청구법인이 매립한 공유수면매립토지중 도로등 국가귀속분 토지에 대한 관련 매앱세액의 공제 여부(경정)

[주 문]

1. 서부산세무서장이 89.2.17자 청구법인에게 결정고지한 부가가치세 117,383,680원(85년 2기 43,272,860원, 86년 2기17,129,690원, 87년 2기 56,981,130원)은

• 가. 청구법인이 수주한 선박건조공사의 87.12.31 현재 공사기성고 15%에 상당한 95,287,500원을 공급가액으로 하여 87년2기 해당 과세표준과 세액을 경정하고,
• 나. 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 부산시 사하구 OO동 OOOOO에서 선박건조제조업과 선박수리등 서어비스업을 영위하는 영리법인으로서 부산시 사하구 OO동 OOOOOO 소재 공유수면매립토지 12,669.6평의 매립공사 관련매입세액을 공제한데 대하여, 처분청은 위 매립토지중 무상으로 국가에 귀속된 도로 및 잡종지 4,943.7평에 관련된 매입세액을 공제배제하고 85년 2기 부가가치세 43,272,860원과 86년 2기 부가가치세 17,129,690원을 경정하고 또한 청구법인이 수주한 선박건조공사 기성고를 87.12.31 현재 15%로 신고한데 대하여, 동 기성고를 50%로 계산하여 87년 2기 부가가치세 56,981,130원을 경정하여 89.2.17 각각 고지하자 청구인은 이에 불복하여 89.3.30 심사청구를 거쳐 89.6.16 심판청구에 이른 것이다.

2. 청구법인 주장 청구1) 처분청은 청구법인이 부산시 사하구 OO동 OOOOOO 공유수면 12,669.6평(이하 “쟁점매립토지”라 한다)을 해운항만청으로부터 82.1.30 매립면허를 받아 매립한 토지중 면허조건에 따라 국가에 귀속되는 토지 4,943.7평에 대한 매립공사에 관련된 부가가치세 매입세액 51,020,720원을 국유지분이라 하여 불공제처분하였으나, 이는 청구법인이 사업용 대지를 확보하기 위하여 공유수면을 매립한 후 쟁점매립토지 준공과 동시에 호안도로 배수시설 및 기타 공공이용에 필요한 시설은 국유로 한다는 조건에 따라 쟁점매립토지중 제1공구 10,517.7평의 매립공사는 85.7.6 준공검사를 완료하고 도로 및 잡종지 2,791.8평을 국가귀속으로 하고 7,725.9평은 청구법인의 소유로 등기완료한 것이고, 제2공구 2,151.9평의 호안도로공사는 86.8.25 착공하여 공사비 149,600,000원(부가가치세 매입세액 14,960,000원)에 해당하는 공사만 하고, 사정에 의하여 지금껏 공사가 연장되고 있으나 동 공사가 준공되면 당초 면허조건에 따라 국가에 당연 귀속되는 것이므로 청구법인이 쟁점 매립토지중 7,726.9평의 사업용 대지를 취득하기 위하여 해운항만청으로부터 공유수면매립면허 조건을 수락하고 동 조건에 따라 쟁점토지중 제1공구 2,791.8평과 제2공구 2,151.9평을 국가에 귀속하게 된 것이므로 위 국가귀속 토지의 매립에 관련된 부가가치세 매입세액 51,020,270원은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 및 동법 기본통칙 5-3-8-17의 규정에 따라 청구법인이 사업과 관련된 매입세액으로 공제하여야 한다. 