농산물에 의제매입세액공제를 배제한 당초 처분의 당부(경정)

[주 문] 전주 세무서장이 청구법인의 88년 제1기분 부가가치세 수정정신고에 대하여 88.12.7 행한 거부결정은 청구법인이 매입한 쌀보리·절간고구마·현맥과 수입타피 오카를 부가가치세 의제매입세액공제 대상으로 하여 88년 제1기분 부가가치세를 경정하고 초과납부세액은 이를 환급한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인(OOOOOO주식회사)은 전주시 OO동 OO OOOOO에서 주정을 제조하는 사업자로서 88년 제1기 과세기간중에 공급받은 쌀보리, 절간고구마, 현맥, 및 수입타피오카(이하 “쟁점 농산물”이라 한다)의 매입가액에 대한 의제매입세액 210,029,003원(88.1기 예정분 105,885,814원, 88.1기 확정분 104,143,189원)을 공제하여 동 금액을 환급받을 세액으로 하여 88.12.6 수정신고한 데 대하여 처분청이 88.12.7 동 의제매입세액의 공제를 배제하여 동 세액의 환급을 거부하였는 바, 청구법인은 이에 불복하여 88.12.23 심사청구를 거쳐 89.3.21 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 부가가치세법 제17조 제3항 및 동법시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액을 공제하도록 규정하고, 그 계산방법만을 재무부령에 위임하고 있음에도 동법시행규칙 제19조 제1항 단서 및 제2항 본문에서 모법의 위임한계를 벗어나 의제매입세액공제대상을 제한한 것은 무효인 규정이므로 이 규정을 근거로 하여 의제매입세액을 공제하지 아니한 당초처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 부가가치세 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다”라고 규정하고 있고, 동법시행령 제62조 제1항에 “법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입가액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있으며, 동법시행규칙 제19조 제1항은 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다. 다만, 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있고, 별표3 제1호에서 주세법의 규정에 의한 주류는 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화로 규정하고 있으므로 처분청이 전시 법조에 의거 청구인이 공급받아 주정제조에 사용된 쟁점 농산물에 대하여 의제매입세액공제를 배제한 당초 처분은 아무런 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 청구법인이 의제매입세액을 공제하여 신고한 쟁점 농산물에 대하여 처분청이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서 및 제2항 본문의 규정에 따라 의제매입세액공제를 배제한 당초 처분의 당부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단 먼저, 이 건 과세당시의 관련규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제할 수 있다”라고 소위 의제매입세액공제를 규정하고 있고, 동법시행령 제62조 제1항에서 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하고 있으며, 재무부령이 정하는 율을 105분의 5로 한다”고 한 다음 단서에서 “다만, 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있으며, 또한 동 시행규칙 제19조 제2항 본문에서는 “법 제17조 제3항에 규정하는 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물·임산물에는 부가가치세를 면제받고 수입한 것은 포함하지 아니한다”고 규정하고 있음을 알 수 있다. 살피건대, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액의 공제를 위한 공제율을 규정하고 있지 아니하므로 결과적으로는 의제매입세액의 공제를 할 수 없도록 하였는 바, 이는 모법 규정인 동법 제17조 제3항이 공제할 의제매입세액의 계산방법만을 동시행령 제62조 제1항에 위임하고 다시 동시행령 동조항이 그 공제율을 동시행규칙에 위임한 그 범위밖의 규정이라 할 것이므로 결국 동단서조항은 모법의 위임범위를 벗어난다고 보아진다(대법원 86누506, 87.2.10 동지) 또한 부가가치세법 시행규칙 제19조 제2항 본문의 경우도 결국 부가가치세를 면제받고 수입한 농산물등에 대한 의제매입세액의 공제를 부인하고 있는 바 이 또한 모법의 위임범위를 벗어나서 의제매입세액공제대상물을 제한하는 규정이라 보아진다(대법원 86누573, 87.2.24 동지) 따라서 처분청이 이 건 의제매입세액을 공제부인하여 동액의 환급을 거부한 당초처분은 위법 부당한 것으로 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.