토지 및 사업권양도에 따른 수입금액의 귀속시기

○○세무서장이 2006. 3.10. 청구법인에게 경정고지한 2003. 1.1.～12.31. 사업연도 법인세 341,905,540원은 기부채납금액 400,000,000원을 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

(주)○○건설산업(이하 “청구법인”이라 한다)은 1999. 2. 5. ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에 (주)○○건설이라는 상호로 토목공사 건설업을 개시하여 몇 차례 사업장 이전 후 상호와 대표자를 현재의 상호와 대표자(○○○)로 변경(2004. 1. 2.)하였고 사업장을 2004. 6. 3. 현재주소인 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지로 이전하여 계속사업중인 법인사업자로, 2003.10.25. ○○건설산업(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)와 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 22필지의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)와 주택건설사업 승인권과 관련된 권리의무 일체의 포괄적인 양도양수계약서(이하 “쟁점계약서”라고 한다)를 체결하고 같은 해 10.27. 등기이전 완료 후, 토지가격과 사업권양도금액 총액에서 기부채납금액 400,000천원과 지장물의 철거조건으로 2004년 수령한 금액 500,000천원을 제외하고 2003. 1. 1.～12.31. 사업연도 법인세를 신고납부하였으나,

○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 이를 2003. 1. 1～12.31. 사업연도 수입금액으로 보아 신고금액과의 차액 900,000천원을 익금산입하고, 2006. 3.10. 청구법인에게 법인세 341,905천원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006. 6.12. 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 청구주장 쟁점계약서에 의하면 토지가액 외 사업양도양수금액은 25억원이며, 잔액 5억원은 임차권 및 지장물 철거 등이 완료되면 지급 받도록 되어 있었으나 2003년도에는 지장물철거 미실행분 5억원과 기부채납금액 4억원을 제외한 16억원만 수령하였다. 따라서 16억원의 익금 귀속시기는 2003. 1. 1.～12.31. 사업연도이고, 잔금 9억원 중 5억원은 임차권 및 지장물 철거 등이 완료되고 대금을 수령한 2004년 사업연도가 그 귀속시기이다. 또 2003.12.18.자 작성된 사업양도양수 변경계약서(이하 “쟁점변경계약서”라 한다)에 의하면 추가로 개설된 도로를 ○○광역시에 기부채납하도록 되어 있고 그 비용 8억원을 청구외법인과 50:50으로 부담하기로 하였으므로 4억원을 익금에서 제외하여야 하며 수입금액을 구성하더라도 결국 4억원만큼 순자산이 감소하였으므로 어떤 형태로든 전액 손금으로 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 2003.10.25. 체결한 쟁점계약서에 의한 쟁점토지 및 사업권양도에 대한 손익의 귀속시기는 법인세법시행령 제68조 제1항 제3호 에 의거 그 대금을 청산한 날이 그 귀속시기라 할 수 있으나 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나, 당해자산을 인도하거나, 상대방이 당해자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일, 인도일 또는 사용 수익일 중 빠른 날이 손익의 귀속시기라 할 것이므로 부동산 소유권이전등기가 2003.10.27. 이전되었고 착공신고까지 2003년에 모두 이루어져 사실상 쟁점토지 및 사업권 양도에 따른 손익의 귀속시기는 2003. 1. 1.～12.31. 사업연도로 보는 것이 타당하며, 기부채납한 4억원에 대하여 2003.12.18. 작성한 쟁점 변경계약서를 보면 추가로 도로개설하여 기부채납하도록 심의 의결되어 있고 그 예정비용이 8억원으로 전액 청구법인이 부담하여야 하나, 양도자와 양수자가 50:50으로 부담키로 합의하여 청구법인이 4억원을 부담한다는 것으로 사업권대가를 25억원에서 21억원으로 한다는 것은 아니며 또한 동 금액을 도로개설공사 완료 후 정상지급하기로 한 점으로 보아 청구인이 사업과 직접관련이 없다고 주장하는 기부채납액 4억원은 현금주의에 따라 실제 지출한 시점에서 손금산입하여야 하므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 쟁점토지 및 사업권양도에 따른 수입금액의 귀속시기와

2. 지방자치단체에 기부채납한 금액의 손금의 귀속시기에 있다.

• 나. 관련법령

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (1998.12.28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (1998.12.28. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998.12.28. 개정)

○ 법인세법 시행령 제38조 【기부금의 손금산입 범위 등】

① 법 제24조 제2항 제1호의 규정에 의한 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액에는 법인이 개인 또는 다른 법인에게 자산을 기증하고 이를 기증받은 자가 지체없이 다시 국가 또는 지방자치단체에 기증한 금품의 가액과 한국은행법에 의한 한국은행이 국제금융기구에의 가입조치에 관한 법률 제2조 제2항 의 규정에 의하여 출연한 금품의 가액을 포함한다. (2005. 2.19. 개정)

② 법 제24조 제2항 제2호의 국방헌금에는 향토예비군설치법에 의하여 설치된 향토예비군에 직접 지출하거나 국방부장관의 승인을 얻은 기관 또는 단체를 통하여 지출하는 기부금을 포함한다. (2005. 2.19. 개정)

