산 양도에 관련한 양도소득세 감면신청서를 관할세무서에 제출하고 이에 따라 산출된 감면세액을 제외한 방위세 13,044,700원을 납부한 데 대하여, 처분청은 청구인이 조세감면규제법 제45조 제3항에 의한 세액면제 신청서를 기한내에 제출하지 않았다는 이유로 이를 면제시키기 아니한 채 이건 부과처분 하였으나, 세액면제신청서를 기한내 제출하지 아니하였다는 이유로 법 제45조 제1항의 적용을 배제하여 본건 부과처분한 것은 부당하여 취소되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이 건과 관련된 법조문을 살펴보면 조세감면규제법 제45조 제1항에서 “제조업, 광업, 건설업, 운수업 또는 수산업을 영위하는 거주자가 사업장별로 대통령령이 정하는 사업용의 자산을 현물출자하여 법인을 설립하는 경우에 당해 자산을 현물출자함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다”라고 규정하고 있으며, 동법 시행령 제39조 제3항은 “법 제45조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 현물출자를 한날이 속하는 과세년도의 과세표준신고(자산양도차익예정신고를 포함한다)와 함께 재무부령이 정하는 세액 면제 신청서를 체줄하여야 한다”라고 규정되어 있는 바, 청구인의 경우 쟁점 부동산을 청구외 주식회사 OO화학을 설립하면서 86.8.18(등기완료일 86.9.11)현물출자를 한 사실은 인정되고 있으나, 부동산의 양도에 해당되는 현물출자를 하고서도 이에 따른 자산양도차익 예정신고나 과세표준확정신고 및 세액면제신청을 법정기한내에 이행한 사실이 없으므로 양도소득세를 면제하지 아니한 당초처분은 정당하다고 판단된다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구는 개인사업자가 현물출자방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우 조세감면규제법 제45조 제3항 및 동법시행령 제39조 제3항에 규정된 신고기간내에 세액면제신청서를 제출한 경우에만 당해 자산의 현물출자에 따라 발생한 소득에 대한 양도소득세가 면제되는지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 청구인이 쟁점 부동산을 청구외 주식회사 OO화학을 설립하면서 86.8.18(등기완료일 86.9.11)현물출자한 사실과 조세감면규제법 제45조 제3항, 동법시행령 제39조 제3항의 규정에 의거 청구인이 현물출자를 한날이 속하는 과세년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하지 아니하고 그 기한을 도과한 87.12.31에 면제신청서를 제출한 사실에 대해서는 다툼이 없다. 이 건의 다툼은 조세감면규제법 제45조 제3항 및 동법 시행령 제39조 제3항에서 규정하는 세액면제신청서를 소정기한내에 제출하지 아니한 경우에는 동법 제45조 제1항의 규정에 의한 양도소득세의 면제를 배제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다 하겠다. 살피건대, 동법 제45조 제1항 및 제3항, 동법시행령 제39조 제3항의 규정을 모두어 보면, 제조업등을 영위하는 개인사업자가 사업용 자산을 현물출자하여 법인을 설립하는 경우에 현물출자한 당해 자산에 대한 양도소득세는 면제하고 그 세액의 면제를 받고자 하는 자는 현물출자한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 따라서 위 법령과 관련하여 이 건 양도소득세 면제여부는 처분청이 제증빙서류에 의하여 조세감면규제법 제45조 제1항 및 제2항, 동법시행령 제39조 제1항, 제2항, 제4항에서 규정하고 있는 양도소득세 면제요건을 충족하고 있음이 확인이 되면 당연히 면제결정을 하여야 하는 것이고 위 면제요건이 충족되지 못하고 있음이 확인되면 면제결정을 할 수 없는 것으로 보아야 하며, 동법 제45조 제3항 및 동법시행령 제39조 제3항의 규정에서 세액면제신청서를 제출토록 한 것은 세액면제를 받고자 하는자에세 협력의무를 부과 한 것에 불과할 뿐 동 신청행위 자체가 양도소득세 면제를 위한 총족요건 규정으로 해석할 수는 없다 할 것이다. 그러하다면 비록 세액면제신청이 없었다 하더라도 위 법령규정상의 면제요건이 충족되고 있음이 확인이 되면 당연히 면제되는 것으로 그 세액면제신청서를 제출함으로써 면제되는 것은 아니라 할 것이다(국심 88서876, 88.10.31, 대법원 85누695, 86.3.11, 재무부 예규 재산 22607-594, 88.7.16 같은 뜻임). 따라서 조세지원제도의 근본취지와 관계법령의 합목적성등에 비추어 볼 때 이 건의 경우 세액면제신청 제출이 지연되었다 하여 양도소득세의 면제를 배제한 처분청의 당초처분은 관계법령 해석에 적정을 기하지 못한 잘못된 처분이라고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.