과세・면세 겸영사업자의 공통매입세액안분계산

○○세무서장이 2005. 1. 5. 청구법인에게 경정고지한 2002년 제2기분 부가가치세 166,854,380원의 부과처분은 아래와 같은 방법으로 공통매입세액을 정산하여 재경정하고 나머지 청구는 기각한다.

1. 사업장 건물 총연면적 1,934㎡를 과세사업 사용면적 337.2㎡, 면세사업 사용면적 252.9㎡, 과세․면세사업 공통사용 면적 1,343.9㎡으로 구분하고 2002년 제1기에 건물 신축과 관련하여 매입세액으로 공제한 85,945,545원을 각 사용면적에 따라 안분계산하고 과세․면세 공통면적에 해당하는 매입세액은 2002년 제2기의 총공급가액 742,902,000원에 대한 과세 공급가액 68,676,000원과 면세 공급가액 674, 226,000원의 비율로 각각 안분계산한다.

2. 기계장치 설비투자 관련 매입세액 중 2002. 4. 5.자 매입세액 5,454,546원과 2002. 6.24.자 매입세액 16,122,727원 합계 21,577,273원은 전액 매입세액으로 공제한다.

청구법인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지를 소재지로 하여 부가가치세법상 면세사업인 농산물 도매업과 과세사업인 수탁 농․수산물 냉장․건조, 보관업을 영위할 목적으로 2002. 3.15. 사업자등록하고, 사업에 필요한 사업장건물을 신축하고 사업 설비공사를 완료하였으며 2002년 제1기 부가가치세 확정신고 시 동 시설투자와 관련한 매입세액 171,107,986원과 기타 매입분 매입세액 1,677,600원 합계 172,785,586원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급 신고하였으나 처분청은 청구법인의 환급신고에 대해 환급현지확인 조사를 실시하여 쟁점 매입세액을 과세사업과 면세사업에 구분하여 귀속시킬 수 없어 청구법인의 사업계획서상의 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율에 따라 안분계산하여 면세사업과 관련된 매입세액 42,136,232원을 불공제한 후 2003. 1.31. 납기로 가산세를 포함하여 2002년 제1기분 부가가치세 46,349,855원을 과세하였다.

○○지방국세청의 정기종합감사 결과 청구법인은 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정된 2002년 제2기에 쟁점매입세액을 정산하여 신고하여야 함에도 이를 이행하지 않았음이 지적되어 처분청은 추가로 매입세액 114,676,556원을 불공제하고 가산세를 포함하여 2002년 제2기분 부가가치세 166,854,380원을 2005. 1. 31. 을 납부기한으로 정하여 부과처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 2.18. 이의신청을 제기하였다.

1. 사업장 건물은 과세사용 면적과 면세사용 면적 및 공통사용 면적이 구분되고, 부속건물인 저온저장고 또한 과세사업장으로 사용하고 있으므로 쟁점매입세액 중 건물신축 관련 매입세액을 사용면적에 의하여 안분계산하여야 한다.

2. 과세사업을 위해 매입한 기계장치 설비투자와 관련한 매입세액 52,632,180원은 공통매입세액 안분계산 없이 전액 매입세액으로 공제되어야 한다.

사업장 건물이 과세사업과 면세사업별로 그 용도가 불분명하고 과세사업에만 사용한다고 주장하는 저온저장창고도 과세․면세사업 사용구분이 불분명하고 또한 청구법인이 과세사업에만 사용한다는 기계장치는 모두 저온저장창고에 부속되는 기계장치로 과세․면세사업 사용구분이 불분명하므로 쟁점매입세액을 과세․면세 공급가액 비율에 의하여 정산한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 과세․면세 겸영사업자의 신축 건물 및 기계장치 설비투자 등에 관련된 공통매입세액을 과세․면세 공급가액 비율에 의해 안분계산하여 정산한 당초 처분이 정당한 처분인지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 다음 각호의 세액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다(개정 92.12.31. 단서신설) 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.(개정 95.12.30.)

