이 건 공급받는 자를 대학교에서 학교법인으로 수정한 세금계산서의 매입세액은 공제(환급)하는 것이 타당하다고 판단됨
이 건 공급받는 자를 대학교에서 학교법인으로 수정한 세금계산서의 매입세액은 공제(환급)하는 것이 타당하다고 판단됨
○○세무서장이 2004. 2.10. 청구인에게 거부 통지한 2002년 제2기분 부가가치세 25,169,490, 2003년 제1기분 부가가치세 71,736,590, 2003년 제2기분 부가가치세 77,830,400원에 대한 경정청구는 이를 받아들여 과세표준과 세액을 경정합니다.
청구법인이 2003.12. 3. 신축강의동 중 상가임대부분 2,006㎡에 대한 매입부가가치세 174,736,480원(2002년 제2기분 25,169,490원, 2003년 제1기분 71,736,590원, 2003년 제2기분 77,830,400원)을 환급하여 달라는 과세표준 및 세액경정청구서를 제출하자, 처분청은 경정청구 내용에 대해 ○○대학교와 ○○학원은 별도의 구분된 실체로서 건물신축과 관련한 공사계약, 세무자료 제출 등 제반행위를 ○○대학교가 주체적으로 행하고 공사대금도 ○○대학교가 지급하였으므로 공급받는 자를 ○○대학교로 기재한 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서이고, 정당하게 교부된 쟁점세금계산서의 매입세액을 별도의 실체인 청구법인의 매입세액으로 모아 환급하여 달라는 청구내용은 부당하다며 2004. 2.10. 경정청구 거부처분을 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004. 4. 1. 이의신청을 제기하였다.
학교는 학교법인이 설치 ‧ 경영하는 교육기관일 뿐 법적 실체가 아니고, 학교법인과 학교는 하나의 회계실체이므로 공급받는 자를 ○○대학교로 기재된 세금계산서를 교부 받았더라도 그 실질 귀속자인 청구법인의 매출세액에서 공제(환급)하는 것이 타당하므로, 공급받는 자를 청구법인으로 기재한 수정세금계산서를 교부 받아 매입처별세금계산서를 제출하였으므로 매입세액을 공제 ‧ 환급하는 것이 옳다. 따라서 쟁점세금계산서의 매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제 또는 환급되어야 하므로 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.
청구법인과 청구 외 ○○대학교는 각각 법인회계와 학교회계를 행하고 있으며, ○○대학교는 부가가치세법 시행령 제8조 제2항 의 규정에 의하여 고유번호를 부여 받은 별도의 비영리법인이므로 학교법인인 청구법인과 ○○대학교를 하나의 실체로 볼 수는 없는 것이고, 세금계산서 기재사항 중 공급받는 자의 수정은 기재사항 착오로 볼 수 없으므로 공급자가 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것이므로 수정세금계산서를 인정할 수 없고, 쟁점 신축강의동 공사에 대한 공사계약 및 대금지급 등의 모든 행위를 ○○대학교가 행한 사실이 관련증빙서류에 의해서 확인되므로 ○○대학교를 공급받는 자로 한 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서이기 때문에 그 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제 ‧ 환급하는 것은 부당하다.
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급 한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서 합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부 받지 아니한 경우 또는 교부 받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】
② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다. (1994.12.31. 개정)
2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.
○ 부가가치세법 시행령 제8조 【등록번호】
① 법 제5조 제2항에 규정하는 등록번호는 사업장마다 관할세무서장이 부여한다.
② 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항 또는 제4항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다.
○ 부가가치세법 제20조 【세금계산서합계표 제출】
④ 세금계산서를 교부 받은 국가 ‧ 지방자치단체 ‧ 지방자치단체조합 기타 대통령령이 정하는 자는 부가가치세의 납세의무가 없는 경우에도 매입처별세금계산서합계표를 당해 과세기간 종료 후 25일 이내에 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
○ 부가가치세법 시행령 제67조 【세금계산서합계표 제출의무자의 범위】 법 제20조 제4항에 규정하는 대통령령이 정하는 자는 다음 각 호에 규정하는 자로 한다.
1. 부가가치세가 면제되는 사업자 중 소득세 또는 법인세의 납세의무가 있는 자(조세특례제한법에 의하여 소득세 또는 법인세가 면제되는 자를 포함한다)
2. 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인
4. 각급학교 기성회 ‧ 후원회 또는 이와 유사한 단체
○ 법인세법 시행령 제154조 【사업자등록】
① 법 제111조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하고자 하는 법인은 사업장마다 당해 사업의 개시일 부터 20일내에 사업자등록신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
② 부가가치세법시행령 제7조 내지 제13조의 규정은 제1항의 등록에 관하여 이를 준용한다.
