원천징수세액으로 공제받을 원천징수세액 계산시 적용할 세율이 100분의 10인지, 100분의 25인지 여부(경정)

[주 문] 광화문세무서장이 88.9.5. 청구법인에게 결정고지한 85.1-12사업년도 법인세 29,765,950원 및 동 방위세 4,989,910원과86.1-12사업년도 법인세 14,169,520원 및 동 방위세 2,694,680원은 이를 85.1-12사업년도 법인세 16,159,710원 및 동 방위세 3,268,920원과 86.1-12사업년도 법인세 4,327,340원 및 동 방위세 865,470원을 각각 원천징수세액으로 공제하여 당해 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울시 종로구 OO동 OOO에서 금융업을 영위하는 법인으로서 85.1-12 및 86.1-12사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고시 청구법인이 소유했던 채권이자소득의 원천납부세액으로 공제받을 수 있는 원천징수세액을 소득세법 제144조 제1호 자목의 규정에 의한 원천징수세율 100분의 25를 적용, 계산한 금액을 위 사업년도의 법인세 산출세액에서 각각 공제한데 대하여, 처분청은 위 이자소득에 대한 공제받을 수 있는 원천징수세액은 소득세법시행령 제193조 제5항의 소유금액에 관계없이 100분의 10의 세율을 적용한 금액만을 공제하여야 한다는 국세청 예규에 따라 그 차액을 공제 배제하여 85사업년도 법인세 29,765,950원 및 동 방위세 7,684,590원과 86사업년도 법인세 4,989,910원 및 동 방위세 2,694,680원을 88.9.5. 경정고지한 바, 청구법인은 이에 불복하여 88.10.31. 심사청구를 거쳐 89.2.21. 심판청구에 이른 것이다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 85.1-12 및 86.1-12 사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고시 청구법인이 소유했던 청구외 OOOO(주) 제17회 회사채등을 이자계산기간 중도에 타인에게 양도하고 동 채권이자소득의 원천징수납부세액에서 공제받을 수 있는 원천징수세액을 소득세법 제144조 제1호 자목의 규정에 따라 원천징수세율 100분의 25를 적용, 계산한 금액을 위 사업년도의 법인세 결정세액에서 각각 공제한데 대하여 처분청은 위 이자소득에 대하여 공제받을 수 있는 원천징수세액은 소득세법 시행령 제193조 제5항의 소유금액에 관계없이 100분의 10의 세율을 적용한 금액만을 공제하여야 한다고 이 건 과세하였으나 청구법인이 양도한 채권은 소액사채기준금액을 초과하는 사채이므로 동 사채에 대한 이자소득에 대하여는 법인세법 제39조 및 소득세법 제144조 제1호 자목의 규정에 의하여 100분의 25의 세율을 적용한 세액이 원천징수되었고, 법인세법 시행령 제91조의 3에서 채권이자소득에 대한 원천징수공제세액계산은 법인세법 제39조의 규정에 의한 원천징수세액을 기준으로 중도매각한 사채에 대하여는 그 보유기간에 따라 안분계산하도록 규정하고 있는 바, 위 법 규정에 부합되지 아니하는 국세청 예규를 기준으로 이 건 원천징수공제세액 적용세율을 100분의 10을 적용하여 추가 고지한 처분은 위법 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구법인이 양도한 회사채가 소액사채기준금액을 초과하는 사채이므로 원천징수세율을 100분의 25를 적용하여야 한다고 청구법인은 주장하나, 관련법령 규정 및 예규에서 “동 채권이 사채일 경우 적용세율은 소득세법 시행령 제193조 제5항의 소유금액에 관계없이 100분의 10으로 하는 것”이라고 해석함으로써 청구주장을 이유있는 주장으로 받아들일 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 회사채등을 이자계산기간중에 양도함으로써 동 채권이자소득에 대한 원천징수세액으로 공제받을 원천징수세액 계산시 적용할 세율이 100분의 10인지, 100분의 25인지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 이 건 과세경위를 보면, 청구법인은 84.12-86.12 기간중에 취득한 OOOO주식회사 제17회 회사채등을 이자계산기간이 만료되기전에 타인에게 양도하고 원천징수세율 100분의 25를 적용한 의제원천징수세액 88.1-12사업년도 법인세 34,343,870원 및 동 방위세 6,905,680원을, 86.1-12사업년도 법인세 18,713,000원 및 동방위세 3,742,560원을 공제하여 각 사업년도 법인세 과세표준 및 세액으로 자진신고 납부하였다. 