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세법 시행령 제61조 의 2 【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용 면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 { 총공통매입세액 × (1 - 󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏) - 기공제세액 } 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 { 총공통매입세액 × (1- 󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏) - 기공제세액 } 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총사용면적

• 다. 사실관계 및 판단

1. 먼저, 청구법인의 2002년도 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인한 부가가치세 신고내역과 고정자산 매입내역은 다음과 같다.

• 가) 부가가치세 신고내역 (단위: 원) 과세기간 매 출 (세금계산서) 매 입 납부(환급) 세 액 계 일 반 고정자산

2002. 1기

• 1,727,856,006 16,776,000 1,711,080,006 △172,785,586

2002. 2기 68,676,000 52,402,775 34,675,502 17,727,273 2,240,401 ※ 청구법인의 2002년도 면세분 매출 신고금액은 674,226,000원임.

• 나) 청구법인의 2002년 1기분 고정자산 매입내역 (단위: 원) 설비종류 매입일자 품명 및 내역 공급가액 매입세액 비 고 건설중인자산

2002. 4.10. 건축공사 131,818,180 13,181,818 “청구주장 1“ 과 관련 건설중인자산

2002. 4.29. 판넬 45,454,545 4,545,454 건설중인자산

2002. 5.21. 건축공사 505,454,550 50,545,455 건설중인자산

2002. 6.10. 건축공사 176,727,273 17,672,727 소 계 859,454,548 85,945,454 기계장치

2002. 4. 1. 농산물 저온파래트 40,909,091 4,090,909 “청구주장 2“ 와 관련 기계장치

2002. 4. 5. 저온저장고설비 63,636,363 6,363,636 기계장치

2002. 4. 5. 냉풍건조기설비 54,545,454 5,454,545 기계장치

2002. 6.24. 냉동기기 206,003,636 20,600,363 기계장치

2002. 6.24. 냉풍건조기 161,227,273 16,122,727 소 계 526,321,817 52,632,180 기 타 325,303,641 32,530,362 총 계 1,711,080,006 171,107,996

