경정청구기간 경과 후 세액공제방법 변경가능 여부

○○세무서장이 2003. 6.10. 청구법인에게 결정고지한 1999사업연도 법인세 195, 144,470원의 부과처분과 2000사업연도 법인세 경정청구에 대하여 법인세 399, 913,670원의 환급을 거부 통지한 처분은

1. 1996사업연도의 기술인력개발비와 1997사업연도의 기술인력개발비를 경정청구금액인 13,108,664,184원과 14,765,307,440원으로 각각 정정하여 2000사업연도에 공제받을 기술 및 인력개발비세액공제액을 재계산하여 환급결정하고,

2. 나머지 청구에 대하여는 기각합니다.

청구법인은 타이어 및 튜브 등을 제조하는 업체로, 2000. 1. 1. ~ 12.31. 사업연도(이하 “2000사업연도”라 한다)에 청구법인 타이어사업부의 해외기업부설연구소 등에 소속되어 있는 연구개발전담부서에서 지출한 연구원의 인건비 등에 대하여 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의거 기술 및 인력개발비 세액공제 897,649,487원을 적용하여 법인세 과세표준 및 세액신고를 하였으나, 청구법인의 계정과목 분류오류로 1996 ~ 2000 사업연도의 기술 및 인력개발비(이하 “기술 ‧ 인력개발비”라 한다)가 잘못 계상되어 2000사업연도 기술 및 인력개발비 세액공제가 과소신고 되었다하여 2003. 3.28. 2000사업연도 법인세 1,199,454,210원을 경정청구하였다. 이에 대하여 ○○지방국세청장은 연구 및 인력개발비 세액공제 기획분석을 통하여 청구법인의 1999사업연도 기술 ‧ 인력개발비를 14,861,593,593원(당초신고 17, 327,095,490원)으로 확정하고, 당초 청구법인이 신고한 세액공제방법(당해 과세연도에 발생한 기술 ‧ 인력개발비 × 5/100)을 적용하여 기술 및 인력개발비 세액공제액을 재계산하여 1999사업연도 법인세 195,144,470원을 고지하도록 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2003. 6.10. 청구법인에게 1999사업연도분 법인세 195,144,700원을 결정고지하였다. 한편, 처분청은 청구법인의 2000사업연도 경정청구에 대하여 현지 확인조사하여 2000사업연도의 기술‧인력개발비를 18,649,965,949원(당초신고 17,952,989,746원)으로 확정하고, 1998 ~ 1999사업연도의 기술 ‧ 인력개발비는 국세부과제척기간이 도과하였다 하여 경정청구금액이 아닌 당초 신고금액으로 하여 직년 4년간 연평균 발생액을 산정하여 기술 및 인력개발비 세액공제액을 재계산하여 청구법인의 2000사업연도분 법인세 799,540,537원을 감액결정 하였다.

• 가. 1999사업연도 분 법인세 195,144,470원의 경정고지에 대하여 과세관청에서 기술 및 인력개발비 세액공제를 경정함에 있어서는 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 에 의한 방법 (당해 과세연도에 지출한 기술 ‧ 인력개발비가 당해 과세연도의 개시 일부터 소급하여 4년간 지출한 기술 ‧ 인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우 당해 초과금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제하는 방법, 이하 증가 지출액 기준“이라 한다)과 제2호에 의한 방법 (당해 과세연도에 지출한 기술 ‧ 인력개발비에 100분의 5를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제하는 방법, 이하 ”경상지출액 기준“이라 한다)중에서 납세자에게 유리한 방법으로 세액공제를 하여야 함에도, 처분청에서 청구법인에게 불리한 당초 신고방법을 준용하여 기술 및 인력개발비 세액공제를 한 처분은 부당하다.
• 나. 2000사업연도 경정청구에 대하여 처분청은 청구법인의 2000사업연도 기술 및 인력개발비 세액공제액을 증가지출액 기준에 의거 산정함에 있어 1996 ~ 1997 사업연도는 부과제척 기간이 도과하였다 하여 경정청구금액이 아닌 당초 신고금액을 원용하여 직전 4년간 지출한 기술 ‧ 인력개발비의 연평균지출액을 계산하였으나, 국세기본법 제26조 의 2에 규정하는 국세부과제척기간은 당해 국세에 대한 정부의 부과권에 대한 규정으로서 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날로부터 같은 법 제1항 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 그 사업연도의 당해 국세를 부과할 수 없다는 것으로 처분청이 법리를 오해한 것이다. 따라서 직전 4년간(1996 ~ 1999사업연도) 지출한 기술 ‧ 인력개발비의 연평균지출액은 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항 계산산식에 따라 경정 청구금액을 기준으로 계산하여야 한다.

