하도급업체에 지급하지 않고 하수급인에게 지급한 공사대금의 손금인정 여부

○○세무서장이 2005. 7. 1. 청구법인에게 결정고지한 2002사업연도분 법인세 112,783,350원, 2002년도 원천징수분 근로소득세 224,910원, 2002년 제1기분 부가가치세 38,401,640원 및 2004년 제2기분 부가가치세 21,667,900원은

1. 청구법인의 2002사업연도 법인세 과세표준계산시 청구법인이 ○○건설(주)의 하수급인들에게 직접 지급한 노무비 등 123,812,380원을 손금으로 추인함에 있어 기 손금에 산입한 것으로 판단하여 손금에서 제외한 쟁점Ⅳ세금계산서 금액 35,446,000원 중 30,326,000원을 추가로 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 1996. 8.26. 개업하여 ○○군 ○○읍에서 건설업을 영위하는 사업자로 장성군청이 발주한 2000년 ○○강 오염하천 정화사업(이하 “○○강 정화사업”이라 한다)에 참여하여 청구 외 ○○건설(주)와 하도급계약을 맺어 공사를 진행하였고 ○○군청이 발주한 ○○군 ○○지구 지표수 보강개발사업’(이하 “○○군 지표수 개발사업”이라 한다)에 참여하여 청구 외 (주)○○건설과 하도급계약을 맺어 공사를 진행하였다. 처분청은 청구법인에 대하여 2005. 3.14.~2005. 3.26.까지 법인세 정기조사를 실시하고 그 결과 ○○강 정화사업과 관련하여

• 가. 청구법인이 하도급업체인 ○○건설(주)에게 공사대금으로 2001.12.24. 111,700,000원 및 2002. 3.28. 10,635,000원 합계 122,335,000원(공급대가, 이하 “쟁점Ⅰ금액”이라 한다)을 지급하고 다시 ○○건설(주)가 그 하수급인들에게 지급하여야 할 공사대금을 청구법인이 직접 지급함에 따라 쟁점Ⅰ금액을 청구법인과 ○○건설(주)간의 공사계약이 파기된 시점에서 청구법인이 회수하여야 할 채권으로 보고 2002사업연도에 익금산입하였고(처분청은 공급가액을 익금산입),
• 나. 청구법인은 2001.12.24. 111,700,000원을 지급한 것으로 회계처리하였으나 실제 지급한 금액은 138,690,000원으로 확인되어 그 차액 26,990,000원(이하 “쟁점Ⅱ금액”이라 한다)을 자산누락한 것으로 보고 2001사업연도에 익금산입하였다.
• 다. 청구법인이 ○○건설(주)와 하도급계약을 파기하고 2002. 4.12. ○○산업개발(주)와 새로운 계약을 체결하면서 210,882,163원(공급가액)의 매입세금계산서(이하 “쟁점Ⅲ세금계산서”라 한다)을 교부받았으나 ○○산업개발(주)는 실제로 관련 공사 용역을 제공한 사실이 없는 것이 확인되어 쟁점Ⅲ세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 부가가치세 매입세액 불공제, 손금불산입하였고,
• 라. 처분청은 청구법인이 ○○건설(주)의 하수급인 등에게 직접 지급한 금액이 207,663,380원임을 확인하고 이 중 동일 과세기간에 신고된 매입세금계산서 35,446,000원(공급가액, 이하 “쟁점Ⅳ세금계산서”이라 한다)을 차감한 172,217,380원만을 추가로 손금산입하였다. 또한 ○○군 지표수 개발사업과 관련하여 청구법인이 하도급 업체인 (주)○○건설로부터 2004년 제2기에 매입세금계산서 172,227,000원(공급가액, 이하 “쟁점Ⅴ세금계산서”라 한다)을 수취하여 부가가치세 매입세액 공제를 하였으나 정당한 공급시기 이후에 수취한 세금계산서로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하였다. 처분청은 위와 같이하여 청구법인에게 2005. 7. 1. 2002사업연도분 법인세 112,783,350원, 2002년도 원천징수분 근로소득세 224,910원, 2002년 제1기분 부가가치세 38,401,640원, 2004년 제2기분 부가가치세 21,667,900원을 결정고지 하였다. 청구법인은 처분청에 과세전적부심사청구를 거쳐 2005. 7.12. 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 쟁점Ⅰ금액에 대하여 쟁점Ⅰ금액은 확정된 채권이 아니라 장래 받을 수도 있고 못 받을 수도 있는 우발채권에 불과하고 더욱이 청구법인이 ○○건설(주) 대표이사 등을 채권반환과 관련하여 고발하였으나 대검찰청에서 불기소처분하여 당해 우발채권은 완전소멸된 것이므로 확정되지도 않은 쟁점Ⅰ금액을 채권으로 익금산입한 처분은 부당하다.
• 나. 쟁점Ⅱ금액에 대하여 청구법인의 현장소장인 김○○를 상대로 대여금 반환소송을 제기하기는 하였으나 이는 김○○가 ○○강 정화사업의 현장책임자로서 책임추궁 차원에서 행한 것으로 실제로 대여금을 지급한 것은 아니며 승소가능성도 없고, 금액 역시 불확실하므로 쟁점Ⅱ금액을 대여금에 대한 자산누락으로 판단하여 익금산입한 처분은 부당하다.
• 다. 쟁점Ⅲ세금계산서에 대하여