청구2) 청구법인은 청구법인과 특수관계에 있는 청구외 OO수산주식회사의 신조선을 수주받아 건조중인 선박의 87.12.31 현재 기성고를 15%로 보고 95,287,500원을 공급가액으로 하여 부가가치세를 신고납부한데 대하여, 처분청이 동 기성고를 청구외 한국어선협회의 기성고 검사조서에 의한 기성고 50%로 보고 공급가액을 237,114,545원을 추가하여 87년 2기 부가가치세를 경정고지하였으나, 청구법인은 OO*수산주식회사와 199톤급 선망운반선 1척(OOOOOOO)을 선박건조공사금액 635,250,000원으로 87.5.25 계약을 체결하고 그 선박건조공사대금지불은 제12차 계획조선사업집행요령에 준하여 공정진행상황에 따라 지급받기로 하고 87.11.3 착공하여 88.8.22 준공한 것이다. 그러나 공사금액 635,250,000원에서 자재일부를 발주법인인 OO수산주식회사가 공급하기로 함으로써 건조계약서가 563,587,000원으로 수정되었고, 이에 대한 대금지불방법을 막연히 제12차 계획조선 사업집행요령에 의한다고 하였으나 동 요령에 의하여 한국어선협회의 기성율 검사조서는 기금의 대출실행기준으로 작성한 것이며, 동 기성율은 총예정선가 1,112,855,000원에서 건조공사비와 기관등 공동구매금액 부분까지 포함하여 계산하고 있으므로 건조공사(공사금액 563,587,000원)만 맡아하는 청구법인과 발주법인간의 대금지불 방법으로 명확한 기준이 될 수 없을 뿐만 아니라 한국어선협회의 87.12.31 현재 50%의 기성율 검사조서는 OO중앙회의 제12차 계획조선사업융자금 산정시 “87.12.20까지 어선공사공정이 50%이상 진척되어야 하며 동 공사공정미달로 확보자금 불용시 자부담준공”이라는 조건 및 독촉때문에 연말 50%의 기성율 검사조서를 발주법인은 받아내야만 했고, 또한 OO중앙회가 계획조선사업자금 불용으로 차년도 신규사업자금 확보가 어려울 것을 우려한 나머지 한국어선협회장에게 “건조공정이 부분 기성이 이루어 졌을시도 기성고 검사시 기성부분으로 반영될 수 있도록 검사하여 주시기 바란다”는 협조공문등, 이러한 사실로 미루어 보아 청구법인의 실질적인 작업진행율과는 다르게 확인된 검사조서임을 간접적으로 알 수 있고, 또한 처분청이 한국어선협회의 기성고 검사조서를 과세근거로 하여 87.12.31 현재 건조공사 기성금액을 356,113,000원(총 준공금액 557,528,000원, 기관공사 201,415,000원)으로 간주하여 부과 처분하였는데 이는 총공사비 563,537,000원의 63.1% 해당하는 기성율로서 실질적인 건조공사기간(87.11.3～88.8.22)에 비추어 보면, 상식적으로 이러한 작업진행이 불가능함을 알 수 있고, 이는 일일작업인원 배치현황을 통한 작업진행과정을 살펴보아도 부과근거가 된 63.1%의 작업진행율의 허구성이 입증될 뿐만 아니라 더욱이 소요선가 간이내역서상 조건 계약 및 착공금액 10%를 청구법인이 수주한 공사금액의 10%인 56,358,700원으로 하여야 함에도 건조설계승인금액의 -10%인 111,285,000원으로 하여 위와 같은 기성율과 기성금액으로 계산한 사실을 보아도 사실조사를 소홀히 함으로서 청구법인이 건조공사한 거래사실의 구체적인 내용이나 거래당시의 정황등 실질적인 사실이나 기록이 명백함에도 단순히 검사기관의 기성율만 가지고 당초처분을 정당하다고 판단한 사실은 국세기본법상 실질과세원칙마저도 간과한 위법부당한 처분으로 처분청의 경정결정처분은 취소되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

