대물변제 아파트의 가액을 분양가액으로 계산 등

○○세무서장이 2005. 1. 3. 청구법인에게 결정고지한 2000사업연도 법인세 71, 379,920원, 2001사업연도 법인세 477,093,900원, 2002사업연도 법인세 52,561, 170원은

1. 대물변제 받은 아파트가 청구법인이 장부에 계상하지 않은 청구법인의 자산으로 인정되므로 이와 관련된 경비 중에서 이자비용 등 2000사업연도에 11,354,437원, 2001사업연도에 72,260,097원, 2002사업연도에 34,377,232원을 추가로 손금산입합니다. 아파트 신축공사와 관련하여 실제 지출한 것으로 인정되는 경비 중에서 자재비 등 2000사업연도에 2,958,190원, 2001사업연도에 100,970,822원(감리비 25,630,000원은 접대비 한도액 계산함)을 추가로 공사원가에 산입하고, 처분청이 2001사업연도의 공사원가로 인정한 769,684,000원 중에서 2000사업연도에 369,452,000원, 2001사업연도에 400,232,000원을 원가로 배분하여 위의 아파트 신축공사에 대한 주문내용을 종합하여 작업진행률에 의하여 공사수익을 재계산합니다. 기타현장에 대한 노무비로 2000사업연도 9,000,000원, 2001사업연도 69,600,000원, 2002사업연도 18,800,000원을 추가로 공사원가에 산입하고 위 주문의 내용을 종합하여 과세표준과 세액을 경정하고, 그 결과에 따라 청구법인의 대표이사와 주주에게 각각 상여 및 배당으로 처분한 소득금액변동통지금액을 정정합니다.

2. ○○유통프라자 신축공사와 관련하여 공사투입금액으로 인정되는 금액 2001사업연도 36,088,181원, 2002사업연도 179,383,852원을 추가로 공사원가에 산입하고 위 주문1의 내용을 종합하여 각 사업연도 법인세의 과세표준과 세액을 경정합니다.

3. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 1995. 6.20. 토목공사건설업을 개업하여 현재까지 운영하고 있는 계속사업자로서 법정관리중인 (주)○○건설이 발주한 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○파크맨션 신축공사(이하 “쟁점공사1”이라 한다)를 시공한 청구법인에 대하여, 처분청의 조세범칙조사 결과, 청구법인의 각 공사현장별 가공노무비를 2000년 1,841,757,000원, 2001년 79,569,000원, 2002년 145,634,000원 합계 2,066,960,000원을 적출하고 공사원가에 반영하지 않은 재료비 등 769,684,000원(2000년 57,000,000원, 2001년 712,684,000원)을 손금산입한 후, 2005. 1. 3.자로 청구법인에게 2000사업연도 법인세 71,379,920원, 2001사업연도 법인세 477,093,900원, 2002사업연도 법인세 52,561,170원 합계 601,034,990원을 결정고지 하였고, 청구법인의 대표이사인 이○○와 주주인 노○○에게 각각 상여 및 배당 처분한다는 내용의 소득금액변동통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 3.18.이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 처분청은 청구법인이 (주)○○건설로부터 공사대금 중의 일부를 아파트로 대물변제 받았다 하여 분양가액으로 계산한 대물변제금액을 공사비와 상계하였으나, 건설업을 영위하는 사업자가 건설용역의 대가로 현물을 받는 경우 “당해 건설용역의 공급시기에 자기가 공급한 시가에 의하여 과세표준을 계산”한다고 규정하고 있으므로 쟁점공사에 대하여 자기가 공급한 용역의 시가로 공사수익을 계상하여야 한다.
• 나. 발주처인 (주)○○건설은 법정관리회사로서 당시 자금능력이 없어 청구법인이 공사비를 지출하였어야만 하였고, 청구법인 또한 자금의 여력이 없었으므로 대물변제 받은 아파트를 담보로 은행 대출을 받아 하도급공사비 등을 지급하려 하였으나 아파트 중도대출금은 개인만 가능하다고 하여 부득이 청구법인의 명의가 아닌 친인척의 명의를 차용하였으며, 그 후 대물변제 받은 아파트를 담보로 대출받은 금액도 전부 청구법인의 공사비에 사용하였으므로 대물변제 받은 아파트는 청구법인이 장부에 계상하지 않은 청구법인의 자산으로 보아야 한다.
• 다. 처분청이 2001사업연도의 법인세 과세표준 계산 시 추가로 공사원가 인정한 769,684,000원은 실질적으로 2000년에 410,644,500원, 2001년에 359,039,500원이 지출되었으므로 공사원가의 배분을 다시 하여야 하며, 당초 조사 시 인정받지 못한 공사 관련 경비 중 실제 쟁점공사1과 관련하여 지출되었음이 확인되는 금액 2000년 39,958,557원, 2001년 298,040,289원, 2002년 51,660,844원 합계 389, 659,690원을 공사원가에 포함하여 과세표준을 감액 경정하여야 한다.
• 라. ○○유통프라자 신축공사(이하 “쟁점공사2”라 한다)와 관련하여 구상권 행사 없이 공사를 포기하여 공사수익이 없었으므로 처분청이 작업진행률에 의하여 계산한 공사수익(2001년 162,694,727원, 2002년 279,577,991원 합계 442,272,718원)을 전액 익금불산입하고, 당시 ○○시장 재건축조합(이하 “조합”이라 한다)에서 공사진척도를 파악하기 위하여 (주)○○건설재해예방에 의뢰하여 평가한 공사투입금액 617,943,136원 중에서 결산서에 반영한 금액인 402,471,103원을 제외하고 나머지 215,472,033원만이라도 추가로 공사원가로 인정하여 과세표준을 감액 경정하여야 한다.

