청구법인이 쟁점매입액에 해당하는 전기자재를 실제매입한 것으로 볼 수 있는지의 여부(취소)

[주 문]

1. O남세무서장이 1989.3.21 청구법인에게 결정고지한 갑종 근로소득세 7,602,130원(1986년분, 3,644,880원, 1987년분 3,957,250원) 및 동방위세 1,510,200원(1986년분 726,000원, 1987년분 784,200원)의 부과처분은 이를 취소한다.

2. 1988.12.20 자 법인세 8,226,100원(1986사업년도분 2,465,600원, 1987사업년도분 5,760,500원)과 동방위세 1,285,420원(1986사업년도분 420,270원, 1987년 사업년도분 865,150원) 및 1989.1.17 자 부가가치세 3,095,980원(1986년 1기분 930,500원, 동년 2기분 600,680원, 1987년 1기분 1,269,400원, 동년 2기분 295,400원)의 부과처분에 대한 심판청구는 이를 각하한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 전남 O남군 O남읍 O리 OOOOO에 영업소를 두고 전기공사업을 영위하는 법인으로, OO지방국세청장이 1988년 10월 청구외 OO전기 OOO에 대한 세무조사시 청구외 OOO로 부터 1986년 1기 부터 88년 1기 사이에 청구법인등 51개 사업체에게 500,569,390원의 매출세금계산서를 실물거래없이 교부하였다는 내용의 확인서를 제출받아 이에 대한 과세자료를 처분청에 통보하고, 처분청이 통보받은 위 과세자료에 의거 청구법인이 1986.3.1부터 1987.11.24 까지 사이에 청구외 OOO로 부터 매입한 것으로 신고되어 있는 전기자재 매입액 26,779,800원(이하 “쟁점매입액”이라 한다)에 대한 세금계산서를 가공매입세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하고 쟁점매입액을 손금불산입함과 동시에 대표자에 대한 상여로 처분하여 1988.12.20에 1986사업년도(1986.2.1-1987.1.31) 법인세 2,465,600원 및 동방위세 420,270원, 1987사업년도(1987.2.1-1988.1.31) 법인세 5,760,500원 및 동방위세 865,150원을, 1989.1.17에 부가가치세 3,095,980원(1986년 1기분 930,500원, 동년 2기분 600,680원, 1987년 1기분 1,269,400원, 동년 2기분 295,400원)을, 1989.3.21 에 1986년 갑종근로소득세 3,644,880원 및 동방위세 726,000원, 1987년 갑종근로소득세 3,957,250원 및 동방위세 784,220원을 각각 결정(경정)고지함에 따라 이에 불복하여 1989.5.19 심사청구를 제기하여 기각결정을 받은 후 1989.8.30 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구인은 쟁점매입액에 대한 세금계산서·거래명세표·입고 전표와 매입매출장·자산장부의 자재저장품계정·금전출납부·자재수불부를 대사O보면 입고내역이 확인되고, O당사업년도의 공사내역서·지입자재명세서·출고전표와 자재저장품계정·공사원가장부의 자재비계정·자재수불부를 대사O보면 출고내역이 확인되며, 쟁점매입상당의 전기자재를 청구법인에게 매출한 청구외 OOO도 쟁점매입액에 대한 매출신고를 정당하게 이행하였고, 1989.5.30 청구외 OOO로 부터 청구법인과의 쟁점매입액 거래는 청구외 OOO가 무자료로 매입하여 매출한 것으로서 정당한 거래라는 사실을 인감증명을 첨부하여 확인받았는 바, 청구법인이 쟁점매입액에 O당하는 전기자재를 청구외 OOO로 부터 실제매입하였음이 입증되고 있으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이에 대하여 국세청장은 처분청에서 제출한 과세근거자료에 의하면 청구법인에게 이 건 세금계산서를 발행한 OO전기 OOO가 1989년 10월(일자미상)확인서를 통하여 1986년 1기 부터 1988년 1기 사이에 청구법인등 51개 사업체에 이 건 세금계산서를 포함하여 총 500,569,390원의 가공매출세금계산서를 발행한 사실을 확인하고 있는 반면, 청구법인은 거래명세표·입출고전표·자재수불부등과 OO전기 OOO가 무자료로 구입한 전선등을 청구법인에게 매출하고 이 건 세금계산서를 발행하였다는 내용의 거래사실확인서를 제시하고 있을 뿐, 달리 객관적인 입증자료를 제시하지 못하고 있는 바, 이 건 세금계산서가 OO전기 OOO로 부터 전선등을 실지로 매입하고 교부받은 것이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다는 의견이다.

