수정신고내용대로 그 과세표준을 경정한 경우, 국세환급가산금의 기산일을 수정신고일을 기준할 것인지 또는 경정일을 기준할 것인지 여부(취소)

[참조결정] 국심1988서0683

[주 문] 서부산세무서장이 89.5.26자로 청구법인에게 환급한 부가가치세 25,531,810원에 대한 국세환급가산금은 수정신고를 한 날(87.1.23)로 부터 30일이 경과한 날로 부터 기산하여 국세환급금지급 결정일인 89.5.26까지의 기간에 대하여 계산하고 이를 국세환급금에 가산하여 지급한다.

[이 유]

1. 사 실 청구법인은 부산직할시 사하구 OO동 OOOOOO O에 주소를 두고 단미사료 제조업을 영위하고 있는 영리법인으로서 87.1.23자로 86년도 제1기 확정분 및 86년도 제2기 예정분 부가가치세 수정신고를 하면서 당초 자진신고납부세액과 수정신고에 따른 세액과의 차액 25,531,810원의 환급을 요구한데 대하여 처분청이 89.5.26 동금액만 환급결정통지하고 그 환급가산금은 부가가치세 결정일 또는 경정결정일로 부터 30일이 경과하는 날로 부터 기산하도록 되어있다는 이유로 이를 계산하지 아니하자 이에 불복하여 89.7.5 심사청구를 거쳐 89.8.26 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 86.1기확정분(86.4-6월) 및 86.2기예정분(86.7-9월)부가가치세 신고사항에 의제매입세액 계산착오가 발견되어 87.1.23 수정신고하였으나 87.3.24 수정신고에 따른 환급신청세액을 거부하는 통지를 처분청으로 부터 받게되어 국세심사 및 심판청구를 거쳐 89.4.25 대법원에서 승소판결을 받아 89.5.26. 25,531,810원의 국세환급금을 받았으나 부가가치세 수정신고의 경우 그 효력은 수정신고일이므로 국세기본법 제52조 제6호 본문규정에 의한 수정신고일로 부터 30일이 경과하는 날로 부터 환급가산금을 계산하여 발생되는 6,303,800원을 환급하여 달라는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이 건 처분은 당초 청구인의 감수정신고내용이 이유없다고 판단되어 환급거부 처분을 받았던 것을 청구인이 소를 제기하여 대법원에서 승소판결을 받아 처분청에서 경정결정을 한 것이므로 부가가치세는 과세표준신고납부에 의하여 확정되는 것이고 환급신고등의 감수정신고는 국세기본법 제45조 제2항의 규정에 의하여 경정결정받도록 되어있고, 이 건 경정결정이 대법원판결문에 의하여 확정된 이상 처분청에서 89.5.26을 경정결정일로 본데는 잘못이 없다고 판단된다는 의견이다.

4. 쟁 점 이 건 심판청구는 과세표준액을 감액하여 수정신고한데 대하여 처분청이 그후 수정신고내용대로 그 과세표준을 경정한 경우, 국세환급가산금의 기산일을 수정신고일을 기준할 것인지 또는 경정일을 기준할 것인지를 가리는데 그 쟁점이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 먼저 이 건 경위를 보면, 청구법인이 87.1.23자로 86년도 제1기 확정분 및 86년도 제2기예정분 부가가치세를 수정신고하면서 당초 자진신고납부시 의제매입세액계산에 착오가 있음을 발견하여 자진신고납부세액과 수정신고에 따른 세액과의 차액 25,531,810원의 환급을 요구하였으나, 처분청이 의제매입세액공제가 부당하다는 이유로 87.3.24 동금액의 환급을 거부하는 통지를 하자 청구법인은 이에 불복하여 국세심사 및 심판청구를 거쳐 대법원에 소를 제기한 결과 89.4.25 대법원으로 부터 승소판결을 받음에 따라 89.5.26 처분청이 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정을 적용하여 동금액만 환급결정통지를 하였음을 알 수 있다. 다음으로 이 건 관련 국세기본법 제52조 제6호의 규정을 보면, “세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액을 국세환급금에 가산하여야 한다”라고 규정하면서 그 제6호에 “법인세법, 부가가치세법, 특별소비세법 또는 주세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일전인 경우에는 당해 법정신고기일)로 부터 30일이 경과하는 때, 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정 결정일로 부터 30일이 경과하는 때”라고 규정하고 있다. 살피건대, 수정신고제도는 그 신고의 효력에 대하여 국세기본법에서 명문으로 규정한 바는 없으나, 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출한 자에게 그 기재사항에 오류나 누락이 과세표준신고서를 정부에 제출한 후 발견되었을 때에 납세의무자가 이를 자진하여 정부에 제출할 수 있도록 기회를 주는 제도이므로 수정신고하는 시점에 당초 신고를 수정시키는 효력이 있다고 유추하여 해석할 수 있다 할 것이다. 그렇다면, 납세의무자가 과세표준의 감액 또는 환급세액을 증가시키는 수정신고를 한 경우에 대하여 그 과세권자가 과세표준등을 경정할 사항에 대하여 국세기본법 제45조 제2항에서 정한 처리기한(수정신고를 받은 날로 부터 60일내)내에 경정을 하든, 그 처리기한 경과후 경정을 하든 그 수정신고의 효력은 그 경정결정일에 있는 것이 아니라 당초 수정신고서를 정부에 제출한 날에 있던 것으로 보는 것이 타당하다 하겠는 바 (국심88서683호, 88.9.8 같은뜻임), 이 건 청구법인의 경우와 같이 납세의무자가 과세표준을 감액하여 수정신고한 경우에 대하여 그 과세권자가 수정신고한 내용대로 그 과세표준을 경정함으로써 환급세액이 발생한 경우는 국세기본법 제52조 제6호 단서에서 규정한 “결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액”에 해당하는 것이 아니라 제6호 본문에서 규정한 신고로 인하여 발생한 환급세액에 해당된다 하겠다. 즉 제6호 본문의 규정은 신고를 함으로써 환급금이 발생하는 경우는 물론 당초 신고시에는 환급세액이 발생되지 아니하였으나 수정신고함으로써 환급세액이 발생하는 경우에도 똑같이 적용된다고 해석하여야 할 것이므로 청구법인이 당해 수정신고서를 처분청에 제출한 87.1.23 부터 30일이 경과한 날로 부터 기산하여 당해 환급가산금을 계산하여야 할 것이며, 따라서 처분청이 위 제6호 단서의 규정을 적용하여 쟁점국세 환급가산금의 기산일을 과세표준경정결정일(89.5.26)로 보아 가산금 계산없이 환급금만 결정통지한 당초처분은 관계법리를 오해한 위법한 것이라고 판단된다.

6. 결 론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.