취득가액이 불분명할 때, 양도차익을 산정함에 있어 취득 및 양도가액을 기준시가로 계산하여야 하는지 여부(경정)

[참조결정] 국심1988서1427 / 국심1988전1653

[주 문] 서대구세무서장이 89.3.17 청구법인에게 결정고지한 법인세특별부가세분 방위세 404,014,950원의 처분은 취득가액과 양도가액을 기준시가로 하여 특별부가세액을 산출하고 이에 따라 방위세 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사 실 청구법인은 나병환자의 치료 및 교육구료사업을 목적으로 1924.11.11 설립비된 비영리사회복지법인으로서 1932-1965년 사이에 취득한 대구직할시 서구 OO동 OOOOOO외 19필지 39,208.6평방미터를 87.8.23 OO건설주식회사에게 양도하고, 같은 동 OOOOOOO외 3필지 9,156.9평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)를 87.10.20 학교시설용지로 대구직할시에 수용된 사실에 대하여, 처분청이 89.3.17 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 환산한 기준시가로 하여 법인세 특별부가세를 산출(법인세 특별부가세는 법인세법 제59조의 3 제1항 제13호의 규정에 의하여 비과세)하고 이에 따른 법인세(특별부가세)분 방위세 404,014,950원을 부과하였는 바, 청구법인은 이에 불복하여 89.4.25 심사청구를 거쳐 89.7.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 처분청은 쟁점토지의 양도가액은 OO건설주식회사와 대구직할시에 양도한 실지거래가액인 5,458,184,250원으로 하고, 취득가액은 불분명한 것으로 보아 소득세법시행령 제170조 제1항 단서의 규정에 의한 환산한 기준시가인 429,681,328원으로 하여 법인세 특별부가세를 산출하고, 이에 따른 법인세(특별부가세)분 방위세 404,014,950원을 부과하였으나, 법인세 특별부가세의 과세에 관하여 규정하고 있는 법인세법령에서 74.12.31 이전에 취득한 토지의 취득가액이 불분명할 경우 소득세법시행령 제170조 제1항 단서의 규정에 의한 환산한 기준시가를 취득가액으로 계산한다는 명문의 규정이 없으므로, 처분청의 이 건 처분은 부당하고, 쟁점토지의 양도차익은 법인세법시행령 제124조의 2 제6항의 규정에 의하여 취득 및 양도가액을 기준시가로 계산하고 그에 따라 방위세를 과세하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구법인은 법인의 양도차익계산에 있어서 소득세법상의 환산한 기준시가를 적용할 위임규정이 없으므로, 이 건의 경우와 같이 74.12.31 이전에 취득하고 취득가액이 불분명할 경우에는 취득 및 양도가액을 기준시가로 결정하여야 한다고 주장하고 있으나, 특별부가세의 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등을 공제하여 계산하지만 법인세법 제59조의 2 제3항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하였고 동 규정의 위임을 받은 법인세법시행령 제124조의 2 제6항에서 “법 제59조의 2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있으며, 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호에서 토지 및 건물의 기준시가 결정은 (가) 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액 (나) (가)이외의 지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액 (다) 제170조 제1항 단서의 경우에는 양도 또는 취득당시의 실지거래가액에 인근지역의 지가상승율을 감안하여 재무부령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액으로 하도록 규정하고 소득세법시행령 제170조 제1항 단서에서 “양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 제115조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다고 규정하고 있다.” 따라서 처분청이 앞에서 열거한 관련법령에 의하여 양도가액은 실지거래가액인 5,458,250원으로 하고, 취득가액은 환산한 기준시가인 429,681,328원으로 하여 양도차익을 계산한 후 법인세 특별부가세를 산출하고 이에 따른 방위세를 부과한 처분청의 당초처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁 점 법인이 74.12.31 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우 취득가액이 불분명할 때, 양도차익을 산정함에 있어 취득 및 양도가액을 기준시가로 계산하여야 하는지 여부에 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 이 건 관계법령규정을 보면, 법인세법 제59조의 2(특별부가세 과세표준) 제1항에서 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물과 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다”고 규정하고 있으며, 제2항 본문에는 “제1항에서 양도라 함은 토지 등에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다”고 규정되어 있고, 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서 동법시행령 제124조의 2 제6항에서는 “법 제59조의 2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있다. 또한 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지 등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의 2에 규정하는 토지 등으로서 74.12.31 이전에 취득한 것은 75.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며 동법시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정하고 있어 74.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있음을 알 수 있다. 그리고 청구법인이 쟁점토지를 74.12.31 이전에 취득하였고 쟁점토지의 75.1.1 현재의 시가가 불분명한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없고, 처분청이 양도차익을 산정함에 있어 소득세법시행령 제170조 제1항 단서의 규정을 준용하여 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 환산한 기준시가로 하여 계산한 사실에 대하여, 청구법인은 취득 및 양도가액을 기준시가로 계산하여야 한다고 주장하고 있어서, 이 건의 다툼은 양도차익의 산정방법에 있다 하겠다. 살피건대, 취득시기가 74.12.31 이전인 쟁점토지의 취득가액은, 앞에서 열거한 법인세법 부칙규정에 의하여 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가하여야 하나 이 건의 경우 그 시가를 알 수 없는 때에 해당되므로 75.1.1 현재의 기준시가로 계산하여야 할 것이다. 한편, 양도가액은 실지거래가액이 5,458,184,250원인 사실은 확인되고 있으나 법인세법 제59조의 2 제3항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하면서, 동법시행령 제124조의 2 제6항에서 위 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정된 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을 뿐, 법인세법과 동법시행령 어디에도 소득세법시행령 제170조 제4항 제1, 2호(국가, 지방자치단체와의 거래, 부동산투기거래)의 거래에 대한 양도차익 계산방법을 규정한 소득세법시행령 제170조 제1항 단서와 같은 조항(환산가액)이나 소득세법시행령은 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준계산방법을 규정한 법인세법 및 동법시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래유형이 소득세법시행령 제170조 제4항 제1, 2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 동법시행령 동조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추 적용할 수 없다(대법원판결: 88누6269, 88.12.13 같은 취지) 할 것이고 또한 대법원판례와 당심판소의 선결정례에서도 최근 법인세법 제59조의 2 제3항에서 “양도가액과 취득가액이 불분명하여 기준시가에 의하는 경우”라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견지하여 왔음을 알 수 있는 바, 취득가액이 불분명한 이 건의 경우 양도가액도 기준시가로 계산하여야 한다고 해석하는 것이 관련법령 및 부칙규정의 취지와 판례 등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다.[동지 대법원판례 86누935(86.10.28) 86누671(87.10.26), 심판결정 88서1427(89.2.5), 88전1653(89.3.22)] 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도가액을 실지거래가액인 5,458,184,250원으로 취득가액은 환산한 기준시가인 429,681,328원으로 하여 양도차익을 산정한 후 법인세 특별부가세분 방위세를 부과한 이 건 처분은 부당하다고 판단된다.

6. 결 론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.