면세사업자로 등록하여 영위해온 사업이 부가가치세 과세사업에 해당된다고 보아 소급하여 과세한 처분의 당부(취소)

[주 문] 남광주세무서장이 88.9.15 자로 청구인들에게 고지한 88. 수시분 부가가치세 86년 제2기분 3,537,060원, 87년 제1기분 7,226,470원, 87년 제2기분 3,514,090원, 88년 제1기분 8,188,800원, 88년 제2기분 1,564,890원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구인 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 광주직할시 광산구 OO동 OOOOOOO에서 OO화학이라는 상호로 합성수지 제조업을 영위하는 사람들로서 86.9.10 처분청으로 부터 부가가치세 면세사업자 등록증을 교부받아 농가부업으로 농업용 비닐을 제조하면서 면세사업 수입금액을 신고하여 왔는 바, 처분청이 청구인들의 사업을 농가부업소득 범위에 해당하지 아니한다하여 동 부가가치세 면세사업자 등록을 88.8.26 자로 직권 최소함과 동시에 과세사업자로 정정교부하고 88.9.15 자로 86년 제2기-88년 제2기 까지의 공급가액에 대한 부가가치세 24,031,310원(86.2기분 3,537,060원, 87년 1기분 7,226,470원, 87년 2기분 3,514,090원, 88년 1기분 8,188,800원, 88년 2기분 1,564,890원)를 소급하여 과세하자 청구인은 이에 불복하여 88.11.10 심사청구를 거쳐 89.2.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 86.9.10 처분청으로 부터 부가가치세 면세사업자등록증을 교부받아 면세사업수입금액을 신고하여 왔는 바, 처분청이 청구인들의 사업의 종류 및 업황으로 보아 농가부업소득범위에 해당하지 아니한다는 이유로 청구인들의 부가가치세 면세사업자등록을 88.8.26 자로 직권 취소함과 동시에 동일자로 과세사업자로 전환하면서 86년 2기-88년 2기 까지의 공급가액에 대해 이 건 부가가치세를 소급하여 과세한 것은 신의성실의 원칙에 위배된 부당한 처분이니 이를 취소하여야 하며, 설령 과세사업으로 본다하더라도 청구인들이 원료등의 구입시에 거래징수당한 매입세액에 대한 세금계산서를 법소정 기한내에 부가가치세면세사업자 수입금액신고시 제출하였으므로 당해 매입세액을 공제하여 납부세액을 계산하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구인들이 86.8.28 신청한 사업자등록서류내용에 의하면, 사업의 종류가 제조·합성수지제품이며 사업자금이 1억원이고 사업장의 규모가 대지 161평, 건물 63평으로서 제조 시설이 완비되어 있고 제조한 제품은 대부분 시중도매상에 판매하고 있는 점등으로 미루어 볼 때 농가부업소득의 범위에 포함되지 아니하므로 부가가치세 과세대상이 되는 것이며 청구인들은 86.9.10-88.8.22 간 공급한 부가가치세 과세대상제화에 대해 확정신고를 한 바 없으므로 부가가치세법 제21조(경정) 제1항에 의하여 이 건 부가가치세를 과세한 당초처분은 잘못이 없으며, 또한 청구인들은 86.9.10 부가가치세 면세사업자로 등록하였을 뿐 88.8.25 까지 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 사업자등록을 한 바 없으므로 86.9.10-88.8.25 간 교부받은 세금계산서에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 규정에 의하여 공제대상이 될 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 부가가치세 면세사업자로 등록하여 영위해온 사업이 부가가치세 과세사업에 해당된다고 보아 소급하여 과세한 처분의 당부와 면세사업자등록 기간중에 발생한 매입세액을 공제할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 이 건 관련 