4. 쟁점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은,

• 가. 1988.12.20 자 법인세 부과처분 및 1989.1.17 자 부가가치세 부과처분에 대한 심판청구의 경우, 전심절차인 심사청구를 적법하게 거친 것으로 볼 수 있는지의 여부를,
• 나. 1989.3.21 자 갑종근로소득세 부과처분에 대한 심판청구의 경우, 청구법인이 쟁점매입액에 O당하는 전기자재를 청구외 OOO로 부터 실제매입한 것으로 볼 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

• 가. 쟁점가에 대하여 본안 심리에 앞서 1988.12.20 자 법인세 부과처분 및 1989.1.17 자 부가가치세 부과처분에 대한 심판청구의 전심절차인 심사청구의 청구기간경과여부에 대하여 살피건대, 국세기본법 제61조(청구기간) 제1항을 보면 심사청구는 당O 처분이 있은 것을 안날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은날)로 부터 60일내에 하여야 한다고 규정되어 있고, 처분청이 제출한 심리자료를 보면 청구인은 1988.12.20 자 법인세 부과처분 및 1989.1.17 자 부가가치세 부과처분에 불복하여 1989.5.19 심사청구를 제기한 것으로 되어있는 바, 청구인은 이 건 심사청구를 청구기한(법인세의 경우 1989.2.18, 부가가치세의 경우 1989.3.18)을 경과하여 제기하였음을 알 수 있고, 따라서 이 건 심판청구는 적법한 전심절차를 거치지 아니한 것으로서 적법한 청구로 볼 수 없다고 판단된다.
• 나. 쟁점나에 대하여 1989.3.21 자 갑종근로소득세 부과처분에 대한 심판청구와 관련하여 청구법인이 쟁점매입액에 O당하는 전기자재를 청구외 OOO로 부터 실제 매입한 것으로 볼 수 있는지의 여부에 대O 살피건대, 첫째, 청구법인이 제시한 자재매입관련 원시증빙인 세금계산서·거래명세서·입고전표와 제장부(자산장부의 자재저장품계정·현금출납부·매입매출장·자재수불부)를 대사O보면, 처분청에서 확인한 결산서상의 1986사업년도(1986.2.1-1987.1.31)자재매입액 131,069,415원 및 1987사업년도(1987.2.1-1988.1.31)자재매입액 130,120,943원의 매입내역을 알수 있는데, 그중 청구외 OOO로 부터의 1986사업년도 매입액 18,024,100원, 1987사업년도 매입액 8,755,700원이 포함되어 있음이 확인되고, 둘째, 청구법인이 제시한 자재출고관련 원시증빙인 공사도급계약서·시공지시서·공사내역서·지입자재명세서·출고전표·매출세금계산서와 제장부(자산장부의 자재저장품계정·공사원가장부·공사수입장부·매입매출장)를 대사O보면 전기공사별 자재출고내역을 알 수 있는 데, 처분청에서 확인한 결산서상의 1986사업년도 자재비 80,754,052원 및 1987사업년도 자재비 123,205,787원이 각각 1986사업년도 공사수입 545,113,001원 및 1987사업년도 공사수입 503,004,274원에 대한 공사원가로 투입된 사실이 확인되고, 셋째, 북OO세무서장이 확인한 청구외 OOO의 부가가치세 신고납부내용 및 경정내용을 보면, 청구외 OOO는 당초 1986년 1기분 내지 1987년 2기분 부가가치세 신고시 청구법인의 쟁점매입액에 대응하는 매출액에 대O 매출세금계산서를 첨부하여 적법하게 신고하고 O당 부가가치세를 납부하였으며, 북OO세무서장은 OO지방국세청장으로 부터 쟁점매입액등이 가공거래라는 내용의 과세자료통보를 받고 청구외 OOO에 대O O당 부가가치세를 경정함에 있어서 청구외 OOO가 신고한 매출액에 대O서는 경정하지 않고 세금계산서 불명가산세만 부과한 것으로 되어 있으며, 넷째, 청구법인이 제출한 청구외 OOO의 확인서(인감증명 첨부)를 보면,본인과 청구법인간에 1986.3.1부터 1987.11.24까지 이루어진 쟁점매입액에 대한 거래는 정상적인 거래로서 관할세무서에 매출신고 및 이에 따른 세액을 자진납부하였고, 청구법인에 매출한 전선등은 당초매입시 무자료로 세금계산서 없이 구입하여 매출한 것이 사실이며, 본인이 관할세무서 감사시 거래부인 확인서에 날인한 경위는 감사관이 얘기하길 ”매입이 없는 매출이 있을 수 있느냐? 무자료 매입으로 매출했다면 매출누락으로 엄청난 과세를 받아야 한다. 전선등에 대한 모든 매출을 거래부인하면 그렇게 과세받지 않아도 된다.”고 하기에 세법에 상식이 없는 처지에서 거래상대방은 생각하지 아니하고 본인만 생각하여 거래부인서에 날인하였다고 되어 있고, 다섯째, 청구법인은 1984.3.3에 재무부장관으로 부터 1984.11.23에 O남세무서장으로 부터 모범납세자표창을 받은 바 있다는 점등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점매입액에 O당하는 전기자재를 청구외 OOO로 부터 실제매입한 것으로 인정하는데 무리가 없다고 판단된다. 따라서 처분청에서 청구외 OOO가 사실과 다르게 작성한 확인서만을 근거로 쟁점매입액을 가공매입으로 보아 동 매입액을 손금불산입 및 대표자에 대한 상여로 처분하여 청구법인에게 갑종근로소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이다 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구중 1988.12.20 자 법인세 부과처분 및 1989.1.17 자 부가가치세 부과처분에 대한 청구부분은 적법한 전심절차를 거치지 아니한 것으로 인정되고, 1989.3.21 자 갑종근로소득세 부과처분에 대한 청구부분은 심리결과 청구법인의 주장에 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.