법인세를 경정한 후 다시 소득공제를 배제하여 법인세를 재경정할 수 있는지 여부(취소)

[주 문] 청량리세무서장이 88.10.24 청구법인에게 한 88년 수시분 (83.1～12사업년도분) 법인세 1,100,954,510원 및 동 방위세 환급세액 90,000,000원의 경정처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 84.3.29 83.1～12사업년도분 법인세 신고시 해외사업 소득공제액 20억원을 당해사업년도분 법인세 과세표준에서 공제하지 아니함으로써 당해소득공제액에 해당하는 법인세를 납부한 사실이 있는 바, 처분청은 88.4.2 당해 사업년도분 법인세 경정시 이 건 해외사업소득공제액을 공제하였으나 88.10.24 재경정시에는 당초 처분시 공제한 이 건 해외사업소득공제액을 공제배제하여 88년 수시분 (83.1～12사업년도분) 법인세 1,100,954,510원 및 동 방위세 환급세액 90,000,000원으로 재경정하였으며, 청구법인은 이 건 심판청구에서 전시 처분의 취소를 구하고 있다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 83.1～12사업년도분 법인세 신고시 세정 협조 차원 및 성실신고를 할 경우 실지조사 면제등 제 혜택이 있을 것으로 예상하여 당해 사업년도의 소득에서 공제 가능한 해외사업소득공제액 20억원을 공제하지 아니하면서도 당해 소득금액에 대한 법인세 상당액을 기업합리화 적립금으로 적립하여 과세표준 및 세액을 신고하였는 바, 88.4.1 당해 사업년도에 대한 법인세 실지조사를 실시한 서울지방국세청장은 청구법인의 당초 신고시 소득공제를 하지 아니하였던 전시 해외사업소득공제 해당액 20억원을 당연 감면공제액으로 인정하여 각 사업년도 소득에서 공제하였다가 88.7.21자 재무부장관의 유권해석이 있었다 하여 처분청은 청구법인의 83.1～12사업년도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 이 건 법인세를 과세하였으나, 해외사업소득 발생으로 인한 소득공제는 수혜자의 신청 감면이 아닌 당연 감면이고, 해외사업소득이 있으므로 처분과 사용이 제한되는 기업합리화 적립금을 적립한 청구법인과 같이 당초부터 공제할 의사가 있었던 경우에는 각 사업년도 소득에서 해외사업소득공제 해당액을 공제하여야 하며, 설령 재무부장관의 유권해석이 타당한 것이라 하더라도 새로운 세법의 해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는분부터 적용하여야 할 것이므로 청구법인의 83.1～12사업년도 소득에서 공제를 배제한 이 건 해외사업소득공제액은 이를 공제하고 법인세를 경정 결정하여야 한다고 주장한다.

3. 국세청장 의견 재무부 예규(소득 22601-572, 88.7.21)에서 “조세감면규제법 제26조의 규정에 의하여 해외사업에 대한 소득공제가 적용되는 법인이 정부의 조사에 의한 경정결정으로 각 사업년도의 소득금액이 변경되는 경우, 소득공제금액의 계산은 정부가 경정 결정한 소득금액을 기준으로 하는 것이나 당해 법인이 각 사업년도의 법인세 과세표준과 세액을 신고할 때에 동법 동조 및 동법 제88조의 규정에 의한 소득공제 한도액에 미달하게 공제받은 경우에는 정부가 경정결정을 함에 있어서 그 미달하게 공제받은 금액에 대하여 추가로 공제할 수 없는 것”이라고 해석하고 있고, 청구법인이 83.1～12사업년도분 법인세 과세표준 및 세액신고시 각 사업년도소득에서 해외사업소득 공제액을 공제하지 아니한 사실 및 소득공제에 관한 명세서를 제출하지 아니한 사실에는 청구법인도 다툼이 없는 바, 전시한 법규등에 비추어 볼 때 공제대상 소득금액에 대한 법인세 상당액을 기업합리화 적립금으로 적립하였다는 것만으로 당해 법인의 과세표준과 세액에 대한 정부의 경정결정시 당초에 공제받지 아니한 해외사업소득공제 해당액을 추가로 공제할 수는 없다 할 것이므로 각 사업년도 소득에서 이를 공제하여야 한다는 청구법인 주장은 받아들이기 어려우며, 전시 재무부 예규는 새로운 세법 해석이 아닌 관련 법령을 구체적으로 해석한데 불과한 것이므로 88.7.21 이후 납세의무가 성립하는분부터 적용되어야 한다는 주장도 이유없다 하겠다. 