지정지역 내 공익사업용 부동산의 양도에 해당하는지 여부
지정지역 내 공익사업용 부동산의 양도에 해당하는지 여부
○○세무서장이 2005. 8.17. 청구인에게 한 경정청구 거부통지는 이를 취소하고 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가를 적용하여 양도소득세의 과세표준과 세액을 경정합니다.
청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 전 1,783㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1998. 2.20. 증여를 원인으로 취득하여 2005. 3.31.에 매매를 원인으로 ○○대학교총장(관리청 교육인적자원부)에게 양도하고 2005. 5.13. 양도소득세 과세표준 예정신고 및 자진납부계산서를 실지거래가액으로 작성하여 처분청에 신고․납부한 후, 2005. 6.18. 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 제85조 에서 규정하고 있는 “지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례” 규정을 적용할 수 있는 것으로 보아 쟁점토지의 양도에 대한 양도차익을 계산함에 있어 기준시가로 산정한 세액 138,852,870원을 환급하여 줄 것을 처분청에 경정청구 하였다. 이에 대하여 처분청은 쟁점토지의 매수자인 ○○대학교총장이 국유재산법 및 대학자체계획인 “○○대학교 캠퍼스 종합발전계획”에 의하여 쟁점토지를 청구인과 대등한 입장에서 당사자간의 합의에 의하여 취득한 것이므로 조세특례제한법 제85조 에서 규정한 공익사업용 부동산에 해당되지 않는다고 판단하고 2005. 8.17. 경정청구거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 9. 5. 이 건 이의신청을 제기하였다.
○○대학교총장은 ○○대학교의 양적팽창 및 질적향상을 도모하기 위하여 대학설립․운영규정에 부합하여 장기종합발전계획을 수립하고 이 계획서에 의하여 쟁점토지를 매입하게 되었으므로 청구인과 ○○대학교총장간의 “대등한 입장에서의 당사자간의 합의” 여부를 불문하고 공익사업용 토지에 해당하고 또한 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 제4호 에서 규정하고 있는 공익사업을 위한 토지에도 해당하므로 조세특례제한법 제85조 규정을 적용하여 쟁점토지의 양도에 대한 과세표준을 기준시가로 계산하고 경정청구한 138,852,870원을 환급하여야 한다.
청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 고등교육법 시행령 및 대학설립․운영규정을 제시하고 있으나, 이 법령은 대학, 산업대학, 교육대학, 전문대학 및 이에 준하는 각종 학교의 설립기준과 대학을 운영함에 있어 필요한 시설, 교원 및 수익용 기본재산에 관한 일반적인 사항을 규정한 것이며, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 제7호 에서 공익사업이란 “그 밖의 다른 법률에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업”으로 규정하고 있는 바, 청구인이 쟁점토지의 매입의 근거계획으로 제시한 “○○대학교 캠퍼스 종합발전계획”이나 당사자간 매매계약서의 내용에서도 쟁점토지의 매수에 양도인이 응하지 않을 경우 강제매수나 수용에 대한 구체적인 근거 법률규정이 없어 이를 조세특례제한법 제85조 에서 규정한 공익사업용 부동산에 해당된다고 볼 수 없으며, 청구인과 ○○대학교총장간의 대등한 입장에서 당사자간의 합의에 의하여 취득한 것으로 보이므로 공익사업용 토지에 해당되지 않는다고 보고 경정청구 거부한 당초 처분은 정당하다.
○ 소득세법 제96조 【양도가액】
① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. [개정 2000․12․29]
6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격 상승률 등을 감안하여 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우
○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】
① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. [개정 95․12․29 법5031, 99․12․28, 2000․12․29]
○ 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 [2004.12.31. 신설] 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정 고시일 부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. [2004.12.31. 신설]
○ 조세특례제한법 시행령 제79조 2 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】
① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.
② 법 제85조의 규정을 적용함에 있어서 거주자가 부동산을 상속받은 경우에는 피상속인이 취득한 날을 거주자가 취득한 날로 본다.
○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제1조 【목적】 이 법은 공익사업에 필요한 토지 등을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모함을 목적으로 한다.
○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 【공익사업】 이 법에 의하여 토지 등을 취득 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각호의 1에 해당하는 사업이어야 한다.