• 가. 부가가치세법 제13조 제1항 제2호 에서 과세표준을 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가로 규정하고 있는 바, 여기서 시가의 의미는 “특수관계에 있는 자 외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래한 가격”으로 해석하고 있음을 비추어 볼 때, 대물변제 받은 아파트의 분양가액이 이미 결정되어 시가를 적정하게 반영하고 있다 할 것이므로 대물변제금액을 공사수익으로 계상하여 결정한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다.
• 나. 부동산의 소유권이전은 부동산실권리자명의등기에 관한 법률에 의거 실질소유자 명의로 등기를 해야 하나 대물변제 받은 아파트를 대표이사와 주주 개인명의로 소유권이전 등기를 하였으며 청구법인의 자산으로 장부 및 결산서에 반영한 사실도 없어 청구주장은 받아들일 수 없다.
• 다. 청구법인이 주장하는 공사원가 중 쟁점공사1의 전력비는 현장별 전력비 원장에 4,084,010원(2000년 1,903,340원, 2001년 2,180,670원)이 이미 반영되어 ○○공사 ○○지점의 “전기요금납부실적증명서”에 의하여 납부한 것이 확인되는 전기요금 9,779,850원과의 차액인 5,695,840원을 추가로 공사원가 인정함이 타당하며, 처분청의 “쟁점2”의 주장과 같이 대물변제 받은 아파트는 청구법인의 자산이 아니므로 이와 관련된 비용 162,141,885원을 원가로 인정할 수 없고, 하자보수비 68,183,000원, 자재비 17,432,775원, 식대 19,355,700원 합계 104,971,475원은 어음을 수령․배서․할인한 내용을 확인 할 수 없는 등 객관적인 서류가 없어 관련비용을 인정할 수 없으며, 각 공사현장의 현장소장에 대한 임금 112,400,000원은 각 공사현장별 작업일보, 월별 임금지출결의내용과 금융거래내용 등에 대한 구체적인 증거서류가 없으므로 청구법인의 원가로 인정할 수 없다. 또한, 쟁점공사1은 2001년 5월에 준공되었으며 처분청이 추가로 인정한 공사원가는 대부분 아파트가 준공되기 전의 마무리공사이고 단기공사로 완성도에 따라 손익의 귀속연도를 결정하는 것이므로 처분청의 당초 처분은 정당하다.
• 라. 청구법인이 구상권 행사 없이 쟁점공사2에 대한 채권을 포기했다는 이유로 공사수익을 차감할 수는 없으며, 오히려 약정에 의한 채권포기액은 기부금 또는 접대비(법인세법기본통칙 34-62-5)로 보는 것이고, 또한 이와 관련된 공사원가를 인정할 만한 공사관련계약서, 기성금 지출에 대한 정산서 및 어음 및 당좌수표의 배서내용을 확인할 수 없는 등 청구주장을 뒷받침할 만한 구체적인 증거서류가 없을 뿐만 아니라 신고 누락한 관련원가를 인정한다면 이에 대응하는 공사수익을 재산정하여야 하므로 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점

1. 아파트 신축공사 대금으로 받은 대물변제 아파트의 가액을 분양가액으로 계산하여 공사비와 상계한 처분이 정당한지의 여부

2. 대표이사와 주주 개인명의로 소유권이전 등기한 대물변제 받은 아파트를 청구법인의 자산으로 볼 수 있는 지의 여부

3. 장부에 계상하지 않은 아파트 신축공사 관련 경비를 각 사업연도의 손금으로 인정할 수 있는지의 여부 및 처분청에서 추가로 공사원가 인정한 769,684,000원에 대한 원가배분이 정당한지의 여부

