세금계산서가 공급시기 및 공급받는자 등에 있어서 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지의 여부(취소)

[주 문] OOO세무서장이 1989.1.16 청구법인에게 경정고지한부가가치세 19,781,100원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 부산직할시 영도구 OO동 OOOO O에 본점을 두고 운송보관업(특수화물)을 영위하는 OOOO운송주식회사의 OOO지점으로, 청구외 OO운수주식회사로부터 OO트랙터(640) 5대(자동차 등록번호 OOOOOOOO, OOOO, OOOO, OOOO, OOOO) 및 콘테이너 샷시 2대(자동차 등록번호 OO OO OOOO, OOOO)를 매입함에 있어서 매매대금은 179,828,275원으로 하고 대금지불은 청구외 OO운수주식회사 매월 불입하는 할부금을 대불하는 조건으로 하여 1988.8.18 자로 매매계약을 체결하고, 위 트랙트 및 콘테이너 샷시(이하 “쟁점 자동차”라 한다)매입에 대한 세금계산서(이하 “쟁점 세금계산서”라 하다)를 1988.8.25 자로 교부 받았으며, 1988년 2기분 부가가치세 예정신고시 쟁점 세금계산서상의 부가가치세(17,982,826원)를 매입세액에 포함하여 환급세액을 14,729,438원(=매출세액 4,079,234원-매입세액 18,808,672원)으로 신고하여 이를 환급받았는 바, 이에 대하여 처분청에서 쟁점 자동차의 공급시기는 자동차등록원부상 청구법인 본점 명의로 등록한 날인 1988.7.14 및 1988.8.13로, 공급받는자는 청구법인 본점으로 보아야 하므로 쟁점 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다 하여 1989.1.16 쟁점 세금계산서상의 매입새액을 불공제하여 부가가치세 19,781,100(본세 17,982,827원, 가산세 1,798,282원)을 경정고지함에 따라 이에 불복하여 심사청구를 거쳐 1989.6.14 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은, 청구외 OO운수주식회사가 1988년초 증차허가를 득할 것을 예상하여 당시 호조건을 제시한 청구외 OO자동차주식회사로부터 쟁점 자동차를 할부조건으로 구입하였으나 증차허가의 차질로 인해 자기 명의로 차량등록을 못하고 임시운행증으로 5개월정도 운영하던 중, 청구법인 본점의 경우는 이와 반대로 증차허가는 득하였으나 생산회사의 노사분규등으로 인하여 증차분 차량을 추가구입하는 데 상당한 시일이 걸린다는 사실을 알고 청구법인 본점에 차량등록명의를 대여하여 줄 것을 요청하여 옴에 따라, 청구인 본점이 이를 승락하여 1988.7.14 청구외 OO운수주식회사와 쟁점 자동차의 위수탁관리운영계약, 이른바 지입계약을 체결하고 쟁점 자동차중 트랙트 5대에 대해서는 위 계약체결일에, 나머지 콘테이너 샷시2대에 대해서는 1988.8.13에 각각 청구법인 본점명의로 등록하였던 것이고, 한편, 이무렵 청구법인 본점에서는 노사분규가 진행중이었는데 노사협의중 노조에서 쟁점 자동차를 청구법인 본점명의로 등록한 것에 대해 성토함과 아울러 이를 위법행위로 보고 쟁점화 함에 따라 청구외 OO운수주식회사와 협의하여 해결책을 모색한 끝에, 자동차 등록원부상 소유명의자인 청구법인 본점이 쟁점 자동차를 인수하되, 쟁점 자동차의 영업근거지(부산직할시 남구 OO동)와 청구법인 본점과는 거리상의 제약이 있으므로 위 영업근거지에 OOO지점을 설치하여 동 OOO지점으로 하여금 쟁점 자동차를 실제 매입하여 운영토록 하고, 매매대금은 청구외 OO운수주식회사의 매입가액에서 감가상각비를 뺀 금액(179,828,275원)으로 하되 대금지불은 청구외 OO운수주식회사가 매월 불입하는 할부금을 대불함으로써 결제하기로 합의하여 1988.8.18 청구법인은 