• 가. 청구법인이 매립한 토지중 매립면허조건에 따라 국가의 시설로 공익상 필요하여 국가에 귀속된 토지에 관련된 매입세액은 매립토지의 취득원가를 구성하는 것이므로 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 따라 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액에 해당되어 해당매입세액 51,020,720원을 매출세액에서 공제하지 아니한 당초처분은 정당하고,
• 나. 청구법인이 수주하여 건조중인 선박의 87.12.31 현재 기성고 부분에 대한 재화의 공급시기는 부가가치세법 제9조(거래시기) 제1항 및 동법시행령 제21조 제1항 제4호에 의거 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우에 해당하므로 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 되며, 청구법인과 동 선박을 발주한 청구외 OO수산주식회사간에 체결된 선박건조계약서상 선박건조대금지급방법을 “제12차 계획조선사업 집행요령”에 의한다고 명시하고 구체적으로 한국어선협회 검사기관에서 검사한 기성율에 따라 대금지급을 하도록 하였는 바, 한국어선협회 검사기관에서 동 선박의 87.12.31 현재 기성율을 50%로 확인한 검사조서에 근거하여 재화의 공급가액을 계산하고 이에 따라 87년 2기 부가가치세를 경정한 당초처분에 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은

• 가. 청구법인이 매립한 공유수면매립토지중 도로등 국가귀속분 토지에 대한 관련 매앱세액의 공제 여부와
• 나. 청구법인이 수주하여 건조중인 선박의 87.12.31 현재의 공사 기성율이 15%인지 또는 50%인지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 “가”에 대하여 본다. 청구법인은 82.1.30 해운항만청으로부터 쟁점매립토지의 매립면허를 받아 매립한 후 동 면허조건에 따라 공유수면매립토지 12,669.6평중 7,726.9평을 청구법인 소유로 등기하고 도로 및 잡종지 4,943.7평은 무상으로 국가소유로 등기를 하고 청구법인의 85년 2기 및 86년 2기 부가가치세 신고시 쟁점매립토지에 관련된 매입세액 전액을 매출세액에서 공제한데 대하여, 처분청이 쟁점매립토지중 국가 귀속분 4,943.7평에 대한 매입세액 51,020,720원은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액으로 이를 공제 배제하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 경정고지한 것임을 알 수 있다. 이에 대하여 청구법인은 쟁점매립토지중 국가 귀속분 토지에 관련된 매입세액도 청구법인이 사업용 대지를 확보하기 위하여 공유수면매립면허를 받아 매립한 토지의 일부에 관련된 매입세액으로서 청구법인의 사업과 관련된 매입세액이므로 공제하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이 건 관련 법령인 부가가치세법을 보면, 부가가치세의 면세를 규정한 제12조 제1항 제12호에서 “토지”를 면세재화로 규정하고 있고, 동조 동항 제18호에서 “국가·지방자치단체·기타 자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하고 있으며, 동법 제17조 제1항 제1호에서 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액으로 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액”을 규정하고 있고, 이와 반대로 동조 제2항 제4호에서는 매출세액에서 공제할 수 없는 매입세액으로 “법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있다. 위 법 규정을 모아 볼 때, 면세되는 재화의 공급과 관련된 재화 또는 용역에 있어서는 그 매입세액을 공제하지 아니하도록 하는 것이 입법 취지(영세율 적용효과와 같아서는 아니되도록)임을 알 수 있다. 따라서 청구법인의 경우 청구법인이 국가에 무상으로 공급한 면세재화인 토지에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 동 매입세액을 공제할 수 없다 할 것이므로 처분청이 당해 국가 귀속분 토지에 관련된 매입세액을 공제배제하여 청구법인에게 부가가치세를 경정한 처분은 정당한 것으로 판단된다.
• 나. 쟁점 “나”에 대하여 본다. 처분청은 청구법인이 청구법인과 특수관계에 있는 청구외 OO수산주식회사의 이 건 OOOOO OOO의 선박건조공사를 87.9.25 수주받아 동 선박건조공사대금 563,587,000원을 기성고에 따라 중간지급조건부로 계약한 사실에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. 다만, 청구법인이 수주받은 동선박건조공사에 대한 87.12.31 현재 기성고를 청구법인이 15%로 계산하여 공급가액 95,287,500원으로 87년 2기 부가가치세를 신고한데 대하여 처분청은 동 기성고로 한국어선협회 검사기관에서 확인한 검사조서상의 기성고 50%를 인용하여 이 건 부가가치세를 경정결정한 것으로서 당해 선박건조공사의 87.12.31 현재 기성고가 15%인지 50%인지 여부가 쟁점인바 이를 살펴보면, 첫째, 청구법인의 87사업년도 법인세 결산서 작성시 부속서류인 원가계산표상 OOOOO OOO 선박건조의 제조원가금액이 83,364,213원으로 계상되어 있을 뿐만 아니라 발주자인 청구외 OO수산주식회사의 제12차 계획조선 건조비정산서상에도 OOOOO OOO 건조계약금 87.10.10자 84,539,050원과 제1차 기성고를 87.12.31자로 10,749,450원을 지급한 것이 확인되고 있고, 둘째, 청구법인과 청구외 OO수산주식회사와의 당해 선박건조계약서상 공정기간이 87.10.15부터 88.6.30로 약정되었으나 이 건 실지선박건조공정기간이 87.11.3부터 88.8.22까지 10개월임이 관련증빙자료등에 의하여 확인되고 있는 바, 당해 공정기간의 소요기간으로 안분계산하여 볼 때 처분청이 결정한 기성고 50%는 납득하기 어렵다고 보아지며, 셋째, 처분청이 과세근거로 한 소요선가 간이내역서를 보면, 당초 청구법인이 수주한 선박건조공사 계약과는 별도의 기관공사금액 333,857,000원(전체선박건조 공사금액의 30% 상당)이 포함된 금액(동 기관공사의 87.12.31 현재 기성고를 60%로 계산)을 기준으로 하여 87.12.31 현재 기성고를 산정한 것이 확인되고 있는 바, 청구법인이 수주하지 아니한 기관공사 금액을 포함한 금액을 근거로 기성고를 산정함은 부당하고, 넷째, 한국어선협회의 검사기관에서 작성한 검사조서상 87.12.31 현재 기성고 50%로 준공검사한 것은 OO중앙회의 융자금 조기대출 및 년말공정목표달성과 신규사업자금확보등을 위하여 수차에 걸쳐 OO중앙회에서 공문으로 년말공정 50%이상 기성고 달성 촉구에 따른 검사조서임이 확인되고 있는 등 위와 같은 제 사실을 모아 보면, 청구법인이 수주한 OOOOO OOO의 선박건조공사 기성고를 87.12.31 현재 50%로 보아 경정과세한 처분은 이 건 사실관계조사를 소홀히 한 부당한 처분이므로 청구주장 이유있다 할 것이다. 따라서 청구법인이 수주하여 건조한 OOOOO OOO 선박의 87.12.31 현재 기성고를 청구법인이 신고한 15% 기성율을 인정하여 87년 2기 부가가치세의 당해 과세표준과 세액을 경정하여야 한다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.