건물의 장부가액을 기초로 실지거래가액에 따라 취득가액을 산정한 처분은 적법함

사 건 2024구합12948 양도소득세부과처분취소 원 고 정AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 12. 판 결 선 고

2025. 7. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. xx. xx. 원고에 대하여 한 양도소득세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2002. 12. 10. ㅇㅇ광역시 ㅇㅇ구 동(이하 ‘ㅇㅇ동’) ㅇㅇㅇ 대 264.5㎡ 토지를 매수하고, 2003. 1. 4. 위 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다. 그 후 원고는 2005. 1. 20. ㅇㅇ동 ㅇㅇ-ㅇ 대 ㅇㅇㅇ㎡ 토지(2007. 5. 9. 그 지목이 주차장으로 변경되었다)를 매수하고, 2005. 1. 31. 위 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다(이하 위 각 토지를 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다).
• 나. 원고는 2003. 9. 27. ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ외 1필지1) 지상에 지하 1층, 지상 6층 규모의건물[주용도: 제1종 근린생활시설, 연면적: ㅇㅇㅇ㎡(2007. 4. 26. 5층에 주택 ㅇㅇㅇ㎡ 증축하여 ㅇㅇㅇ㎡이 되었다), 이하 ‘이 사건 건물’]을 신축하여 이를 취득하였다(이하 이 사건 토지 및 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다).
• 다. 원고는 2022. 8. 4. 주식회사 ㅇㅇㅇ에 이 사건 부동산을 2,916,720,000원에 매도하고, 2022. 12. 31. 이 사건 부동산의 취득가액을 환산가액(그중 이 사건 건물의 환산가액은 1,291,653,175원이다)으로 적용하여 총 양도소득세 219,577,300원을 신고․납부하였다.
• 라. 피고는 2023. 4. 24.부터 같은 해 5. 12.까지 원고에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 후, 이 사건 토지의 취득가액에 관하여는 원고가 신고한 환산가액을 그대로 인정하였으나, 이 사건 건물의 취득가액에 관하여는 환산가액을 인정하지 않고 장부가액 488,797,453원을 실지거래가액으로 보아 위 금액에서 감가상각비를 차감한 265,306,958원을 취득가액으로 산정하여, 2023. 7. 17. 원고에게 2022년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx 원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 2023. 10. 13. 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 4. 23. 원고의 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 건물의 장부가액은 기준시가 및 실거래가, 표준건축비, 감정평가액 등에 비추어 볼 때 신빙성이 낮아 실지거래가액으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 건물의 취득가액에 관하여, 환산가액을 기준으로 산정한 원고의 양도소득세 신고․납부는 적법하고, 위 장부가액을 실지거래가액으로 본 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

[별지] 기재와 같다.

• 가. 관련 규정 및 법리 1) 소득세법 제97조 제1항 에 의하면, 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도차익을 계산할 필요경비 중 취득가액은 자산 취득에 든 실지거래가액으로 하고, 이를 확인할수 없는 경우에 한정하여 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액으로 한다. 또한 소득세법 제114조 제4항, 제7항에 의하면, 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제97조 등에 따른 가액에 따라야 하고, 이때 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 그 위임에 따라 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 은 취득가액을 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있는 사유로, 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부, 매매계약서, 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우(제1호), 장부, 매매계약서, 영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인 등이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우(제2호)를 말한다고 규정하고 있다.

2. 양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 참조).

• 나. 구체적 판단 갑 제8 내지 17호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 이 법원의 감정인 ㅁㅁㅁ에 대한 감정촉탁 결과에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있다는 다음과 같은 사실 또는 사정을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거만으로 이 사건 건물의 취득가액을 추계조사하여 결정ㆍ경정할 수 있는 경우로서 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 이 정한 사유, 즉 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부, 매매계약서, 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우(제1호), 장부, 매매계약서, 영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인 등이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우(제2호)에 해당한다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 소득세법 제97조 제1항, 제114조 제4항, 제7항에 의하여 이 사건 건물의 장부가액을 기초로 실지거래가액에 따라 취득가액을 산정한 이 사건 처분은 적법하다. 원고의주장은 받아들이지 않는다.

1. 원고는 이 사건 건물의 건축주로서ㅇㅇ종합건설 주식회사에 위 건물의 신축공사를 도급하였다. 해당 도급계약서에 기재된 공사대금은 430,000,000원이고, 위 공사대금에 설계 및 감리비용 14,700,000원 및 취․등록세 14,706,200원을 더한 신축비용은 합계 459,406,200원이다. 이에 원고는 이 사건 건물에 관한 취․등록세 산정을 위한 과세표준을 465,386,590원으로 신고하였다. 이에 대하여 원고는, ① 위 도급계약서 기재와 달리 실제로는 원고가 직접 신축공사를 수행하였고, 위 공사대금에는 재료비, 노무비가 포함되어 있지 않은 점, ② 연도별 표준건축비에 의하면 이 사건 건물의 공사대금이 약 20억 원을 초과하는 것으로 계산되는 점에 비추어 보더라도, 위 도급계약서에 기재된 공사대금은 지나치게 낮아 실제 신축비용으로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 원고가 제출한 연도별 표준건축비(갑 제17호증)는 서울특별시 지역에 건축하는 대형건축물에 부과되는 과밀부담금의 산정을위한 것이어서 이 사건 건물의 적정 신축비용을 살피는 데 있어 그대로 적용될 수 없다. 또한 위 도급계약서 기재가 사실과 다르다거나 재료비, 노무비가 제외되어 있다고 인정할 증거가 없다.

2. 그 후 원고는 2021년 귀속 종합소득세 신고를 하면서도 이 사건 건물의 장부가액을 488,797,453원(= 최초 장부가액 483,797,453원 + 증축비용 5,000,000원)으로 기재한 재무상태표를 제출하였다. 이처럼 이 사건 건물의 장부가액은 앞서 본 신축비용과 취․등록세의 과세표준과 차이가 거의 없어 그 기재 내용을 믿을 만하고, 달리 원고가 이 사건 건물의 장부가액을 허위로 작성하였다고 볼 만한 특별한 사정을 찾을 수 없다.

3. 이 법원의 감정인 ㅁㅁㅁ가 산정한 이 사건 건물의 사용승인 당시의 감정평가액은 1,315,228,200원이고, 이 사건 건물의 2023년도 기준시가는 712,257,697원이다. 위 각 금액은 이 사건 건물의 장부가액보다 상당히 큰 금액이기는 하나, 이는 이 사건 건물의 객관적인 교환가치(시장가치)가 반영된 것으로서 건축주인 원고가 실제로 투입한 비용과는 상당한 차이가 있을 수밖에 없으므로, 위 각 금액을 근거로 이 사건 건물의 장부가액을 실지취득가액이 아닌 거짓된 금액이라고 단정할 수 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.