처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 토지로 인정하기에 부족하므로 당초처분은 적법함

사 건 2024구합839 법인세경정청구 거부처분 취소 원 고 AA종회 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 25. 판 결 선 고

2025. 11. 6.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 7. 28.1) 원고에 대하여 한 2022 사업연도 법인세 24,269,080원의 감액경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 AA종중으로서, 비영리내국법인이다.
• 나. 원고는 그 소유의 광주 00동(이하 ‘00동’) 산23 임야 11,277㎡ 및 전 1,219㎡, 00동 산25-1 임야 21,129㎡, 00동 산25-5 임야 7,040㎡, 00동 산25-6 임야 11,454㎡, 00동 49 대 126㎡, 00동 49-1 대 800㎡, 00동 49-2 전 76㎡, 00동 102 전 1,061㎡, 00동 103 전 823㎡ 합계 9필지의 토지와 그 일부 지상 건물 및 구축물이 00근린공원 개발행위 특례사업(2020. 6. 15. 고시 제2020-215호)의 사업시행자(00광역시)에게 수용됨에 따라 2022.5.31. 수용보상금 합계 14,955,151,020원을 수령하였다.
• 다. 원고는 2023. 3. 29. 위 각 토지 등의 양도차익 중 선조 묘지, 문중 제각 등이 있는 00동 산25-1, 49, 49-1 3필지 및 건물 부분의 양도소득은 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서, 구 법인세법 시행령(2023. 7. 7. 대통령령 제33621호로 개정되기 전의 것,이하 ‘ 법인세법 시행령’) 제3조 제2항에 따라 비영리내국법인의 ‘처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’으로 보아 법인세 과세소득에서 제외하고, 나머지 양도소득에 대하여 2022 사업연도 귀속 법인세 1,603,910,812원을 신고․납부하였다.
• 라. 원고는 2023. 4. 12. 조형물 등 수용된 구축물 중 일부, 선산과 연접하여 상석․기념물이 있고 진입로․시제 장소로 정비된 00동 산25-6 토지, 분묘․상석이 있는 00동 산23 토지, 종중원이 주차장으로 사용하는 00동 49-2 토지 부분도 ‘처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산’으로 보아야 한다는 이유로, 위 신고․납부한 법인세 중 1,154,854,064원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 2023. 7. 28. 원고의 주장을 일부 받아들여 구축물 및 00동 산25-6 임야 중 1,599㎡, 00동 산23 임야 11,277㎡를 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보고, 원고에게 위 사업연도 법인세를 1,042,243,408원으로 경정하여 561,667,404원(= 기납부세액 1,603,910,812원 –경정세액 1,042,243,408원)을 환급하는 결정을 하고, 나머지 경정청구는 거부하는 처분을 하였다. 그 처분은 2023. 8. 2. 원고에게 송달되었다.
• 바. 원고는 2023. 10. 23. 조세심판원에 위 처분 중 00동 산25-6 임야 중 나머지 9,855㎡ 및 00동 49-2 전 76㎡에 관한 경정청구 거부 부분에 대하여 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2024. 9. 6. 원고의 청구를 일부 받아들여 00동 산25-6 임야의 양도소득도 과세소득에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정하도록 하고, 원고의 나머지 심판청구[00동 49-2 전 76㎡(이하, ‘이 사건 토지’)에 관한 부분]를 기각하였다. 조세심판원의 위 결정은 2024. 9. 11. 원고에게 송달되었다.
• 사. 피고는 2024. 9. 23. 조세심판원의 위 결정에 따라 원고에게 2022 사업연도 법인세를 514,185,448원으로 재차 경정하여 528,057,960원을 추가로 환급하는 결정을 하고그 무렵 이를 통지하였다(이하, 위 마.항 기재 피고의 2023. 7. 28.자 경정청구 거부처분 중 이 사건 토지의 양도소득에 관한 법인세 24,269,080원 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 7, 11호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 토지는 00동 49, 00동 49-1에 있는 제각의 부수토지로서 석등의 설치,조경수 식재 등 화단의 조성이 이루어져 제각과 일체를 이루는 곳일 뿐만 아니라, 분묘가 있는 00동 산25-1, 제각이 있는 00동 49, 00동 49-1에 통하는 유일한 통행로이자 주차장으로 사용된 곳으로, 3년 이상 계속하여 원고의 고유목적사업인 조상의 묘역 수호 및 제향 행사를 봉행하고 종중재산을 보존․관리하는 데 직접 사용되었다. 따라서 이와 달리 판단한 이 사건 처분은 위법하다.

[별지] 기재와 같다.

• 가. 관련 규정 및 법리

1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조). 2) 법인세법 제4조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제3조 제2항 에 의하면, 비영리내 국법인의 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 원칙적으로 법인세과세소득의 범위에 포함되나, 다만 ‘해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’은 과세소득의 범위에서 제외된다. 여기서 법인세법 시행령 제3조 제2항 이규정하고 있는 “비영리법인이 유형자산 및 무형자산을 고유목적사업에 직접 사용”한경우에 해당하는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을종합적으로 고려하여 결정하되, 법인의 목적이 광범위한 경우에는 ‘고유’목적사업에 ‘직접’ 사용한 경우에 한정하여 해석하여야 할 것이다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 참조). 위 규정형식과 문언에 비추어 보면 해당 자산이 ‘처분일 현재를 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산’에 해당하여 과세소득의 범위에서 제외된다는 점은 납세의무자가 증명해야 한다.

• 나. 구체적 판단 살피건대, 앞서 든 증거, 갑 제2, 4, 5, 12호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지에 비추어 인정할 수 있는 다음의 사정들에 의하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 토지를 처분할 당시 3년 이상 위 토지를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

1. ‘고유목적사업에 직접 사용’이란 유형자산 및 무형자산의 사용용도가 법령 또는정관에서 정한 비영리법인의 고유목적사업 자체에 직접 사용되는 경우만 해당하는 것이다. 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 그 선조의 분묘 수호 및 제사 봉행 등을 목적으로 형성되는 자연발생적인 종족단체이므로, 비영리법인인 종중의 고유목적사업에직접 사용한 유형자산 및 무형자산은 ‘선조 묘역의 관리, 제사 봉행 등을 수행하기 위하여 설치된 시설물 및 그 시설물을 위하여 사용하는 부지’로 한정하여야 한다.

2. 이 사건 토지는 수용 당시 그 지상에 선조 묘지, 문중 제각, 비석 등 시설물이 전혀 없었고, 그 밖에 원고가 위 토지에 분묘를 관리하기 위한 시설물 등을 설치한 사실도 없다.

3. 이 사건 토지는 00동 49-1 토지와 연접하여 있을 뿐, 선조 묘지가 있는 00동 산25-1 등 다른 토지들과는 떨어져 있고, 제각이 있는 00동 49-1 토지와도 울타리로 그 경계가 명확히 구분되어 있으며, 00동 49-1 토지 등으로 나아가는 통행로 또는 주차장 용도로 이용되고 있다. 이러한 현황과 용도에 비추어 보면, 이 사건 토지가 선조의 묘지(00동 산25-1), 제각(00동 49, 49-1) 등이 있는 토지들과 일체를 이루어 원고의 고유목적사업에 사용되었다고 보기는 어렵다.

4. 종중의 고유목적사업인 선조 묘역의 관리, 제사 봉행 등을 수행하기 위하여 설치한 시설물이나 그 부지에 접근하기 위한 ‘통행로 또는 주차장 용도’를 종중의 고유목적사업에 ‘직접’ 사용한 것으로 평가할 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.