“의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화”의 제조업에 대하여 의제매입세액을 공제할 수 있는지의 여부(취소)

[주 문] 청구법인이 88.11.10. 자로 처분청에 수정신고한 88년 제1기 확정분 부가가치세 63,198,420원은 이를 환급한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 전라남도 순천시 OO동 OOOOO에 본점 및 공장을 두고 부가가치세가 면제되는 농산물(대현맥, 쌀보리 이하 “대현맥등”이라 한다)을 원료로 하여 부가가치세가 과세되는 주정을 제조, 판매하는 사업자로서 88.11.10.자로 88년 제1기 확정 부가가치세수정신고를 통하여 대현맥등 매입금액 1,327,166,968원에 대한 의제매입세액 63,198,425원을 환급 신고하였으나 처분청은 당해제품이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서 별표3(의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화)에 규정되어 있는 품목이라는 이유로 88.11.11. 그 환급을 거부하는 통지를 하자 청구법인은 이에 불복, 88.11.16. 심사청구를 거쳐 89.1.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 부가가치세법 제17조 제3항 및 같은법 시행령 제62조 제1항에서 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화가 과세되는 경우에는 그 농산물등에 대한 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 있고 재무부령에 그 계산방법만을 위임하고 있어 부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 단서에서 의제매입세액공제대상을 제한한 것은 모법의 위임범위를 벗어난 무효의 규정이므로 88.11.10.자로 수정신고한 88년 제1기 확정분 부가가치세 환급세액 63,198,425원에 대하여 처분청이 위 시행규칙의 규정을 근거로 그 환급을 거부한 처분은 위법·부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 (88.7.12. 개정전)에서 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다. 다만, 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있으며, 그 별표3 제1호에 주류가 명시되어 있으므로 처분청이 위 시행규칙의 규정에 따라 대현맥등에 대한 의제매입세액공제를 배제하여 환급을 거부한 처분은 아무런 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구는 부가가치세법시행규칙 “별표3”에 규정한 “의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화”의 제조업에 대하여 의제매입세액을 공제할 수 있는지의 여부를 가리는 데 그 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 이 건 당초처분 경위를 보면, 청구법인은 88.11.10.자로 국세기본법 제45조 규정에 의하여 88년 제1기 부가가치세수정신고(대현맥등에 대한 의제매입세액 63,198,425원을 매출세액에서 추가 공제하여 동 세액상당액을 환급하여 줄 것을 신고)를 적법하게 하였으나, 처분청은 청구법인의 제조품목(주정)이 부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 단서 별표상의 의제매입세액공제대상이 되지 않는 재화라 하여 88.11.11. 그 환급을 거부하였음이 부가가치세수정신고서 및 부가가치세수정신고에 대한 조사결과통보서 (순천세무서 직세22631-3282 88.11.11.)등에 의하여 확인되고 있으며, 이 건 쟁점이 되는 농산물(대현맥등)의 구입사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없음을 알 수 있다. 이 건 관계법령을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제 할 수 있다”고 규정하였고, 이 규정의 위임을 받아 같은법시행령 제62조 제1항에서는 “부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 같은법 시행규칙 제19조 제1항에서는 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다”로 규정함과 동시에 그 단서에서 “다만, 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 예외를 규정하면서 별표3에서 주류·과자류·특용작물류·특별소비세과세물품등을 열거하고 있음을 알 수 있다. 살피건대, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “...대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다”고 규정하고, 시행령 제62조 제1항에서 다시 “...매입세액으로 공제할 수 있는 금액은...농산물...의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있어 부가가치세법에서 그 소정의 재화에 대하여 의제매입세액을 공제하되 그 금액의 계산방법만을 시행령에 위임하였고, 시행령에서도 농산물등에 대하여는 의제매입세액이 공제된다는 것을 전제하여 재무부령으로 공제율을 정하도록 위임하였음에도 시행규칙 제19조 제1항에서는 본문에서 그 공제율을 105분의 5로 정하는데 그치지 않고 단서에서 별표3에 열거된 제조업에 대하여는 이를 적용할 수 없도록 규정함으로써 그 해당재화의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니 이 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 시행령상의 위임범위를 벗어난 무효의 규정임이 분명하다 할 것이다. (대법원 합의부 판결 86누734, 87.12.22. 국세심판소합동회의 88중 32, 88.4.4. 동지) 따라서, 위 시행규칙 별표3에 열거된 재화중의 하나인 주정(주류)의 제조원료인 대현맥등 매입에 대한 청구법인의 88년 제1기 의제매입세액상당액 63,198,420원을 환급 거부한 처분은 위법·부당한 것으로 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.