4. 관계 법률에 의하여 허가․인가․승인․지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교․도서관․박물관 및 미술관의 건립에 관한 사업
7. 기타 다른 법률에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업
○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제88조 【실시계획의 작성 및 인가 등】
① 도시계획시설사업의 시행자는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 도시계획시설사업에 관한 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여야 한다. (2002. 2. 4. 제정)
② 도시계획시설사업의 시행자(건설교통부장관 및 시ㆍ도지사를 제외한다)는 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 작성한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관 또는 시ㆍ도지사의 인가를 받아야 한다. 이 경우 건설교통부장관 또는 시ㆍ도지사는 기반시설의 설치 또는 그에 필요한 용지의 확보ㆍ위해방지ㆍ환경오염방지ㆍ경관ㆍ조경 등의 조치를 할 것을 조건으로 실시계획을 인가할 수 있다. (2002. 2. 4. 제정)
③ 제2항의 규정은 인가를 받은 실시계획을 변경 또는 폐지하는 경우에 이를 준용한다. 다만, 건설교통부령이 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2002. 2. 4. 제정)
④ 실시계획에는 사업시행에 필요한 설계도서ㆍ자금계획 및 시행기간 그 밖에 대통령령이 정하는 사항을 명시하거나 첨부하여야 한다. (2002. 2. 4. 제정)
○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제91조 【실시계획의 고시】 건설교통부장관 또는 시ㆍ도지사는 제88조의 규정에 의하여 실시계획을 작성하거나 인가한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 내용을 고시하여야 한다. (2002. 2. 4. 제정)여야 한다. (2002. 2. 4. 제정)
○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제95조 【토지 등의 수용 및 사용】
① 도시계획시설사업의 시행자는 도시계획시설사업에 필요한 다음 각호의 물건 또는 권리를 수용 또는 사용할 수 있다. (2002. 2. 4. 제정)
1. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건 (2002. 2. 4. 제정)
2. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건에 관한 소유권 외의 권리 (2002. 2. 4. 제정)
② 도시계획시설사업의 시행자는 사업시행을 위하여 특히 필요하다고 인정되는 때에는 도시계획시설에 인접한 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건이나 그 토지ㆍ건축물 또는 물건에 관한 소유권외의 권리를 일시 사용할 수 있다. (2002. 2. 4. 제정)
○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제96조 【공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용】
① 제95조의 규정에 의한 수용 및 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다. (2002. 2. 4. 제정)
② 제1항의 규정에 의하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용함에 있어서 제91조의 규정에 의한 실시계획의 고시가 있은 때에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 제1항 및 제22조의 규정에 의한 사업인정 및 그 고시가 있은 것으로 본다. 다만, 재결신청은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제23조 제1항 및 제28조 제1항의 규정에 불구하고 실시계획에서 정한 도시계획시설사업의 시행기간 이내에 하여야 한다. (2002. 2. 4. 제정)
○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제97조 【국ㆍ공유지의 처분제한】
① 제30조 제6항의 규정에 의한 도시관리계획결정의 고시가 있는 때에는 국ㆍ공유지로서 도시계획시설사업에 필요한 토지는 당해 도시관리계획으로 정하여진 목적 외의 목적으로 이를 매각하거나 양도할 수 없다. (2002. 2. 4. 제정)
② 제1항의 규정에 위반한 행위는 무효로 한다. (2002. 2. 4. 제정)
- 다. 사실관계 및 판단
1. ○○도 ○○시가 2004. 2.26.에 투기지역으로 지정되어 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 제85조 에서 규정하고 있는 지정지역 내 부동산의 양도임에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.
2. 청구인은 1998. 2.20. 쟁점토지를 증여를 원인으로 취득하여 2005. 3.31.(잔금청산일) ○○대학교총장(관리청 교육인적자원부)에게 매매대금 686,455,000원에 양도하고, 2005. 5.13. 실지거래가액으로 계산한 양도소득세과세표준 예정신고 및 자진납부계산서를 제출한 다음 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 제85조 에서 규정하고 있는 “지정지역 내 공익사업용 부동산의 양도”에 해당한다 하여 2005. 6. 18. 기준시가로 양도소득세를 재계산하고 실지거래가액 계산분과 기준시가 계산분과의 차액인 138,852,870원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였음이 매매계약서, 경정청구서 등에 의하여 확인된다.
3. 처분청은 이에 대하여 ○○대학교총장이 국유재산법 및 대학의 설립기준과 운영에 관한 일반적인 사항을 규정한 학교시설사업운영규정에 의하여 “○○대학교 캠퍼스 종합발전계획”을 대학 자체적으로 수립하였고 이 계획의 일환으로 쟁점토지를 당사자간의 대등한 입장에서 합의에 의하여 취득한 것이므로 조세특례제한법 제85조 에서 규정한 공익사업용 부동산의 양도에 해당하지 않는다고 판단하고2005. 8.17. 경정청구거부통지를 하였음이 처분청이 청구인에게 통보한 공문에 의하여 확인된다.