③ 국세청장은 사업자등록번호를 교부하지 아니하는 법인에 대하여는 고유번호를 부여하여야 한다.
○ 사립학교법 제2조 【정의】
② 이 법에서 “학교법인”이라 함은 사립학교를 설치 ‧ 경영함을 목적으로 이 법에 의하여 설립되는 법인을 말한다.
○ 사립학교법 제5조 【자산】
① 학교법인은 그 설치 ‧ 운영하는 사립학교에 필요한 설치 ‧ 경영함을 목적으로 이 법에 의하여 설립되는 법인을 말한다.
○ 사립학교법 제29조 【회계의 구분】
① 학교법인의 회계는 그가 설치 ‧ 경영하는 학교에 속하는 회계(학교 회계)와 법인의 업무에 속하는 회계(법인회계)로 구분한다.
④ 학교에 속하는 회계의 예산은 당해 학교의 예산 ‧결산 자문위원회의 자문을 얻어 학교의 장이 형성하여 학교법인의 이사회가 심의 ‧ 의결하고 학교의 장이 집행한다.
- 다. 사실관계 및 판단
○ 사실관계
- 가) 학교법인인 청구법인은 ○○대학교를 설치 ‧ 운영하는 비영리법인으로 1989. 3. 6. 고유번호을 발급 받았다가 수익사업 개시로 ○○대학교 소재지를 본점 및 사업장으로 하여 1998. 2. 2. 사업자등록을 하고 구내매점 등의 임대에 따른 수익사업에 대하여는 1998년 제2기 분부터 부가가치세를 신고 ‧ 납부하여 왔고, ○○대학교는 1987. 1. 1. 청구법인의 본점과 동일한 장소를 소재지로 하는 고유번호증을 처분청으로부터 교부받아 갑근세원천징수 등 제반 조세협력의무를 이행하여 왔다. 청구법인은 경정청구서를 처분청에 제출하면서 위 ○○대학교 명의로 교부 받은 세금계산서를 첨부하였다가 2004. 2.16. 공급받는 자 및 사업자등록번호를 청구법인으로 하는 수정세금계산서 및 매입처별세금계산서합계표를 제출하였다.
- 나) 세금계산서 교부와 공사대금결재 과정 등에 대하여 살펴보면, 청구법인의 이사회는 2002. 2.21. 7,500백만 원 상당의 연면적 8,386㎡ 첨단강의동을 신축하기로 의결하였고, 이에 따라 ○○대학교 총장은 ‘○○학원 ○○대학교 총장’ 명의로 2002.10.25. ○○토건(주)와 시설공사도급 표준계약서를 작성하는 등으로 신축공사계약을 체결하여 2003. 1.16. 착공, 2003. 8.18. 준공검사를 거쳐 2003.10.22. 청구법인을 소유자로 등기하였음에도 관련 21건 7,448백만 원(공급가액)의 세금계산서는 청구법인이 아닌 ○○대학교의 고유번호로 교부받았으며,
○○대학교는 2002.11.28. ○○대학교명의의 ○○은행 예금계좌에서 자금을 인출하여 건설업체인 ○○토건(주)에게 47백만 원을 계약금으로 지급하는 등 2003.10. 20.까지 6개 업체에 30여회에 걸쳐 8,193백만 원의 계약금과 중도금 및 준공금을 지급하였으며, 준공 후에는 임대광고를 사랑방신문에 게재하는 방법으로 9개 업체에 임대하고 임대보증금 110백만 원과 월임대료 1,229천원은 ○○대학교명의의 예금통장에 입금하여 관리하고 있음이 확인된다.
