정정교부받기 이전에 발생한 매입세액을 불공제대상이 되는 「등록전 매입세액」으로 볼 수 있는지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울특별시 영등포구 OOO동 OOO O에 본점을 두고 법인세법 제67조의 규정에 의하여 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 필한 후 금융업(상호신용금고)을 영위하고 있는 법인으로서 87.10.17 사옥 및 임대업겸용건물〔건축예정 총면적 6,575.9평방미터중 사옥용 면적 3,288.1평방미터, 임대사업용 면적 3,287.8평방미터(임대면적비율:49.99%)〕의 신축공사를 착공하고 88.7.30자로 부가가치세 과세사업인 부동산 임대업을 업태 및 종목에 추가하여 사업자등록증을 정정 교부받았는 바, 88년제1기 과세기간중 공급받은 공사도급금액등 509,054,927원에 대한 매입세액 50,905,493원을 88.7.25 확정신고시에는 공제계산하지 않았다가 88.8.22 수정신고를 통하여 건물사용계획면적에 따라 안분계산한 과세사업(임대)부분 매입세액 25,451,729원을 환급신고한데 대하여 처분청은 이를 등록전 매입세액으로 보아 88.11.12자로 그 환급을 거부하는 통지를 하자 청구인은 이에 불복 88.11.19 심사청구를 거쳐 89.2.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 하고 사업을 계속하던 중 건물신축과 관련하여 공사수급자로 부터 세금계산서를 교부받아 88년제1기분 부가가치세 과세표준 확정신고 기간내에 확정신고서와 함께 당해 세금계산서를 제출하였으나 그후 공통매입세액을 안분계산한 결과 환급세액이 발생되어 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 환급수정신고서를 적법하게 제출하였음에도 처분청이 부가가치세법 제5조의 규정에 의한 사업자등록을 하지 않았다는 이유로 그 환급을 거부한 처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 법인세법 또는 소득세법에 의하여 등록을 한 사업자가 과세사업을 겸업하게 되는 경우에는 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 매입세액 불공제 및 미등록 가산세가 적용되지 아니하는 것인 바 〔국세청예규 부가 1265-1970 (83.9.15)〕, 청구법인은 75.1.21 업종을 금융업중 신용금고로 하여 법인세법상 등록을 하였으나 87.10.17 건물(6,575.9평방미터)을 신축하여 그중 일부인 3,287.8평방미터를 임대할 계획이었으면서도 88년 제1기 과세기간 종료일 현재 과세사업자로 사업자등록을 이행하지 아니하였으므로 처분청이 88년제1기중 교부받은 세금계산서상 부가가치세액을 등록전 매입세액으로 보아 그 환급을 거부한데에는 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증상에 과세사업(부동산임대업)을 추가하여 정정교부받기 이전에 발생한 매입세액을 불공제대상이 되는 등록전 매입세액으로 볼 수 있는지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 이 건 관계법령규정을 보면 부가가치세법 제5조(등록) 제1항에서 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일 부터 20일내에 정부에 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다”고 규정하고 있고 같은법 제17조(납부세액) 제2항 제5호에서는 등록을 하기전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며 법인세법 제67조에서도 사업자등록에 관한 규정을 두고 있어 부가가치세 면세사업을 영위하는 법인은 법인세법에 의한 사업자등록을, 과세사업자는 부가가치세법에 의한 등록을 의무화하고 있고 과세사업자로 등록하기전에 발생한 매입세액은 납부세액 계산시 그 공제를 배제하고 있음을 알 수 있다. 먼저 이 건 사실관계 및 처분경위를 보면 청구법인은 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(등록번호: OOOOOOOOOOOO, 업태·종목: 금융·신용금고) 을 필한 상태에서 과세사업인 부동산임대업을 영위할 목적으로 88.7.30자로 위 사업자등록증상의 업태 및 종목에 부동산·임대을 추가하여 정정교부받은 후 88.8.22 자로 88년 제1기 부가가치세 수정신고를 하여 88.1-6월중 공급받은 공사도급금액등 509,054,927원에 대한 매입세액 총 50,905,493원중 과세사업(임대)상당세액 25,451,729원의 환급을 청구하였으나 처분청은 과세사업이 추가로 등록되기 이전에 발생된 매입세액이라는 이유로 88.11.12 그 환급을 거부하는 통지를 하였음이 부가가치세 확정 및 수정신고서류, 부가가치세 수정신고에 대한 결과통보서(법인 22631-5615, 88.11.12)등에 의하여 확인되고 있다. 다음으로 이 건 당초 교부받은 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증상에 부동산임대업을 추가하여 정정교부받기 이전에 공급받은 공사도급금액등에 대한 매입세액을 등록전 매입세액으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴보면, 사업자등록제도는 과세관청이 부가가치세 납세의무자의 인적사항과 과세자료등을 효율적으로 관리, 확인하려는데 근본취지가 있다 할 것이며 부가가치세법상 미등록가산세의 부과, 등록전 매입세액의 불공제등 제재규정을 두고 있는 바 부가가치세법 제5조 제1항에서 규정하고 있는 사업자등록의무자는 부가가치세가 과세되는 사업자에 한하고 면세사업자는 그 의무가 없다 할 것이며 같은법 제17조 제2항 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록....”이라 함은 부가가치세 납세의무가 있는 사업자의 등록을 의미한다고 보아야 할 것이므로 면세사업자이던 청구법인이 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부받았다는 사실만으로는 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없다 할 것이다. (같은 취지의 대법원판례 84누163, 84.7.10) 따라서 처분청이 이 건 부가가치세 환급수정신고에 대하여 등록전 매입세액으로 보아 그 환급을 거부한 처분은 정당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.