부당행위계산부인의 대상이 되는 부동산의 범위

이 건 이의신청은 청구주장 이유 있음으로 일부 인용합니다.

청구법인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에 소재한 농기P 판매업체로 처분청의 음성탈루소득 조사에서 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 2필지에 있는 청구법인의 사무실 겸 창고 8동, 수리센타 4동건물 2,520㎡(이하 “쟁점건물”이라한다)을 신축하면서 실지공사는 ○○읍 ○○리 ○○번지(유)○○철강이 시공하였으나 매입세금계산서는 종합건설업체인 ○○종합건설(주)로부터 교부받아 (공급가액: ‘98. 2기분 410,000천원, ’99. 1기분127,272천원) 매입세액공제를 받은 사실을 확인하고 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하였으며, 청구법인이 특수관계자인 주주 주○○외 3인에게 쟁점건물내 사무실을 시가에 미달하게 임대한 사실을 확인하여 법인세법 제89조 제4항 1호 의규정에 의거 적정임대료 75,388천원을 연도별 계산, 이를 익금산입하여 2001.10. 5. 법인세 28,679, 405원(‘99귀속 25,113,167원, 2000귀속 3,566,238원) 및 부가가치세 73,460,883원(’98. 2기 45,100,000원, ‘99. 1기 21,512,680원, ’99. 2기 2,443,320, 2001. 1기 2,264,130원, 2000. 2기 2,140,753원) 합계 102,140,288원을 결정 고지함

(1) 청구법인은 ○○종합건설(주)와 공장건물 신축계약시 사업자등록증, 건설업면허증, 건설업면허수첩 등을 확인하고 수년간 건설실적을 확인한 후 공사계약을 체결하였으며, ○○종합건설(주)의 이사이며 총무부장인 박○○가 공사 완공시까지 공사현장에서 계속 관리감독하였으며 준공검사까지 완료하였고, 공사감리업무를 수행하던 건축사 박○○도 이를 확인하고 있는바, 청구인은 도급공사계약을 체결한 ○○종합건설(주)와 실제거래를 하였으며 실제 공사한 ○○종합건설(주)로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 정당한 것인데도 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(2) 가사, 실지공사자가 ○○종합건설(주)가 아니고 (유)○○철강이라 하더라도 위에서 본 바와 같이 청구법인으로서는 공사계약 체결시 모든 주의의무를 다 하였고 계약체결 후부터 공사완공시까지 ○○종합건설(주)의 총무부장이자 이사인 박○○가 계속 관리 감독하여 청구법인이 거래 당사자를 ○○종합건설(주)로 믿는데 대하여 아무런 잘못이 없는 선의의 거래자에 해당하므로 쟁점 세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다.

(3) 법인 주주에 대한 저가임대에 대한 부당행위계산부인시 임대한 건축물 및 부속토지에 대해서만 적정임대료를 산정하여 부당행위 계산을 적용하여야 하나 임대와 관련 없는 임야부분 및 지방도로 토지까지 임대부분에 포함하였으므로 부당하고, 간주임대료에 의한 법인세 결정시 임대부동산의 건설비 상당액을 공제하여야 함에도 이를 공제하지 아니하였으므로 부당하다 주장함.

(1) 금융추적 조사한 바 총공사대금 605,000천원 중 일부만 ○○종합건설(주)에게 지급되고 나머지 대금은 (유)○○철강으로 지급된 사실이 확인되었으며, 또한 ○○종합건설(주)와 (유)○○철강은 하도급공사계약을 체결하지 아니하였고 대금수수가 전무하므로 (유)○○철강이 실지시공자에 해당되어 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되므로 매입세액을 불공제한 처분은 정당함.

(2) 청구인이 임대건축물과 관련이 없다고 주장하는 지방도로 및 임야도 일반적인 상관행상 건축물임대가액을 결정하는데 효력을 미친다 할 것이므로 청구인의 주장은 이유 없으며 부당행위계산부인하여 간주임대료 계산시 건설비 상당액을 공제하지 아니한 처분은 정당함.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점세금계산서가 실지 공사자가 아닌 사업자로부터 교부받은 사실과 다른 세금계산서인지 여부

(2) 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 청구인이 선의의 거래자로서 교부받은 것이라고 볼 수 있는지 여부

(3) 부당행위계산부인의 대상이 되는 부동산의 범위와 건설비 상당액 공제여부

• 나. 관련법령 및 심판례

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1~2 생 략

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 ‘매입세액“이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급 받을 세액(이하”환급세액“이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 겨우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.2.3.4.5.중략

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 ․ 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우 (이하생략)

○ 조세특례제한법 제138조 【임대보증금 등의 간주익금】

① 대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 내국법인으로서 부동산임대업을 주업으로 하는 법인이 대통령령이 정하는 주택을 제외한 부동산 또는 그 부동산에 관한 권리 등을 대여하고 보증금 ․ 전대금 또는 이에 준하는 것을 받은 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 법인세법 제15조 제1항 의 규정에 의한 익금에 가산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

• 청구법인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에 소재한 농기계 판매업체로 사무실 겸 창고 8동, 수리센타 4동건물을 신축하면서 (유)○○철강과 도급계약하였으나 종합건설면허가 필요하다는 군청의 통보에 의해 당초계약을 해지하고 ○○종합건설(주)와 도급계약하였음

• 이에 처분청의 음성탈루소득 조사에서 공사대금 605,000천원 중 ○○종합건설(주)에 41,000천원이 지급되고 나머지는 (유)○○철강에 지급한 사실을 확인하고 세금계산서는 ○○종합건설(주)로부터 교부받아 매입세액공제를 받았으므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 하였고

• 법인 주주에 대해 쟁점부동산내 사무실을 시가에 미달하게 임대한 사실을 확인하여 적정임대료를 계산, 차액을 익금산입하여 법인세 28,679,405원 및 부가가치세 73,460,883원을 결정 고지함.