○○산업개발(주)의 대표인 이○○은 ○○건설(주)의 대표인 이○○과 형제지간으로 실질적으로 ○○강 정화사업 공사를 한 당사자이며 공사대금 210,882,163원(공급가액)이 2002. 4.12. ○○산업개발(주)의 통장에 입금되어 청구법인의 직원 입회 하에 장비사용료 등 공사대금을 지급하고 ○○산업개발(주)로부터 쟁점Ⅲ세금계산서를 수취한 것임에도 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 손금불산입한 처분은 부당하다.

• 라. 쟁점Ⅳ세금계산서에 대하여 처분청에서는 2002. 4.12. 청구법인이 ○○건설(주)의 하수급인 등에게 직접 지급한 금액 207,663,380원(2001년도분 83,851,000원, 2002년도분 123,812,380원) 중 쟁점Ⅳ세금계산서 금액을 제외한 172,217,380원만을 손금으로 추인하였으나 쟁점Ⅳ세금계산서는 2002. 4.12. 지급된 금액과는 별개의 것이므로 207,663,380원 전액을 손금에 산입하여야 한다.
• 마. 쟁점Ⅴ세금계산서에 대하여

○○군 지표수 개발사업은 1999. 7.21.~2005.12.30.자로 끝나는 연차공사이며 완성도에 따라 기성고 대금을 수차에 걸쳐 지급받기로 했으나 그 지급일을 명시하지 아니한 경우에는 공사기성고가 결정되어 “그 대금을 지급 받을 수 있는 날”을 공급시기로 보는 것이므로 이 건 2003년도 공사분에 대한 공사 기성고의 확정일은 ○○군청과의 대금정산일인 2004.11. 5.이므로 2004년 제2기 과세기간 중에 수취한 쟁점Ⅴ세금계산서는 정당한 세금계산서이다.

• 가. 쟁점Ⅰ금액에 대하여 청구법인이 ○○건설(주)에게 2001.12.24. 및 2002. 3.28. 122,335,000원을 지급한 사실과 ○○건설(주)의 하수급인들에게 청구법인이 공사대금을 직접 지급한 사실이 있으며, ○○건설(주)와의 계약을 파기하고 기 지급한 금액에 대하여 대여금반환청구 소송을 제기하였으므로 기 지급한 쟁점Ⅰ금액을 회수하여할 채권으로 보아 2002사업연도에 익금산입한 처분은 정당하다.
• 나. 쟁점Ⅱ금액에 대하여 청구법인이 ○○건설(주)에 2001.12.24. 지급한 실제금액은 138,690,000원임이 청구법인과 청구법인의 현장소장 김○○간의 대여금반환소송에 의해 확인되나 111,700,000원(세금계산서 수취금액)을 지급한 것으로 회계처리하였으므로 그 차액인 쟁점Ⅱ금액 26,990,000원은 2001사업연도에 결산서상 반영되지 않고 누락된 자산에 해당하므로 이를 2001사업연도에 익금산입한 당초 처분은 정당하다.
• 다. 쟁점Ⅲ세금계산서에 대하여

