토지등의 양도일 후 3년이내에 취득한 경우에도 특별부가세가 면제되는 것인지 여부(취소)

[주 문] OO세무서장이 88.12.1 청구법인에게 한 86.10.1～87.9.30 사업년도 해당분 법인세(특별부가세) 364,607,030원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 OO직할시 동구 OO동 OOO에 본점을 두고 고속버스의 운송보관업과 토목건축의 건설업을 영위하는 법인으로서 차량정비공장으로 사용하던 서울시 용산구 OO동 OOOO외 5필지 토지 7.124평방미터 및 동 지상건물 2,657.21평방미터를 87.1.20 청구외 주식회사 OO에게 5,948,500,000원에 양도하고 동 양도에 따른 특별부가세 1,318,152,495원을 면제받고자 법인세법 제59조의 3 제2항 제2호 및 동법시행령 제124조의 6 제4항에 의거 87.12.24 정부에 특별부가세 면제신청서를 제출하였는 데, 처분청이 이에 대하여 청구법인이 위 양도일전 2년이내에 선 취득한 업무용자산의 합계액이 동 양도가액에 일부 미달하며, 따라서 동 미달부분의 양도가액에 상당하는 세액은 면제요건에 해당되지 아니한다는 이유를 들어 86.10.1～87.9.30 사업년도(이하 “87사업년도”라 한다) 해당분 특별부가세 세액을 경정함으로써 88.12.1 청구법인에게 87사업년도 해당분 특별부가세 364,607,030원을 추징·고지처분하자 청구법인이 이에 불복하여 89.1.26 심사청구를 거쳐 89.5.26 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구주장 법인세법 제59조의 3 제2항 제2호에 의하면 양도일까지 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있고 이 면제에 대하여 동법시행령 제124조의 6 제3항에서는 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일로부터 3년 이내에 토지, 건물, 기계장치를 취득하고 이를 업무용으로 직접 사용한 경우에 한하여 적용하되 토지등의 양도전에 토지등을 취득한 경우에는 그 취득일로부터 2년이내에 토지등을 양도한 경우에도 면제가능하도록 규정하고 있으며, 청구법인은 토지등을 5,948,500,000원에 87.1.20 양도하였고 그에 상응하는 업무용 토지등을 85.523부터 87.9.30까지 수차에 걸쳐 취득하였음에도, 처분청이 전시 법규정을 선취득후 2년내 양도나, 양도후 3년내 취득중 선택적으로 분리적용하여야 한다고 본 후 청구법인의 경우 선취득에 해당하는 것으로 간주하고, 선취득한 금액이 양도가액에 미달하는 금액에 상당하는 특별부가세 면제액에 대하여 이 건 추징처분하였으나, 전시 법규정은 법인의 건전한 재무상태를 위한 고정자산 대체취득에 그 의미가 있다 할 것으로서 대체자산의 취득은 양도가액 상당액으로 양도후 3년 이내 취득이 원칙인데 예외적으로 양도가 이루어지기 전에 취득하는 경우에는 장래의 양도가액이 불확실하여 예정가액을 기준으로 취득할 수 밖에 없으므로, 당해 자산을 양도한 후 정산해 본 결과 선취득한 금액이 양도한 가액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 부분을 양도후 3년이내에 취득한 경우에도 특별부가세를 면제하겠다는 취지인 것으로 해석함이 타당하다 할 것이며, 또한 이와 같은법 해석은 재무부재산 22601-413(89.3.29)에서도 명백히 밝혀졌으므로, 본 건 과세처분은 부당하여 취소하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구법인은 대체업무용 자산을 선취득하고 당해 업무용자산을 양도하는 경우 선취득자산가액이 양도가액에 미달하는 부분은 3년내에 취득할 수 있는 것이라 주장하며 본 건 추징처분이 부당하다 하나, 법인세법시행령 제124조의 6 제3항 단서의 규정에 의하면 취득일로부터 2년이내 양도한 업무용 토지등에 한하여 특별부가세를 면제하는 것으로 해석되므로 본 건 과세처분 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 