(1) 기술 및 인력개발비 세액공제는 조세특례제한법 제10조 규정에 따라 증가지출액 기준과 경상지출액 기준 중 하나를 선택하여 세액공제신청을 하여야 하며, 이에 따라 청구법인은 두 가지 세액공제 방법 중 하나를 선택하여 세액공제 신고를 하였고, 이 후 국세기본법 제45조 의 2 규정에 의한 당해 국세의 과세표준과 세액의 경정을 청구한 사실이 없는바 납세자가 선택하여 신고한 방법은 존중되어야 하며 과세관청에서 임의로 변경하여 적용할 수 없는 것이므로 당초 청구법인이 신고한 경상지출액 기준에 의거 경정한 처분은 정당하다.

(2) 직년 4년간 지출한 기술 ‧ 인력개발비의 연평균지출액 계산 시 1996 ~ 1997사업연도의 기술 ‧ 인력개발비는 국세부과제척기간이 도과하였으므로 정정된 경정청구금액이 아닌 당초 신고금액으로 하여야 한다.

• 가. 쟁점

(1) 납세자가 선택한 세액공제 방법을 처분청에서 임의로 다른 방법으로 변경하여 처분할 수 있는지 여부

(2) 직전 4년간 지출한 기술 ‧ 인력개발비의 연평균지출액 계산 시 국세부과 제척기간이 도과한 1996 ~ 1997사업연도의 기술 ‧ 인력개발비를 경정청구 금액이 아닌 당초 신고금액으로 한 것이 정당한지 여부

• 나. 관련법령 및 심판례

○ 구 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제10조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 제조업 ‧ 광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술 ‧ 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다.

1. 당해 과세연도에 지출한 기술 ‧ 인력개발비가 당해 과세연도의 개시 일부터 소급하여 4년간 지출한 기술 ‧ 인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다)또는 법인세에서 공제 하는 방법

2. 당해 과세연도에 지출한 기술 ‧ 인력개발비에 다음 각목의 율을 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다)또는 법인세에서 공제하는 방법

• 나. 중소기업외의 자가 지출한 기술 ‧ 인력개발비의 경우에는 100분의 5

② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 지출한 기술 ‧ 인력개발비의 연평균 지출액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 구 조세특례제한법 시행령 (2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것)제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 지출한 기술 및 인력개발비의 연평균지출액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일 부터 당해 과세연도개시일 까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 지출한 기술 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 지출한 기술 및 인력개발비 의 합계액으로 본다. 당해사업연도 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 기술 및 인력개발비의 합계액 × 당해 사업연도의 월수 4 12

• 다. 사실관계 및 판단

○ 쟁점 ① 에 대하여 살펴본다 (가) 청구법인은 계정과목 분류 오류로 1996 ~ 2000사업연도의 기술 ‧ 인력개발비가 잘못 계상되어 2000사업연도 기술 및 인력개발비 세액공제가 과소신고 되었다하여 2003. 3.28. 2000사업연도 법인세 955,852,143원을 경정청구하였다. 경정청구내역 (단위: 원) 당해연도(2000사업연도) 기술 ‧ 인력개발비 발생액 당초신고 경정청구 17,952,989,746 18,649,965,949 구 분 직전 4년간 기술 ‧ 인력개발비 발생액 직전 4년간 연평균발생액 ‘96사업연도 ‘97사업연도 ‘98사업연도 ‘99사업연도 당초신고 14,706,578,295 16,339,638,688 16,400,540,967 17,327,095,490 16,193,463,360 경정청구 13,108,664,184 14,765,307,440 15,087,469,004 14,861,593,593 14,455,58,555 (나) ○○지방국세청장은 연구 및 인력개발비 세액공제 기획 분석을 하던 중 청구법인이 기 경정청구한 사실을 알고 관련 서류를 처분청에서 인계 받아 경정청구 내용을 검토하여