○ 심리 및 판단

1. 쟁점세금계산서가 실제 공사자가 아닌 사업자로부터 교부받은 사실과 다른 세금계산서인지 여부에 대하여 처분청이 제시하는 과세경위와 ○○종합건설(주)의 조사관련서류 등에 의하여 살펴보면 청구법인의 사무실 겸 보관창고 9동을 (유)○○철강과 도급금액 490,000천원에 건설하기로 계약을 체결하였으나 종합건설면허가 필요하다는 군청의 통보에 의해 당초 계약을 해지하고 ○○종합건설(주)와 사무실 겸 보관창고 8동을 도급금액 451,000천원에, 수리센터 4동을 154,000천원에 계약을 체결하였고,

○○종합건설(주)로부터 (유)○○철강이 하도급을 받기로 하여 사무실 겸 창고8동을 390,000천원에, 수리센터 4동을 121,000천원에 하도급계약을 두 회사 간에 구두로만 하고 계약서를 작성하지 않았다는 청구인의 주장과 공사완공 후 군 ○○은행에서 ○○종합건설(주)의 박○○ 총무부장과 (주)○○의 주주들, (유)○○철강의 이○○가 만나서 (주)○○에서 ○○종합건설(주)측에 지급한 공사대금을 이○○가 받았다고 2001. 6. 7. 문답서로 확인하고 있어 청구외법인으로부터 교부받은 세금계산서는 적법한 것이므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인에 대한 세무조사결과 ○○종합건설(주)와 (유)○○철강은 하도급계약을 구두상으로 하였다고 진술하고 있을 뿐 하도급계약서은 작성되지 않았고,

○○종합건설(주)가 원도급을 받아 (유)○○철강에게 하도급을 주었다면, 상관행상 공사대금이 원도급자에게 입금되어 하도급자에게 지급이 되어야할 것인데도 쟁점부동산의 총 공사대금 605,000천원 중 ○○종합건설(주)에는 41,000천원만 지급하였고, 나머지는 (유)○○철강에게 지급한 사실이 금융추적조사결과 확인되며, 또한, 사회통념상 원도급자와 하도급자간에 공사진행정도에 따라 기성금을 지급하는 형식으로 대금수수가 이루어지는 것인데도 불구하고 쟁점건물 신축공사와 관련하여 원도급자와 하도급자간에 어떠한 대급지급 내역 및 세금계산서 수수도 하지 않은 사실이 확인됨. 위과 같은 사실을 종합할 때, ○○종합건설(주)가 (유)○○철강에 하도급을 주었다고 인정할 수 없고 하도급계약서도 작성하지 않았으므로 실제공사를 한 (유)○○철강이 발행하지 아니하고 ○○종합건설(주)가 교부한 세금계산서는 사실과 다른 계산서라 할 것이므로 이점에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

2. 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 청구인이 선의의 거래자로서 교부받은 것이라고 볼 수 있는지 여부에 대하여 청구인은 당초 쟁점부동산을 (유)○○철강이 직접 공사 계약하였다가 건축허가신청과정에서 종합건설면허가 없어 (유)○○철강의 소개로 ○○종합건설(주)와 도급계약하였으며 ○○종합건설(주)와 (유)○○철강은 구두로 하도급계약을 체결하였다고 하나 고액의 도급계약시는 도급계약서 외에 계약금 지급 등 별도의 대급지급 약정을 하는 것이 상관례인 바 이와 관련한 어떠한 언급이나 서류제시도 없고, 관련업체 조사과정에서도 실지사업자가 (유)○○철강임을 확인하였으며.

○○종합건설(주)에 총 공사대금 605,000천원 중 41,000천원만 지급된 것은 실제공사와 관련하여 입금된 것으로 인정하기 어렵고, 이외의 공사대금은 전액 (유)○○철강으로 지급된 점에 대하여 청구인은 두 회사 간에 상호 불신하여 (유)○○철강에서 하도급대금을 직접 수령한 것이라 하나 하도급을 준 사실을 인지하였다면 더욱이 청구인은 원도급자인 ○○종합건설(주) 명의의 통장에 입금하는 등 공사대금 지급내역을 투명하게 확보했어야 하는 바 이러한 실체적 진실에 대한 주의의무를 다하지 못한 청구인을 선의의 거래자로 볼 수는 없다 할 것임.

3. 부당행위계산부인의 대상이 되는 부동산의 범위와 건설비 상당액 공제여부에 대하여는 처분청은 법인 건축물을 주주 등에게 저가에 임대하였으므로 적정임대료를 산정하여 차액을 익금산입 하였는바, 적정임대료를 산정함에 있어 건축물의 부수토지가 아닌 토지에 대하여도 부당행위 계산부인 규정을 적용하여 익금산입한 것은 부당한 것으로 판단된다. 따라서 건축물대장상 부수토지인 ○○군 ○○읍 ○○, ○○번지 13,527㎡ 이외의 토지(○○번지)는 부당행위계산부인 대상에서 제외하는 것이 타당한 것으로 판단되며 청구인이 주장하는 건설비 상당액 공제는 임대업이 주업인 법인에 대한 간주임대료 계산시 건설비상당액을 공제하는 것에 대한 법리를 오인한 것으로 이는 이유 없음. 위의 검토내용을 모두어 판단하면 심리결과 부당행위계산부인에 있어서 임대부동산 시가산정시 임대건축물의 부수토지외의 토지를 제외하여 법인세와 부가가치세의 과세표준과 세액을 경정하여야 한다는 청구인 주장이 일부 이유 있다고 인정됨

이 건 이의신청은 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.