그러나 처분청은 전시한 의제원천징수세액 계산은 소득세법 시행령 제193조 제5항의 규정에 의한 소유금액에 관계없이 100분의 10의 세율을 적용한 금액으로 하여야 한다고 보아 동 100분의 10의 세율을 적용, 계산한 원천징수세액만을 공제하고 청구법인이 공제한 나머지 금액에 대하여는 공제부인하여 이 건 법인세 및 동 방위세를 과세한 것임이 처분청 관련자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구법인은 청구법인이 양도한 채권은 소액사채기준금액을 초과하는 사채의 이자에 해당하고, 동 사채의 이자 지급시 지급금액에 100분의 25의 세율을 적용한 금액이 원천징수납부 되었음이 이 건 사채 양수법인의 원천징수영수증에 의하여 확인되므로 기 원천징수 납부된 100분의 25 상당 금액을 의제원천납부세액으로 공제하여야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴본다. 먼저, 원천징수세액공제 관련규정을 보면, 법인세법 제31조 제1항에서 “내국법인은 신고한 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준에 제22조의 세율을 적용하여 계산한 법인세액에서 원천징수세액등을 공제한 금액을 각 사업년도의 소득에 대한 법인세로서 당해 신고기한내 정부에 납부하여야 한다”고 규정하고 있고, 동법 제39조 제1항에서 “이자소득 또는 기타 소득금액을 내국법인에게 지급하는 자는 그 금액을 지급하는 때에 그 지급금액에 소득세법 제144조 제1호 또는 제6호에 규정하는 원천징수세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 정부에 납부하여야 한다”고 규정하고 있으며, 이 건 의제원천징수액 계산에 관한 규정을 보면, 동법 시행령 제91조의 3 제1항에서 “법인이 소득세법 제17조 제1항에 규정하는 채권 또는 증권의 이자 계산기간중에 당해 채권을 타인에게 양도하거나 타인으로부터 취득한 경우에 있어서 법 제30조 또는 제31조의 규정에 의하여 공제할 원천징수세액은 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 한 다. 법 제39조의 규정에 의한 원천징수세액 × ”이라고 규정하고 있다. 또한 소득세법 제17조 제1항 제2호에서 “내국법인이 발행한 채권 또는 증권의 이자의 할인액”을 이자소득의 범위에 규정하고 있고, 동법 제144조 제1호(마)에서 “OOOO은행, 은행법에 의한 금융기관, 단기금융업법에 의한 단기금융회사, 종합금융회사에 관한 법률에 의한 종합금융회사, 신탁회사, 증권회사 또는 개발금융업무를 행하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 매출하거나 모집을 주선한 사채로서 대통령령이 정하는 금액 미만의 사채를 소유한 거주자의 사채의 이자에 대하여는 원천징수세율을 100분의 10으로 한다”고 규정하고, 동조 동호 (자)에서 “기타의 이자소득금액에 대하여는 원천징수세율을 100분의 25로 한다”고 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제193조 제5항에서 “법 제144조 제1호 (마)에서 대통령령이 정하는 금액이라함은 총 발행사채의 100분의 3에 해당하는 금액과 1억원중 적은 금액을 말한다”고 규정하고 있다. 그런데, 이건 청구법인이 양도한 OOOO 제17회 사채등이 전시한 소득세법 제144조 제1호 (마)에서 규정한 소액사채기준금액을 초과하는 다액사채임에는 처분청에서도 다툼이 없다. 따라서 위 법령을 종합하여 볼 때, 청구법인이 이 건 다액사채를 이자계산기간 만료전에 타인에게 양도하고 법인세 과세표준 및 세액신고서상 기납부 세액에서 공제할 원천납부세액 계산시 적용할 세율은 소득세법 제144조 제1호 (자)의 규정에 의한 100분의 25를 적용함이 정당하다 할 것이다. 그렇다면, 처분청이 이 건 법인세 과세표준 및 세액결정시 기납부세액으로 공제할 원천납부세액 계산시 적용 세율을 100분의 10으로 하여 그 초과되는 금액에 대하여는 공제배제하여 청구법인에게 추가고지한 경정처분은 관계규정의 법리를 오해한 위법한 처분이라 판단된다. 다만, 청구법인이 이자계산기간중에 양도한 OOOO 제17회 사채등에 대하여 약정한 이자계산기간에 이자지급시 원천징수세액으로 얼마의 세율을 적용한 금액이 당해 원천징수세액으로 납부되었는지 여부를 사채 양수자인 청구법인의 거래상대방으로부터 당해 사채에 대한 이자지급시 원천징수한 원천징수영수증에 의하여 확인하여 본 바, 별첨 원천징수 납부세액 명세서와 같이 OOOO 제17회 사채외 21개에 대하여 100분의 25 세율을 적용하여 원천징수세액으로 85.1-12 사업년도 법인세 27,112,740원 및 동 방위세 5,423,470원과 86.1-12 사업년도 법인세 7,212,210원 및 동방위세 1,442,420원의 납부사실이 확인되고 있으므로 동원천징수납부세액에 대한 이 건 법인세 과세표준 및 세액결정계산서상 결정세액에서 공제 배제된 원천징수세액(100분의 15 상당 금액)으로 85.1-12 사업년도 법인세 16,159,710원 및 동 방위세 3,268,920원과 86.1-12 사업년도·법인세 4,327,340원 및 동 방위세 865,470원을 원천징수공제세액으로 추가 공제하여 당해 세액을 산정, 당초 처분을 경정하여야 한다고 판단된다.

6. 경정 이 건 심판청구를 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.