[요지] 당초부터 부가가치세 과세면세겸업사업자가 매입세액을 공제받은 후 면세공급가액의 비율이 증가된 경우에 해당하지 아니하므로 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단됨
[요지] 당초부터 부가가치세 과세면세겸업사업자가 매입세액을 공제받은 후 면세공급가액의 비율이 증가된 경우에 해당하지 아니하므로 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 부산직할시 중구 OO동 OO OOOOO에서 수산업등을 영위하는 법인으로서, 처분청은 청구법인이 부가가치세 영세율적용대상 재화의 공급인 수출의 이행을 조건으로 88년 1기중 부가가치세 면세포기신고하여 면세사업관련 선박구입에 따른 매입세액등 480,049,010원을 공제받은 후 수출의 이행없이 국내에 면세재화를 공급하였음을 이유로 기 공제한 매입세액을 추징하여 89.2.24 부가가치세 528,861,900원을 부과처분하였는 바, 청구법인은 이에 불복 89.3.28 이의신청, 89.6.16 심사청구를 거쳐 89.9.27 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 청구법인은 88.2.23 수산업에 대한 면세포기를 하고 88.2.25 선박 2척을 48억 원에 구입하여 88.3.23 관련매입세액 480,049,010원을 조기환급받았는데, 처분청에서는 청구법인이 당해 과세기간에 영세율공급(수출)은 물론 면세공급이 전혀없었고 88.2기에 비로소 국내면세공급만이 발생하였다고 하여 기 공제한 매입세액을 추징하여 이건 부과처분하였으나, 청구법인이 매입세액을 공제받은 선박 2척은 감가상각자산에 해당하므로 조기환급받은 매입세액을 부가가치세법 제17조 제4항의 규정에 의하여 재계산하여 과세하여야 한다는 주장이다.
3. 국세청장 의견 청구법인은 당초 면세사업인 수산업 영위자로서 수산물 수출을 사유로 하여 부가가치세법 제12조 제4항 및 동법시행령 제47조의 규정에 의하여 면세포기신고하였음에도 당해 과세기간은 물론 다음과세기간인 88년 2기 까지도 영세율(수출) 실적이 전혀없이 국내거래만 하였으므로 처분청은 청구법인의 이 건 사업은 면세포기대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 이미 공제한 부가가치세액을 추정하였음을 알 수 있는 바, 부가가치세법 제17조(납부세액) 제2항 제4호에서 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 같은법 기본통칙 5-3-1...17(면세포기한 사업자의 매입세액공제)단서 규정에서는 [다만, 면세포기한 사업에 대하여 당해 과세기간에 면세되는 재화의 공급만이 있는 경우에는 법 제17조 제2항 제4호 규정에 의하여 공제하지 아니한다]고 명시하고 있어서 당초 영세율(수출)을 사유로 면세포기하여 공제받은 매입세액을 그 요건을 갖추지 못하여 추징하는 것은 정당할 뿐만 아니라 전시 법규정에 의하여도 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 규정에 의하여 공제할 수 없는 것임이 명백하다 할 것이므로 당초 전시 규정에 따라 과세한 이 건 처분은 잘못이 없으며 매입세액을 공제받은 선박이 감가상각대상 자산이라고 하여 환급세액의 재계산을 주장하는 것은 이유 없다는 의견이다.
4. 쟁점 이 건의 다툼은 부가가치세 과세, 면세 겸업사업자인 청구법인이 수출을 조건으로 부가가치세 면세포기신고하여 면세사업 관련선박구입에 따른 매입세액을 공제받은 후 수출의 이행없이 국내에 면세재화를 공급하였다고 하여 기공제한 매입세액을 추징한 당초처분의 당부를 가리는 데 있다 하겠다.