③ 법인이 조세특례제한법 제73조 또는 법 제24조의 규정에 의한 기부금을 지출한 경우 다음 각호의 구분에 의한 금액의 범위안에서 당해 기부금을 순차적으로 손금에 산입한다. (2005. 2.19. 개정)

1. 법 제24조 제2항 각 호의 규정에 따른 기부금(이하 이 항에서 “법정기부금”이라 한다)과 조세특례제한법 제73조 제1항 의 규정에 따른 기부금의 경우 다음 산식에 의하여 계산한 금액 (2006. 2. 9. 개정) [당해 사업연도 소득금액(기부금을 손금산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)－이월결손금(법 제13조 제1호의 규정에 따른 결손금의 합계액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)]×100분의 50

2. 삭 제 (2006. 2. 9.)

3. 법 제24조 제1항의 규정에 의한 지정기부금의 경우 다음 산식에 의하여 계산한 금액 (2005. 2.19. 개정) (당해 사업연도 소득금액－이월결손금-법정기부금－ 조세특례제한법 제73조 의 규정에 의한 기부금)×100분의 5

④ 이하생략

○ 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다. (1998.12.31. 개정)

1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 “상품 등”이라 한다)의 판매: 그 상품 등을 인도한 날 (1998.12.31. 개정)

2. 상품 등의 시용판매: 상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다. (1998.12.31. 개정)

3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. (1998.12.31. 개정)

4. 자산의 위탁매매: 수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날 (1998.12.31. 개정)

② 이하생략

• 다. 사실관계 및 판단

• 이 건 처분청의 과세자료에 의하면 쟁점토지는 ○○시 ○○구 ○○동의 ○○지구 인근의 토지로 청구법인은 2003년 중에 지주들에게 토지를 매수하여 주택건설사업승인을 받은 상태에서 2003.10.25. 쟁점토지와 사업계획승인권을 청구외법인에게 양도하기로 하는 계약을 체결한 사실이 쟁점계약서 및 쟁점변경계약서에 의해 확인된다.

• 청구법인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 2003.10.27.부터 2004. 3.30.까지 청구법인이 청구외법인에게 지급한 금액은 양자간의 부동산 및 사업계획변경계획 등과 관련한 쟁점계약서 및 쟁점변경계약서의 금액과 일자가 아래 (표1)와 같이 일치하고 있다. (표1) 청구법인의 계좌에 입금된 청구외법인과의 거래내역 (단위: 천원) 일 자 적 요 금 액 비 고 2003.10.27. 계약금 2,000,000 부동산 매매대금 및 사업 양도양수 매매대금 2003.10.27. 중도금 1차 2,000,000 2003.10.28. 중도금 2차 1,448,297 2003.11.10. 중도금3차 500,000 채무부담액 4,989,109 2003.11.10. 잔액 500,000 2003.12.24. 1,100,000

2004. 3.30. 500,000 계 13,037,410 ※ 2003.11.10. 및 2003.12.24.의 수령액은 지급받을 20억원 중 변경계약서에 의해 확정된 기부채납액 4억원을 제외한 16억원임.

○ (쟁점1)의 사업권양도의 귀속시기에 대하여 살펴보면,

(1) 이 건 토지는 2003.10.27. 소유권이전등기 완료되었음이 쟁점토지의 등기부등본에 의거 확인된다.

(2) 쟁점 계약서의 잔금 지급요건을 다음과 같이 사업의 양도양수대금 25억원 중 사업계획변경승인 후 20억원을, 지장물 철거완료 후 잔액 5억원을 지급한다고 기록하고 있다. 『잔금은 사업양도양수금액인 일금 이십오억원으로 사업계획변경승인서내역을 중대형평형으로 사업계획변경승인을 득하여 사업을 할 경우 발생되는 수입금 및 사업의 원만한 진행(임차권 및 지장물 철거 등)을 전제로 “갑”과 “을”이 상호합의 인정한 금액인 바, “갑”의 책임 하에 도시계획심의 및 사업계획변경승인(중대형평형)을 처리키로 하며, 사업계획변경승인 및 본 계약 7조의 임차권 및 지장물 철거 등이 완료되는 경우에 잔금을 지급키로 한다. 만약 사업계획변경승인(중대형평형)이 처리되지 않을 경우 사업양도양수금액으로 합의한 일금 이십오억원 지급하지 않는 것을 “갑”과 “을”은 하등의 이의 없이 동의하고, 사업계획변경승인이 처리되고 지장물이 처리되지 않을 경우 사업양도양수금액 오억원을 제외한 일금 이십억원을 우선 지급하고 추후 임차권 및 지장물철거 등이 완료되는 시점에 오억원을 지급키로한다』 ※ 갑: (주)○○건설. 을: ○○건설산업(주)

(3) ○○광역시 ○○구청장으로 부터 2003.11.17. 사업계획변경승인 통지를 받은 사실이 확인되고 지장물철거의 완료는 2004. 3. 완료되어 2004. 3.30. 잔금 500,000천원을 지급하였음을 청구외법인이 확인하고 있다.