4. ○○유통프라자 신축공사 중 구상권 행사 없이 합의에 의해 공사계약을 해지한데 대하여 공사수익을 없는 것으로 볼 것인지의 여부와 장부에 계상하지 않은 경비를 각 사업연도의 손금으로 인정할 수 있는지의 여부

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 (이하생략)

○ 법인세법시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. (이하생략)

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (1998.12.28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (1998. 12.28. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998.12.28. 개정)

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 (1998.12.31. 개정)

3. 인건비 (1998.12.31. 개정)

7. 차입금이자 (1998.12.31. 개정)

10. 제세공과금 (1998.12.31. 개정)

18. 제1호 내지 제17호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속 사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998.12.28. 개정)

○ 법인세법시행령 제69조 【용역제공 등에 대한 손익의 귀속 사업연도】

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수 일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. (이하생략)

○ 법인세법기본통칙 34-62…5 【약정에 의한 채권포기액의 대손처리】 약정에 의하여 채권의 전부 또는 일부를 포기하는 경우에도 이를 대손금으로 보지 아니하며 기부금 또는 접대비로 본다. 다만, 특수관계자 외의 자와의 거래에서 발생한 채권으로서 채무자의 부도발생 등으로 장래에 회수가 불확실한 어음․수표상의 채권 등을 조기에 회수하기 위하여 당해 채권의 일부를 불가피하게 포기한 경우 동 채권의 일부를 포기하거나 면제한 행위에 객관적으로 정당한 사유가 있는 때에는 동 채권포기액을 손금에 산입한다. (2001.11. 1. 개정)

○ 법인세법기본통칙 40-69…4 【공사계약의 해약에 따른 수입금액 계산】 건설업을 영위하는 내국법인의 소득금액을 계산함에 있어서 당초 작업진행률에 의하여 계상한 수입금액이 공사계약의 해약으로 인하여 수입금액으로 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1998.12.31. 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 (1998.12.31. 개정)
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계 및 판단

○ “쟁점1”에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제13조 제1항 제2호 에서 과세표준을 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가로 규정하고 있고, 법인세법시행령 제89조 제1항 에 시가를 “당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격”으로 규정되어 되어 있는 바, 대물변제 받은 아파트에 대한 분양금액이 이미 일반 대중들에게 공개되어 있어 그 금액은 제3자간에 거래되는 일반적인 가격이라고 할 것이므로 분양금액을 대물변제금액으로 하여 공사비와 상계한 이 건에 대하여는 대물변제금액을 공사수익으로 계상함이 타당하다고 판단된다.

○ “쟁점2”에 대하여 살펴본다.