○○산업개발(주)는 ‘○○강 정화사업’ 중 철근콘크리트 공사를 청구법인과 하도급계약한 사실이 있으나 계약이 파기되었고, 이 건 관련하여 부가가치세 및 법인세를 신고한 사실도 없으므로 실제 건설용역을 제공한 사실이 없는 쟁점Ⅲ세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

• 라. 쟁점Ⅳ세금계산서에 대하여 청구법인은 쟁점Ⅳ세금계산서는 청구법인이 ○○건설(주)의 하수급인 등에게 직접 지급한 금액과 별개이므로 추가로 손금산입해야 된다고 주장하나 조사당시 하수급인 등에게 확인한 바에 의하면 청구법인의 주장은 이유 없다.
• 마. 쟁점Ⅴ세금계산서에 대하여

○○군청에 확인한 바에 의하면 이 건 관련 공사의 준공일은 2004. 4.23.이고 2004. 5. 7. 준공검사조서가 작성되었음이 확인되며 청구법인과 청구 외 (주)○○건설과의 하도급계약공사는 2004. 4.23.에 준공된 것이 확인됨에도 준공일 이후인 2004년 제2기 과세기간 중에 쟁점Ⅴ세금계산서를 수취하였으므로 이 건 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 청구법인이 ○○건설(주)에게 지급한 122,335,000원(쟁점Ⅰ금액)을 회수하여야 할 채권으로 보아 익금산입한 처분의 당부

2. 청구법인이 실제 지급한 금액과 매입세금계산서를 수취한 금액과의 차액 26,99 0,000원(쟁점Ⅱ금액)을 자산누락으로 보아 익금산입한 처분의 당부

3. 청구 외 ○○산업개발(주)에서 수취한 세금계산서(공급가액 210,882,000원, 쟁점Ⅲ세금계산서)를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입한 처분의 당부

4. 청구법인이 중기사업자 등으로부터 2002. 1기에 수취한 쟁점Ⅳ세금계산서 35,446,000원이 청구법인이 하수급인 등에게 직접 지급한 공사대금과 별개의 것인지 여부

5. 청구 외 (주)○○건설에서 수취한 세금계산서(공급가액 172,227,000원, 쟁점Ⅴ세금계산서)를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서 합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994.12.22. 신설) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994.12.22. 신설)

○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (98.12.28. 개정)

○ 법인세법시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. (98.12.31. 개정) 1.~9.호 생략

10. 제1호 내지 제9호 외의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 (98. 12. 31. 개정)

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (98.12.28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (98.12. 28. 개정)

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (98.12.28. 개정)

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (98.12.31. 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. (98.12.31. 개정)

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 (98.12.31. 개정)
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 (98.12.31. 개정)
• 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국 법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조 의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다. (98.12.31. 개정)
• 라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득 (98. 12.31. 개정)

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것 (98. 12.31. 개정)

3. 제1호의 규정에 불구하고 다음 각목의 금액은 기타 사외유출로 할 것 (98. 12.31. 개정) 가.~자. (생략)

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다. (98.12.31. 개정)

③ 제2항의 경우 법인이 결손신고를 한 때에는 그 결손은 없는 것으로 본다. (98. 12.31. 개정)

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2001.12.31. 개정)

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (94.12.22. 개정)

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. (78.12.30. 개정)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 (93.12.31. 개정)

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (77.12.30. 신설)

