쌀보리 등을 원재료로 하여 주정을 제조하는 경우 당해 원재료에 대한 의제매입세액의 공제여부(취소)

[참조결정] 국심1987부2025

[주 문] 군산세무서장이 88.10.25. 청구법인에게 환급하지 아니한 88년 1기분 부가가치세(의제매입세액)129,586,260원은 이를 환급한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 주류(주정)을 제조판매하는 업체로서 88년 1기중에 부가가치세를 면제받아 공급받은 쌀보리·고구마·타피오카등으로 부가가치세가 과세되는 주정을 제조하고 이에 대한 의제매입세액 129,586,260원을 88년 1기분 부가가치세 확정신고시에는 공제하지 아니하였으나 88.9.28. 수정신고서에는 이를 공제하는 것으로 하여 수정신고(환급 세액신고)한 사실이 있는 바, 처분청은 88.10.25. 청구법인의 이 건 수정신고에 대하여 환급을 거부하는 통지를 청구법인에게 한 사실이 있다.

2. 청구법인 주장 부가가치세법 제17조 제3항 및 동법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 있고 그 계산할 수 있는 방법만을 재무부령에 위임하고 있음에도 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서에는 모법의 위임한계를 벗어난 의제매입세액 공제대상을 제한한 것은 무효인 규정이므로 이 규정을 근거로 하여 신고한 의제매입세액을 공제하지 아니한 처분은 부당하다고 주장한다.

3. 국세청장 의견 부가가치세법 제17조 제3항은 “제조업을 영위하는 자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받는 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”고 규정하고 있고 동법 시행령 제62조 제1항은 “법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”라고 규정하고 있으며, 동법 시행규칙 제19조 제1항은 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다. 다만, 별표3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있고, 동법 시행규칙 별표3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화 제1호에는 주세법의 규정에 의한 주류가 열거되어 있는 바, 이 건의 경우는 주류(주정)를 제조하고 있는 경우이므로 의제매입세액 공제대상이 아님은 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항에 의거 명백하다 할 것이다. 또한 부가가치세법 제17조 제3항은 의제매입세액 공제규정을 대통령령에 위임하고 있고 동법 시행령 제62조 제1항의 규정은 “매입세액으로 공제할 수 있는 금액”의 계산방법 즉 업종별·종류별 공제대상과 공제율을 재무부령에 위임한다고 보는 것이 합목적적인 해석이고, 동법 시행규칙 제19조 제1항에서 공제율 및 업종별·종류별 공제대상을 규정한 것으로 해석되어지므로 청구법인이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정이 모법규정의 위임범위를 벗어난 규정이라는 주장은 받아들일 수 없다 할 것이므로 매입세액을 공제하지 아니한 당초의 처분은 정당한 처분이라는 의견이다.

4. 쟁점 부가가치세를 면제받아 공급받은 쌀보리·고구마·타피오카등을 원재료로 하여 주정을 제조하는 경우 당해 원재료에 대한 의제매입세액의 공제여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단 관련법령규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항은 제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다고 규정하여 의제매입세액 공제의 대상이 될 재화의 종류를 정하면서 그 세액산출의 계산방법만을 시행령에 위임하고 있고, 이 규정에 따라 동법시행령 제62조 제1항에서도 의제매입세액으로 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 “율”을 곱하여 계산한 금액으로 한다고 규정하여, 의제매입세액계산의 기준이 되는 농산물등의 가액에 곱할 “율”만을 재무부령(부가가치세법 시행규칙)에 위임하고 있음에도 불구하고 동법 시행규칙 제19조 제1항 단서에서 그 소정의 제조업에 대하여는 동항 본문이 정한 원칙적인 공제율을 적용하지 아니한다고 규정함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고 나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 위 시행령에 위배되는 무효의 것이라 아니할 수 없고, 또한 동법 제17조 제3항에 규정하는 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물에 부가가치세를 면제받고 수입한 것은 포함하지 아니한다고 한 동법 시행규칙 제19조 제2항 본문의 규정도 모법에서 의제매입세액 공제대상으로 규정하고 있는 것을 모법의 위임범위를 벗어나 위임근거없이 제한한 것으로서 무효의 규정이라 할 것이다(국심 87부2025, 88.5.4: 대법원 판결 84누384, 85.3.26, 84누539, 85.3.12. 동지). 따라서 처분청이 이 건 의제매입세액 129,586,260원을 공제부인함으로써 동액을 환급하지 아니한 처분은 위법하다 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.