• 가) 대물변제 받은 아파트가 청구법인의 대표이사인 이○○와 주주인 노○○의 명의로 소유권 이전되었음이 등기부등본에 의하여 확인되고, 그 중 52세대를 임대하였음이 처분청이 제출한 자료에 의하여 확인된다.
• 나) 청구법인은 자금난으로 인하여 자금을 융통하고자 계약자의 이름으로 아파트 중도대출을 하여 공사대금 등에 사용하였고, 소유권이전 등기 시 청구법인의 명의로 등기를 하면 아파트 중도대출금을 상환하여야만 하므로 부득이 청구법인의 대표이사인 이○○와 주주인 노○○의 개인명의로 소유권이전 등기할 수밖에 없었다고 진술하고 있다.
• 다) 2000. 8.20.에 개최한 이사회의 의사록에는 “○○시 ○○동 ○○파크맨션 신축공사와 관련하여 시행사인 ○○건설로부터 공사대금으로 수령한 대물세대를 법인소유로 중도금대출을 받을 수 없으므로 일시적으로 다수의 개인명의로 중도금 대출을 받아 공사비로 충당키로 함”으로 되어 있고, 2001. 7. 5.에 개최한 이사회의 의사록에는 “2000. 8.30.자로 동의한 개인명의의 아파트 대물세대를 준공 후 대표이사인 이○○, 주주 노○○으로 명의 변경함”으로 기재되어 있다.
• 라) 당시 대물변제 받은 아파트(○○파크맨션아파트에서 2001. 8.23.에 ○○아파트로 명칭 변경)를 분양 및 임대하기 위한 청구법인의 홍보물을 보면, “○○아파트 잔여세대 분양 및 임대”라고 표기되어 있고, 청구법인은 ○○아파트관리사무소를 수신자로 하고, 제목을 ‘○○아파트 분양 및 임대 협조건’으로 하여 2001. 7.10.(○○제01-23호) 및 2001. 8.16.(○○제01-37호)에 “당사에서 시행사인 ○○건설로부터 공사대금으로 수령한 아파트 대물세대의 분양 및 임대실적이 저조하여 당사로서 운영상 어려움이 따르므로 귀 관리사무소에서도 분양 및 임대에 대한 협조를 부탁드립니다.”라는 내용으로 공문을 발송한 사실이 확인된다.
• 마) 청구법인의 대표이사 이○○는 2001. 8.13.에 ○○시 ○○구청에 임대사업자등록을 하였고, 주주 노○○은 2001. 8.14.에 ○○시 ○○구청에 임대사업자등록 하였으며, 2001. 8.18.에 각각 주소지관할세무서에 주거용건물임대업으로 사업자등록하였음이 확인된다.
• 바) 당시 청구법인은 ○○아파트의 분양이 저조하자, 계약자에게 아파트 중도금 무이자대출을 하였고 대출금은 ○○은행 ○○지점이 발주처인 (주)○○건설에 지급하였으며, 그 중 일부인 962,000,000원을 청구법인으로 타행환 송금하였음이 금융자료(○○은행 ○○지점 000-000-000000)에 의하여 확인되고, 임대한 아파트의 임○○증금으로 아파트 중도대출금 1,219,477,156원을 상환하였음이 청구법인이 제출한 금융자료에 의하여 확인된다.
• 사) 살피건대, 청구법인이 부동산실권리자명의등기에 관한 법률을 위반한 사실과 대물변제 받은 아파트를 임대함으로써 발생하는 임대수입 수수료에 대한 과세부분은 별론으로 하고, 당초 청구법인이 대물변제 받은 아파트를 분양 및 임대하기 위한 홍보물과 관리사무소에 발송한 공문의 내용을 종합하여 보면, 대물변제 받은 아파트가 청구법인의 책임 하에 ‘분양 및 임대’가 이루어짐을 알 수 있고, 청구 외 이○○와 노○○이 관할구청에 임대사업자등록을 한 이후에도 청구법인이 아파트의 ‘임대’를 독려하였음이 청구법인이 ○○아파트관리사무소에 보낸 공문에 의해서도 확인되며, 처분청의 조사서에 아파트중도대출금 및 아파트 담보대출금이 쟁점공사1의 하도급공사비 등에 사용하였다고 적시하고 있으며, 청구법인의 이사회의사록에도 공사대금으로 수령한 대물세대를 법인소유로 중도금대출을 받을 수 없어 일시적으로 개인명의를 차용하였다는 내용이 있어 대물변제 받은 아파트가 비록 대표이사인 이○○와 주주인 노○○의 개인명의로 소유권이전 등기되었다 하더라도 실질적으로 장부에 계상하지 않은 청구법인의 자산이라는 청구주장은 신빙성이 있어 보인다.

○ “쟁점3”에 대하여 살펴본다.

• 가) 대물변제 받은 아파트와 관련하여 청구법인이 장부에 계상하지 않은 경비를 손금으로 인정하여 달라고 주장하는 바, 그 내용은 다음과 같다.

(1) 쟁점아파트의 관련비용 구분 지출내역 총계 2000 2001 2002 이자비용 중도대출금 11,354,437 61,120,377 72,474,814 이○○ 대출금 17,084,998 17,084,998 노○○ 대출금 13,530,264 13,530,264 소계 11,354,437 61,120,377 30,615,262 103,090,076 세금과 공과 취득세 3,989,600 4,651,200 8,640,800 등록세 14,303,040 14,303,040 재산세 등 1,182,000 3,761,970 4,943,970 소계 19,474,640 8,413,170 27,887,810 법무사비용 등록세 11,206,080 11,206,080 기타 9,957,720 9,957,720 소계 21,163,800 21,163,800 총계 11,354,437 101,758,817 39,028,432 152,141,686

(2) 부동산을 취득할 때 부담하는 취득세와 등록세는 부동산취득의 부대비용으로 인정하여 유형자산의 취득가액에 합산하여 감가상각대상자산의 경우에는 감가상각비 계산의 절차에 따라 손금에 산입하고 감가상각대상자산이 아닌 경우에는 당해부동산을 양도할 때 손금에 산입하게 되므로 청구법인이 대물변제 받은 아파트를 취득할 때 부담한 이 건 취득세와 등록세 34,149,920원(2001년 29,498,720원, 2002년 4,651,200원)은 손금불산입함이 타당하다고 판단된다.

