부당행위계산을 함에 있어 취득가액은 장부가액으로, 양도가액은 환산가액으로 하여 양도차익을 계산한 당초처분이 정당한지의 여부(경정)

[주 문] 김제세무서장이 88.9.17 청구법인에게 결정고지한 88사업년도분 법인 특별부가세 27,086,190원 및 동방위세 5,417,230원의 처분중 청구법인이 88.5.18 양도한 토지 14,689평방미터의 양도가액은 66,750,000원으로 하여 양도차익을 계산하고 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 전라북도 김제군 금산면 OO리 OOO에 본점을 두고 흄관, 파일제조업을 영위하는 법인으로 전라북도 김제군 금산면 OO리 OOOOOO외 4필지 공장부지 14,689평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)를 “88.2.12 매매”를 원인으로 88.5.18 청구법인과 특수관계있는 OO산업주식회사에게 그 소유권이전등기를 경료한 사실에 대하여 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 계산함에 있어 취득가액은 장부가액인 58,596,018원으로 양도가액은 환산가액인 167,761,138원으로 하여 그 양도차익을 계산하고, 88.9.17 88사업년도분 법인특별부가세 27,086,190원 및 동방위세 5,417,230원을 결정고지하자 88.11.29 이의신청, 89.1.28 심사청구를 거쳐 89.5.23 이 건 심판청구를 제기한 것이다.

2. 청구주장 쟁점토지가 88.2.12 매매를 원인으로 하여 같은해 5.18 OO산업주식회사로 소유권이전등기된 사실에 대하여 처분청은 이 건 특별부가세를 과세하였던 것이나 쟁점토지의 88.5.18자 소유권이전등기는 89.1.24 전주지방법원의 화해조서로 그 원인이 무효가 되어 89.2.22 말소되었으므로 당초처분은 취소되어야 하고 위 청구요지대로 당초 과세처분이 취소되지 않는다 하더라도 처분청이 채택한 양도가액은 시가로 볼 수 없는 바, 이는 당초 양도가액 또는 감정원이 평가한 감정가액으로 하여 특별부가세를 경정하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 쟁점토지는 “88.2.12 매매”를 원인으로 같은해 5.18 청구외 OO산업주식회사로 소유권이 이전되었음이 등기부등본에 의하여 확인되고 있는 바 청구법인은 당초 쟁점토지를 66,750,000원에 양도하였다고 주장하면서 매매계약서를 증빙으로 제출하였다가 이 건 토지의 88.5.18자 소유권이전은 원인무효라고 주장함은 일관성이 전혀 없어 국세기본법 제15조에서 규정하는 신의성실의 원칙에 반하는 것으로 청구주장을 받아들이기는 곤란하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은

• 가. 과세관청이 매매를 원인으로 양도한 사실에 대하여 법인특별부가세를 과세한 이후 그 납세의무자가 법원의 화해결정으로 당초소유권이전등기를 말소한 경우 기 결정고지한 당초처분을 취소할 수 있는 것인지의 여부 및
• 나. 법인특별부가세등을 과세시 특수관계있는 법인간의 거래로 보고 부당행위계산을 함에 있어 취득가액은 장부가액으로, 양도가액은 환산가액으로 하여 양도차익을 계산한 당초처분이 정당한지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 당초 과세결정경위 및 쟁점토지의 소유권이전변동등에 대한 사실관계를 보면, 청구법인은 86.3.27 지목이 임야로 되어있던 쟁점토지를 취득하고 87.5.22 그 지목을 공장부지로 변경하였던 것이며 청구법인의 출자자인 OOOO공업주식회사가 87.12.3 쟁점토지도 공동담보물건으로 제공하여 OOOO은행이 채권최고금액을 16억원으로 하는 근저당권을 설정하였고, OOOO은행 및 신용보증기금은 87.12.23 전주지방법원 군산지원의 가압류결정을 원인으로 87.12.26 각각 가압류등기를 하였으며 OOOOOO주식회사는 88.2.11 서울민사지방법원 가압류결정을 원인으로 88.2.15 가압류등기를 경료한 상태에서 청구법인은 쟁점토지를 “88.2.12 매매”를 원인으로 66,750,000원(매매계약서상 금액임)에 OO산업주식회사에게 양도하고 88.5.18 그 소유권이전등기를 경료하였으며(그 당시 청구법인의 대표이사 OOO는 OOOO공업주식회사의 대표이사인 OOO의 처남이고, OO산업 주식회사 대표이사 OOO은 OOO의 조카이며 이 건 심판청구를 제기한 89.5.23 현재 청구법인의 대표이사 OOO는 OOO의 누이동생으로 위 세법인들은 법인세법시행령 제46조 제1항의 규정상 특수관계있는 법인들이다) 채권자인 OOOO은행은 채권회수를 목적으로 담보된 쟁점토지도 88.8.16 전주지방법원에 경매신청을 하였음에 처분청이 법인세법 제36조의 규정에 의거 청구법인의 토지거래분에 대하여 수시부과결정을 하였던 것으로, 쟁점토지의 거래는 특수관계법인간의 거래로 부당행위계산을 함에 있어 취득가액은 장부가액(58,596,018원)으로 양도가액은 소득세법시행령 제115조의 규정에 의한 환산가액(167,761,138원)으로 하여 양도차익을 계산하고 88.9.17 이 건 법인특별부가세등을 결정고지하고 88.11.28 쟁점토지를 압류등기한 것임을 알 수 있다. 그후 전주지방법원은 88.8.11 OOOO은행의 경매요청에 의거 88.10.14 1차경매, 88.11.25 2차경매를 실시하였으나 유찰이 되었고, 89.1.21 제3차 경매시 그 경매가액이 65,723,970원으로 결정되어 전주시 OO동 OO OOO에 거주하는 청구외 OOO에게 경락된 반면, 청구법인의 종전 대표이사 OOO는 OO산업주식회사 대표이사 OOO을 상대로 전주지방법원 군산지원에서 89.1.24 “원인무효에 의한 소유권이전말소등기”화해조서를 받아 89.2.22 쟁점토지의 “88.5.18 소유권이전등기”를 말소하였고, 그후 쟁점토지는 전주지방법원을 통하여 경락받은 청구외 OOO명의로 “89.1.21 경락”을 원인으로 89.3.21 그 소유권이전등기가 경료되었음이 등기부등본상 확인되고 있는 바, 청구주장에 대하여 쟁점별로 그 당부를 살펴본다.