따라서 법인세 과세표준 신고시 각 사업년도소득에서 해외사업소득공제액을 공제하지 아니하고 소득공제에 관한 명세서도 제출하지 아니한 청구법인의 이 건 해외사업소득 공제액을 공제 배제하여 법인세를 경정 결정한 처분에는 달리 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 해외사업에 대한 소득공제가 신청을 요건으로 하는 것인지 여부와 당초 당해소득공제를 하여 법인세를 경정한 후 다시 소득공제를 배제하여 법인세를 재경정할 수 있는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단 먼저, 관계법령을 살펴보면, 조세감면규제법 제26조(해외사업에 대한 소득공제) 제1항에서 해외건설 촉진법에 의하여 면허를 받은 해외건설업을 영위하는 내국인에 대하여는 동 조 동항에서 정한 범위내의 금액을 당해 사업년도의 소득금액에서 공제한다고 규정하고, 동조 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 공제를 받고자 하는 내국인은 과세표준신고서와 함께 소득공제에 관한 명세서를 제출하여야 한다고 규정하고 있으나, 동조에 이 경우 소득공제는 소득공제신청서를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다는 등의 배제규정은 명시되어 있지 아니하고, 또한 동법 제91조(기업합리화 적립금의 적립) 제1항에서 제26조의 규정에 의하여 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금 처분에 있어서 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고, 동조 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 기업합리화 적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 소득공제를 적용하지 아니한다고 규정하고 있어, 이들 규정을 종합해 보면, 해외건설업을 영위하는 법인이 각 사업년도에 해외사업소득이 있는 경우 그 소득공제신청의 유무에 관계없이 각 사업년도 소득금액에서 해외사업소득공제를 받을 수 있고, 이러한 해외사업 소득공제를 받기 위해서는 당해 사업년도의 이익금 처분에 있어서 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 하는 것임을 알 수 있다. 다음, 이 건 사실관계를 살펴본다. 청구법인이 해외건설촉진법에 의하여 면허를 받아 해외건설업을 영위하는 법인으로 서 83.1～12사업년도중에 해외건설업에서 발생한 해외사업소득이 있고, 소득공제대상인 해외사업소득과 기타분을 구분하여 소득계산을 하고, 제출하지 아니한 것으로 국세청장이 오인한 소득공제(해외사업소득공제액 20억원)에 관한 명세서(소득공제 종합한도액 계산서, 해외사업소득공제신청서)를 당해 사업년도분 법인세 과세표준 신고서와 함께 제출한 사실이 인정되고, 당해 사업년도의 이익금 처분에 있어서 공제 소득금액에 대한 법인세 상당액에 상당하는 6억원을 기업합리화 적립금으로 적립한 사실이 84.2.28 결산 확정한 이익잉여금처분계산서에 의하여 확인되는 바, 다만, 당해 사업년도분 법인세 과세표준 및 세액조정계산서에 이 건 해외사업소득공제액 20억원을 각 사업년도 소득금액에서 공제하지 아니함으로써 소득공제액에 상당한 법인세를 납부한 사실이 있으나, 서울지방국세청장의 조사결과에 따라 처분청이 청구법인의 83.1～12사업년도분 법인세 경정시 이 건 해외사업소득공제액 20억원을 당해 사업년도 소득금액에서 공제하고 다른 익금산입 또는 손금불산입 항목등을 세무조정계산하여 청구법인에게 법인세 384,012,850원 및 동 방위세 334,600,320원을 과세하였으며, 그후 처분청은 88.10.24 당초 경정시 공제한 이 건 해외사업소득공제액 20억원을 공제배제함으로써 이 건 심판청구의 대상이 된 과세처분을 한 사실을 인정할수 있다. 앞서 본 관계법령과 사실이 이러한 데 처분청은 이 건과 같은 경우에 해당되는 것인지 그 해석의 진의가 의심스러운 재무부 예규 소득 22601-572(88.7.21)에 의하여 88.4.2 당초 경정시 공제한 이 건 해외사업소득공제액을 88.10.24 재 경정시 이를 배제함으로써 이 건 과세처분을 하였으나, 처분청이 88.4.2 당초 경정처분시 이 건 해외소득공제액을 공제한 것은 처분청이 갖고 있는 권한인 법인세법 제32조(결정과 경정) 제2항의 규정에 의한 경정으로서, 전시 법령에서 살펴 본 바와 같이 청구법인에게 해외사업소득이 있고, 청구법인이 동 해외사업소득에 대한 법인세 상당액에 상당한 기업합리화 적립금을 적립하였으므로 청구법인이 당해 소득공제 요건에 충족되어 적법하다 하겠는 바, 88.10.24 재 경정시 이 건 해외사업소득공제액을 배제하여야 할 아무런 법적 근거가 없음에도 이를 배제하여 이 건 법인세등을 과세한 처분은 법리를 오해한 위법한 처분으로서 그 취소를 면할 수 없다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.