(3) 나머지는 위의 조사내용과 같이 대물변제 받은 아파트가 청구법인의 자산으로 인정되므로 이와 관련된 비용 117,991,766원(2000년 11,354,437원, 2001년 72, 260,097원, 2002년 34,377,232원)을 손금산입함이 타당하다고 판단된다.

• 나) 청구법인이 장부에 계상하지 않고 지출하였으나 신고 누락하였다고 주장하는 공사원가는 다음과 같다. 항목 상호 세무서 신고금액 실제 투입금액(01년) 신고 누락금액(01년) 비고 하자보수

① ○○산업 6,000,000 6,000,000 어음 안전진단비

② ○○안전협회 6,250,000 6,250,000 어음 감리비(추가)

③ (주)○○E.N.G 84,370,000 112,563,000 28,193,000

○○건설확인서 아스코포설비

④ 장○○ 3,540,000 3,540,000 당좌수표 장비대

⑤ ○○중기 1,650,000 1,650,000 당좌수표 폐기물처리

⑥ ○○산업 5,000,000 5,000,000 당좌수표 장비대

⑦ 덤프 12,550,000 12,550,000 지출결의서 석공사

⑧ ○○석재 20,000,000 25,000,000 5,000,000 어음 목재

⑨ ○○건재 5,994,000 23,426,775 17,432,775 어음 식대

⑩ ○○식당 19,355,700 19,355,700 확인서,결의서 전력비

⑪ ○○공사 4,084,010 12,584,410 8,500,400(00년,01년) 영수내역 현장소장임금

⑫ 정○○외5 24,000,000(00년) 24,000,000(00년) 확인서 69,600,000(01년) 69,600,000(01년) 18,800,000(02년) 18,800,000(02년) 계 114,448,010 340,319,885 225,871,875

(1) 청구법인이 제출한 어음이면의 배서 내용 및 동 어음의 어음번호와 ○○은행의 어음계좌명세의 어음번호가 일치하는 점으로 보아 어음에 대한 신뢰성이 있으므로 어음 및 당좌수표와 청구법인의 지출/대체결의서에 의하여 실제 지급하였음이 확인되는 ①～②, ④～⑨ 자재비 등 52,202,522원(공급가액)을 공사원가로 인정함이 타당하다고 판단되고,

(2) ③ (주)○○건설은 (주)○○엔지니어링과 쟁점공사1에 대하여 감리계약을 체결하고 감리비를 지급하여 왔으며, 공사지연으로 인한 추가 감리비에 대하여 공급자를 (주)○○엔지니어링, 공급받는 자를 (주)○○건설로 하여 공급가액 25,630,000원의 매입세금계산서를 수취하였으나, (주)○○건설의 지출결의서에 의하면 청구법인에서 직접 도급금액을 지급한다고 기록되어 있고, (주)○○건설의 대표이사인 박○○는 발주처인 (주)○○건설이 지급해야 할 감리비를 청구법인이 대신 (주)○○엔지니어링에 28,193,000원(공급대가)을 지급하였다고 확인하고 있어 실제 청구법인이 (주)○○엔지니어링에 감리비를 지급한 것으로 보이나, 법인이 거래선 확보를 위하여 기존 거래법인의 채무를 대신 부담한 금액은 접대비에 해당하는 것(심사법인2001-134, 2001.12.21.)이므로 접대비 한도액을 계산하여 한도초과액을 손금불산입함이 타당하다고 판단되며,

(3) ⑩ 청구법인이 ○○식당(○○식당)에 일용노무자의 식비로 17,596,090원(공급가액)을 지급하였음이 청구법인의 현장관리비 및 지출/대체결의서, ○○식당 정○○의 확인서에 의하여 확인되므로 공사원가에 가산함이 타당하고,

(4) ⑪ 쟁점공사의 전력은 2000년 7월부터 (주)○○건설에서 청구법인으로 명의가 이전되었음이 확인되고, 청구법인이 12,584,410원(2000년 4,861,530원, 2001년 7,722,880원)의 전기요금을 납부한 사실이 ○○공사 ○○지점의 “전기요금납부실적증명서”에 의하여 확인되고 있으므로 청구법인의 공사현장별 전력비 원장에 반영한 금액 4,084,010원(2000년 1,903,340원, 2001년 2,180,670원)과의 차액인 8,500,400원(2000년 2,958,190원, 2001년 5,542,210원)을 공사원가로 인정하여야 하며,