○ 심리 및 판단
- 가) 학교법인인 청구법인은 사립학교법에 따른 인가서를 근거로 1989. 4.25. 법원에 법인설립등기를 완료한 비영리법인으로서 ○○대학교를 설치 ‧ 운영하고 있으며, 학교관련 모든 재산의 소유자이며 2003.10.22. 쟁점 신축건물의 소유자로 등기하였고, 쟁점 신축강의동 중 일부 임대부분에 대한 부가가치세도 기종의 임대부분과 합산하여 청구법인 명의로 신고하는 등 학교시설에 대한 권리를 행사하고 의무를 부담하는 실체이다. 나)『학교는 법인도 아니고 대표자 있는 법인격 없는 사단 또는 재단도 아닌 교육시설의 명칭에 불과하여 민사소송에 있어 당사자 능력을 인정할 수 없다.』는 대법원의 판례(대법원 2001. 6.29. 선고 2001다21991 판결 등)에 비추어볼 때, ○○대학교는 청구법인이 설치한 교육시설로써 법인격이 없고, 법적 권리의무의 주체가 될 수 없으므로, ○○대학교 총장 또는 학교명의의 수입 ‧ 지출과 모든 거래행위의 귀속은 학교법인인 청구법인에게 속한다고 할 것이고, 고유번호증은 사업자등록증을 교부 받을 수 없는 원천징수납부의무가 있는 자 또는 장소에 부여하는 것인데, ○○대학교는 1987. 1. 1. 처분청으로부터 고유번호증을 교부 받아 갑근세원천징수 등 제반 조세협력의무를 이행하여 왔고, 이 고유번호증 하단의 유의사항에는 ‘이 고유번호증의 부여로 인해 민법 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아닙니다.’ 라고 기재되어 있음을 볼 때, ○○대학교가 고유번호증을 교부 받았다고 하여 권리의무의 주체가 되는 등 별도의 실체가 되는 것은 아니라고 보여 진다.
- 다) 청구법인은 사립학교법 제29조 제1항 의 규정에 따라 학교회계와 법인회계로 구분하여 회계처리를 하여야 하는데, 청구법인이 구분된 회계처리를 위한 조직이나 인력을 별도로 갖춘 것이 아니라 ○○대학교 경리과에서 학교회계 ‧ 법인회계를 함께 처리하고 있다, ○○대학교 경리과는 구분회계를 위하여 각각의 회계별로 별도의 장부를 비치하여 기록 ‧ 관리하고 청구법인 및 학교관련 수입 ‧ 지출, 세금계산서 수수, 청구법인의 부가가치세 신고업무 등 모든 회계업무를 처리하고 있으며, 특히 경정청구의 대상이 된 2002년 제2기분과 2003년도 제 1,2기분 부가가치세 신고서도 경리과에서 작성하여 신고 납부한 것으로 확인된다. 청구법인이 사립학교 법 규정에 따라 구분기장을 하고 있으나, 구분기장이 동일 부서에서 이루어질 뿐만 아니라 구분기장이 ○○대학교를 별도의 권리의무의 주체로 볼 수 있는 근거는 없다.
- 라) ○○대학교 경리과는 청구법인과 학교의 경리업무를 처리하면서, 청구법인관련 거래에 대해서는 청구법인의 사업자번호로 세금계산서를 수수하고, 학교관련 거래에 대해서는 ○○대학교의 고유번호로 세금계산서를 수수하였다. 쟁점 신축강의동은 청구법인에게 등기된 재산이므로 청구법인을 공급받는 자로 하는 세금계산서를 교부 받았어야 할 것을 ○○대학교 경리과에서 법인회계와 학교회계를 함께 처리하는 과정에서 공급받는 자를 착오 기재한 세금계산서를 교부받은 것으로, 이를 수정하여 세금계산서를 정정 교부 받았다는 청구법인의 주장은 상당한 이유가 있는 것으로 보여 진다. 위 조사내용과 같이 ○○대학교는 청구법인이 설치한 교육시설로써 법인격이 없어 권리의무의 주체가 될 수 없으므로 ○○대학교 총장이 행한 모든 행위에 대한 권리의무의 귀속은 청구법인에 있다고 할 것이므로, 쟁점 건물의 취득과 관련한 제반 행위를 ○○대학교 총장이 하였더라도 그 취득은 청구법인인 바, 당초 공급받는 자를 ○○대학교로 기재한 세금계산서는 ○○대학교 경리과에서 법인회계와 학교회계를 함께 처리하는 과정에서 공급받는 자를 청구법인 및 그 사업자등록번호를 기재하여야 할 것을 ○○대학교 및 그 고유번호로 발행된 것으로 볼 상당한 이유가 있는 것으로 보여 지고, 이 경우 착오 또는 정정사유가 발생한 경우로 볼 수 있으므로 부가가치세법 시행령 제59조 의 규정에 의하여 당초 발행한 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 보여 진다. 한편, 앞에 예시한 ‘공급받는 자’의 수정은 기재사항 착오로 볼 수 없어 수정세금계산서를 교부할 수 없다는 질의회신 내용(서삼46015-10435, 2002. 3.19.)은 재화 등의 공급받는 자와 세금계산서를 교부받은 자가 실질적으로 상이한 경우를 상정한 것으로 ‘공급받는 자’의 수정전과 수정후의 실체가 동일한 본 건에 적용하는 것은 무리가 있다고 보여 지고, 따라서 당초 공급받는 자를 ○○대학교에서 학교법인 ○○학원으로 수정한 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호 의 규정에 의거 공제(환급)하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 이의신청은 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.