4. 청구인은 쟁점토지를 공공기관인 ○○대학교총장에 학교시설부지로 양도하여 조세특례제한법 제85조 의 공익사업용 부동산의 양도에 해당하므로 기준시가로 양도소득세를 계산할 수 있다고 주장하고 있으므로 관련법령을 살펴보면, 가) 조세특례제한법 제85조 각호에서 규정하고 있는 날 전에 취득하여 2006.12. 31. 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있고, 나) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제1조 【목적】에서 이 법은 공익사업에 필요한 토지 등을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모함을 목적으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제4조 제4호에서 관계 법률에 의하여 허가․인가․승인․지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교․도서관․박물관 및 미술관의 건립에 관한 사업, 제7호에서 기타 다른 법률에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업을 【공익사업】으로 규정하고 있다. 다) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제97조 의 규정에 의거 학교시설보호지구 등으로 도시관리계획 결정의 고시가 있는 때에는 국․공유지로서 도시계획시설사업에 필요한 토지는 당해 도시관리계획으로 정하여진 목적 외의 목적으로 이를 매각하거나 양도할 수 없고, 같은 법 제95조에는 도시계획시설사업의 시행자는 도시계획시설사업에 필요한 경우 토지 등을 수용 및 사용할 수 있도록 규정하고 있으며, 제95조의 규정에 의한 수용 및 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용하도록 규정되어 있다.
- 라) ○○대학교가 쟁점토지를 매수하여 학교시설물을 건축하기 위해서는 학교시설사업운영규정(교육부훈령 제597호, 2000. 1.17. 개정) 제3조에 의하여 미리 교육인적부장관의 승인을 받아야 하고, 승인 후 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제88조 에 의하여 당해 도시계획시설사업에 관한 실시계획(사업계획서, 관련도면 등)을 작성하여 ○○시장에게 실시계획 인가를 받아야 하도록 규정되어 있다. 5) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제68조 【보상액의 산정】 제1항에서 사업시행자는 토지 등에 대한 보상액을 산정하고자 하는 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가업자 2인 이상에게 토지 등의 평가를 의뢰하도록 규정하고 있는 바, 청구인과 ○○대학교총장간에 2004. 9. 30. 체결한 토지매매계약서를 살펴보면, 쟁점토지에 대하여 두 개의 감정평가법인에서 감정평가한 금액의 산술평균액인 686,455,000원을 매매대금으로 정한 사실이 확인된다.
6. 우리청에서 ○○대학교에 쟁점토지의 매수에 대한 법적 근거 등을 조회한 결과(○○청 법무과-3895, 2005. 9.13.), 쟁점토지의 매수계약은 대학설립․운영규정이고, 당사자간 협의매매가 이루어지지 않을 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 토지수용이 가능함이 회신문에 의하여 확인되고 있고, 쟁점토지 위의 기숙사 신축과 관련하여 교육인적자원부의 승인이 완료되었음이 관련공문(교육인적자원부 시설기획담당관-569, 2005. 5.21.)에 의하여 확인된다.
7. 쟁점토지는 1997. 6.17. 구 도시계획법에 의한 학교시설용지로 지적고시(○○시고시 제1997-40호)되었음이 토지이용계획확인서 및 ○○시의 관보에 의하여 확인된다.
8. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에서는 기타 다른 법률의 규정에 의하여 수용을 규정한 경우에도 공익사업으로 규정하고 있는 바, ○○대학교가 쟁점토지에 기숙사를 건축하기 위해서는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 따라 실시계획 인가를 받아야 하고, 같은 법 제95조에 토지수용를 규정하고 있어 ○○대학교총장이 쟁점토지를 취득한 것은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률이 적용되었다 할 것이므로 쟁점토지는 공익사업용 부동산이라 판단된다.
9. 따라서, ○○대학교총장이 학교시설의 목적으로 쟁점토지를 취득한 점, ○○시가 쟁점토지를 학교시설보호지구로 지적고시한 점, 나아가 학교시설보호지구는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제97조 에 의하여 국․공유지로서 도시계획시설사업에 필요한 토지는 도시관리계획으로 정하여진 목적 외의 목적으로 매각하거나 양도할 수 없고, 당사자간 협의매매가 이루어지지 않을 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 토지수용이 가능하다고 ○○대학교총장이 회신한 점 등으로 보아 당사자간에 대등한 입장이 아닌 국가가 우월적 지위에 있다고 인정되는 점, 매매가액을 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제68조 에서 규정하고 있는 방법으로 정한 점, 학교시설보호지구 안에 건물을 신축하기 위해서는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에서 정한 절차를 따라야 하고 같은 법에 토지수용을 규정하고 있는 점에 비추어 쟁점토지를 ○○대학교총장이 아무런 법률적인 근거가 없이 취득하였다고 볼 수는 없다 할 것이므로 쟁점토지의 양도에 대하여 조세특례제한법 제85조 에서 규정하고 있는 지정지역 내 공익사업용 부동산의 양도에 해당하지 않는다고 판단하고 경정청구를 거부한 처분청의 당초 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (심사경인97-500, 1997. 6.27. 같은 뜻)
이 건 이의신청은 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.