(5) ⑫ 각 공사현장을 담당하는 지방자치단체에 정○○, 최○○, 이○○, 황○○, 임○○, 전○○(이하 “정○○ 외 5인”이라 한다)의 ‘현장관리인계’가 제출되어 있어 실제 근무하였음이 확인되고 있고, 정○○외 5인의 근무사실확인원을 제출하고 있으며, 그 중 정○○은 청구법인이 제출한 재직증명서에 2000. 9.19.에 입사(청구법인은 2000. 4.부터 노무비 청구)하여 매월 2,000,000원을 수령한 것으로 되어 있고, 최○○은 2000. 9.26.에 입사(청구법인은 2000. 4.부터 노무비 청구)하여 매월 1,000,000원을 수령한 것으로 되어 있고, 당심이 정○○외 5인에 대하여 청구법인에서 근무한 사실 등을 우편에 의한 질문으로 조회한 바, 정○○과 최○○, 전○○, 황○○은 청구법인의 각 공사현장에서 근무하였다는 내용으로 회신되었으며, 임○○은 조사자와의 전화통화에서 청구법인의 공사현장에서 근무한 사실을 시인하고 있어 실제 근무한 사실이 확인되는 정○○ 외 5인의 노무비 97,400,000원(2000년 9,000,000원, 2001년 69,600,000원, 2002년 18,800,000원)을 손금산입함이 타당하다고 판단된다.

• 다) 처분청이 2001사업연도 법인세 과세표준 계산 시 추가로 공사원가 인정한 769,684,000원 중에서 410,644,500원을 2000년 사업연도의 공사원가로 배분하여야 한다고 주장하고 있는 바, 그 내용은 다음과 같다. (단위: 천원) 항목 거래처 신고 누락금액 착공일 준공일 청구법인배분액 검토내용 2000 2001 2000 2001 골조공사

○○건설 30,976 1999 2000.03. 30,976 30,976 ALC블럭공사

○○공사 60,767 1999 2000.07. 60,767 60,767 창호공사

○○샤시 33,653 1999.10. 2000.12. 33,653 33,653 승강기공사

○○엘리베이터 45,672 2000.06. 2000.12. 45,672 45,672 조명공사

○○조명 55,000 2000.12. 2001.01. 27,500 27,500 55,000 상가골조

○○건설(주) 18,240 2000.12. 2001.01. 9,120 9,120 18,240 방수공사

○○기업 52,000 2000.06. 2000.11. 52,000 52,000 위생기구

○○설비 81,500 2000.06. 2000.11. 81,500 81,500 폐기물

○○환경산업 9,145 2000.05. 2001.05. 4,573 4,572 4,573 목재

○○건재 5,994 2000.10. 2000.12. 5,994 5,994 재료분리대

○○산업 1,890 2000.10. 2000.10. 1,890 1,890 노무비 노무비 57,000 57,000 계 394,837 410,645 41,192 369,452 77,813 ※ 용역의 공급 시기는 용역의 제공완료일이므로 공사계약서의 준공일을 기준으로 원가배분함.

• 라) 위 조사내용을 종합하여 보면, 신고누락분 손금 및 공사원가와 처분청이 추가로 공사원가 인정한 769,684,000원의 원가배분액은 다음과 같다. 구분 2000년 2001년 2002년 계 쟁점아파트 비용(손금) 11,354,437 72,260,097 34,377,232 117,991,766 쟁점공사1 비용(원가) 2,958,190 100,970,822 103,929,012 769,684천원의 원가배분액(원가) 369,452,000 400,232,000 769,684,000 기타현장의 노무비 9,000,000 69,600,000 18,800,000 97,400,000 계 392,764,627 643,062,919 53,177,232 1,089,004,778

○ “쟁점4”에 대하여 살펴본다. 청구법인은 조합과 법정공방 끝에 공사계약이 해지되어 공사수익이 없었으므로 작업진행률로 계산한 2001년 공사수익 162,694,727원과 2002년 공사수익 279,577, 991원 합계 442,272,718원을 익금불산입하고, 당시 조합에서 공사진척도를 파악하기 위하여 (주)○○건설재해예방에 의뢰하여 공사투입금액으로 확인된 금액 617, 943,136원 중에서 결산서에 반영한 금액인 402,471,103원을 제외하고 나머지 215,472,033원만이라도 추가로 공사원가로 인정하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 쟁점공사2를 요약하여 살펴보면, o 신축공사 도급계약 (2001. 4.18.)

