“의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화”의 제조업에 대하여 의제매입세액을 공제할 수 있는지의 여부(취소)

[주 문] 청구법인이 88.7.25 자로 처분청에 수정신고한 87년 제2기분 부가가치세 23,256,240원과 88년 제1기분 부가가치세 26,050,580원은 이를 환급한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 광주직할시 북구 OO동 OOOOO에 본점 및 제조장을 두고 부가가치세가 면제되는 맥분, 적두, 제염, 계란, 아몬드, 우유, 무우말랑이(이하 “맥분등”이라 한다)를 원료로 하여 빵·빙과류등을 제조·판매하는 영리법인으로서, 88.7.25자 부가가치세 수정신고(87년 제2기 및 제88년 제1기)를 통하여 “맥분등” 매입금액 1,117,627,350원(87년 제2기: 524,888,315원, 88년 제1기: 592,784,035원)에 대한 의제매입세액 49,306,830원(87년 제2기: 23,256,243원, 88년 제1기: 26,050,587원)을 환급신고하였으나, 처분청은 당해 제품이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서 별표 3(의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화)에 규정되어 있는 재화라는 이유로 88.8.22 그 환급을 거부하는 통지를 하자, 이에 불복하여 88.10.5 심사청구를 거쳐 89.1.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 부가가치세법 제17조 제3항 및 같은 법 시행령 제62조 제1항에서 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화가 과세되는 경우에는 그 농산물등에 대한 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 있고, 재무부령에 그 계산방법만을 위임하고 있어 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서에서 의제매입세액공제 대상을 제한한 것은 모법의 위임범위를 벗어난 무효의 규정이므로, 88.7.25자로 수정신고한 87년 제2기분 부가가치세 환급세액 23,256,243원 및 88년 제1기분 부가가치세 환급세액 26,050,587원에 대하여 처분청이 위 시행규칙의 규정을 근거로 그 환급을 거부한 처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항(88.7.12 재무부령 제1757호로 개정되기 이전의 규정)에서 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다. 다만, 별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있으며, 그 별표 3 제2호에 이 건 청구법인의 제조품목(과자류 중 빵·아이스크림 포장과자)이 명시되어 있으므로 처분청이 위 시행규칙의 규정에 따라 맥분등에 대한 의제매입세액공제를 배제하여 환급을 거부한 처분은 아무런 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구는 부가가치세법 시행규칙 “별표 3”에 규정한 “의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화”의 제조업에 대하여 의제매입세액을 공제할 수 있는지의 여부를 가리는 데 그 다툼이 있다할 것이다.

5. 심리 및 판단 이 건 당초 처분경위를 보면, 청구법인은 88.7.25자로 국세기본법 제45조 규정에 의하여 87년 제2기 및 88년 제1기 부가가치세수정신고(맥분등에 대한 의제매입세액 87년 제1기: 23,256,243원, 88년 제1기: 26,050,587원을 당해 매출세액에서 추가 공제하여 동세액 상당액을 환급하여 줄 것을 신고)를 적법하게 하였으나, 처분청은 청구법인의 제조품목(빵·빙과)이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서 별표상의 의제매입세액 공제대상이 되지 않는 재화라 하여 88.8.22 그 환급을 거부하였음이 부가가치세 수정신고서 및 부가가치세 수정신고에 대한 조사결과통보서(서광주세무서 직세 22640-4283, 88.8.22)등에 의하여 확인되고 있으며, 이 건 쟁점이 되는 농산물(맥분등)의 구입사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없음을 알 수 있다. 이 건 관계법령을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제할 수 있다”고 규정하였고, 이 규정의 위임을 받아 같은 법 시행령 제62조 제1항에서는 “부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 같은법 시행규칙 제19조 제1항에서는 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다”로 규정함과 동시에 그 단서에서 “다만, 별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 예외를 규정하면서 별표 3에서 주류·과자류·특용작물류·특별소비세 과세물품등을 열거하고 있음을 알 수 있다. 살피건대, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “...대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다”고 규정하고, 시행령 제62조 제1항에서 다시 “...매입세액으로 공제할 수 있는 금액은...농산물...의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있어 부가가치세법에서 그 소정의 재화에 대하여 의제매입세액을 공제하되 그 금액의 계산방법만을 시행령에 위임하였고, 시행령에서도 농산물등에 대하여는 의제매입세액이 공제된다는 것을 전제하여 재무부령으로 공제율을 정하도록 위임하였음에도 시행규칙 제19조 제1항에서는 본문에서 그 공제율을 105분의 5로 정하는데 그치지 않고 단서에서 별표 3에 열거된 제조업에 대하여는 이를 적용할 수 없도록 규정함으로써 그 해당 재화의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니, 이 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 시행령상의 위임범위를 벗어난 무효의 규정임이 분명하다 할 것이다(대법원 전원합의부 판결 86누734, 87.12.22, 국세심판소 합동회의 88중 32, 88.4.4 동지). 따라서 위 시행규칙 별표 3에 열거된 재화인 빵·빙과류등의 제조원료(맥분등)에 대한 청구법인의 87년 제2기 의제매입세액 상당액 23,256,243원 및 88년 제1기 의제매입세액 상당액 26,050,587원을 환급거부한 처분은 위법·부당한 것으로 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.