법령규정을 보면, 국세기본법 제15조에서 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 쫒아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그직무를 수행함에 있어서도 또한 같다”고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행규칙 제1조(사업의 범위) 제2항은 “소득세법 제5조 제3호의 규정에 의하여 소득세가 과세되지 아니하는 농가부업은 독립된 사업으로 보지 아니한다”고 규정하고 동법 시행령 제6조2［농가부업소득의 범위］는 “법 제5조 제3호 (나)에서 대통령령이 정하는 농가부업소득 이라 함은 농·어민이 부업으로 영위하는 축산·양어·고공품 기타의 소득을 말한다. 다만, 부업적인 소득의 합계금액이 년240만원을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액에 대하여는 예외로 한다］고 규정하고 있다. 한편, 청구인들은 86.9.10 처분청으로 부터 부가가치세 면세사업자등록증을 교부받아 농가부업으로 농업용비닐을 제조하면서 면세사업수입금액을 신고하여 왔고, 처분청은 87.1.15, 87.7.1, 88.1.18, 3회에 걸쳐 면세사업자등록증을 검열한 바 있고, 이 건 재화의 공급에 따른 수입금액 신고에 있어서도 87년까지 면세사업자 수입금액(86수입금액 30,350,000원, 87수입금액 51,904,000원)을 신고하였고 이를 이의없이 받아들였는데 88.9.15 자로 경정하면서 86년도 제2기 해당분 부터 소급하여 일시에 과세함은 신의성실 원칙에 위배된다고 주장하고 있다. 살피건대, 이 건의 국세기본법 제15조의 신의성실원칙을 적용할 수 있는지에 관하여 보면, 신의성실의 원칙은 과세관청의 언동을 신뢰한 납세자의 신뢰이익을 보호하려는데 근본취지가 있으며, 이의 해당 여부 판단은 당해 사실의 내용과 사실상태의 존속기간 및 납세자의 지위나 과세관청의 묵시적 언동등을 고려하여 종합적으로 판단하여야 할 것인 바, 첫째, 이 건 청구인들은 광주직할시 광산구 OO동 (87 직할시 편입전에는 광산군)에서 농업에 종사하는 농민들(농지세 과세증명 88.5.4. 광산구청장 발급)로서 소관세무서의 언동을 쉽게 믿을 수밖에 없는 지위에 있다고 보아지며, 둘째, 청구인이 제조하는 합성수지가 전시 규정에 의하면 과세재화임이 분명하다 할 것이므로 청구인이 업종을 제조·합성수지로 기재하여 사업자등록신청을 하였을 때 처분청은 이를 조사검토하여 과세사업자로 사업자등록증을 교부하였어야 함에도 불구하고 면세사업자용 사업자등록증으로 교부하여 줌으로써 청구인들은 면세재화로 믿을 수 밖에 없는 것으로 보이고, 셋째, 이와 같은 상황하에서 처분청은 청구인들에게 86.9.10. 면세사업자등록증을 교부한 이래 88.8.26. 과세사업자로 사업자등록증을 정정 교부할 때까지의 기간중에 3회에 걸쳐 면세사업자등록증을 검열하여 줌으로써 면세사업에 대하여 이의없이 받아들였으며, 넷째, 이 건 재화의 공급에 따른 수입금액 신고에 있어서도 청구인들은 86년부터 88.9.15. 전까지 2개 과세기간에 대한 수입금액은 면세사업자 수입금액으로 신고하였고, 이에 대하여 이의없이 이를 받아들인점등을 종합하여 볼 때, 이건 소규모사업자인 청구인들로서는 위와 같은 처분청의 면세사업자등록증 교부행위와 동 사업자등록증 검열 및 면세사업자수입금액신고(신고서에도 업종이 제조·합성수지로 기재되어 있음)의 이의없는 수리로 인하여 동재화의 공급이 면세재화의 공급으로 믿을 수 밖에 없다고 인정되어 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙에 의하여 이 건 납세자의 신뢰이익은 보호되어야 할 것이고, 따라서 이 건 처분은 그 직무를 수행함에 있어 신의에 쫓아 성실하게 하여야 한다는 신의성실의 원칙을 규정한 소정법령에 위배된다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.