(4) 위 사실 및 관계법령을 종합하여 쟁점토지의 사업권 양도에 따른 손익의 귀속시기를 살피건대, 쟁점계약서 및 쟁점변경계약서에 의하면 잔금 2,500,000천원에 대한 약정내용에 사업계획변경승인 및 지장물철거를 조건으로 지급한다는 내용이 기록되어있고 실지 금액도 1,600,000천원은 2003년 11월과 12월에(기부채납액 400,000천원 제외), 500,000천원은 2004년 3월에 지급 받았음으로 500,000천원의 귀속시기가 2004년으로 보는 것이 타당하다는 주장이나, 법인세법시행령 제68조 제1항 3호 에 의하면 ‘자산의 양도 등으로 인한 손익의 귀속시기는 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.’고 규정하고 있는 바, 사업양도․양수금액이 사업용고정자산 양도대금의 일부인지, 양도하는 사업의 영업상의 이점 등으로 인하여 양도자산의 가액과는 별도의 대가를 지급받음으로써 발생하는 것인지 여부는 그 실질내용에 따라 사실 판단하여야 하는 사항으로써, 이 건의 경우 사업양도․양수금액이 당초 계약에 포함되어있던 주택건설사업승인권의 사업계획변경승인과 쟁점 토지상의 지장물철거를 조건으로한 내용이고, 쟁점토지를 양수한 청구외법인이 2003.11. 7.부터 사업계획을 승인받아 주택건설사업시행자의 지위를 확보하게 된 사실이 확인되며, 쟁점계약서의 내용에 사업양도양수금액을 잔금으로 하여 토지금액의 매매대금에 합산하여 기록한 점, 등을 종합하여 보건대 사업의 양도양수관계가 쟁점토지와 분리할 수 없는 하나의 형태로써 토지에 대한 소유 및 권리가 실질적으로 이전된 날은 법인세법시행령 제68조 제1항 제3호 의 ‘자산의 양도 등으로 인한 손익의 귀속시기는 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다’고 규정하고 있으므로 대금청산일, 소유권이전등기일, 사용수익일 중 가장 빠른 날은 토지의 소유권이전등기일인 2003.10.27.로, 귀속시기를 2003. 1. 1～12.31. 사업연도로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지 양도에 따른 수익을 2003.1.1～12.31 사업연도의 익금에 산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

○ (쟁점2)의 기부채납금액의 손금산입여부에 대하여 살펴본다.

(1) 2003.12.18. 체결한 쟁점변경계약서의 내용은 사업계획변경승인시 지급할 25억원에서 청구법인의 기부채납부담액 4억원을 제외하고 지급한다고 기록되어있다.

(2) (표1)의 자금거래내역과 같이 잔금 25억원 중 지장물철거 후 지급하기로한 잔액 5억원을 제외한, 사업계획변경승인이 완료된 이후 지급해야할 금액 20억원 중 기부채납부담액 4억원을 공제한 16억원만을 2003년12월 24일까지 지급하였음이 확인된다.

(3) 살피건대, ‘법인이 당해 사업과 직접 관계없이 아무런 반대급부나 효익을 얻지 아니하고 자산을 국가·지방자치단체에 기부채납한 경우에는 그 가액을 법인세법 시행령 제18조 제3항 (개정전)의 규정에 의한 기부금으로 보는 것이고, 법인이 금전 외의 자산을 국가·지방자치단체에 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우에는 이를 사용수익 기부자산으로 보아 당해 자산의 장부가액을 같은 법 시행규칙 제16조의 규정에 의하여 손금에 산입하는 것’(법인46012-3686, 1995.09.28.)이라 하였고, ‘법인이 주택건설사업을 함에 있어서 그 사업을 위하여 취득한 토지의 일부를 그 사업의 승인조건에 따라 분양토지의 이용편의에 제공하기 위하여 도로로 조성하여 지방자치단체에 기부채납한 경우, 그 도로의 가액 상당의 비용은 수익의 발생에 직접 관련된 필요경비로서 그 귀속시기는 수익의 발생이 확정된 때가 속한 사업연도라고 보아야 하고, 법정기부금이라 할 수 없다’(대법2001두1918, 2002.11.13.)고 한 바, 이 건의 내용을 보면, ○○구청의 당해주택건설사업 승인조건에 의하여 도로용지 기부채납을 하기로 한 것은 자의에 의한 무상으로 기부한 것이라기보다는 건설한 주택의 이용편의를 제공하기 위한 것으로 보여지므로 기부채납액은 법정기부금에는 해당하지 아니하고, 기부채납 계약은 쟁점계약서상 사업계획변경승인의 책임을 명시한 조건의 변경계약서로서, 청구법인이 기부채납액 4억원을 제외한 금액을 수령하였음이 확인되고, 처분청은 부동산 소유권이전일자(2003.10.27.)를 토지 및 사업양수양도권의 수익일자로 보았으므로 이 기부채납금액은 청구법인의 수익발생이 확정된 2003. 1. 1～12.31. 사업연도의 비용으로 전액 손금산입하여 결정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.