법인세법 제59조의 3 제2항 제2호와 동법시행령 제124조의 6 제3항의 규정에 의한 특별부가세의 면제에 있어, 당해 업무용 토지등을 양도하기전 2년이내에 선취득한 업무용대체자산의 금액이 당해 토지등의 양도가액이 미달하는 경우 동 미달부분에 대하여는 면제가 배제되는 것인지, 아니면 그 미달부분을 동 토지등의 양도일 후 3년이내에 취득한 경우에도 특별부가세가 면제되는 것인지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저, 본 건 과세기록에 의하면 처분청은 청구법인이 75.5.10(등기일) 취득하여 양도일까지 2년이상 계속하여 청구법인의 업무용으로 직접사용한 쟁점 토지등(이하 “쟁점 토지등”이라 한다)을 5,948,500,000원에 87.1.20 양도하고, 이에 법인세법 제59조의 3 제2항 제2호 및 동법시행령 제124조의 6 제3항의 규정을 적용, 특별부가세 1,318,152,495원을 면제신청하는 한편, 동 면제에 따른 토지·건물·기계장치등 업무용 고정자산(이하 “대체자산”이라 한다)의 취득에 있어서는 84.10.1～85.9.30, 85.10.1～86.9.30, 86.10.1～87.9.30사업년도(이하 각각 “85, 86, 87사업년도”라 한다)중에 각각 5,272,433,784원, 681,593,964원, 6,452,701,147원을 취득한 것으로 하여 동 각사업년도의 법인세 과세표준신고서와 함께 취득명세서 및 양도계획서를 제출함으로써 쟁점 토지등을 5,948,500,000원에 양도하고 합계 12,406,728,895원에 달하는 대체자산을 취득한 것으로 신고하였으나, 동 12,406,728,895원의 업무용 대체자산 취득중에는 양도일(87.1.20)전 2년이내에 취득한 것이 아니고 그전 82.9.8에 취득한분 1,441,165,577원과 동 양도일 이후에 취득한분 80,765,454원 및 동 양도일 이후에(85.1.21, 87.3.2, 87.6.13) 취득했을 뿐만 아니라 임대자산으로서 청구법인의 업무에 직접사용하는 자산이 아닌분 6,336,027,703원이 포함되어 있어 이상 합계액 7,857,958,734원은 감면요건에 해당되는 대체자산 취득이 아니라는 이유를 들어 이를 차감한 나머지 금액 4,548,770,161에 대하여만 감면요건에 해당되는 대체자산 취득으로 본 후 대체자산 취득액 4,548,770,161원이 쟁점 토지등의 양도가액 5,948,500,000원에 미달된다 하여, 동 양도가액 5,948,500,000원중 대체자산 취득액 4,548,770,161원을 제외한 미달금액 1,399,729,839원에 상당하는 특별부가세에 대하여 특별부가세의 면제를 배제하고 본 건 추징한 것임이 확인되는데, 이에 대하여 청구법인은 쟁점 토지등의 양도일전 2년이내에 대체자산을 전부 취득하지 못하였다 하더라도 양도일 후 3년이내에 부족되는 대체자산을 전부 취득하였다면 특별부가세 면제요건을 충족하는 것으로 보아야 할 것으로서 청구법인은 부족되는 대체자산을 87.10.1～88.9.30 사업년도(이하 “88사업년도”라 한다)중에 전부취득하였으므로 본 건 특별부가세의 추징처분은 부당하다고 주장하면서 85, 86, 87, 88사업년도에 취득한 대체자산 취득명세서등을 항변자료로서 당심에 제출하고 있다. 살피건대, 관련 규정인 법인세법 제59조의 3을 보면, 제2항 제2호에서 “양도일까지 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용(목장용, 매매 사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득”에 대하여는 특별부가세를 면제한다고 규정하였고, 제4항에서는 위 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 대통령령이 정하는 바에 의하여 고정자산을 취득하지 아니한 경우에는 그 면제받은 세액을 지체없이 징수한다고 규정하였으며, 동법시행령 제124조의 6 제3항에 의하면 “법 제59조의 3 제2항 제2호의 규정은 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일로부터 3년 이내의 토지·건물 또는 기계장치를 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한하여 적용한다. 