취득시에는 특정지역으로 고시되어 있지 아니하여 적용할 배율이 없는 경우에 취득가액을 산출하는 것이 적법한지의 여부(취소)

[주 문] 청구인이 88.5.31 자로 용산세무서장에게 확정신고한 87과세년도분 양도소득세 환급세액 9,743,190원은 양도 및 취득가액을 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액으로 하여 양도차익을 산정한 후 그 과세표준과 세액을 결정하고 과다납부한 세액에 대하여는 이를 환급한다.

[이 유]

1. 사실 청구인이 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO에 소재하는 378평방미터중 1/2(이하 “이 건 토지”라 한다)을 74.12.26 취득하여 87.4.30 양도한 후 양도가액은 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (가)목의 규정에 의한 국세청장이 정한 배율방법에 의하여 평가한 가액으로, 취득가액은 같은 법 시행령 제115조 제3항 및 같은법 시행규칙 제56조의 5 제7항의 규정에 의한 환산가액으로 그 양도차익을 계산하여 해당양도소득세를 납부한 후, 88.5.31자로 같은 법 제100조의 규정에 의한 종합소득세 과세표준 확정신고를 하면서 양도한 부동산의 취득 및 양도가액을 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액으로 계산하여 그 양도차익을 계산하고 양도소득세 9,743,190원을 처분청에 환급신고하였으나, 처분청이 청구인에게 그 세액의 환급 또는 환급거부처분등 아무런 행정처분을 하지 아니하자, 청구인은 88.9.28 이의신청, 88.11.10 심사청구, 89.1.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 청구인이 이 건 토지를 양도하고 소득세법 제95조의 규정에 의한 자산양도차익 예정신고시 청구인은 비거주자로서 토지 소유권이전을 위한 인감증명서를 발급받고자 할 때에는 관할세무서장을 경유하도록 되어 있어, 기준시가의 결정방법을 규정한 같은 법 시행령 제115조 제1항 제1호 (가)목에 대한 처분청의 해석하는 바에 따라, 그 양도가액은 국세청장이 정한 배율방법에 의하여 평가한 가액으로, 취득가액은 같은 법 시행령 제115조 제3항 및 같은 법 시행규칙 제56조의 5 제7항의 규정에 의한 환산가액으로 하여 그 과세표준과 세액을 계산하여 15,641,850원을 납부하였으나, 88.5.31 같은 법 제100조의 규정에 의한 종합소득세 과세표준 확정신고시에는 양도한 이 건 토지의 취득 및 양도가액을 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액으로 그 과세표준과 세액을 산출한 후 기납부세액을 차감하고 나머지 9,743,190원을 환급신고하였으나, 처분청이 이를 환급하지 아니함은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 소득세법 제60조는 법 제23조 제4항과 법 제45조 제1항 제1호에 규정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의한다라고 규정하고, 같은 법 시행령 제115조 제1항은 법 제60조에 규정하는 기준시가의 결정은 다음 각호에 규정하는 바에 의한다라고 규정하고 제1호 (가)에서 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 하도록 규정하고 있으며, 동 조 제3항은 제1항 제1호 (가)의 규정에 의한 특정지역에 있는 자산으로서 취득당시 특정지역에 대한 배율이 없는 것에 있어서는 재무부령이 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 취득당시의 기준시가로 한다라고 규정하고 있어, 청구인이 양도한 쟁점부동산은 취득시에는 일반지역으로서 적용할 배율이 정하여져 있지 아니하나 양도시에는 특정지역으로 고시된 지역이므로, 처분청이 전시 규정에 의하여 양도가액은 배율적용방법에 의한 기준시가로 계산하고, 취득가액은 기준시가로 환산한 가액으로 하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 적법한 것이라는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구는 양도한 토지가 양도당시에는 특정지역으로 고시되어 있어 적용할 배율이 정하여져 있으나, 취득시에는 특정지역으로 고시되어 있지 아니하여 적용할 배율이 없는 경우에 구 소득세법 시행령 제115조 제3항의 규정을 적용하여 취득가액을 산출하는 것이 적법한지의 여부에 그 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 우선 이 건 관련 과세처분 경위를 보면, 청구인이 이 건 토지를 양도하고 소득세법 제95조의 규정에 의하여 자산양도차익 예정신고를 하고 해당세액을 납부하였으나, 88.5.31 같은 법 제100조의 규정에 의한 과세표준 확정신고시 그 양도차익을 지방세 과세시가표준액으로 하여 기납부세액중 9,743,190원을 환급신고하였으나, 처분청이 환급 또는 환급거부등 아무런 행정처분을 하지 아니하였음이 처분청이 제시한 관계기록에 의하여 알 수 있다. 청구인과 국세청장 및 처분청간에는 청구인이 양도한 “이 건 토지”가 양도일(87.4.30) 현재는 특정지역이나 취득당시(74.12.26)는 특정지역이 아니었다는 사실에 대하여는 다툼이 없고, 다만 이 건 토지의 양도로 인한 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액은 배율방법에 의한 기준시가로 하고, 취득가액은 위 양도가액을 기준으로 환산한 가액으로 하여 계산할 수 있는지에 관하여는 다툼이 있으므로 먼저 이에 관련된 법령을 살펴본다. 소득세법 제23조 제4항 본문 및 같은 법 제45조 제1항 제1호 본문에서 양도가액 및 취득가액은 기준시가로 계산하도록 하고 있으며, 그 기준시가의 결정방법을 법 제60조에서 “기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 방법에 의한다”라고 하여 기준시가의 결정방법을 대통령령에 위임하였으며, 이 규정의 위임을 받은 같은 법 시행령 제115조 제1항에서는 토지·건물에 대하여 3가지의 “기준시가” 결정방법을 규정하고 있으며, 본 규정 (가)목에서 규정한 “배율방법에 의한 기준”을 적용함에 있어 취득당시 그 배율이 없는 경우가 예상되어 본 제3항에 “특정지역에 있는 자산으로서 취득당시 특정지역에 대한 배율이 없는 것에 있어서는 재무부령이 정한 방법에 따라 환산한 가액을 취득당시의 기준시가로 한다”고 규정하고 있다. 그러나 그 문면의 내용이 명료하지 않아 87.5.8자로 이를 “취득당시 특정지역에 해당하지 아니하여 배율이 없는 것에 있어서는 재무부령이 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 취득당시의 기준시가로 한다”로 분명하게 개정하였고, 대법원에서는 87.1.20 전원합의부 판결(86누576) 이래 배율방법에 의하여 부동산의 양도차익을 계산하려면 그 부동산이 양도당시는 물론 취득당시에도 다같이 특정지역내에 소재하고 이에 대한 배율의 정함이 있어야 한다는 견해를 누차 밝혀왔다. 이러한 점으로 미루어 보아 본 규정(87.5.8 개정전)은 취득당시에 특정지역에 해당되었으나 배율이 정함이 없는 경우에 환산가액에 의하도록 한 규정으로 보는 것이 그 문면과 법적 안정성의 견지에서 타당한 것이라 판단된다. 따라서 취득당시 특정지역으로 고시된 바 없는 쟁점토지 양도에 대하여는 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (나)목의 규정을 적용하여 양도 및 취득가액을 “지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액”으로 그 양도차익을 결정하여야 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.