매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

(주) ○○(이하 “청구법인”이라 한다)는 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 2002. 8.26.부터 안전장구와 광고물 제조 및 건설업을 영위하고 있는 법인사업자로서 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지소재 집합상가 대지 2,595㎡ 및 건물 6,654.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매수하기로 하고 2004. 1.13.에 매도자인 (유)○○개발과 부동산매매계약서를 작성하였으며, 2004. 1. 9.자에 (유)○○개발로부터 매입세금계산서 1매(공급가액 7,727,272,727원, 세액 772,727,273원 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2004. 3.25. 2004년 제1기분 부가가치세 월별조기환급(환급신청세액: 785,449,553원)을 신청하였다. 처분청은 환급 현지 확인 조사결과 청구법인이 교부 받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하여 청구법인의 환급신청을 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004. 6.10. 이의신청을 제기하였다.

청구법인이 쟁점부동산을 (유)○○개발과 매매대금 95억 원(건물 85억 원, 토지 10억 원)으로 매매계약계약을 맺고 매입세금계산서를 수취하였으며 매매대금 지급내역은 (유)○○개발로부터 인수한 채무 68억 원과 보증채무 987,000,000원, 채무관련 이자비용 277,356,707원, 종합토지세 체납액과 ○○공사의 체납처분비 214, 422,600원, 현금 및 당좌수표 지급액 1,221,220,693원으로 쟁점세금게산서를 정상적으로 수취하였음에도 사실과 다른 세금계산서로 봄은 부당하다.

• 가) 청구법인이 (유)○○개발과 2004. 1.13. 작성한 부동산매매계약서에는 매매대금이 85억 원(건물 및 대지권 포함)으로 약정되어 있으나, 불복청구 시 제시한 매매계약약정서(2004. 4. 9. 작성됨)에는 95억 원으로 기재되어 매매대금이 서로 일치하지 않는다.
• 나) 2004. 1.13. 부동산매매계약서에는 2004. 1.13.에 계약증거금 18억 원을 청구법인이 (유)○○개발에 지급한 것으로 기재되어 있고, 매매계약약정서에는 매매대금 95억 원 중 채무인수액을 제외한 잔금을 2004. 2. 1.자로 지급한 것으로 기재되어 있으나 대금지급내역을 입증할 증빙서류는 없다.
• 다) 청구법인은 채권은행의 요구에 의하여 형식상 금융 채무를 청구법인 외 4개 법인이 나누어 인수했을 뿐 이자비용을 청구법인이 모두 부담하였다고 주장하며 채무인수약정서를 이의신청 시 추가 제출하였으나, 환급현지 확인 시에는 제시하지 못했던 서류이고 청구법인과 채무인수법인간에 2003.12.20. 체결한 공동사업 표준협정서상에는 쟁점부동산의 인수 및 분양과 관련된 책임과 손익의 배분 등을 출자비율(채무인수비율)에 따라 배당하거나 분담한다고 되어 있는 점으로 보아 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되므로 당초 환급신청 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 건물 매매와 관련하여 수취한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 환급신청을 거부한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법시행령 제21조 【경정】

① 사업장관할세무서장·사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

3. 확정 신고에 있어서 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 2004. 4. 9.자 매매계약약정서의 내용과 같이 청구법인이 쟁점부동산에 대하여 (유)○○개발과 2004. 1.13. 자에 95억 원(건물 85억원, 토지 10억 원)으로 매매계약을 체결하였으나 2004. 2.10. 가처분권자인 양○○ 외 2인의 사해행위로 인한 가등기 경위문(2004 카합29호)이 신청되었고 2004. 4. 9. 현재 ○○지방법원 ○○지원(2004 가합 423호)에서 소송 진행 중에 있어 소송이 종결되기 이전에는 본 등기를 할 수 없으므로 소송확정 판결 시까지 소유권이전(본등기)을 연기하기로 약정하여 소유권 이전등기를 하지 못하였다고 주장하나 위 매매계약약정서는 2004. 5. 6. 공증한 서류로 당초 환급신청에 대한 현지확인조사 당시에는 존재하지 않았던 서류이며 2004. 1.13. 작성한 부동산매매계약서상의 총 매매대금 85억 원(건물 및 대지권 포함)과도 금액이 상이하다. 부동산매매계약서상에는 2004. 1.13. 계약증거금으로 18억 원을 (유)○○개발에 지급한 것으로 기재되어 있고 매매계약약정서상에는 매매잔금이 2004. 2. 1.자로 지급된 것으로 기재되어 있으나, 청구법인은 구체적인 잔금 지급액과 이를 입증할 금융자료나 증빙서류를 제시하지 못하고 있다.

2. 매매대금 95억 원 중 68억 원은 (유)○○개발의 채무를 인수하였다고 주장하나 쟁점부동산에 설정된 근저당권과 관련된 채무 인수 내용을 확인한 바 (유)○○개발의 채무를 청구법인이 전액을 인수한 것이 아니라 청구법인(21억 원)을 포함하여 (유)○○, ○○건설(주), (유)○○개발, (유)○○전력 명의로 각 층별로 근저당권을 설정하여 인수하였음이 ○○은행 온○○점의 여신승인신청서 및 등기부등본에 의해 확인된다. 이에, 청구법인은 쟁점부동산에 대한 은행채무를 청구법인 단독으로 인수했어야 하나 주거래은행인 ○○은행 온○○점의 요청에 의하여 서류상으로만 청구법인 외 4개 법인으로 채무를 인수했을 뿐 이자비용은 모두 청구법인이 지급했다고 주장하며 각 법인과 맺은 채무인수약정서 및 ○○은행 온○○점의 확인서를 제시하였으나, 제시한 서류는 당초 환급현지 확인 당시 제시된 사실이 없는 서류이며 환급현지확인 당시 확인한 2004. 2. 2. 작성된 채무인수약정서에는 청구법인 외 4개 법인이 별도의 채무자로서 채무를 인수한 것으로 확인된다, 또한, 청구법인 외 4개 법인이 2003.12.30. 체결한 공동사업 표준협정서 제10조에는 이용가능하게 되는 때 라 함은 원칙적으로 소유권이전등기일을 말하나, 이 건의 경우 부동산 매매대금의 지급관계가 불분명할 분만 아니라 당초 부동산매매계약도 없이 세금계산서를 미리 수취한 후에 매매예약에 의한 가등기만 필한 상태로 재화의 공급이 이루어졌다고 볼 수 없다. 또한 쟁점부동산에 대한 채무인수자가 청구법인 외 4개 법인으로 확인되어 세금계산서상 공급받는 자와 불일치하고 쟁점부동산 관련 당사자들 간에 소유권보존등기 말소등기 청구 및 쟁점부동산 매매와 관련된 소송이 진행 중에 있어 처분청에서 청구법인에 대한 환급 현지확인을 실시하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이에 대한 환급신청을 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 보여 진다.

이 건 이의신청은 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 볼 때 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.