• 청구법인의 경정청구금액 중 1966 ~ 1997사업연도와 1999사업연도는 정당한 것으로, 1998 사업연도는 직업훈련비 27,064,022원을 가산하여 15,114,533,026원으로 확정하였으며(이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없음)

• 청구법인이 당초 신고한 세액공제 방법(당해 과세연도에 발생한 기술 ‧ 인력개발비 × 5/100)을 적용하여 1999사업연도 기술 및 인력개발비 세액공제액을 재계산하여 1999사업연도 법인세 195,144,470원을 고지하도록 처분청에 통보하였음이 기술 및 인력개발비 세액공제 기획 분석 복명서 등에 의하여 확인된다. (다) 이에 대하여 청구법인은 1999사업연도 기술 및 인력개발비 세액 공제는 당초 신고한 세액공제 방법(경상지출액 기준)이 아닌 청구법인에게 유리한 전시한 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 의 방법 (증가지출액 기준)에 의하여 하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

1. 먼저, 청구법인이 이 건 이의신청을 제기하면서 제출한 1995사업연도 기술 ‧ 인력개발비 1,667,993,02원(당초 신고금액 1,527,531,753원)의 적정 여부에 대하여 검토하여 보면, 당초 신고금액에 슈퍼컴퓨터 임차료 140,462,149원이 가산된 것으로 이는 청구법인 계정별 거래처별 보조원장에 의하여 확인되므로 청구주장금액 적정하다고 판단된다.

2. 1999사업연도는 경정청구기간이 경과하였으므로 청구법인이 연구 및 인력개발비 세액공제방법을 임의로 변경하여 경정청구하는 것이 원천적으로 불가능하며 따라서 과세관청이 동 사업연도의 연구 및 인력개발비 세액공제액을 경정함에 있어서는 당초 청구법인이 적법하게 신고하였던 세액공제방법을 적용하여야 할 것인 바 처분청이 당초 청구법인이 신청하였던 경상지출액 기준에 의해 연구 및 인력개발비세액공제액을 경정한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

○ 쟁점 ②에 대하여 살펴본다 (가) 처분청은 청구법인의 2000사업연도 기술 및 인력개발비 세액공제액을 증가지출액 기준에 의거 산정함에 있어 1998 ~ 1999사업연도의 기술 ‧ 인력개발비는 경정청구금액으로, 1996 ~ 1997 사업연도의 기술 ‧ 인력개발비는 국세부과제척기간이 도과하였다 하여 경정청구금액이 아닌 당초 신고금액을 원용하여 직전 4년간 연평균발생액을 계산하여 청구법인의 2000사업연도분 법인세 799,540,537원을 감액결정하였음이 처분청의 조사복명서 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 직전 4년간 연평균 발생액 계산을 위한 1996 ~ 1997사업연도 기술 ‧ 인력개발비는 당초 신고금액이 아닌 경정청구금액에 의하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

1. 관련규정의 내용을 보면, 구 조세특례제한법 배10조 제2항은 제1항제1호의 규정에 의한 4년간 지출한 기술 ‧ 인력개발비의 연평균지출액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제9조 제3항은 위의 4년간 지출한 기술 ‧ 인력개발비의 연평균지출액의 계산은 다음산식에 의한다 당해사업연도 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 기술 및 인력개발비의 합계액 × 당해 사업연도의 월수 4 12 라고 규정하고 있다.

2. 한편, 국세기본법 제26조 의 2에 규정하는 국세부과의 제척기간이란 국세를 부과할 수 있는 기간을 말한다. 이는 부과권의 행사에 시간적 한계를 둠으로써 권리관계를 조속히 안정시키고 납세자의 법적 안정성을 보호하고자 하는 것이다.

3. 상기 관련규정의 내용과 국세부과제척기간의 개념 및 취지 등을 종합하여 판단해 볼 때, 처분청이 국세부과제척기간의 도과를 이유로 1996 ~ 1997 사업연도에 지출한 기술 ‧ 인력개발비를 당초 신고금액으로 한 처분은 법리를 오해한 것으로 보여지고, 청구법인의 이 건 관련 질의에 대한 국세청의 회신(2003. 9. 4.)도 당초 신고금액이 아닌 정정된 금액을 기준으로 하여야 한다고 회신하고 있는바, 1996 ~ 1997 사업연도 기술 ‧ 인력개발비도 경정 청구금액으로 하여야 한다는 청구주장 타당하다고 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.