위 OOO지점(지점설치등기일 1988.8.12)과 청구외 OO운수주식회사간에 쟁점 자동차 매매계약을 체결하고 1988.8.25 쟁점 자동차를 인도받으면서 공급받는자를 청구법인으로 하여 쟁점 세금계산서를 교부받았던 것으로, 쟁점 세금계산서는 공급시기와 공급받는자등에 있어서 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 아니하므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 취소되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이에 대하여 국세청장은, 청구법인은 1988.8.18 쟁점 자동차 매매계약을 체결하고 같은달 25일에 이를 인도받으면서 쟁점 세금계산서를 교부받았다고 주장하고 있으나, 쟁점 자동차등록원부를 보면 1988.7.14 및 같은해 8.13에 청구법인 본점 명의로 등록되어 있는 바, 쟁점 자동차에 대한 매매계약일(1988.8.18) 이전에 이미 그 소유권이 공부상 청구법인 본점에 이전된 상태이므로 1988.8.18 자 위 매매계약은 성립될 수 없는 것으로 보여지고, 따라서 쟁점 자동차는 청구법인 본점이 1988.7.14 및 같은해 8.13에 구입하여 지점인 청구법인에게 양여한 것으로 판단되는 바, 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 인정하여 그 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은 쟁점 세금계산서가 공급시기 및 공급받는자 등에 있어서 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 청구법인은 쟁점 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 않는다고 주장하고 있고, 국세청장은 이에 해당된다는 의견이다. 살피건대, 첫째, 청구외 OO운수주식회사에 대한 경상남도지사의 1987.12.31 자 및 1988.12.24 자 사업계획변경인가증과 청구법인 본점에 대한 부산직할시장의 1988.7.13 자 사업계획변경(증차)인가서 및 각각의 1988.12.31 현재의 결산재무제표를 보면, 쟁점 자동차를 청구법인 본점명의로 등록한 날인 1988.7.14 현재 청구외 OO운수주식회사는 트랙트 면허대수 9대 및 보유대수 9대이고, 청구법인 본점은 트랙트 면허대수 35대 및 보유대수 21대인 것으로 되어있어 당시 청구외 OO운수주식회사는 쟁점 자동차를 자기명의로 등록할 수 없는 상태이었음을 알 수 있고, 둘째, 화물자동차 위수탁관리운영서를 보면 1988.7.14 쟁점 자동차에 대해 위탁자를 청구외 OO운수주식회사로 하고 수탁자를 청구법인 본점으로 하여 위수탁관리운영계약, 이른 바 지입계약을 체결한 것으로 되어 있으며, 셋째, 청구법인은 본점,노동조합장 청구외 OOO명의로 관할구청, 경찰서, 청구법인본점등에 발송된 1988.6.21 자 문서를 보면, 당조합에서는 성실과 인내로서 단체협약에 임하고 있으나 제3, 4, 5차부터는 전혀 타협이 되지 않으므로 전 조합원합의하에 제6차(6월21일) 단체협약 역시 진전이 없을시 1988.6.23 을 기해 준법운행함을 통보한다고 되어 있고, 부산직할시지방노동위원회가 청구법인 본점에 발송한 1988.7.15 자 문서를 보면 청구법인 본점 노동조합장으로부터 제출된 부당노동행위구제신청사건에 대하여 답변서 및 증거자료를 1988.7.25 까지 제출하도록 요구한 것으로 되어 있고, 부산지방노동청사무소에서 청구법인 본점 대표에게 보낸 1988.8.2 자 출석요구서를 보면, 청구외 OOO외 13명 진정사건조사와 관련하여 1988.8.9 16시 위 사무소 근로감독과에 출석할 것을 요구한 것으로 되어 있으며, 넷째, 자동차매매계약서를 보면 매도인 청구외 