• 계약금액: 4,999,000,000원

• 공사기간: 2001. 4.10. ～ 2002.12.30. o 청구법인의 신축공사 관련 회계처리 (작업진행률에 의함)

• 공사수익: 2001년 162,694,727원, 2002년 279,577,991원

• 공사원가: 2001년 148,449,700원, 2002년 254,021,403원

• 2002. 3.20. 300,000,000원 수령하여 이주비 188,619,000원과 설계비 73,500, 000원을 정산함. o 2002. 8.23. 조합은 공사 중지할 것을 통보 o 2002. 9.10. 금회기성액 1,020,000,000원 지급 청구 o 2002.10.29. 조합은 공사진척도 부진 사유로 공사도급해지 통보 o 2002.11.22. 청구법인은 ‘공사도급계약해지무효확인의 소’ 제기 o 2003. 4.30. (주)○○건설재해예방의 공정률 진단

• 공사투입금액 679,000,000원(부가가치세 포함), 공정률 13.59% o 2003. 9. 1. 공사재개 합의 o 2004. 2.17. 조합은 공사이행지체손해배상금 400,000,000원 청구소송 제기 o 2004. 3.25. 조합은 계약보증금 499,900,000원 청구소송 제기 o 2004. 5.27. 양당사자 간 포기각서로 합의 o 2004.12. 8. 조합은 ○○종합건설(주)와 신축공사 재계약(계약금 6,050,000,000원)하여 현재 공사진행 중임