2. 처분청은 사업장건물이 과세사업과 면세사업에의 사용 구분이 불분명하므로 쟁점매입세액을 과세․면세 공급가액 기준으로 정산하여 면세관련 매입세액을 계산하였으나 청구법인은 이 건물의 용도별 사용 면적이 과세사업 사용면적, 면세사업 사용면적, 과세․면세사업 공통사용 면적으로 구분되므로 쟁점매입세액을 사용면적 기준으로 정산하여 면세관련 매입세액을 계산하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 사업장 건물의 건축물대장과 청구법인이 제시한 건축물 면적표, 현지확인 결과 확인된 사업장 건물의 용도별 사용현황은 아래 표와 같다. (사업장 건물의 사용 용도별 명세) (단위: ㎡) 구분 건축물대장 청구법인 주장 현지확인 비고 용도 면적 용도 (과․면세 구분) 면적 용도 (과․면세 구분) 면적 주건물 공 장 사무소 식 당 숙 소 (구체적 면적 구분 내역 없음) 1,276.13 주택 (공통사용) 56.2 주택 (공통사용) 56.2 사무실 (공통사용) 196.7 사무실 (공통사용) 196.7 냉동보관창고 (과세사업) 337.2 냉동보관창고 (과세사업) 337.2 멸치 건조․ 보관창고 마늘탈피공장 (면세사업) 252.9 마늘탈피공장 (면세사업) 252.9 공통사용통로 (공통사용) 417.6 공통사용통로 (공통사용) 417.6 소 계 1,276.13 1,260.6 1,260.6 부속건물 저온저장고 676.65 냉동보관창고 (과세사업) 673.4 저온저장고 (공통사용) 673.4 농산물 보관창고 총 계 1,952.78 1,934 1,934
• 나) 위와 같이 사업장 건물의 주건물은 청구법인이 주장하는 바와 같이 면세사업에 사용하는 마늘탈피공장, 과세사업에 사용하는 냉동보관창고, 과세․면세사업에 공통으로 사용하는 주택, 사무실, 통로로 구분되어 사용되고 있음이 확인된다.
• 다) 다만, 청구법인은 부속건물에 대해서 타인으로부터 수탁 받은 농산물을 보관하기 위한 저온냉동창고(이하 “저온저장고”라고 한다.)로 과세사업에만 사용된다고 주장하나 저온저장고의 입․출고의 내용을 알 수 있는 장부를 제시하지 못하고 있고 청구법인의 2002년 제2기 매출액은 마늘 매출액 674,226,000원(면세), 다진마늘 매출액 19,700,000원(과세), 멸치 건조․보관용역 매출액 48,976,000원(과세)으로 청구법인이 주장하는 마늘 등의 농산물 보관수수료 수입은 전혀 없음이 청구법인의 매출장에 의해 확인되므로 저온저장고가 타인으로부터 수탁 받은 농산물만을 보관하는 창고로는 보여지지 않으며 필요에 따라 언제든지 청구법인이 직접 매입한 농산물도 저장할 수 있는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 창고로 볼 수밖에 없다.
• 라) 위 관계법령 및 사실관계를 종합하여 보면 이 건 사업장건물의 신축에 따라 발생된 총매입세액을 사용 면적이 확정된 과세, 면세분은 부가가치세법 시행령 제61조의 2 제2호(사용면적 비율)의 규정에 따라 총매입세액에 대하여 면적비율로 정산하고 사용면적이 구분되어지지 않는 공통면적에 대하여는 동법 동조 제1호(공급가액 비율)의 규정에 따라 총매입세액에 대한 공통면적 해당분을 과세․면세 공급가액 비율로 정산하여 불공제할 매입세액을 계산하여야 함이 타당하다.(심사부가 98- 414호, 1998. 9.18. 같은 뜻)

3. 청구법인은 기계장치 설비투자와 관련한 매입세액 52,630,180원은 과세사업과 관련한 매입세액으로 안분계산의 대상이 아니며 전액 공제되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인이 주장하는 기계장치 설비투자 관련 세금계산서 수취내역은 아래와 같이 확인된다. 교부일자 품 명 공급가액 세 액 비 고

2002. 4. 5. 냉풍건조기 설비공사(계약금) 54,545,454 5,454,546 사업장 건물의 멸치 저온창고 설비 (과세사업 사용)

2002. 6.24. 냉풍건조기 설비공사 161,227,273 16,122,727 소 계 215,772,727 21,577,273

2002. 4. 5. 저온저장고 설비공사(계약금) 63,636,363 6,363,637 사업장 부속건물의 저온창고 설비 (과세․면세 공통사용)

2002. 6.24. 냉동기기 설비공사 206,003,636 20,600,364

2002. 3.15. 농산물 저온파래트 40,909,091 4,090,909 소 계 310,549,090 31,054,910 합 계 526,321,817 52,632,183

• 나) 위 매입세액 중 타인으로부터 수탁 받은 멸치를 건조․보관하고 수수료를 받는 사업장 건물의 냉동보관창고 설비공사 매입세액 21,577,273원은 과세사업과 관련한 매입세액으로 공통매입세액 안분계산 대상이 아니므로 전액 매입세액 공제하고, 저온저장고와 관련한 매입세액 31,054,910원은 과세․면세사업에의 구분이 안되는 공통매입세액으로 보아 부가가치세법시행령 제61조 의 2 제1호(공급가액 비율)의 규정에 따라 과세․면세 공급가액 비율로 정산하여 불공제할 매입세액을 계산하여야 함이 타당하다.

이 건 이의신청은 청구법인의 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.