5. 심리 및 판단 먼저 이 건 사실관계 및 부과처분내용과 청구법인의 주장을 보면, 86.6.25 설립등기를 필하고 부가가치세 과세사업인 선박관리 서어비스업을 하던 청구외 OOO상운주식회사의 상호를 청구법인으로 변경하고 사업목적에 부가가치세 면세사업인 수산업을 추가하여 88.2.10 변경등기를 한 청구법인은, 88.2.23 처분청에 사업자등록정정신고와 함께 사업목적중 부가가치세 면세사업인 수산업에 대하여 수출을 조건으로 면세포기 신고를 하여 88.2.25 선박2척을 48억원에 구입한후 선박구입관련 매입세액 480,000,000원과 기타 매입세액 49,010원 합계 480,049,010원을 조기환급신청하여 동 세액을 환급받았는 바, 처분청은 청구법인이 88년 2기 까지도 당초 면세포기신고의 조건이었던 수출의 이행없이 국내에 면세되는 재화의 공급을 하였다고 하여 당초 환급하였던 세액을 추징하여 이 건 부과처분하였음을 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 환급받은 세액을 추징하였음은 부당하고, 매입세액이 공제된 선박을 부가가치세가 면제되는 재화를 공급하는 사업에 사용하였으므로 환급세액을 재계산하여야 한다고 주장하고 있음을 알 수 있다. 다음으로 관계규정을 보면, 부가가치세법 제12조 제1항, 제17조 제2항, 제4항, 동법시행령 제47조 제1항을 보면 가공되지 않은 수산물등의 식료품공급에 대하여는 부가가치세를 면제하되, 부가가치세가 면제되는 재화를 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하며, 부가가치세가 면제되는 재화의 공급중에서 영세율적용의 대상이 되는 수출하는 재화의 공급에 대하여는 면세포기신고서를 소관세무서장에 제출함으로써 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다고 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구법인은 전시한 관계규정에 따라 부가가치세가 면제되는 수산물의 공급에 대하여 영세율적용의 대상인 수출을 조건으로 88.2.23 처분청에 면세포기신고를 하여 면세사업인 수산업에 관련된 어선2척의 구입에 따른 매입세액을 전액공제 받은 사실에 대하여는 다툼이 없고, 처분청의 조사내용을 보면 청구법인은 면세포기신고를 한 88년1기중에 영세율적용대상재화의 공급이 8,471,700원이라고 신고하였으나, 이는 국내유류 공급분을 허위신고하였음이 확인되고 있으며, 88년 제2기까지도 영세율적용대상 재화의 공급인 수출을 전혀 이행하지 않고 국내에 면세되는 재화인 수산물을 1,562,609,000원 상당을 공급하였음이 확인되는 바, 이와같이 부가가치세가 면제되는 수산물의 공급에 대하여 영세율 적용의 대상인 수출을 조건으로 면세포기 신고한 사업자가 관련 매입세액을 매출세액에서 공제받은 후 면세되는 재화를 국내에 공급하는 때에는 면세포기는 그 효력이 없다고 하여야 할 것이므로(동지, 부가가치세 기본통칙 4-7-2...12), 처분청이 청구법인에 대하여 면세포기의 효력을 부인하고 공제받은 해당매입세액을 추징하였음은 타당하다고 할 것이며, 또한 청구법인은 매입세액을 공제받은 어선 2척이 면세되는 재화의 공급에 사용되었으므로 환급세액을 재계산하여야 한다고 주장하는 바, 관계규정인 부가가치세법 제17조 제1항, 제4항과 동법시행령 제61조 제1항 및 제63조 제1항을 종합해 보면, 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 총공급가액에 대한 면세되는 공급가액의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간의 그 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 납부세액이나 환급세액을 재계산하도록 규정하고 있으나, 이 건의 경우 청구법인은 부가가치세 면제를 받지 아니하기 위하여 소관세무서장에게 면세포기신고를 함으로써 면세포기신고를 하지 않았으면 공제받지 못할 매입세액을 공제받았다가 추징된 경우로서, 당초부터 부가가치세 과세면세겸업사업자가 매입세액을 공제받은 후 면세공급가액의 비율이 증가된 경우에 해당하지 아니하므로 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.
6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.