• 나) 쟁점공사2와 관련하여 도급자는 조합, 수급자는 청구법인, 계약금액은 4,999, 000,000원, 공사기간은 2001. 4.10. - 2002.12.30.으로 하여 2001. 4.18.에 계약한 사실이 청구법인이 제출한 건축공사표준계약서 사본에 의하여 확인된다.
• 다) 청구법인은 쟁점공사2의 공사기간 전부터 조합원에 대한 이주비 215,670,050원과 조합에서 지급해야 할 ○○건축사사무소에 대한 설계비 73,500,000원을 대여하고 결산서상에는 선급금으로 회계처리 하였는 바, 2002. 3.20. 조합으로부터 300,000,000원을 수령하여 188,619,000원의 이주비와 설계비 73,500,000원을 정산하였다.
• 라) 쟁점공사2는 2000.11.25.에 건축허가를 득하여 2001.11. 5.에 착공신고를 하고 공사를 시작하였으나, 설계감리자(○○건축사)와의 분쟁 등으로 여러 차례 공사가 중단되고, 결국 2002.10.29. 조합이 공사도급계약 해지통보 하였음이 확인된다.
• 마) 쟁점공사2와 관련하여 청구법인은 2002. 9.10.에 1,020,000,000원의 금회기성액을 지급할 것을 조합에 요구하였으나, 조합은 기성액을 확정하지 않고 오히려 청구법인이 공사제반서류를 미제출하고 공사진척도가 부진하다 하여 2002.10.29. 청구법인에게 공사도급을 해지하는 통보를 하였고, 이에 대하여 청구법인은 2002. 11.22. ‘공사도급계약해지무효 확인의 소’를 제기하였으나, 2003. 9. 1.에 청구법인이 2004. 2. 7.까지 공사를 재개하기로 하여 상호간에 합의하였다.
• 바) 조합은 청구법인이 ‘공사도급계약해지무효 확인의 소’를 제기하자 공사진척도가 부진하여 부득이 공사도급을 해지하게 되었다는 사유를 증명하고 ○○지방법원 ○○지원의 증거자료로 제출하기 위하여 (주)○○건설재해예방에 진단을 의뢰하였는 바, 그 결과 2003. 4.30. 현재 공사투입금액이 679,737,450원(부가가치세 포함)이고, 도급금액 대비 공정률은 13.5975%로 조사되었음이 확인된다.
• 사) 청구법인의 쟁점공사2에 대한 2001사업연도의 공사원가 중에서 (주)○○토건이 발행한 2001년 제2기의 매입세금계산서 금액 26,818,181원(공급가액)과, 실제로 공사와 관련하여 지출하였음이 확인되는 공제조합보증료 6,870,000원, ○○지질에 송금한 금액 2,400,000원(공급가액) 합계 36,088,181원을 공사원가에 반영하지 않은 사실이 확인된다.
• 아) 청구법인이 서로 합의한 2004. 2. 7.까지 공사를 재개하지 못하자, 조합은 청구법인의 공사이행지체로 인한 입주자에 대한 손해배상금을 400,000,000원으로 하여 2004. 2.17. ‘손해배상 청구의 소’를 제기하였음이 확인된다.
• 자) 청구법인과 조합은 2004. 5.27. 양당사자 간에 포기각서를 작성하였는 바, 청구법인이 조합장 앞으로 작성한 ‘포기각서’에는 “귀 조합의 재건축사업추진 및 공사계약과 관련하여 급부한 재경비, 투자비, 기타 모든 채권을 포기하고 없는 것으로 하며 그 후 어떠한 법적, 사실적 쟁송과 청구 및 이의를 제기하지 않겠으며 이 사실을 확증하기 위하여 아래와 같이 서명 날인 각서 합니다.”라고 기재되어 있음이 확인된다.
• 차) 2004.12. 8.에 조합과 ○○종합건설(주)간에 계약금액 6,050,000,000원(부가가치세 포함), 공사기간은 2004.12.20. - 2006. 2.28.로 하여 공사도급계약을 다시 체결하고 현재까지 공사진행 중인 사실이 확인된다.
• 카) 살피건대, 청구법인은 조합에 1차 기성금으로 1,020,000,000원을 청구하였다고는 하나 조합이 기성금 1,020,000,000원에 대하여 정확한 기성금액이라는 정산 및 확인을 하지 않아 채권금액이 확정되었다고 보기 어렵고(대법원2001두7657 2002.10.11.), 도급계약서에는 청구법인이 쟁점공사2를 2002.12.30.까지 준공하기로 되어 있으나, 계약서에 기재된 대로 이행하지 못하였으며, 결국 조합으로부터 공사이행지체에 따른 손해배상 청구의 소를 제기 당하여 조합과 합의를 하여야 할 필요성이 있었다고 인정되고, 또한, 청구법인과 조합 사이에 체결된 도급계약이 해지되어야 추후 다른 건설업체와 공사도급계약을 다시 체결할 수 있는 것이므로 청구법인이 쟁점공사2를 완성하지 못하고 중간에 공사를 포기하여 2004.12. 8.에 조합과 ○○종합건설(주) 사이에 도급계약을 다시 체결하고 공사진행 중인 이 건에 대하여는 비록 포기각서에는 “모든 채권을 포기한다.”라고 기재되어 있지만, 실질적으로는 도급계약을 해지한 것이라고 판단되며, 이 건의 경우는 처분청의 주장처럼 약정에 의한 채권의 포기라 하더라도 일반적인 거래처에 대한 일방의 채권포기와는 달리 이해관계가 대립되는 양당사자 간 채권, 채무 및 조합의 청구법인에 대한 손해배상 청구 등으로 인하여 청구법인은 ‘모든 채권을 포기하는 것’으로 하고, 조합은 이미 지급한 ‘시공비, 계약보증금 청구 및 손해배상 청구의 소’를 취하하는 것으로 하여 상호간에 포기각서를 작성하였는 바, 단순히 채권을 포기함으로써 일방에게 이익을 주어 상대방에게 접대한 경우인 접대비로 보기는 어렵다(국심98서1907, 1999. 3.16.)고 판단된다. 따라서 위의 조사내용과 같이 공사도급계약이 해약되었고 실제로 조합이 공사도급계약해지를 통보한 2002.10.29.에 공사를 중단하였다고 판단되며, 쟁점공사2에 대하여 조합이 기성고 검사를 한 사실이 없어 상호간에 기성고 금액의 확정을 보지 못하였을 뿐만 아니라, 청구법인의 기성금액 청구와 조합의 손해배상청구금액 등에 대하여 별도로 정산합의금을 확정도 하지 아니한 체 상호간의 포기각서로 공사계약이 해지된 이 건에 대하여 청구법인은 쟁점공사2의 공사수익이 없으므로 당초 작업진행률에 의하여 계산한 공사수익 2001사업연도 162,694,727원과 2002사업연도 279,577,991원 합계 442,272,718원을 소급하여 익금불산입하여야 한다고 주장하지만, 법인세법기본통칙 40-69…4에 건설업을 영위하는 내국법인의 소득금액을 계산함에 있어서 당초 작업진행률에 의하여 계상한 수입금액이 공사계약의 해약으로 인하여 수입금액으로 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.고 규정하고 있고, 공사계약이 해약되었더라도 당초 청구법인 스스로 작업진행률로 계산한 공사수익을 익금에 산입하여 각 사업연도 법인세 과세표준을 신고하였으므로 이를 소급하여 당초의 공사수익을 “0”으로 할 수는 없는 것이며, 공사수익에 대응하여 (주)○○건설재해예방에서 공사투입금액으로 인정한 617,943,136원(공급가액) 중에서 청구법인이 당초 결산서에 반영한 402,471,103원과의 차액인 215,472,033원을 추가로 공사원가에 산입하되 용역의 제공이 완료된 날의 사업연도에 귀속시켜 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.