• 다. 사실관계 및 판단

○ 쟁점1~쟁점3에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 ○○강 정화사업과 관련하여 2001. 9.28. ○○군수와 공사계약을 체결한 후 ○○건설(주)와 하도급계약을 체결하였음이 관련 공사계약서에 의하여 각각 확인되며 그 내역은 아래와 같다. (단위: 천원) 공사명 발주처 원도급 - 청구법인 하도급 - 청암건설(주) 계약일 공사 기간 도급금액 구분 계약일 공사 기간 도급금액 황룡강 정화사업 장성 군청

01. 9.28. 01.10. 8. ~

02. 5.31. 1,209,542 (1,099,584) 토공사외 01.10.23. 01.10.31 ~

02. 5.20. 221,635 (201,487) (): 공급가액

• 나) 청구법인은 ○○건설(주)에 2001.12.24. 111,700,000원(공급대가), 2002. 3. 28. 10,635,000원(공급대가) 합계 122,335,000원(쟁점Ⅰ금액)을 지급한 것으로 하여 매입세금계산서를 교부받아 부가가치 매입세액 공제 및 법인세 손금산입하였다.
• 다) ○○건설(주)는 청구법인에게 금 138,690,000원, 변제기일 2002년 7월 30일의 약속어음을 발행한 사실이 있으며 동 약속어음 뒷면에 청구법인의 현장 소장이었던 청구 외 김○○가 최종 배서한 사실이 약속어음 사본에 의해 확인되는데 동 약속어음과 관련된 청구법인과 김○○간의 대여금 청구소송(○○지법 2004가합 119 35호)에 의하면 동 약속어음은 청구법인이 2001.12.24. ○○건설(주)에게 공사선급금을 지급하면서 담보로 ○○건설(주)로부터 교부받은 것으로 당시 청구법인의 현장소장이었던 김○○가 배서한 것이며 2001.12.24. 청구법인이 지급한 금액은 111,700,000원(세금계산서 수취금액)이 아니라 동 약속어음상의 금액인 138,690,000원(차액 26,990,000원 = 쟁점Ⅱ금액)임이 확인된다.
• 라) 청구법인은 ○○건설(주)가 그 하수급인들에게 중기사용료 및 노무비 등을 지급하지 않아 중기사업자와 노무자 등이 ○○군청에 민원을 제기하자 ○○건설(주)와의 계약을 파기하였고, ○○건설(주)가 공사 선급금을 받고도 공사를 진행하지 않았고 수명의 하수급인들에게 공사대금을 지급하지 아니하였다는 취지로 2002. 6. 7. ○○건설(주)를 횡령 및 절도혐의로 검찰에 고소하였으나 2003. 5. 9. 대검찰청에서 청구법인의 고소를 기각하였음이 청구법인의 고소장 및 2003대심 61157호 불기소처분 재항고사건 기록반환공문에 의해 확인된다.
• 마) 청구법인은 2002. 4.12. ○○산업개발(주)에 210,882,163원(공급가액)을 지급하고 쟁점Ⅲ세금계산서를 수취하였으며, 청구법인의 직원 입회 하에 중기사업자 및 노무자 등에게 위 금액을 공사대금으로 지급하였다고 주장하였으나 ○○산업개발(주)가 2002년 제1기에 중기사업자 및 노무자 등에게 수취한 매입세금계산서는 없는 것으로 확인되며 ○○군청의 선급금 사용내역에 의하면 청구법인이 직접 ○○군청 공무원 입회 하에 위 중기업자 및 노무자 등에게 지급한 것이며 그 금액이 207,663,380원이고 그 대상 공사기간 또한 ○○산업개발(주)가 아닌 ○○건설(주)가 공사한 2001년 10월~2002년 4월에 해당하는 것임이 확인되며 그 내역은 아래와 같다. (단위: 천원) 구분 지급처 총계 2001년도 공사 분 2002년도 공사 분 합계 10월 11월 12월 합계 1월 2월 3월 4월 장비 사용료 등