다만, 토지 등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 경우에는 그 취득일로부터 2년이내에 토지등을 양도하여야 한다”라고 규정하고 있는 바, 위 문면의 표현만으로는 이 건의 경우와 같이 쟁점 토지등의 양도일전 2년이내에 취득한 대체자산의 가액이 동 토지등의 양도가액에 부족되는 경우에는 양도일 후 3년이내에 그 부족분을 취득한 경우에도 특별부가세가 면제되는 것인지 여부가 불분명하다 하겠으나 이와 관련하여 재무부장관은 “법인세법 제59조의 3 제2항 제2호의 규정에 의한 2년이상 사용한 법인의 업무용 부동산양도에 대한 특별부가세 면제규정을 적용함에 있어 법인세법시행령 제124조의 6 제3항 단서의 규정에 의하여 대체 고정자산등을 먼저 취득한 후 그 취득일로부터 2년내에 업무용토지등을 양도한 경우에 그 업무용 토지등의 양도가액이 대체취득한 고정자산의 가액보다 클 때에는 그 초과하는 부분에 대하여는 당해 업무용 토지등의 양도일로부터 3년내에 다른 대체고정자산을 취득한 경우, 법인세법시행령 제124조의 6 제3항의 규정에 의한 특별부가세 면제요건에 해당하는 것임”(재산 22601-413, 89.3.29)이라고 법해석을 한 바 있고 또한 당심이 보더라도 법인세법 제59조의 3 제2항 및 동법시행령 제124조의 6 제3항은 대체취득자산중 비업무용자산에 대하여는 이를 감면요건에 해당하는 고정자산의 취득으로 볼 수 없는 것이나, 당해 업무용 토지등의 양도일전에 대체자산을 일부 취득한 경우라 하여, 양도일전 2년내에 취득한 자산만 가지고 국한하여 양도가액에 상당하는 만큼의 대체자산을 취득한 것인지를 가릴 것은 아니고, 양도일전 2년이내에 취득한 업무용 고정자산으로서 쟁점 토지등의 양도가액에 부족하거나 또는 감면요건에 해당되지 아니하는 비업무용자산이 있어 양도가액에 미달하는 경우 등에는 양도일후 3년이내에 취득한 고정자산까지를 함께 고려하여 양도가액에 상당하는 만큼의 대체자산을 취득한 것인지 여부를 가리는 것이 합목적적인 해석이라 할 것인 반면, 처분청의 이 건 과세와 같이 양도일전 2년이내에 선취득한 자산만 가지고 국한하여 감면요건에 해당되는 대체자산 취득인지를 가리기에는 합리적인 이유가 발견되지 아니한다 하겠다. 그렇다면 법인세법 제59조의 3 제2항 제2호 및 동법시행령 제124조의 6 제3항에 의한 특별부가세 면제에 있어서는 당해 업무용 토지등의 양도일전 2년이내에 취득한 대체자산뿐만 아니라 그 양도일 후 3년이내에 취득한 대체자산까지도 합계하여 업무용 토지등의 양도가액에 상당하는 만큼의 감면요건에 해당되는 대체자산을 취득한 것인지 여부를 가리어야 하는 것이고 이 건 청구법인의 경우에는 앞의 심리내용에서 본바와 같이 85, 86, 87사업년도에 취득한 고정자산중 감면요건에 해당하는 것으로 처분청이 기인정한 대체자산 취득액이 4,548,770,161원에 달하는 이외에 또 88사업년도에도 3,613,573,665원(기계장치 2,564,493,568원, 건물 1,049,080,097원)의 대체자산을 취득하고 88사업년도분 법인세 과세표준신고서와 함께 취득명세서를 88.12.29 처분청에 제출하였음이 OO세무서장이 89.8.11 증명한 고정자산취득명세서에 의하여 확인되는 바, 청구법인이 87.1.20 쟁점 토지등을 5,948,500,000원에 양도하고 그 양도일전 2년 이내와 그 양도일후 3년 이내에 취득한 업무용 고정자산의 취득금액은 8,162,343,826원(4,548,770,161원 + 3,613,573,665원)에 달하며 이는 쟁점 토지등의 양도가액에 상당하는 금액이상으로 업무용 토지·건물·기계장치를 취득한 것이 되므로, 면제신청등 기타 면제요건이 있어서 다툼이 없는 이 건의 경우 본 건 과세처분은 부당한 반면, 청구주장 이유 있는 것으로 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.