• 가. “쟁점 가”에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점토지에 대한 소유권등기를 88.5.18 OO산업주식회사에게 이전하였던 사실은 89.1.24 “전주지방법원의 화해조서”로 그 원인이 무효로 되어 89.2.22 그 소유권이전등기가 말소되었으니 이 건 특별부과세등의 과세처분도 취소하여야 한다는 주장이다. 살피건대, 먼저 처분청의 과세근거서류와 과세당시의 쟁점토지의 등기부등본등을 보면, 청구법인의 대표이사 OOO는 88.2.12 쟁점토지의 매매대금을 66,750,000원으로 하여 양도하는 것으로 OO산업주식회사 대표이사 OOO과 매매계약서를 작성하고, 88.5.18 그 소유권이전등기를 경료하였던 것으로, 이는 법인세법 제59조의2 제1항의 규정에 의한 특별부과세 과세대상이 되는 토지를 청구법인이 양도한 것으로 처분청이 이에 대하여 특별부과세등을 과세한 88.9.17 당초처분에는 달리 잘못이 없다 할 것이고, 다음으로 청구법인의 종전 대표이사 OOO가 전주지방법원에 OO산업주식회사 대표이사 OOO를 상대로 “원인무효에 의한 소유권 이전말소등기”신청을 하고 89.1.24 동 화해신청은 받아들여져 이를 원인으로 89.2.22 “88.5.18 소유권이전등기”가 말소된 사실에 대하여 보면 위 89.2.22 말소등기는 이 건 과세처분이 고지된 이후의 말소등기이고, 또한 그 무OO인이 청구법인의 종전대표이사와 OO산업주식회사 대표이사간에 성립된 화해조서에 의한 것으로 두법인의 대표이사는 숙질간이고 두법인 또한 법인세법시행령 제46조 제1항의 규정의 특수관계있는 법인이라는 점을 감안하면 88.5.18 소유권이전등기가 말소되었다는 사실만으로 이 건 당초처분이 취소되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 곤란하다 할 것인바, 그 말소등기가 당초부터 실체적 원인없이 경료된 원인무효라면 모르되 그 등기가 당초 적법하게 경료되었던 것이라면 그 등기와 동시에 청구법인의 법인특별부과세 납세의무와 그에 대한 국가의 조세채권은 적법하게 성립되었다 할 것으로 쟁점토지의 소유권이 청구법인 명의로 환원되었다 하더라도 그로인하여 청구법인의 납세의무와 국가의 조세채권에는 아무런 영향을 줄 수 없다고 판단된다.
• 나. “쟁점 나”에 대하여 본다. 청구법인은 “가항”의 사유로 당초처분이 취소가 되지않는다 하더라도 이건 양도차익을 계산함에 있어 처분청이 채택한 양도가액은 소득세법시행령 제115조의 규정에 의한 환산가액으로 이는 시가에 해당될 수 없다는 주장인 바, 그 취득가액 58,596,018원과 양도법인인 청구법인 및 취득법인인 OO산업주식회사는 법인세법시행령 제46조 제1항의 규정에 의한 특수관계가 있는 법인이라는 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. 먼저, 특수관계가 있는 법인간의 거래시 특별부가세의 과세표준 계산방법을 규정하고 있는 법인세법시행령 제124조의 2 제5항에 의하면 “제46조 제1항에 규정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다”라고 규정하고 있고, “시가”의 정의를 규정하고 있는 동법시행규칙 제16조의 2 본문에 의하면 “영 제40조 제1항, 영 제41조 제1항, 영 제46조 및 영 제116조 제2항, 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 감정평가에 관한 법률 제6조의 규정에 의한 인가를 받은 감정회사가 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다”라고 규정하고 있어 특수관계있는 법인과의 거래로 부당행위계산시 그 시가가 있으면 시가에 의하고 시가가 불분명한 경우에는 감정가액, 감정가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조의 규정을 준용하여 평가하는 것임을 알 수 있다. 다음으로 쟁점토지의 양도 및 경매에 관련 나타나는 양도가액 및 감정가액과 그 경락가액에 대한 사실관계를 보면, 첫째, 청구법인과 OO산업주식회사간에 88.2.12 작성한 매매계약서상 그 양도가액은 66,750,000원으로 나타나 있고, 둘째, OOOO은행이 쟁점토지를 공동담보로 근저당권을 설정시 작성한 87.8.4 감정가액은 51,411,500원으로, 채권회수를 위하여 전주지방법원에 경매신청시 작성한 88.8.24 감정가액은 66,105,500원으로 나타나고 있으며, 셋째, OOOO은행의 경매신청에 따라 전주지방법원이 경매를 실시하였으나 1차 및 2차경매는 유찰이 되고 89.1.21 제3차경매시 경락된 가액은 65,723,970원으로 나타나고 있는 바, 전시관련규정과 위 사실관계를 모두어 보면 쟁점토지의 시가는 청구법인과 OO산업주식회사간에 작성한 양도가액인 66,750,000원으로 봄이 합당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.