○○ 토건 외 148,748 67,596 12,389 27,430 27,777 81,152 21,143 32,612 23,712 3,685 노무비 강○○ 외 58,915 16,255 7,010 6,770 2,475 42,660 6,605 12,255 19,380 4,420 계 207,663 83,851 123,812 ※ ○○건설(주) 공사기간: 2001.10월~2002. 4.12.(계약파기일)

• 바) ○○산업개발(주)는 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에서 철근콘크리트건설공사를 주 업종으로 하는 법인으로 2002. 1.14. 개업하였으나 2003. 6.18.에 폐업일을 2002.12.31.로 하여 직권폐업되었으며 개업한 이후 부가가치세를 신고한 사실이 없어 청구법인에게 교부한 쟁점Ⅲ세금계산서에 대하여 ○○세무서장은 2002년도 제1기분 부가가치세를 무신고자 당연경정에 의하여 28,226,550원을 결정고지 하였으며 현재 체납상태이고 이 건과 관련된 부가가치세 및 법인세 신고내역은 확인할 수 없다.
• 사) 위 사실관계를 종합하여 보면

① 청구법인은 ○○건설(주)와 221,635,000원의 하도급공사계약을 하고 쟁점Ⅰ금액을 지급한 후 공사현장의 민원야기에 따라 ○○건설(주)와의 공사계약을 파기하면서 관련 공사대금 207,663,380원을 직접 지급한 사실이 있으며 위 금액 모두가 공사원가로 손금에 산입되어 있음을 알 수 있다. 따라서 쟁점Ⅰ금액을 청구법인의 주장대로 회수할 수 없다 하더라도 이는 추 후 대손처리 여부와 관련된 사항일 뿐 쟁점Ⅰ금액을 ○○건설(주)와 계약이 파기된 2002. 4월에 회수하여야 채권으로 익금산입한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

② 청구법인이 2001.12.24. ○○건설(주)에 선급금으로 138,690,000원을 지급하고도 회계처리상 111,700,000원(매입세금계산서 수취금액)만을 지급한 것으로 처리하였음이 확인되므로 그 차액인 쟁점Ⅱ금액 26,990,000원은 청구법인이 당초 자산누락한 것으로 익금산입한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

③ 또한 청구법인은 210,882,163원(공급가액)을 ○○산업개발(주)에 지급하고 쟁점Ⅲ세금계산서를 교부받았다고 하였으나 동 금액이 ○○건설(주)가 공사를 시공한 기간의 중기업자 및 노무비 등에 지급된 사실이 명확하고 ○○산업개발(주)의 부가가치세 및 법인세 신고내역을 살펴보아도 쟁점Ⅲ세금계산서와 관련된 공사용역을 ○○산업개발(주)이 제공하였다고는 볼 수 없으므로 쟁점Ⅲ세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 법인세 손금불산입한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