OO운수주식회사와 매수인 청구법인(OOO지점)사이에 매매대금을 179,828,275원으로 하고 대금지불은 청구외 OO운수주식회사가 매월 불입하는 할부금을 대불하는 조건으로 하여 1988.8.18 쟁점 자동차 매매계약을 체결한 것으로 되어 있고, 다섯째, 청구외 OO운수주식회사의 1988년 2기 부가가치세 예정신고서와 관련 매출세금계산서, 관련 운송내역서, 관련 운행일보등을 보면 쟁점 자동차는 1988.8.24 까지 청구외 OO운수주식회사가 콘테이너를 운송하는 데 사용된 것으로 되어 있을 뿐 아니라 청구외 OO운수주식회사가 그 운송수입을 관련 장부에 계상하고 이에 대한 부가가치세를 신고납부한 것으로 되어 있고, 또한 청구법인의 경우 1988년 2기 부가가치세 예정신고서와 관련 매출세금계산서, 관련 운송내역서등을 보면, 청구법인은 1988.8.31 자와 같은해 9.30 자 세금계산서상 매출액 40,792,340원에 대해 관련 장부에 계상하고 이에 대한 부가가치세를 신고납부한 것으로 되어 있는 바, 청구법인이 1988.8.12 에 지점설치를,같은달 22일에 사업자등록을 한 신설법인이고 당시 보유자동차는 쟁점 자동차뿐이라는 점등으로 미루어 볼 때 1988.8.25 이후에 발생된 청구법인의 위 매출액은 쟁점 자동차에 의한 운송수입인 것으로 볼 수 있고 따라서 쟁점 자동차는 1988.8.25 이후에는 청구법인이 콘테이너를 운송하는데 사용되었음을 알 수 있으며, 여섯째, 청구외 OO운수주식회사와 청구법인의 관련 장부를 보면 쟁점자동차를 1988.8.25 에 양도·양수한 것으로 되어 있고, 각각의 1988.12.31 현재 결산재무제표(관할세무서의 확인을 필한 것임)를 보면, 쟁점 자동차에 대한 감가상각비계상기간을 청구외 OO운수주식회사는 취득일인 1988.1.9(또는 같은해 1.23과 2.29)부터 같은해 8.24까지로, 청구법인은 같은해 8.25 부터 같은해 12.31 까지로 하여 쟁점 자동차에 대한 감가상각비를 각각 월할계산한 것으로 되어 있다는 점등을 종합하여 볼 때, 쟁점 자동차를 1988.7.14(또는 같은해 8.13) 청구법인 본점 명의로 등록한 것은 소유자인 청구외 OO운수주식회사의 면허대수 부족으로 인하여 1988.7.14 청구법인 본점과 청구외 OO운수주식회사간에 위수탁관리운영계약을 체결하고 이에 따라 차량의 실제 양도없이 명의만 청구법인 본점으로 하여 등록하였던 것이고, 당시 노사분규가 진행중이던 청구법인 본점의 노조에서 쟁점 자동차를 청구법인 본점 명의로 등록한 것에 대해 이를 위법행위로 보고 쟁점화 함에 따라 부득이 청구법인(OOO지점)의 지점설치등기를 1988.8.12 경료하고, 청구법인이 쟁점 자동차를 실제매입하기 위해 같은달 18일에 청구외 OO운수주식회사와 매매계약을 체결하여 같은달 25일에 이를 인도받았다는 청구법인 주장에 신빙성이 있는 것으로 보여지고, 따라서 청구법인이 1988.8.25 쟁점 자동차를 인도받으면서 청구법인 명의로 교부받은 쟁점 세금계산서는 정당한 것으로 판단되는 바, 쟁점 자동차에 대한 청구법인 본점명의 등록일인 1988.7.14(또는 같은해 8.13)에 청구법인 본점이 쟁점 자동차를 실제매입하였음을 입증할 수 있는 구체적이며 객관적인 증빙 없는 이상, 처분청에서 단지 자동차등록원부상 쟁점 자동차가 1988.7.14(또는 같은해 8.13)에 청구법인 본점 명의로 등록되어 있다는 사실만을 근거로 하여 청구법인 본점이 위 등록일에 쟁점 자동차를 실제 매입한 것으로 인정하여 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 그 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 경정고지한 이 건 처분은 잘못이라 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.