○ 쟁점4에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 당초 ○○건설(주)가 그 하수급인들인 중기업자 및 노무자 등에게 지급하지 않은 공사대금을 직접 지급하고 그 매입세금계산서는 2002. 1기에 ○○산업개발(주)로부터 수취(쟁점Ⅲ세금계산서 210,882,163원)하였고 이와는 별개로 같은 과세기간에 ○○석유(000-00-00000, 기○○)와 ○○건기(000-00-00000, 이○○)로부터 쟁점Ⅳ세금계산서 7매 35,446,000원을 수취하여 부가가치세 매입세액 공제하고 법인세 손금에 산입하였다.
• 나) 처분청은 청구법인이 ○○산업개발(주)로부터 수취한 쟁점Ⅲ세금계산서에 대하여 쟁점3과 같이 매입세액 불공제 및 손금불산입하는 대신 청구법인이 ○○건설(주)의 하수급인들에게 직접 지급한 것으로 확인된 207,663,380원 (○○석유․○○건기 분 56,233,970원)을 손금으로 산입하면서 청구법인이 위 2개 업체로부터 같은 과세기간인 2002. 1기에 쟁점Ⅳ세금계산서를 교부받아 이미 손금에 산입한 것으로 판단하여 쟁점Ⅳ세금계산서 금액을 제외한 172,217,380원만을 손금에 산입하였다.
• 다) 청구법인은 2002. 4.12. 지급한 207,663,380원 중 위 2개 업체에 지급된 금액인 56,233,970원과 쟁점Ⅳ세금계산서는 별개의 것임을 주장하며 거래처원장, 세금계산서사본, 금융자료를 제시하였는 바 이에 의하면 청구법인은 ○○강 정화사업과 관련하여 ○○건기(이○○)와 2002. 5.18. 거래하고 13,986,000원의 매입세금계산서를 수취(2002년 제1기)하였으며 그 대금도 같은 날 지급하였고 ○○석유와는 2002. 1.30.~2002. 8. 5.기간에 거래하고 2002년 제1기 21,430,000원, 2002년 제2기 910,000원의 매입세금계산서를 수취하였으나 이 중 2002. 6.15. 거래분 16,340,000원에 대하여 그 대금이 2002. 7.19. 지급된 사실만 확인된다.
• 라) 위 살펴본 바와 같이 청구법인이 2002. 4.12. ○○석유 외 1개 업체에 56,233,970원을 지급한 사실과 쟁점Ⅳ세금계산서 금액 중 30,326,000원(○○건기 13,986,000원, ○○석유 16,340,000원)은 별도의 거래에 따라 그 대금이 별도로 지급된 사실이 각각 확인되므로 청구법인이 ○○건설(주)의 하수급인들에게 지급한 207,663,380원을 손금으로 추인함에 있어 손금에서 제외한 쟁점Ⅳ세금계산서 금액 중 그 대금을 별도로 지급한 사실이 객관적으로 확인되는 30,326,000원은 손금으로 추인할 금액에서 제외하여서는 아니될 것으로 판단된다.

○ 쟁점5에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 ○○군청이 발주한 ‘○○군 지표수 개발사업’과 관련하여 (주)○○건설과 2001년~2003년 사이 3회에 걸쳐 하도급계약을 각각 체결하였는 바, 2003년도 계약체결 내용을 보면 계약금액은 251,568,182원(공급가액), 계약기간은 2003. 9. 8.~2004.10.27.까지임이 확인되고 청구법인은 2003년도 계약분에 대하여 (주)○○건설로부터 2004년 제2기에 공급가액 172,228,209원의 매입세금계산서 3매(쟁점Ⅴ세금계산서)를 포함하여 총 255,977,272원의 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액 공제하였다.
• 나) 청구법인이 (주)○○건설과 체결한 하도급계약서 내용을 보면 공사명, 공사기간, 공사액에 대해서는 명시하고 있으나 대금지급에 관한 부분은 아무런 언급이 없음이 확인된다.
• 다) ○○군 지표수 개발사업과 관련하여 청구법인이 2004. 4.23. ○○군청에 제출한 ‘준공검사원’ 및 ○○군청의 2004. 5. 7.자 ‘준공검사조서’에는 공사명은 ○○지구 지표수 보강개발사업, 도급자는 청구법인이며, 계약금액은 699,087,000원, 계약일은 2003. 3. 8.이고 준공기한은 2004. 1.10. 준공일자는 2004. 4.23.로 기재되어 있음이 확인되므로 청구법인과 (주)○○건설과의 하도급공사 또한 2004. 4. 23.이 준공되었음을 알 수 있다.
• 라) 건설용역을 공급함에 있어 건설공사 기간에 대한 약정만 체결하고 대금지급기일에 관한 약정이 없는 경우에는 당해 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료된 때. 다만, 당해 건설용역 제공의 완료 여부가 불분명한 경우에는 준공검사일(부가가치세법 통칙 9-22-3)을 공급시기로 보는 것인 바, 쟁점Ⅴ세금계산서는 이 건 공사가 완공된 2004. 4.23. 이후에 발행된 것임이 확인되므로 쟁점Ⅴ세금계산서를 정당한 공급시기 이후에 발행된 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분청의 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.